genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  96  of  172  ( 20605 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27753601--27753958	188	1.9	186	84	4	470	29	25	21	24	1.99
27755232--27755270	14	2.7	14	88	4	51	30	48	2	17	1.61
27755262--27755321	14	4.1	14	78	6	57	46	31	0	21	1.52
27755268--27755321	22	2.5	21	81	3	63	48	29	0	22	1.51
27755743--27755781	14	2.8	14	84	0	51	51	33	0	15	1.44
27755955--27756211	41	6.3	41	81	5	286	28	28	21	22	1.99
27755963--27756194	123	1.9	123	84	5	317	28	27	21	21	1.99
27755955--27756208	82	3.1	81	85	4	341	28	27	20	22	1.99
27757395--27757440	19	2.5	19	75	10	51	52	0	2	45	1.13
27759967--27760007	20	2.1	20	86	4	57	14	12	7	65	1.45
27768756--27768787	14	2.1	16	88	11	50	21	3	28	46	1.66
27803412--27803638	27	8.4	27	87	0	312	18	16	21	43	1.88
27811593--27811647	19	3.0	19	76	10	69	21	21	3	52	1.62
27811596--27811647	17	2.9	17	80	5	59	23	23	3	50	1.66
27814044--27814073	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
27833687--27833734	23	2.1	23	84	7	62	47	2	4	45	1.33
27835132--27835197	31	2.1	31	91	0	105	39	27	12	21	1.88
27836587--27836835	50	4.8	50	84	4	291	20	28	23	26	1.99
27836586--27836835	100	2.4	104	87	5	346	20	28	23	26	1.99
27836930--27836960	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
27837173--27837230	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
27843035--27843165	62	2.1	62	80	7	149	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27844626--27844661	18	1.9	19	94	5	65	52	2	0	44	1.15
27851114--27851169	26	2.2	25	84	15	71	69	1	0	28	0.98
27854802--27854918	60	2.0	59	79	5	128	27	14	12	45	1.81
27860386--27860435	24	2.1	24	92	0	82	32	24	26	18	1.97
27865151--27865183	17	2.0	17	88	5	50	63	0	9	27	1.24
27866037--27866075	20	2.0	20	94	0	69	12	23	30	33	1.92
27870335--27870395	31	2.0	31	93	0	104	40	24	11	22	1.87
27875339--27875371	3	11.0	3	93	0	57	36	0	0	63	0.95
27877215--27877300	3	28.7	3	95	0	154	30	0	2	67	1.03
27877834--27877872	19	2.1	19	85	0	51	30	15	7	46	1.74
27877909--27877941	3	11.0	3	93	0	57	36	0	0	63	0.95
27878113--27878169	22	2.6	21	68	15	53	31	8	5	54	1.53
27879479--27879682	99	2.1	98	88	7	306	26	15	22	36	1.93
27879590--27879858	141	1.9	143	88	6	411	28	14	22	34	1.94
27879487--27879940	240	1.9	239	85	8	637	29	14	20	35	1.92
27879732--27879941	106	2.0	107	89	3	325	33	15	18	33	1.92
27881668--27881751	42	2.0	42	92	0	141	27	17	19	35	1.94
27883538--27883710	55	3.2	55	90	4	262	23	20	1	54	1.53
27883740--27883952	114	1.9	108	84	9	279	36	19	17	26	1.94
27885135--27885313	55	3.3	55	92	2	283	24	19	0	55	1.47
27885324--27885537	108	2.0	108	95	0	385	28	19	17	34	1.95
27886711--27886874	55	3.0	55	88	3	224	22	20	0	56	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27886971--27887007	13	2.8	13	91	4	56	29	0	2	67	1.04
27888095--27888188	30	3.1	30	95	1	161	25	26	6	41	1.79
27888105--27888181	15	5.1	15	69	12	68	25	23	7	42	1.81
27892590--27892620	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
27892776--27892858	30	2.8	30	94	0	148	25	24	6	44	1.76
27892776--27892851	15	5.1	15	66	12	57	26	22	6	44	1.77
27893885--27894007	43	2.8	43	82	3	158	23	17	26	33	1.96
27895078--27895153	11	6.9	11	80	15	77	44	0	28	26	1.54
27898661--27899010	124	2.8	124	92	2	571	30	16	21	32	1.95
27902121--27902145	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
27902129--27902432	55	5.3	54	77	16	326	46	5	9	37	1.61
27902184--27902210	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
27902232--27902266	18	1.9	18	94	0	61	51	2	8	37	1.47
27902129--27902553	121	3.6	121	91	6	726	47	5	10	37	1.60
27902194--27902607	111	3.6	111	88	8	620	47	5	10	37	1.60
27902294--27902377	18	4.6	18	70	11	62	51	4	7	36	1.51
27902129--27902607	232	2.1	231	93	2	811	46	5	10	37	1.62
27902416--27902442	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
27902464--27902498	18	1.9	18	100	0	70	51	2	11	34	1.53
27902471--27902607	55	2.5	55	97	0	256	44	5	12	37	1.66
27902615--27902656	18	2.3	18	95	0	75	28	0	23	47	1.52
27902633--27902760	29	4.9	26	74	16	115	27	0	26	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27902605--27902795	47	4.1	46	80	9	235	27	0	25	47	1.53
27902662--27902702	17	2.3	18	87	8	66	29	0	21	48	1.50
27902602--27902795	93	2.1	91	83	7	239	28	0	24	46	1.53
27902602--27902733	46	2.8	46	94	1	228	28	0	25	46	1.53
27902633--27902780	75	2.0	76	94	1	262	27	0	25	47	1.52
27902736--27902837	18	5.8	18	94	3	172	29	0	20	50	1.49
27902736--27902837	35	2.9	36	92	4	172	29	0	20	50	1.49
27902736--27902837	53	1.9	53	95	0	186	29	0	20	50	1.49
27902833--27902896	25	2.5	26	87	2	103	37	12	1	48	1.51
27903305--27903339	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
27903991--27904015	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
27905096--27905161	33	2.1	30	91	8	105	68	0	0	31	0.90
27905186--27905269	29	3.1	29	62	22	74	41	0	28	29	1.56
27905163--27905275	51	2.2	51	96	0	208	41	0	30	28	1.56
27905247--27905311	22	3.0	22	90	2	96	44	0	32	23	1.53
27906235--27906706	158	3.1	153	81	8	516	43	8	5	43	1.57
27909791--27909853	25	2.6	25	92	2	101	60	1	1	36	1.16
27913655--27913829	46	3.8	46	87	1	228	36	9	24	29	1.87
27916419--27916459	16	2.6	16	100	0	82	39	29	19	12	1.88
27924549--27924578	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
27926158--27926223	27	2.3	31	82	10	77	59	10	0	30	1.31
27926827--27926861	17	2.0	18	88	5	54	31	8	11	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27929386--27929425	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
27930006--27930241	21	11.0	21	86	8	316	44	35	0	20	1.52
27930006--27930241	43	5.5	41	82	9	285	44	35	0	20	1.52
27929985--27930169	21	8.0	27	72	22	99	43	36	0	20	1.52
27929969--27930233	64	4.1	64	79	11	247	43	35	0	21	1.53
27929985--27930237	110	2.3	112	89	4	413	43	35	0	20	1.52
27930006--27930241	131	1.8	131	94	0	411	44	35	0	20	1.52
27940832--27941379	74	7.2	76	88	2	726	27	17	20	33	1.96
27940832--27941379	155	3.6	153	88	3	766	27	17	20	33	1.96
27941524--27941677	30	5.2	30	80	3	143	38	19	1	40	1.63
27941526--27941677	59	2.6	59	81	4	171	38	19	1	40	1.63
27942222--27942293	25	3.0	24	82	8	92	76	0	19	4	0.95
27942235--27942292	14	4.6	13	75	14	59	81	0	17	1	0.78
27942562--27942599	15	2.4	17	83	16	55	76	0	21	2	0.91
27942562--27942606	16	3.0	14	81	15	54	73	0	24	2	0.95
27942720--27942766	6	8.2	6	83	4	53	23	0	2	74	0.93
27942722--27942764	5	7.8	5	82	17	50	20	0	2	76	0.89
27943686--27943754	35	2.0	34	88	8	104	49	0	4	46	1.21
27944422--27944476	24	2.4	22	80	19	60	58	0	3	38	1.16
27949756--27949865	37	3.0	36	75	19	104	52	2	3	40	1.33
27951250--27951604	177	2.0	178	93	0	604	28	16	13	41	1.86
27954630--27954671	21	2.0	21	95	0	75	30	16	33	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27955691--27955747	30	1.9	30	92	7	98	47	8	5	38	1.57
27955958--27956046	19	4.6	19	72	9	65	61	2	2	33	1.20
27955965--27956046	38	2.2	38	82	8	96	62	2	2	32	1.22
27955931--27956008	29	2.8	29	79	7	83	64	2	1	32	1.15
27956663--27956707	21	2.1	21	87	0	63	55	2	2	40	1.24
27956669--27956734	20	3.3	20	75	16	66	48	4	3	43	1.38
27956760--27956791	16	1.9	17	93	6	57	65	6	0	28	1.16
27961464--27961521	9	6.2	9	84	7	80	22	10	27	39	1.86
27961461--27961523	20	3.2	20	84	8	94	22	9	25	42	1.83
27962573--27962614	6	7.0	6	100	0	84	83	0	0	16	0.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172