genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19356306--19356483	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19356307--19356462	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19356303--19356483	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19358308--19358409	33	3.1	33	81	8	102	15	25	3	54	1.58
19358383--19358443	27	2.2	28	85	5	79	11	19	1	67	1.30
19367986--19368075	47	1.9	47	86	4	128	45	11	17	25	1.81
19369098--19369155	17	3.4	17	70	0	62	25	8	17	48	1.75
19383967--19384046	27	3.0	26	94	5	142	18	22	30	28	1.98
19384023--19384225	33	5.6	33	67	19	100	21	17	26	33	1.96
19384019--19384274	76	3.4	74	84	6	309	22	17	26	33	1.96
19384019--19384227	74	2.8	75	89	4	298	22	17	26	33	1.96
19386747--19386782	18	1.9	19	88	5	56	55	19	13	11	1.68
19396148--19396357	74	2.8	75	84	7	257	22	18	25	33	1.96
19400094--19400142	18	2.7	18	90	0	71	10	16	2	71	1.22
19402257--19402301	20	2.2	20	88	7	65	51	8	6	33	1.59
19402266--19402311	20	2.4	19	85	7	65	43	13	13	30	1.81
19403202--19403291	47	1.9	47	86	4	128	45	10	18	25	1.81
19404167--19404209	20	2.2	20	100	0	86	25	4	9	60	1.47
19404333--19404390	17	3.4	17	70	0	62	25	8	17	48	1.75
19418832--19418876	20	2.2	20	88	7	65	51	8	6	33	1.59
19418843--19418881	20	2.0	20	94	0	69	46	12	10	30	1.75
19425418--19425453	18	2.1	16	90	10	54	33	5	0	61	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19430597--19430628	8	3.9	8	92	8	55	84	0	15	0	0.63
19430596--19430628	17	1.9	17	100	0	66	81	0	18	0	0.68
19431877--19432191	88	3.6	88	88	0	468	27	25	24	22	2.00
19431915--19432161	44	5.6	44	63	8	119	27	25	24	22	2.00
19432200--19432430	44	5.2	44	86	4	306	26	21	24	28	1.99
19432185--19432455	88	3.1	87	80	7	278	28	19	25	26	1.99
19432179--19432455	132	2.1	134	82	7	359	28	19	25	25	1.99
19433956--19434002	23	2.1	21	84	7	58	29	0	6	63	1.19
19434175--19434210	18	2.1	16	90	10	54	33	5	0	61	1.19
19436468--19436503	18	1.9	19	88	5	56	55	19	13	11	1.68
19443726--19443776	15	3.5	15	78	5	50	70	3	19	5	1.24
19450300--19450424	33	3.5	33	73	19	108	22	19	26	32	1.97
19450220--19450429	74	2.8	75	86	4	264	23	19	25	31	1.98
19453905--19454027	18	6.6	18	71	15	72	7	19	1	71	1.18
19453920--19454022	6	16.7	6	69	7	64	6	20	1	70	1.19
19456399--19456436	19	2.0	20	89	5	60	18	31	10	39	1.85
19456636--19456668	14	2.4	14	90	10	50	27	0	3	69	1.03
19458869--19458911	18	2.4	18	88	0	68	69	2	16	11	1.28
19461093--19461141	20	2.5	19	87	9	64	20	36	10	32	1.86
19461318--19461355	16	2.4	16	82	4	51	26	2	5	65	1.27
19476878--19476916	19	2.1	19	95	0	69	28	10	12	48	1.74
19476932--19476970	19	2.1	19	85	0	51	23	12	15	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19476856--19477035	54	3.3	54	91	1	272	31	11	15	42	1.81
19494350--19494389	10	3.9	11	87	12	59	17	0	5	77	0.94
19494349--19494396	21	2.3	21	82	7	62	22	2	4	70	1.15
19500173--19500225	20	2.6	19	79	8	52	26	30	9	33	1.88
19506498--19506558	20	3.0	20	81	9	70	29	26	13	31	1.93
19507902--19507938	12	3.1	12	92	0	56	75	5	5	13	1.15
19507920--19507993	27	2.7	27	78	14	80	72	5	13	8	1.24
19508869--19508903	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
19510974--19511031	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
19510974--19511034	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
19520350--19520398	18	2.5	20	80	16	57	12	20	4	63	1.45
19523896--19524001	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
19525674--19525720	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
19528322--19528427	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
19530096--19530142	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
19535468--19535513	24	1.9	24	81	0	56	60	4	28	6	1.40
19535509--19535540	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
19536410--19536436	12	2.2	12	100	0	54	37	11	29	22	1.89
19537170--19537255	41	2.1	41	93	0	145	29	13	17	39	1.88
19545907--19545945	12	3.2	13	82	14	55	69	2	5	23	1.21
19549775--19550465	47	14.4	47	91	3	1094	33	8	29	29	1.87
19549775--19550465	96	7.2	95	93	1	1079	33	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19549775--19550465	143	4.8	143	93	3	1124	33	8	29	29	1.87
19550584--19550685	37	2.8	37	93	0	168	24	17	30	27	1.97
19553145--19553202	23	2.5	23	82	0	80	31	5	29	34	1.79
19557278--19557316	15	2.6	16	84	12	55	7	15	2	74	1.15
19557279--19557344	12	5.4	11	73	21	51	9	12	3	75	1.14
19557279--19557336	19	3.0	20	75	7	66	8	12	1	77	1.06
19559763--19559819	23	2.5	23	74	5	62	31	1	28	38	1.67
19561731--19561823	19	5.1	19	70	17	79	30	10	13	45	1.78
19561712--19561865	54	2.9	54	94	0	272	32	11	14	41	1.82
19562038--19562224	91	2.1	91	93	0	320	39	8	21	31	1.82
19562978--19563049	29	2.4	30	90	4	119	40	15	9	34	1.80
19583567--19583642	38	2.0	38	94	0	134	21	21	35	22	1.96
19590364--19590834	27	17.6	27	83	1	545	35	17	20	26	1.95
19590874--19590933	24	2.5	24	89	5	95	20	8	25	46	1.78
19591001--19591060	27	2.2	27	82	11	70	18	26	25	30	1.98
19591058--19591113	26	2.2	26	90	0	85	12	25	32	30	1.92
19591104--19591242	32	4.4	32	84	0	154	20	20	20	39	1.93
19591434--19591487	28	1.9	28	88	0	81	16	25	25	31	1.97
19597115--19597359	126	1.9	126	94	0	427	24	8	22	44	1.81
19597577--19597669	19	5.1	19	72	17	88	31	10	11	46	1.75
19597558--19597669	54	2.1	54	94	0	197	32	10	13	43	1.78
19602262--19602296	18	1.9	18	94	0	61	25	20	31	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19604362--19604647	47	6.1	47	93	0	446	27	31	9	31	1.88
19608061--19608243	40	4.6	40	80	6	194	24	26	22	26	2.00
19608551--19608629	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
19608611--19608756	43	3.4	43	100	0	292	26	35	15	22	1.94
19610763--19611142	47	8.1	47	94	0	609	28	30	9	31	1.88
19624759--19624813	23	2.5	22	74	11	58	9	20	0	70	1.13
19624804--19624887	18	4.5	18	69	16	55	9	23	0	66	1.21
19624839--19624881	21	2.2	20	83	8	52	9	23	0	67	1.19
19624846--19624888	21	2.2	20	87	8	61	6	20	0	72	1.08
19624846--19624889	20	2.1	21	87	4	63	6	20	0	72	1.07
19628957--19629011	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
19644814--19644879	31	2.1	32	85	2	89	43	15	10	30	1.80
19664869--19664905	17	2.2	17	95	0	65	24	18	2	54	1.57
19670311--19670344	17	2.0	17	88	11	52	76	2	14	5	1.09
19672042--19672085	22	1.9	24	81	9	56	29	15	13	40	1.86
19673515--19673586	33	2.1	34	92	2	119	38	6	13	40	1.72
19676649--19676697	23	2.1	24	85	11	66	30	6	4	59	1.41
19677769--19677822	15	3.3	15	74	18	54	44	0	1	53	1.11
19677884--19677949	29	2.2	30	86	10	91	54	0	0	45	0.99
19677903--19677952	16	3.2	16	70	18	52	50	0	0	50	1.00
19681061--19681245	50	3.7	50	85	3	246	23	29	21	25	1.99
19681061--19681242	100	1.8	101	89	1	285	23	30	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19683104--19683144	20	2.0	20	85	0	55	29	7	2	60	1.36
19688247--19688277	15	2.1	15	100	0	62	41	0	32	25	1.56
19689750--19690026	50	5.5	49	82	4	259	23	29	19	27	1.98
19689789--19690026	99	2.3	104	84	5	306	23	30	19	26	1.98
19692681--19693230	47	11.6	47	92	3	802	28	29	9	33	1.88
19692681--19693230	96	5.8	96	91	3	823	28	29	9	33	1.88
19694680--19694796	53	2.1	56	93	4	204	21	23	9	46	1.80
19702341--19702391	25	2.0	25	84	0	66	13	31	0	54	1.39
19708695--19708738	20	2.2	20	100	0	88	40	4	25	29	1.75
19713435--19713485	25	2.0	25	84	0	66	13	31	0	54	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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