genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  67  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18717235--18717791	217	2.6	217	91	0	889	27	24	18	29	1.98
18726586--18726623	20	1.9	20	88	0	58	57	5	5	31	1.43
18730496--18730737	50	4.8	48	78	9	166	24	26	19	28	1.99
18739271--18739353	27	3.3	27	60	16	68	34	4	26	33	1.78
18739262--18740172	49	18.9	49	92	4	1518	32	8	29	29	1.86
18739262--18740172	96	9.5	95	94	2	1497	32	8	29	29	1.86
18739262--18740172	145	6.3	143	93	3	1526	32	8	29	29	1.86
18742960--18743072	50	2.3	50	84	0	145	21	30	23	24	1.99
18748899--18748937	14	2.6	15	88	8	53	38	35	0	25	1.56
18755542--18755809	27	10.0	27	79	7	153	36	20	20	22	1.95
18755555--18755943	54	7.2	54	82	6	306	34	19	22	23	1.96
18755610--18755954	27	12.8	27	84	1	397	33	20	22	24	1.97
18756004--18756072	24	2.9	23	73	14	68	20	8	21	49	1.76
18756081--18756124	16	2.8	16	96	0	79	31	29	13	25	1.94
18756152--18756224	27	2.7	27	81	8	87	17	20	23	38	1.93
18756263--18756570	32	9.6	32	81	7	297	20	20	22	36	1.96
18758771--18758812	20	2.0	21	86	4	59	33	16	28	21	1.95
18760576--18760648	21	3.2	21	70	20	65	32	2	21	42	1.67
18760584--18760661	25	3.2	25	69	20	83	33	3	19	43	1.69
18765092--18765242	41	3.7	41	85	1	178	31	25	23	19	1.98
18765173--18765204	16	2.0	16	93	0	55	28	25	28	18	1.98
18773864--18773906	22	2.0	22	95	0	77	27	18	6	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18775030--18775497	27	17.3	27	82	0	479	22	19	17	40	1.92
18779444--18779482	9	4.3	9	86	0	51	33	25	12	28	1.93
18779491--18779587	17	5.4	17	65	13	59	50	14	4	30	1.61
18779481--18779589	37	2.9	37	94	0	191	48	14	5	31	1.67
18783191--18783220	3	10.0	3	92	0	51	0	33	3	63	1.11
18788489--18788561	38	1.9	38	91	0	119	28	20	17	32	1.96
18789080--18789137	26	2.2	26	90	0	89	41	22	20	15	1.90
18789239--18789299	25	2.4	26	77	5	70	45	18	11	24	1.82
18789295--18789762	27	17.3	26	79	4	396	22	20	17	39	1.93
18789295--18789762	54	8.7	54	83	0	497	22	20	17	39	1.93
18789296--18789762	81	5.8	81	82	2	490	22	20	17	39	1.92
18821409--18821474	34	1.9	34	90	0	105	37	27	16	18	1.92
18831977--18832268	50	5.9	50	86	0	363	23	30	19	26	1.98
18835164--18835249	41	2.1	41	82	4	102	31	26	15	26	1.95
18839379--18839552	39	4.5	39	72	5	154	43	21	4	31	1.71
18839376--18839546	78	2.2	78	86	2	227	42	21	4	32	1.71
18840320--18840363	6	7.2	6	81	2	52	0	56	0	43	0.99
18840320--18840363	18	2.4	18	92	3	70	0	56	0	43	0.99
18840423--18840485	25	2.4	27	77	17	71	4	33	1	60	1.27
18840663--18840688	11	2.4	11	100	0	52	23	0	15	61	1.33
18842194--18842232	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
18842331--18842370	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18842319--18842384	35	1.9	34	90	6	107	46	13	7	31	1.71
18845607--18845740	39	3.4	39	83	6	164	46	21	2	29	1.66
18855430--18855553	25	5.0	24	80	11	119	30	20	22	26	1.98
18855430--18855553	49	2.5	50	82	13	134	30	20	22	26	1.98
18866093--18866383	50	5.7	50	84	6	329	26	21	28	23	1.99
18866093--18866383	99	2.9	100	82	7	338	26	21	28	23	1.99
18870274--18870303	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
18880614--18880711	48	2.1	47	98	1	187	25	10	35	28	1.89
18880713--18880847	51	2.7	50	86	4	173	22	17	27	31	1.97
18881073--18881104	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
18891390--18891580	101	1.9	101	83	4	251	35	23	13	28	1.92
18901720--18901793	39	1.9	38	83	2	94	28	24	18	28	1.98
18901701--18901853	44	3.6	42	71	17	122	29	27	16	26	1.97
18904214--18904345	42	3.1	41	82	3	156	28	15	23	32	1.95
18910608--18910687	40	2.0	40	97	0	151	38	15	23	22	1.92
18912203--18912228	9	2.9	9	100	0	52	19	0	11	69	1.18
18912456--18912507	27	1.9	27	84	0	68	30	5	11	51	1.61
18913747--18913773	11	2.5	11	100	0	54	77	7	0	14	0.97
18915795--18915819	11	2.3	11	100	0	50	24	8	20	48	1.76
18916968--18917019	21	2.4	21	84	12	61	28	7	17	46	1.75
18920758--18920796	17	2.2	18	86	13	55	56	5	0	38	1.22
18923113--18923196	25	3.4	25	86	3	98	29	23	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18923127--18923217	25	3.6	25	85	5	103	30	17	27	24	1.97
18930868--18930950	25	3.3	25	84	3	114	34	25	16	22	1.95
18930849--18930975	50	2.6	50	79	3	141	33	23	18	23	1.97
18930942--18930990	25	2.0	25	87	0	71	30	14	26	28	1.95
18932555--18932633	42	1.9	41	86	2	113	24	26	24	25	2.00
18937707--18937763	25	2.3	25	90	0	87	26	17	22	33	1.96
18941718--18941819	42	2.4	42	95	0	177	27	21	27	23	1.99
18942971--18942995	12	2.1	12	100	0	50	36	40	16	8	1.77
18946273--18946327	27	2.0	27	82	6	67	47	1	5	45	1.36
18947723--18947755	13	2.3	15	85	15	52	48	0	9	42	1.35
18951869--18952185	29	10.9	29	78	8	241	36	13	24	24	1.92
18951869--18952185	146	2.2	146	81	5	372	36	13	24	24	1.92
18952697--18952752	27	2.1	27	86	3	78	25	12	14	48	1.78
18957191--18957251	21	2.9	21	85	4	79	73	0	19	6	1.04
18957202--18957251	15	3.4	14	83	5	64	78	0	18	4	0.91
18962455--18962528	33	2.2	34	88	7	107	12	27	4	56	1.53
18962522--18962562	6	7.2	6	88	5	59	2	17	0	80	0.82
18966770--18966796	14	1.9	14	100	0	54	40	0	7	51	1.30
18969086--18969351	43	6.2	43	95	0	451	33	24	19	22	1.97
18969405--18969955	50	11.0	50	72	8	406	31	23	18	26	1.97
18969406--18969955	100	5.5	100	90	3	806	31	23	18	26	1.97
18969406--18969955	199	2.8	200	89	3	806	31	23	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18970473--18970517	15	3.1	15	83	3	56	77	2	15	4	1.02
18976466--18976529	21	3.2	20	80	10	67	31	4	4	59	1.38
18976529--18976602	39	1.9	37	89	5	112	36	0	5	58	1.21
18976529--18976602	19	3.9	19	89	5	114	36	0	5	58	1.21
18976550--18976617	10	6.9	10	77	12	70	32	0	5	61	1.20
18976878--18976935	26	2.3	26	85	11	84	31	1	1	65	1.13
18981367--18981415	19	2.7	18	90	9	82	36	0	0	63	0.95
18982225--18982272	17	2.8	18	76	20	57	39	0	2	58	1.10
18984292--18984373	43	1.9	43	100	0	164	31	20	18	29	1.96
18985275--18985335	21	2.9	21	95	0	104	55	6	11	26	1.59
18986337--18986398	30	2.0	31	93	3	108	33	30	20	14	1.93
18987180--18987471	50	5.8	50	84	4	356	27	21	29	22	1.99
18987179--18987520	150	2.3	150	82	3	404	28	21	28	22	1.99
18993725--18994003	50	5.6	50	88	0	387	27	21	30	20	1.98
18996667--18996851	50	3.6	50	82	4	199	25	27	19	27	1.99
19007662--19007704	21	2.0	21	100	0	86	30	9	18	41	1.82
19008145--19008190	24	2.0	23	86	4	65	28	52	2	17	1.56
19013080--19013148	24	2.8	25	80	10	88	36	4	34	24	1.76
19014436--19014526	30	3.0	30	76	9	103	35	16	25	23	1.95
19015486--19015512	14	1.9	14	100	0	54	37	7	0	55	1.28
19027796--19027844	24	2.1	23	81	11	55	46	12	18	22	1.82
19031764--19031792	12	2.4	12	100	0	58	58	13	20	6	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19032446--19032484	17	2.3	17	100	0	78	17	33	20	28	1.96
19038851--19039590	47	15.6	47	92	2	1167	30	28	8	32	1.86
19038851--19039590	143	5.2	143	93	1	1202	30	28	8	32	1.86
19038851--19039590	96	7.8	94	92	2	1167	30	28	8	32	1.86
19043023--19043233	40	5.3	40	94	0	350	26	26	21	25	2.00
19043291--19043365	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
19045497--19046371	47	18.3	49	94	2	1461	29	29	8	32	1.87
19045497--19046380	191	4.6	191	95	2	1550	29	29	8	32	1.87
19048978--19049048	36	2.0	35	81	5	81	29	26	9	33	1.89
19053773--19053866	48	2.0	48	86	0	134	42	20	15	21	1.89

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