genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15839837--15840578	370	2.0	367	89	8	1139	32	23	17	26	1.97
15839535--15840876	662	2.0	674	93	5	2296	32	23	18	25	1.97
15840213--15842513	295	7.8	302	92	6	3871	32	23	19	23	1.97
15842404--15842629	116	2.0	114	92	3	373	32	24	22	20	1.98
15842620--15842890	139	2.0	134	94	5	472	26	25	18	28	1.98
15842752--15843973	294	4.1	299	93	5	2100	32	23	19	24	1.98
15843972--15850378	301	21.1	302	87	7	8751	32	24	19	24	1.97
15848391--15848696	153	2.0	152	94	1	533	26	24	18	30	1.98
15850308--15850446	68	2.0	70	95	2	255	23	28	17	30	1.97
15850691--15851106	206	2.0	207	92	3	705	37	21	17	23	1.94
15850900--15859957	302	30.1	302	97	2	17046	32	24	19	24	1.98
15843972--15850901	600	11.3	604	88	6	9992	32	24	19	24	1.97
15850900--15859957	605	15.1	604	97	1	17046	32	24	19	24	1.98
15859751--15860173	217	2.0	216	99	0	828	29	25	22	22	1.99
15859449--15860475	519	2.0	518	99	0	2036	30	24	20	23	1.99
15859968--15884423	302	81.1	302	99	0	48425	31	24	19	24	1.98
15859968--15897482	604	63.2	604	92	5	62502	32	24	19	24	1.97
15859968--15897482	906	42.2	906	92	5	62502	32	24	19	24	1.97
15884444--15897482	287	45.2	295	81	15	13643	33	23	18	25	1.97
15897478--15902199	311	15.0	303	70	20	2281	24	18	23	32	1.97
15897478--15899206	310	5.6	301	80	14	1878	25	18	23	32	1.97
15902913--15903280	195	1.9	193	82	5	456	38	19	16	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15903712--15904467	304	2.5	302	86	1	1019	35	21	15	28	1.93
15904521--15905833	283	4.5	281	80	8	1175	33	21	16	27	1.95
15905078--15905835	303	2.5	300	87	3	1054	34	22	15	27	1.94
15905648--15906015	194	1.9	194	81	3	445	38	18	16	26	1.92
15905896--15907469	285	5.4	280	79	9	1643	33	21	18	27	1.96
15905896--15907465	588	2.7	587	89	2	2355	33	21	18	27	1.96
15906954--15909081	512	4.0	511	77	11	2216	33	20	17	28	1.95
15908565--15909465	286	3.0	294	82	7	1128	31	20	19	28	1.97
15909549--15909578	14	2.2	14	94	5	53	53	0	0	46	1.00
15911273--15911298	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
15916293--15916322	14	2.2	14	94	5	53	53	0	0	46	1.00
15917492--15917569	41	1.9	41	83	0	102	28	25	19	26	1.99
15918623--15918647	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
15918972--15919723	302	2.5	301	83	2	911	34	20	15	28	1.93
15919652--15919795	72	2.0	72	94	0	252	44	15	7	31	1.75
15919353--15920087	375	2.0	374	86	3	1030	37	20	13	29	1.91
15920199--15920973	302	2.6	301	83	2	971	33	20	18	28	1.96
15921079--15921793	284	2.4	283	80	10	771	32	21	18	27	1.97
15921658--15921932	141	2.0	141	83	5	351	36	21	18	24	1.95
15921809--15922832	303	3.4	303	84	2	1319	33	21	17	28	1.96
15922927--15923495	284	2.0	282	84	4	743	32	22	18	26	1.97
15923670--15924367	302	2.3	301	84	3	884	34	20	16	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15924296--15924439	72	2.0	72	94	0	252	43	14	8	34	1.76
15923997--15924731	375	2.0	374	88	1	1105	36	20	13	29	1.91
15924871--15925622	304	2.5	302	85	2	977	34	20	17	27	1.95
15925398--15925848	227	2.0	226	87	4	651	37	19	14	28	1.91
15925088--15926130	530	2.0	512	87	4	1478	34	20	16	28	1.95
15925999--15927034	303	3.4	302	88	3	1465	34	21	16	27	1.94
15926567--15927554	497	2.0	495	84	5	1278	35	20	17	27	1.94
15927064--15930567	302	11.6	302	84	3	4256	32	21	18	28	1.96
15928603--15930567	605	3.2	606	97	0	3600	31	21	18	28	1.97
15930380--15930760	195	1.9	195	84	6	504	37	20	17	24	1.94
15930574--15931499	303	3.1	301	81	4	1119	33	21	17	27	1.96
15931289--15931705	206	2.0	206	88	0	620	25	25	22	26	2.00
15931992--15933630	303	5.5	303	83	5	1999	33	21	17	27	1.96
15931708--15933637	890	2.2	874	83	5	2450	33	21	17	27	1.96
15932902--15933630	284	2.5	283	85	7	903	33	21	18	25	1.96
15933451--15933829	195	1.9	194	86	4	530	37	20	16	25	1.93
15933646--15935825	303	7.2	300	84	4	2573	33	21	17	27	1.95
15932876--15934440	801	2.0	781	84	6	2053	34	21	17	26	1.96
15938840--15940684	27	68.7	27	82	1	1774	45	20	17	16	1.86
15938840--15940683	215	8.6	213	81	6	1787	45	20	17	16	1.86
15941059--15941197	28	5.0	28	84	3	163	25	20	24	29	1.99
15942168--15942219	26	2.0	26	100	0	104	38	23	15	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15944935--15944975	21	2.0	21	85	0	55	51	7	17	24	1.70
15952977--15953025	18	2.7	19	78	9	57	57	4	32	6	1.42
15952993--15953023	9	3.4	9	95	0	53	54	3	35	6	1.42
15979795--15979897	40	2.5	41	87	1	145	33	18	30	18	1.95
15979795--15979860	21	3.2	21	70	8	64	30	18	34	16	1.93
15997419--15997519	42	2.4	42	94	0	175	41	24	10	22	1.86
16015544--16015576	15	2.2	15	100	0	66	60	6	6	27	1.44
16015534--16015576	15	2.9	16	89	6	56	62	6	4	25	1.40
16027930--16027959	12	2.5	12	94	0	51	23	26	43	6	1.78
16034373--16034468	26	3.6	27	78	9	99	43	8	20	27	1.80
16037167--16037276	25	4.4	25	86	6	152	31	20	24	22	1.98
16049641--16049688	25	1.9	25	82	0	60	25	22	27	25	2.00
16049650--16049698	25	2.0	25	84	8	64	26	18	28	26	1.98
16053484--16054079	47	12.6	47	93	3	887	28	29	9	32	1.88
16053484--16054079	96	6.3	94	93	1	887	28	29	9	32	1.88
16055526--16055645	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
16056641--16056691	22	2.3	23	83	16	72	50	7	0	41	1.31
16057186--16057415	116	2.0	116	91	1	372	40	18	14	25	1.89
16057879--16057909	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
16066159--16066209	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
16070298--16070379	39	2.1	40	90	2	130	8	18	0	73	1.08
16070286--16070379	12	7.8	12	71	14	68	8	19	0	72	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16070283--16070356	6	13.0	6	76	8	57	5	21	0	72	1.04
16071439--16071522	37	2.2	38	89	2	125	22	14	0	63	1.31
16071492--16071530	20	1.9	21	89	5	62	15	7	0	76	0.99
16072810--16072877	28	2.5	27	80	7	75	47	11	13	27	1.78
16082248--16082305	8	6.9	8	80	16	64	31	0	0	68	0.89
16082252--16082303	19	2.8	19	88	5	72	32	0	0	67	0.91
16082603--16082658	29	1.9	29	88	0	85	41	3	14	41	1.63
16088079--16088217	39	3.5	39	86	7	158	35	17	26	20	1.95
16094259--16094314	26	2.2	26	86	0	76	25	14	17	42	1.87
16095687--16095730	22	2.0	22	82	8	54	34	0	6	59	1.24
16101647--16101692	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
16105030--16105263	79	3.0	79	91	0	387	20	20	38	20	1.93
16105670--16105731	30	2.1	30	84	6	81	51	8	8	32	1.60
16123456--16123670	95	2.3	95	95	1	378	40	18	6	34	1.76
16128194--16128256	22	2.9	21	76	9	63	36	44	3	15	1.63
16129167--16129287	48	2.5	49	85	2	147	19	21	23	35	1.96
16138390--16138433	23	1.9	23	81	9	54	25	15	0	59	1.37
16138669--16138733	22	3.0	22	81	0	76	36	47	1	13	1.53
16141397--16141428	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
16141558--16141651	45	2.1	45	89	0	143	29	24	19	26	1.98
16141657--16141843	51	3.7	50	74	9	182	32	26	16	25	1.96
16141655--16141839	101	1.8	101	87	5	275	32	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16141650--16141873	101	2.2	101	80	7	258	31	27	15	26	1.96
16152980--16153600	310	2.0	309	94	2	1104	42	11	13	32	1.80
16155142--16155506	104	3.5	104	92	4	598	30	30	20	18	1.97
16155383--16155435	26	2.0	26	96	0	97	28	33	22	15	1.94
16155826--16155889	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
16155833--16155889	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
16162711--16163070	104	3.6	102	91	6	565	30	29	20	19	1.97
16162948--16162997	25	2.0	25	96	0	91	30	32	24	14	1.94
16170356--16170404	26	1.9	25	95	0	80	30	34	24	10	1.89
16170222--16170581	101	3.6	102	90	4	543	31	29	20	18	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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