genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1640399--1640430	6	5.3	6	100	0	64	53	15	0	31	1.43
1640918--1640969	22	2.3	23	80	12	63	55	3	1	38	1.29
1643176--1643297	42	2.9	42	90	2	183	13	36	27	22	1.92
1645558--1645623	27	2.3	27	82	17	73	31	4	0	63	1.14
1647354--1647404	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
1647216--1647486	104	2.6	105	92	2	445	30	31	20	18	1.96
1647814--1647877	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
1647821--1647877	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
1651250--1651284	18	1.9	18	94	0	61	42	0	2	54	1.15
1651386--1651425	20	2.0	21	85	5	55	42	10	0	47	1.37
1652963--1653021	11	5.8	11	73	18	65	44	1	0	54	1.10
1652950--1653036	39	2.2	41	89	4	133	39	2	1	57	1.19
1653010--1653057	20	2.3	21	85	3	62	39	2	2	56	1.23
1653007--1653063	21	2.6	22	80	8	71	43	1	1	52	1.21
1655850--1655983	60	2.2	60	82	5	180	35	11	19	33	1.87
1656566--1656616	7	7.3	7	79	0	57	47	31	0	21	1.51
1656566--1656610	14	3.2	14	83	0	63	46	31	0	22	1.52
1659910--1659947	14	2.7	14	84	11	51	31	2	0	65	1.06
1659905--1659958	24	2.2	24	83	0	63	35	3	0	61	1.14
1662791--1662830	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
1662814--1662853	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
1662799--1662865	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1662793--1662869	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
1663191--1663248	26	2.2	26	96	0	107	43	10	12	34	1.76
1665314--1665412	27	3.6	27	71	10	101	52	21	13	13	1.73
1665823--1665853	14	2.2	14	94	0	53	32	19	9	38	1.84
1668462--1668503	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
1668545--1668601	29	2.0	29	89	6	89	36	0	1	61	1.07
1668548--1668609	29	2.1	29	85	5	81	37	0	1	61	1.06
1672143--1672346	84	2.4	85	95	0	356	32	24	19	24	1.97
1672256--1672497	125	1.9	124	85	4	335	33	24	12	29	1.92
1678573--1678981	204	2.0	204	88	0	604	23	20	21	34	1.97
1681104--1681145	12	3.5	12	90	0	66	23	38	28	9	1.86
1682939--1682980	21	2.0	21	90	4	68	45	9	11	33	1.73
1684438--1684471	6	5.7	6	85	0	50	52	0	29	17	1.45
1685346--1685389	22	2.0	22	95	0	79	22	15	13	47	1.81
1688364--1688390	12	2.2	12	100	0	54	25	25	25	22	2.00
1690973--1691113	47	3.1	47	67	20	125	45	2	4	47	1.37
1691050--1691162	37	3.3	36	65	26	91	47	3	7	41	1.48
1691033--1691168	65	2.1	65	94	4	240	46	3	5	44	1.45
1691363--1691398	18	2.0	18	89	10	56	47	0	0	52	1.00
1691242--1691647	121	3.4	120	98	0	776	44	2	4	48	1.37
1691484--1691519	18	2.0	18	89	10	56	47	0	0	52	1.00
1691605--1691639	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1691797--1691892	44	2.1	46	94	3	169	35	31	4	29	1.76
1691874--1691911	16	2.4	16	95	0	67	26	34	2	36	1.71
1695155--1695179	13	1.9	13	100	0	50	64	16	8	12	1.49
1695910--1695981	26	2.8	26	79	6	67	62	18	1	18	1.40
1695796--1696014	120	1.9	115	83	10	284	50	23	1	24	1.57
1695796--1696032	113	2.0	115	81	10	268	52	21	1	24	1.55
1707237--1707266	15	2.0	15	100	0	60	6	20	20	53	1.67
1708211--1708273	29	2.2	29	85	5	83	25	15	11	47	1.79
1709059--1709287	55	4.1	56	81	7	248	51	16	7	24	1.70
1709060--1709274	116	1.9	116	86	2	306	52	15	7	24	1.69
1711957--1712008	11	4.7	11	78	4	52	25	21	0	53	1.45
1712639--1712665	13	2.1	13	100	0	54	29	22	0	48	1.51
1713133--1713270	72	1.9	74	80	4	163	35	10	23	30	1.89
1721428--1721526	39	2.5	39	78	3	110	34	4	18	43	1.69
1733658--1733752	41	2.3	41	81	3	111	24	21	24	30	1.99
1742445--1742500	23	2.4	23	100	0	112	17	25	21	35	1.95
1751733--1751780	22	2.2	22	92	3	80	33	12	14	39	1.84
1753195--1753241	19	2.5	19	86	10	62	8	6	8	76	1.15
1760329--1760467	25	5.7	25	66	23	82	28	2	15	53	1.55
1760324--1760467	13	11.8	13	65	20	78	27	2	14	54	1.54
1760359--1760497	30	4.4	30	73	14	111	28	3	13	54	1.56
1763347--1763738	81	4.8	80	85	3	464	45	18	15	21	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1763347--1763733	27	14.3	27	84	4	401	45	18	14	21	1.85
1766636--1766685	23	2.2	23	96	0	91	14	6	18	62	1.51
1767927--1767957	16	1.9	16	100	0	62	25	19	16	38	1.92
1767929--1767966	16	2.4	16	90	0	58	28	23	13	34	1.92
1776039--1776139	52	2.0	50	92	3	166	58	9	9	21	1.59
1778075--1778108	12	2.7	13	86	9	52	14	23	0	61	1.33
1778112--1778221	53	2.1	51	80	8	116	28	21	7	42	1.79
1801836--1801883	20	2.4	20	92	0	78	31	0	29	39	1.57
1801928--1802048	35	3.3	34	68	20	91	19	22	23	35	1.96
1801919--1802160	76	3.2	76	83	1	306	19	23	21	35	1.96
1814883--1814907	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
1817132--1817175	17	2.6	17	89	3	63	18	15	25	40	1.90
1824503--1824566	14	4.3	14	73	22	51	42	0	1	56	1.09
1824517--1824567	16	3.1	17	75	8	61	45	0	1	52	1.12
1824504--1824591	33	2.6	33	82	10	99	43	0	2	54	1.12
1826233--1826280	22	2.3	21	80	20	57	43	14	22	18	1.87
1828676--1828740	19	3.2	20	79	18	73	40	0	6	53	1.26
1828662--1828740	21	3.8	19	81	14	70	41	0	6	51	1.27
1831978--1832034	24	2.3	24	79	8	62	49	5	15	29	1.67
1832053--1832079	11	2.5	11	100	0	54	55	7	7	29	1.55
1832513--1832548	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
1832648--1832721	3	24.3	3	72	8	60	60	5	2	31	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1833238--1833446	53	4.0	53	96	1	386	11	41	42	4	1.60
1833238--1833446	105	2.0	105	97	0	391	11	41	42	4	1.60
1833833--1833885	22	2.4	22	93	0	88	13	3	52	30	1.57
1838053--1838092	6	6.8	6	91	2	64	67	0	15	17	1.23
1838759--1838806	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
1838755--1838806	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
1838754--1838810	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
1838755--1838835	16	4.7	15	75	20	54	65	1	2	30	1.13
1838955--1839017	22	2.7	23	85	11	76	52	4	7	34	1.52
1839003--1839165	24	6.6	25	68	20	78	58	3	5	33	1.37
1839643--1839785	29	4.8	30	92	3	236	21	3	49	25	1.65
1839643--1839785	59	2.4	59	95	2	252	21	3	49	25	1.65
1840513--1840541	12	2.3	13	94	5	51	68	3	13	13	1.33
1840530--1841464	220	4.3	220	86	10	1261	32	21	17	27	1.96
1840560--1841464	72	12.5	72	81	12	1026	32	21	17	28	1.96
1840965--1840992	13	2.2	13	100	0	56	64	7	14	14	1.48
1840560--1841464	230	4.2	212	86	11	1021	32	21	17	28	1.96
1849830--1849892	22	2.7	24	83	9	69	52	4	7	34	1.52
1849914--1849967	21	2.4	21	84	9	63	57	0	3	38	1.17
1849907--1849999	21	4.3	21	77	8	62	54	3	4	37	1.36
1849916--1850041	23	5.5	23	67	20	68	56	2	4	36	1.33
1850523--1850632	30	3.8	30	87	4	163	21	3	50	24	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1850858--1850945	26	3.4	26	81	6	106	43	13	14	28	1.84
1851418--1851476	27	2.2	27	96	3	111	44	3	10	42	1.55
1851418--1851495	27	2.9	27	88	5	95	44	2	7	44	1.46
1854861--1854900	20	2.0	20	85	0	53	37	15	7	40	1.75
1859563--1859606	23	1.9	23	85	0	61	50	0	13	36	1.42
1867001--1867071	35	2.0	35	91	0	115	35	8	23	32	1.85
1872147--1872217	35	2.0	35	91	0	115	35	8	25	30	1.86
1872861--1872907	23	2.0	23	84	8	60	14	10	17	57	1.65
1873496--1873572	38	2.0	38	92	0	127	41	12	11	33	1.80
1881016--1881061	22	2.0	22	83	4	56	39	2	4	54	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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