genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  73  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20652972--20653111	72	2.0	72	82	4	176	45	5	12	36	1.67
20653349--20653546	67	2.9	68	88	3	292	39	6	19	35	1.76
20653514--20653646	63	2.1	63	92	0	221	27	12	25	35	1.91
20655052--20655113	31	2.1	30	82	17	76	29	17	8	45	1.77
20655296--20655380	25	3.4	25	83	0	107	32	20	23	23	1.97
20657197--20657258	26	2.3	26	83	2	79	48	8	9	33	1.65
20658447--20658628	49	3.8	47	74	9	145	24	32	15	27	1.96
20662466--20662540	32	2.4	31	86	4	105	48	6	2	42	1.43
20662656--20662726	31	2.3	31	88	7	101	16	18	2	61	1.45
20664475--20664710	116	2.0	116	99	0	463	35	15	9	39	1.80
20667785--20667863	40	2.0	40	100	0	158	34	15	10	40	1.81
20668129--20668241	20	6.1	18	66	25	58	53	3	3	38	1.35
20673152--20673190	21	1.9	20	84	5	51	64	2	15	17	1.41
20673623--20673689	24	2.7	24	75	11	64	14	28	20	35	1.93
20673618--20673701	25	3.4	24	77	8	71	16	25	17	40	1.90
20673804--20673876	25	2.9	25	75	4	76	21	24	17	35	1.95
20695481--20695516	18	1.9	19	88	5	56	30	0	0	69	0.89
20696405--20696454	25	2.0	25	100	0	100	48	4	8	40	1.51
20697555--20697646	43	2.1	43	91	0	148	31	14	10	43	1.79
20697806--20697852	20	2.3	20	96	0	85	48	6	10	34	1.63
20705303--20705349	23	2.0	23	95	0	85	46	14	8	29	1.74
20713012--20713227	34	6.4	34	86	1	290	21	10	21	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20713011--20713227	102	2.1	102	87	3	321	21	10	21	46	1.81
20714710--20714748	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
20714998--20715185	50	3.6	50	77	8	173	24	28	18	28	1.98
20717019--20717116	37	2.6	37	82	3	126	35	14	15	34	1.88
20719344--20720564	608	2.0	607	98	0	2361	34	20	10	34	1.86
20722842--20722890	25	2.0	25	95	0	89	38	20	16	24	1.92
20740584--20740628	21	2.1	21	84	8	56	51	11	0	37	1.38
20742134--20742243	55	2.0	55	100	0	220	21	16	27	34	1.95
20742891--20743159	40	6.7	40	80	2	281	20	30	16	33	1.94
20742932--20743140	20	10.4	20	65	9	95	20	31	16	32	1.94
20744873--20744897	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
20745419--20745498	39	2.1	39	100	0	160	23	5	27	43	1.74
20752660--20752739	37	2.2	37	81	0	88	30	16	18	35	1.93
20761869--20761952	31	2.7	31	88	1	116	45	15	8	30	1.76
20761894--20761963	31	2.2	31	87	2	95	50	12	7	30	1.67
20769394--20769464	29	2.4	29	85	4	88	22	14	15	47	1.81
20775543--20775602	25	2.4	25	85	2	75	31	23	10	35	1.88
20782125--20782180	26	2.2	26	83	0	67	35	21	23	19	1.96
20782399--20782715	81	3.9	80	83	7	410	16	19	20	44	1.87
20782399--20782724	27	12.1	27	82	4	347	16	19	19	44	1.87
20784302--20784339	14	2.7	14	92	8	60	21	23	23	31	1.98
20785983--20786060	31	2.5	31	77	4	86	44	17	12	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20793430--20793471	22	2.0	22	86	13	63	54	0	0	45	0.99
20793433--20793466	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
20793532--20793592	30	2.1	30	87	3	88	50	11	6	31	1.64
20795556--20795761	104	2.0	104	94	1	360	17	19	30	32	1.96
20796169--20796296	62	2.0	63	91	5	206	46	11	12	29	1.77
20813856--20813895	21	1.9	21	85	10	55	60	2	0	37	1.11
20813947--20814048	42	2.4	41	82	14	118	8	26	3	60	1.44
20827369--20827428	21	3.1	20	72	11	54	53	13	8	25	1.67
20831120--20831171	16	3.3	15	77	20	52	5	9	1	82	0.90
20831564--20831610	15	3.1	15	74	17	51	51	10	14	23	1.74
20833021--20833229	103	2.0	103	94	1	366	34	16	19	29	1.94
20838306--20838340	9	3.9	9	100	0	70	68	0	0	31	0.90
20839957--20840021	32	2.1	32	85	5	89	21	4	15	58	1.55
20842002--20842040	18	2.2	18	86	9	53	53	5	2	38	1.37
20842118--20842170	19	2.7	20	82	11	65	56	5	1	35	1.34
20843154--20843352	97	2.0	99	90	3	314	50	0	2	46	1.18
20843274--20843328	28	2.0	28	85	7	76	45	0	0	54	0.99
20844578--20844639	19	3.4	19	75	4	56	30	1	1	66	1.11
20852478--20852511	10	3.4	10	91	0	50	67	5	5	20	1.33
20852935--20852975	21	1.9	22	90	5	66	19	24	19	36	1.95
20853470--20853525	22	2.6	21	70	10	51	10	10	14	64	1.50
20856884--20857013	45	2.9	44	80	3	161	40	13	21	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20866017--20866116	42	2.4	42	81	6	123	20	30	25	25	1.99
20874354--20874408	28	2.1	26	83	12	69	50	7	3	38	1.48
20876134--20876319	99	1.9	99	81	0	228	24	19	23	33	1.97
20876367--20876649	142	2.0	139	92	2	469	26	21	18	32	1.97
20876556--20876651	44	2.2	44	84	0	120	25	22	20	31	1.98
20879021--20879117	47	2.1	45	88	3	140	11	10	7	71	1.32
20879048--20879128	41	2.0	41	87	7	119	11	8	8	71	1.31
20879089--20879115	6	4.5	6	100	0	54	14	0	14	70	1.17
20883477--20883526	23	2.2	22	79	10	55	52	8	4	36	1.50
20883480--20883526	24	2.0	23	83	4	58	51	8	4	36	1.52
20891701--20891733	17	1.9	17	93	0	57	39	9	12	39	1.74
20895161--20895195	17	2.0	18	88	5	54	37	14	11	37	1.82
20895262--20895392	47	2.7	48	79	5	147	35	22	16	26	1.94
20897449--20897493	17	2.6	17	82	6	56	35	6	22	35	1.80
20897577--20898041	232	2.0	232	99	0	912	22	18	18	41	1.91
20900035--20900065	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
20900119--20900155	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
20901175--20901207	5	6.6	5	100	0	66	21	18	21	39	1.93
20902991--20903038	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
20909117--20909183	34	2.0	34	100	0	134	35	23	20	19	1.95
20913291--20913323	9	3.7	9	95	0	57	90	3	0	6	0.52
20913291--20913324	17	2.0	17	88	11	52	88	2	0	8	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20913912--20913965	23	2.3	23	96	0	99	38	0	14	46	1.45
20916956--20916994	20	2.0	20	89	0	60	15	7	12	64	1.49
20918874--20918939	26	2.5	26	85	4	80	27	18	25	28	1.98
20919537--20919710	91	1.9	91	85	4	244	39	17	10	32	1.84
20940630--20940748	49	2.4	49	87	0	166	39	20	18	21	1.92
20945216--20945248	9	3.9	9	84	15	52	51	0	0	48	1.00
20945288--20945324	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
20945829--20945855	14	1.9	14	100	0	54	25	22	14	37	1.93
20945830--20945864	14	2.5	14	90	0	52	22	25	14	37	1.92
20950732--20950802	23	3.1	22	76	15	72	36	23	18	21	1.95
20954712--20954837	20	6.3	20	67	5	76	37	19	17	26	1.93
20954701--20954839	59	2.3	60	81	4	165	37	18	18	25	1.94
20954774--20954877	40	2.6	40	81	3	120	40	12	19	27	1.87
20954725--20954879	60	2.6	59	79	1	157	38	16	17	27	1.91
20956251--20956294	23	1.9	23	86	9	63	56	2	36	4	1.32
20961284--20961332	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
20961535--20961773	50	4.7	50	77	4	185	25	28	18	27	1.98
20967227--20967265	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
20967556--20967662	50	2.1	50	84	0	142	20	32	20	26	1.97
20973606--20973646	19	2.1	20	86	4	57	48	4	7	39	1.52
20981299--20981363	17	3.7	18	78	15	73	40	0	0	60	0.97
20981299--20981363	18	3.6	17	74	15	60	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20985319--20985569	125	2.0	125	99	0	493	24	16	27	31	1.96
20995011--20995051	19	2.2	19	95	0	73	36	21	21	19	1.95
20997784--21000146	779	3.0	789	84	3	2989	30	15	19	33	1.94
21014204--21014249	19	2.4	18	83	16	58	4	17	0	78	0.91
21014207--21014253	13	3.5	14	82	8	53	4	21	0	74	0.99
21024634--21024686	23	2.2	24	80	3	63	47	9	20	22	1.79
21025626--21025667	22	1.9	21	85	9	57	9	7	7	76	1.17
21030340--21030379	16	2.6	16	84	4	55	42	17	12	27	1.85
21035387--21035438	26	2.0	26	100	0	104	30	38	15	15	1.88
21039103--21039159	26	2.2	26	100	0	114	71	3	21	3	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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