genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16170454--16170504	26	2.0	26	96	0	93	29	33	23	13	1.93
16175166--16175204	16	2.4	17	83	16	55	12	5	5	76	1.11
16185942--16185983	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
16186205--16186237	16	2.1	16	94	0	57	21	33	6	39	1.78
16189428--16189537	37	3.2	37	62	32	89	59	5	10	25	1.51
16189433--16189733	68	4.5	66	90	4	460	54	7	11	26	1.61
16189436--16189733	134	2.2	134	89	4	458	54	7	11	26	1.62
16191002--16191050	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
16196758--16196984	27	8.5	27	90	2	343	36	14	16	33	1.89
16197944--16198050	33	3.3	33	84	3	128	41	12	28	18	1.86
16200300--16200349	26	1.9	27	84	8	68	22	8	14	56	1.64
16200542--16200587	22	2.0	21	88	12	65	30	0	2	67	1.03
16201181--16201236	18	3.3	18	65	14	55	17	12	1	67	1.30
16201174--16201241	33	2.1	33	97	0	127	16	11	4	67	1.37
16206008--16206056	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
16206041--16206093	19	2.8	19	76	21	58	60	0	1	37	1.08
16206021--16206093	39	1.9	38	83	10	96	56	2	2	38	1.28
16207727--16207758	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
16211757--16212077	27	12.0	27	79	4	312	41	20	18	19	1.91
16211757--16212074	81	4.0	80	82	4	356	41	20	17	19	1.90
16215619--16215998	27	14.1	27	79	5	358	42	22	16	18	1.89
16215619--16215998	81	4.7	81	80	1	395	42	22	16	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16229460--16229497	20	1.9	20	84	10	51	39	0	18	42	1.50
16236194--16236412	41	5.3	41	80	5	228	23	27	13	34	1.93
16236188--16236412	82	2.7	82	82	5	276	24	27	13	35	1.93
16236183--16236416	123	1.9	124	84	4	321	23	26	14	35	1.93
16236354--16236420	20	3.3	20	66	4	53	23	28	14	32	1.95
16236352--16236436	41	2.1	41	82	4	100	27	24	14	34	1.94
16240217--16240244	13	2.2	13	100	0	56	14	0	14	71	1.15
16253877--16254000	50	2.5	49	78	8	135	23	28	22	25	1.99
16262228--16262288	26	2.3	26	86	10	81	34	19	4	40	1.73
16262241--16262301	26	2.3	26	83	5	70	34	13	9	42	1.77
16272878--16272926	23	2.1	23	92	0	80	28	18	2	51	1.58
16273355--16273409	26	2.1	26	86	0	74	38	21	18	21	1.94
16273600--16273704	27	4.0	27	88	5	151	16	18	23	41	1.89
16273605--16273713	52	2.1	53	89	5	168	18	16	22	42	1.89
16274153--16274264	56	2.0	56	91	3	181	25	33	11	29	1.91
16278973--16279042	32	2.1	32	84	5	86	42	11	15	30	1.82
16280746--16280812	30	2.3	29	76	2	71	40	14	16	28	1.88
16281152--16281391	50	4.8	50	87	0	318	25	21	30	22	1.98
16299130--16299232	43	2.4	43	81	0	125	38	28	13	19	1.90
16301892--16301916	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
16302021--16302048	12	2.3	12	100	0	56	50	10	7	32	1.64
16302786--16302812	14	1.9	14	100	0	54	14	11	22	51	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16303015--16303060	22	2.1	22	83	0	56	41	2	0	56	1.11
16303080--16303137	16	3.4	16	85	9	71	46	3	5	44	1.42
16303069--16303124	26	2.2	26	86	0	76	50	3	5	41	1.43
16304341--16304380	15	2.7	15	84	0	53	37	37	0	25	1.56
16304396--16304441	14	3.4	14	87	6	67	45	34	0	19	1.51
16304458--16304505	14	3.6	14	72	11	55	43	2	2	52	1.24
16304619--16304655	18	2.1	18	100	0	74	32	5	18	43	1.73
16304652--16304970	154	2.1	154	82	5	387	30	20	18	30	1.96
16304883--16305049	40	4.2	40	78	4	167	26	19	22	31	1.97
16304883--16305049	79	2.1	80	84	5	214	26	19	22	31	1.97
16311588--16311619	15	2.1	15	94	0	55	15	6	6	71	1.26
16319733--16319819	25	3.5	25	80	0	102	33	20	19	26	1.97
16319770--16319837	25	2.7	25	78	17	70	26	22	23	27	1.99
16322368--16322551	78	2.3	81	86	6	252	23	22	27	25	2.00
16322369--16322551	40	4.6	39	85	8	228	24	22	27	25	2.00
16322421--16322584	79	2.1	77	86	5	222	25	21	27	25	1.99
16330459--16330502	21	2.1	21	100	0	88	25	18	34	22	1.96
16330484--16330649	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
16330484--16330616	40	3.3	40	95	2	232	24	21	27	27	1.99
16338712--16338780	25	2.8	25	97	0	129	30	21	21	26	1.99
16342212--16342488	138	2.0	138	86	1	385	28	28	23	19	1.98
16346858--16346967	55	2.0	54	81	8	125	25	30	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16349339--16349383	19	2.3	20	92	7	83	44	15	0	40	1.47
16349912--16350321	206	2.0	206	98	0	784	33	20	17	28	1.95
16355466--16355668	32	6.4	32	85	2	266	39	20	19	20	1.92
16355812--16355894	24	3.5	24	88	3	114	46	25	8	19	1.77
16355968--16356330	27	13.6	27	77	7	150	24	20	19	35	1.95
16355944--16356457	54	9.6	53	73	8	312	23	21	18	36	1.95
16355993--16356051	26	2.2	27	87	3	84	23	16	16	42	1.89
16356065--16356353	107	2.7	108	80	4	289	24	21	18	35	1.96
16356087--16356331	81	3.0	81	88	2	359	24	21	20	33	1.97
16356357--16356417	26	2.3	27	81	10	72	19	18	19	42	1.89
16356179--16356471	27	10.9	26	73	13	125	21	21	18	37	1.94
16360819--16360869	13	3.9	13	78	0	66	37	25	7	29	1.84
16369721--16371228	275	5.5	274	86	4	1955	39	7	6	45	1.60
16370802--16371013	70	3.1	68	62	19	150	39	8	7	43	1.64
16369721--16371228	138	11.0	138	86	3	1969	39	7	6	45	1.60
16370867--16371080	67	3.1	67	63	13	157	42	7	7	42	1.61
16376154--16376415	26	10.0	27	81	6	267	40	19	15	25	1.90
16376380--16376471	27	3.4	27	82	5	114	38	21	19	20	1.94
16377209--16377249	19	2.3	18	87	8	57	48	19	2	29	1.61
16388999--16389186	26	7.2	26	77	5	193	39	20	15	24	1.91
16389002--16389186	78	2.4	78	83	5	223	39	20	15	24	1.91
16389411--16389475	27	2.4	26	85	7	78	20	21	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16396476--16396738	26	10.0	26	80	2	224	40	19	15	24	1.90
16396476--16396710	52	4.5	52	83	6	253	40	18	15	25	1.90
16396476--16396748	78	3.5	78	83	4	273	40	18	16	24	1.91
16396872--16396921	26	1.9	26	87	0	73	22	18	22	38	1.94
16401011--16401093	25	3.3	24	75	6	69	22	19	24	33	1.97
16414585--16414825	50	4.8	50	84	3	272	21	27	21	29	1.99
16417432--16417497	32	2.1	32	100	0	132	39	6	0	54	1.25
16418435--16418469	17	2.1	17	100	0	70	40	5	0	54	1.24
16426472--16426524	25	2.1	25	92	0	88	24	18	26	30	1.98
16428575--16428969	27	14.7	27	83	0	459	30	18	24	26	1.98
16428950--16428989	20	2.0	20	100	0	80	45	10	25	20	1.81
16429030--16429092	23	2.7	23	95	0	108	25	7	20	46	1.78
16429307--16429404	32	3.1	33	83	5	112	21	20	18	39	1.92
16429501--16429564	22	2.9	21	76	4	65	18	20	15	45	1.86
16429627--16429675	22	2.2	23	79	17	59	8	2	51	38	1.43
16430097--16430154	30	1.9	31	86	10	84	29	17	8	44	1.78
16434255--16434310	29	2.0	28	89	3	85	32	1	8	57	1.40
16434295--16434332	18	2.1	18	85	9	51	34	0	0	65	0.93
16436093--16436142	21	2.4	21	70	12	50	28	6	24	42	1.78
16438652--16438829	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
16438652--16438829	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
16446913--16447090	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16446913--16447090	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
16453448--16453519	25	2.9	25	93	0	108	27	19	25	27	1.99
16453450--16453539	25	3.5	25	87	3	99	27	21	25	25	1.99
16460119--16460199	40	2.0	41	80	7	94	56	1	7	34	1.35
16461779--16461962	51	3.7	51	73	11	157	27	21	21	30	1.98
16461824--16462010	46	4.0	46	72	8	133	28	21	18	31	1.97
16461779--16462008	97	2.4	97	86	1	309	27	21	20	30	1.98
16470484--16470525	19	2.3	18	88	12	59	57	19	0	23	1.41
16478245--16478295	26	2.0	26	88	7	77	68	9	9	11	1.39
16478672--16478729	13	4.3	13	86	6	80	68	0	17	13	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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