genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  85  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24320157--24320198	15	3.0	15	80	13	54	26	11	2	59	1.45
24320147--24320206	17	3.6	17	77	18	72	28	11	1	58	1.43
24321556--24321846	27	10.8	27	84	0	350	18	15	23	42	1.88
24338076--24338204	40	3.2	40	79	7	147	35	20	19	24	1.96
24338262--24338488	41	5.5	41	85	2	312	21	22	26	29	1.99
24338262--24338488	123	1.8	123	88	3	350	21	22	26	29	1.99
24338997--24339070	38	1.9	38	91	5	123	18	4	41	35	1.70
24339435--24339474	18	2.2	18	86	4	53	75	5	2	17	1.10
24340235--24340329	38	2.5	38	86	5	131	20	2	43	34	1.63
24340235--24340340	38	2.8	37	81	7	124	18	1	43	35	1.62
24343013--24343078	30	2.2	29	77	15	73	37	0	7	54	1.29
24343189--24343304	44	2.6	44	93	0	196	32	21	29	16	1.95
24343229--24343450	43	5.1	43	88	0	291	30	21	28	19	1.98
24343925--24343974	21	2.4	22	73	10	59	40	2	4	54	1.31
24350117--24350166	21	2.4	22	70	19	52	72	4	20	4	1.18
24354490--24354548	23	2.5	25	78	13	70	33	32	5	28	1.79
24357221--24357270	23	2.2	23	88	0	73	42	16	18	24	1.89
24363730--24363785	5	10.6	5	82	17	53	75	1	1	21	0.99
24363730--24363787	24	2.4	23	78	13	64	74	1	1	22	1.01
24372190--24372316	43	2.9	43	76	9	130	40	14	15	29	1.87
24372179--24372443	45	5.9	44	80	4	194	38	15	17	27	1.90
24372205--24372442	89	2.7	89	81	3	228	39	14	16	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24379946--24380138	50	3.8	50	85	0	242	23	29	20	25	1.99
24380756--24380789	17	2.0	17	88	0	50	23	23	14	38	1.92
24388822--24388945	57	2.2	58	91	1	196	45	4	20	29	1.71
24394898--24394931	17	1.9	17	88	5	50	32	2	5	58	1.37
24395398--24395449	27	1.9	27	92	0	86	25	15	21	38	1.92
24396674--24396862	96	2.0	92	85	8	251	41	1	15	40	1.57
24396920--24397324	126	3.2	126	86	0	524	37	16	18	28	1.92
24398727--24398931	43	4.8	43	90	0	293	34	27	16	22	1.95
24401830--24401918	38	2.3	39	81	9	110	37	40	1	21	1.61
24402149--24402320	73	2.3	74	88	1	247	27	24	20	26	1.99
24402220--24402662	114	3.9	114	91	3	730	27	23	22	26	2.00
24402559--24402734	73	2.4	71	87	4	253	28	22	21	27	1.99
24402448--24402848	186	2.1	186	89	3	617	27	23	22	26	1.99
24402334--24402933	300	2.0	301	90	1	954	27	23	22	26	2.00
24402635--24402933	114	2.6	114	89	2	442	27	24	22	26	1.99
24410477--24410531	27	2.2	24	78	15	58	30	1	1	65	1.13
24411138--24411265	58	2.2	59	88	4	188	32	21	10	35	1.88
24411169--24411281	58	1.9	59	80	5	131	34	21	9	34	1.86
24413974--24414013	6	6.7	6	97	0	62	52	32	5	10	1.56
24413974--24414025	18	2.9	18	85	0	59	51	34	5	7	1.54
24416605--24416654	20	2.5	20	96	0	91	42	6	18	34	1.74
24422284--24422319	18	2.0	18	88	0	54	25	30	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24423711--24423885	72	2.4	73	82	6	230	54	12	6	27	1.61
24424307--24424354	18	2.7	18	93	0	78	39	12	10	37	1.77
24427029--24427164	25	5.9	25	74	18	143	50	24	23	2	1.61
24427016--24427121	44	2.4	44	88	0	167	51	21	23	2	1.61
24427029--24427160	69	1.9	69	92	3	221	50	23	23	2	1.60
24427443--24427524	34	2.6	32	81	11	105	30	6	12	51	1.63
24427595--24427657	19	3.2	19	74	26	60	41	4	0	53	1.22
24427583--24427657	10	7.8	9	70	24	55	40	4	0	56	1.18
24427907--24427964	10	5.8	10	76	11	57	27	3	1	67	1.17
24427909--24427961	20	2.6	20	87	3	70	28	3	1	66	1.20
24427916--24427964	20	2.5	20	89	0	71	26	2	2	69	1.10
24427930--24427993	29	2.2	29	75	10	69	28	1	3	67	1.15
24430303--24430332	14	2.1	14	93	0	51	23	10	6	60	1.52
24437007--24437032	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
24438820--24438873	27	2.0	28	85	3	74	44	1	12	40	1.54
24439388--24439421	17	1.9	18	88	5	52	41	8	14	35	1.77
24440963--24441060	44	2.2	45	87	1	135	26	26	15	31	1.96
24441195--24441440	133	1.8	133	90	0	393	31	23	17	27	1.97
24441249--24441449	44	4.5	44	67	8	120	30	23	16	28	1.96
24452806--24452896	30	3.0	30	74	15	96	35	13	9	41	1.77
24453211--24453277	29	2.2	31	82	10	86	52	11	5	29	1.62
24454384--24454418	18	2.0	18	88	5	54	57	2	2	37	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24454373--24454497	44	2.9	44	90	1	180	52	4	10	33	1.54
24460892--24460933	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
24463662--24463724	28	2.2	29	86	8	94	49	3	17	30	1.62
24463662--24463724	29	2.2	28	85	2	90	49	3	17	30	1.62
24464374--24464439	29	2.3	29	82	12	82	22	7	1	68	1.24
24468801--24468940	49	2.8	49	95	1	235	44	7	26	22	1.78
24479305--24479365	17	3.4	17	70	12	50	49	14	4	31	1.65
24479296--24479370	37	2.0	37	97	0	141	44	16	6	33	1.73
24484057--24484257	44	4.4	44	72	15	126	31	19	20	27	1.97
24483864--24484245	138	2.8	136	81	3	417	30	19	20	29	1.97
24484155--24484314	50	3.3	50	73	16	165	28	18	22	30	1.97
24484099--24484356	94	2.7	94	83	1	266	30	18	21	29	1.97
24484290--24484376	44	2.0	44	86	4	122	28	19	24	27	1.98
24484751--24484792	21	2.0	22	90	4	68	73	19	0	7	1.05
24485235--24485270	17	2.1	17	94	0	63	22	16	8	52	1.70
24491203--24491261	29	2.0	29	86	0	82	27	10	28	33	1.89
24498503--24498546	22	2.0	22	95	0	79	43	15	0	40	1.47
24503672--24503716	6	7.5	6	97	0	81	0	0	62	37	0.96
24503666--24503716	18	2.8	18	90	0	66	1	0	58	39	1.09
24507622--24507657	10	3.5	10	92	3	54	77	8	2	11	1.08
24507622--24507671	22	2.3	21	82	6	55	76	6	6	12	1.16
24509871--24509911	20	2.0	21	85	4	57	36	12	7	43	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24519107--24519147	20	2.0	21	85	4	57	43	7	12	36	1.70
24519835--24519868	12	2.8	12	100	0	68	58	8	0	32	1.29
24523900--24523963	30	2.1	31	91	2	103	26	26	6	40	1.79
24523910--24523957	15	3.2	15	71	11	53	27	22	8	41	1.82
24528461--24528524	30	2.1	31	91	2	103	26	26	6	40	1.79
24528471--24528518	15	3.2	15	71	11	53	27	22	8	41	1.82
24529252--24529317	19	3.5	19	79	4	89	37	10	1	50	1.47
24529543--24529638	19	5.2	19	81	5	115	51	0	11	37	1.38
24529543--24529638	37	2.6	37	94	0	165	51	0	11	37	1.38
24530320--24530385	29	2.4	28	94	5	116	48	0	12	39	1.40
24534552--24534800	17	13.5	18	71	16	172	44	10	12	32	1.76
24534552--24534800	18	13.5	17	68	19	94	44	10	12	32	1.76
24534512--24534616	37	2.8	37	81	7	106	40	10	11	37	1.76
24534552--24534800	36	6.8	36	76	11	220	44	10	12	32	1.76
24535283--24535321	5	8.0	5	82	5	53	0	17	0	82	0.68
24535283--24535321	14	2.8	14	88	7	53	0	17	0	82	0.68
24535320--24535352	15	2.1	16	88	5	50	15	24	33	27	1.95
24535628--24535690	13	5.2	13	80	16	73	0	25	0	74	0.82
24535881--24535923	17	2.5	17	96	0	77	4	11	55	27	1.55
24536258--24536393	30	4.6	30	76	5	105	39	8	20	31	1.82
24538349--24538449	37	2.6	37	73	6	94	23	19	28	27	1.99
24539993--24540733	75	9.9	74	89	5	1003	35	21	16	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24546631--24546798	18	9.1	17	66	21	54	41	13	10	35	1.78
24546631--24546896	38	7.2	38	79	12	252	41	12	9	36	1.75
24546631--24546896	77	3.6	75	78	10	237	41	12	9	36	1.75
24546798--24546858	19	3.3	19	75	11	72	39	9	8	42	1.68
24546854--24546892	18	2.3	17	91	8	62	38	10	7	43	1.67
24547494--24547545	20	2.4	22	84	9	63	13	25	42	19	1.87
24547692--24547750	13	4.7	13	76	19	63	0	22	0	77	0.76
24547695--24547753	28	2.0	28	87	6	82	0	23	0	76	0.79
24547693--24547745	15	3.5	15	73	17	56	0	20	0	79	0.74
24548354--24548437	30	2.8	29	82	8	98	34	4	23	36	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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