genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2182362--2182508	71	2.1	71	82	0	177	28	20	25	25	1.99
2187110--2187150	21	1.9	22	90	5	66	29	14	4	51	1.63
2193169--2193211	17	2.6	16	81	3	50	23	0	6	69	1.12
2195616--2195666	23	2.2	23	89	0	75	29	9	19	41	1.84
2195678--2195711	12	2.9	11	87	12	50	67	0	0	32	0.91
2195720--2195749	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
2197229--2197352	3	40.3	3	73	13	51	28	8	1	62	1.33
2197229--2197352	56	2.2	56	98	1	241	28	8	1	62	1.33
2199058--2199100	11	3.8	11	78	6	50	9	2	4	83	0.87
2200796--2200902	34	3.1	36	78	12	111	28	15	14	42	1.86
2204712--2204749	16	2.4	16	86	8	51	39	0	10	50	1.37
2205854--2205918	19	3.5	19	75	6	62	32	4	1	61	1.26
2205780--2205888	46	2.3	49	83	9	147	31	6	3	58	1.40
2205854--2205927	38	1.9	39	86	8	107	35	4	1	59	1.25
2205909--2205961	26	2.0	27	88	7	81	43	0	1	54	1.11
2205854--2205951	38	2.6	38	80	6	92	35	3	2	59	1.25
2206014--2206183	86	2.0	86	83	8	220	35	6	20	37	1.79
2211433--2211519	44	2.0	44	95	2	158	40	4	27	27	1.76
2213820--2213883	24	2.7	23	75	17	69	40	3	0	56	1.15
2219990--2220059	24	2.8	26	75	18	85	24	27	18	30	1.98
2219992--2220071	25	3.3	23	73	18	72	25	26	17	31	1.97
2222252--2222466	116	1.9	116	89	2	333	41	14	12	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2233902--2233940	20	1.9	21	89	5	62	33	0	10	56	1.33
2234200--2234255	24	2.3	24	81	6	69	44	0	1	53	1.11
2238571--2238630	28	2.1	28	93	0	102	35	21	15	28	1.93
2247984--2248034	26	2.0	26	88	7	77	62	1	1	33	1.17
2256571--2257709	84	13.7	84	80	4	959	24	14	21	40	1.90
2257450--2257603	77	2.0	76	82	7	186	22	13	24	39	1.90
2260138--2260200	26	2.4	27	77	17	78	34	4	0	60	1.18
2265595--2265703	23	5.0	21	80	5	103	39	22	20	18	1.92
2269517--2269632	41	2.8	42	82	3	121	30	18	29	21	1.97
2269820--2269908	37	2.5	36	91	7	139	28	10	28	33	1.89
2276106--2276356	38	6.6	38	73	12	156	14	18	29	37	1.91
2276108--2276293	75	2.5	76	77	11	184	15	18	29	37	1.91
2276258--2276402	40	3.7	39	83	6	159	13	20	28	37	1.91
2276258--2276457	41	5.0	40	78	5	156	15	20	28	36	1.92
2281765--2281798	13	2.6	13	85	0	50	52	2	8	35	1.47
2284976--2285073	48	2.0	48	100	0	196	14	8	12	65	1.47
2287928--2288017	42	2.1	42	87	4	128	20	27	22	30	1.98
2287928--2288028	42	2.4	42	83	6	116	19	25	23	30	1.98
2291694--2291723	7	4.3	7	100	0	60	43	0	0	56	0.99
2314008--2314037	3	10.0	3	92	0	51	66	3	0	30	1.07
2326069--2326136	31	2.2	30	82	7	82	35	14	17	32	1.91
2332330--2332405	29	2.6	29	80	14	84	34	7	21	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2335830--2335872	20	2.1	21	83	12	54	20	2	0	76	0.89
2335837--2335884	14	3.4	13	78	16	51	18	0	2	79	0.84
2337663--2337702	19	2.0	20	85	4	55	55	0	12	32	1.38
2342534--2342691	43	3.7	43	79	10	155	25	17	27	30	1.97
2342529--2342706	86	2.1	86	77	6	182	23	17	25	33	1.96
2346852--2346910	17	3.5	17	75	15	59	42	0	0	57	0.98
2346852--2346903	5	10.8	5	77	22	58	40	0	0	59	0.97
2347791--2347837	24	2.0	23	84	12	60	51	4	14	29	1.62
2349842--2350089	50	4.8	50	83	5	266	20	29	24	26	1.99
2349841--2350089	100	2.4	103	87	7	346	20	28	24	26	1.99
2350184--2350215	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
2350427--2350484	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
2353723--2353753	15	2.1	15	93	0	53	38	12	22	25	1.90
2364059--2364097	6	6.5	6	93	0	60	0	33	10	56	1.33
2364064--2364103	18	2.2	19	86	8	57	0	37	10	52	1.35
2370250--2370279	16	1.9	15	93	6	51	23	0	3	73	0.98
2371124--2371164	21	2.0	20	85	4	55	36	2	0	60	1.10
2371224--2371267	21	2.1	21	95	0	79	38	11	13	36	1.81
2371230--2371301	21	3.5	20	78	16	74	37	8	13	40	1.75
2371257--2371301	22	2.0	23	91	4	74	37	4	15	42	1.67
2371269--2371311	22	1.9	23	85	4	61	34	4	13	46	1.65
2371476--2371514	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2372024--2372139	51	2.3	51	82	7	139	31	5	6	57	1.45
2373270--2373318	23	2.0	23	84	7	62	30	4	4	61	1.33
2374143--2374174	16	2.0	16	100	0	64	50	0	25	25	1.50
2381744--2381779	18	2.0	18	88	0	54	36	0	2	61	1.11
2381849--2381903	27	2.0	29	85	7	78	63	1	0	34	1.05
2388468--2388595	67	1.9	67	85	0	175	29	28	14	27	1.95
2388826--2388910	28	2.8	31	75	17	88	47	1	11	40	1.48
2388839--2388895	28	2.0	28	93	0	96	47	0	10	42	1.38
2390840--2390868	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2393068--2393129	25	2.5	25	86	5	81	20	19	20	38	1.93
2394710--2394776	23	3.0	22	77	14	84	35	23	20	19	1.95
2396814--2396877	26	2.4	28	78	17	75	25	40	9	25	1.85
2399301--2399457	43	3.7	41	73	11	122	24	20	28	26	1.99
2400932--2401088	43	3.7	41	73	11	122	24	20	28	26	1.99
2402875--2402902	14	2.0	14	100	0	56	28	21	21	28	1.99
2411201--2411246	21	2.2	21	84	7	58	52	6	4	36	1.47
2416087--2416121	10	3.2	11	88	12	54	17	37	0	45	1.48
2416104--2416159	22	2.5	22	91	2	94	28	30	0	41	1.57
2417311--2417335	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
2417971--2418005	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
2418416--2418514	44	2.3	43	85	7	128	41	0	10	48	1.37
2418428--2418514	44	2.0	45	88	6	133	40	0	10	49	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2418482--2418574	25	3.7	25	94	0	159	46	1	12	39	1.50
2418590--2419024	29	15.3	29	69	19	217	45	27	0	26	1.57
2418650--2418677	6	4.7	6	100	0	56	35	50	0	14	1.43
2418589--2418671	30	2.5	35	75	20	104	43	33	0	22	1.54
2418668--2419496	23	33.4	23	67	26	277	45	25	0	28	1.57
2418682--2418727	22	2.2	20	88	11	67	45	28	0	26	1.54
2418668--2419148	126	3.9	128	78	13	538	44	26	0	28	1.59
2418789--2418853	22	3.0	20	77	18	60	46	26	0	27	1.53
2418719--2419557	74	10.9	74	75	15	681	45	25	0	28	1.59
2418742--2419498	51	14.7	51	74	15	521	45	25	0	28	1.58
2418918--2418977	15	4.2	14	70	8	50	43	33	3	20	1.68
2418924--2418972	22	2.3	22	82	10	57	40	36	2	20	1.64
2419042--2419098	22	2.7	22	89	5	91	42	33	0	24	1.55
2418859--2419172	96	3.3	94	77	16	324	44	26	1	28	1.62
2419127--2419172	21	2.2	20	85	11	58	41	28	2	28	1.68
2419201--2419246	22	2.2	21	85	11	60	45	26	0	28	1.54
2419252--2419370	22	5.2	22	75	16	84	46	25	0	28	1.53
2419192--2419552	124	2.9	122	83	12	389	45	24	0	29	1.56
2419376--2419421	22	2.2	20	88	11	67	45	26	0	28	1.54
2419397--2419557	80	2.0	81	92	1	270	44	24	1	30	1.62
2419511--2419552	22	2.0	20	86	9	57	45	26	0	28	1.54
2419119--2419505	101	3.9	100	79	11	384	45	25	0	28	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2420738--2421113	125	3.0	124	86	4	524	32	21	15	30	1.94
2431749--2431941	103	1.9	103	85	4	273	44	12	17	25	1.84
2434651--2435042	195	2.0	195	98	0	766	35	15	15	33	1.89
2440758--2440794	9	4.2	9	86	6	58	21	10	29	37	1.88
2440759--2440793	17	2.1	17	94	0	61	22	11	31	34	1.90
2447846--2447874	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
2447817--2448044	122	1.9	122	90	1	368	48	7	7	36	1.59
2447817--2448044	62	3.7	61	90	3	352	48	7	7	36	1.59
2450217--2450298	33	2.5	33	95	0	146	32	29	19	18	1.95
2450277--2450329	27	2.0	27	100	0	106	26	30	24	18	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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