genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21691955--21692364	47	8.7	47	96	2	709	30	30	8	31	1.87
21704286--21704483	50	3.8	53	80	5	165	28	21	28	22	1.99
21707813--21707865	27	2.0	26	82	10	63	33	26	16	22	1.96
21707818--21707925	28	3.9	28	77	1	92	29	22	14	33	1.94
21717963--21718011	25	2.0	25	88	8	73	46	0	2	51	1.12
21718138--21718171	17	2.0	17	88	11	52	8	2	23	64	1.36
21719903--21719930	13	2.2	13	100	0	56	25	7	21	46	1.76
21719962--21720015	21	2.6	21	73	2	56	33	1	12	51	1.51
21721736--21721762	6	4.5	6	100	0	54	81	0	0	18	0.69
21730176--21730396	80	2.8	80	80	7	202	27	27	20	24	1.99
21730216--21730396	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
21730213--21730396	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
21738075--21738295	80	2.8	80	80	7	202	27	27	20	24	1.99
21738115--21738295	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
21738112--21738295	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
21739300--21739324	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
21740624--21740702	3	26.3	3	94	0	140	0	30	0	69	0.89
21740893--21740936	22	2.0	22	83	16	56	36	9	18	36	1.82
21740969--21741030	31	2.0	31	96	0	115	37	6	27	29	1.82
21769689--21769939	40	6.3	40	88	3	319	23	19	27	29	1.98
21772865--21772911	21	2.2	21	88	0	67	25	44	14	14	1.84
21780819--21781049	48	4.8	48	97	0	444	50	5	7	35	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21784428--21784475	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
21784293--21784500	92	2.3	91	86	5	278	46	3	3	46	1.37
21784554--21784764	66	3.4	63	69	21	192	41	3	6	48	1.44
21784516--21784808	120	2.4	120	94	3	502	42	2	4	49	1.38
21784641--21784692	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
21784770--21784811	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21784761--21784802	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21784861--21784895	6	5.8	6	100	0	70	68	14	0	17	1.21
21784955--21785064	45	2.7	40	78	8	105	33	28	5	32	1.80
21788578--21788614	14	2.5	15	82	8	58	45	0	0	54	1.00
21789272--21789419	35	4.2	35	81	3	163	28	27	18	25	1.98
21796205--21796400	27	7.3	27	79	0	185	19	17	21	40	1.92
21798742--21798792	18	2.6	20	78	12	61	31	3	0	64	1.11
21801745--21801778	13	2.6	13	86	13	52	44	0	0	55	0.99
21803477--21803537	28	2.2	27	82	8	70	42	0	1	55	1.09
21806126--21806150	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
21809486--21809617	68	1.9	69	84	7	180	46	3	6	43	1.48
21810499--21810566	31	2.2	31	97	2	127	19	5	29	45	1.73
21811212--21811383	41	4.2	41	91	0	245	53	6	19	20	1.67
21828316--21828366	9	5.4	9	82	13	59	62	1	0	35	1.06
21828788--21828824	19	1.9	19	88	0	56	48	5	2	43	1.40
21830636--21830701	7	8.6	7	76	18	53	43	1	1	53	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21830639--21830704	8	8.4	8	73	18	50	45	1	1	51	1.19
21830636--21830704	27	2.5	26	76	23	79	44	1	1	52	1.19
21830712--21830795	11	7.5	11	71	9	53	70	4	22	2	1.18
21830729--21830787	29	2.0	29	80	6	66	69	5	23	1	1.18
21831669--21831748	41	2.0	41	94	0	142	32	16	16	35	1.91
21833608--21833634	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
21834987--21835277	50	5.8	49	80	4	260	28	20	27	23	1.99
21837420--21837451	3	11.3	3	87	12	50	31	0	0	68	0.90
21839237--21839294	31	1.9	31	89	3	91	46	10	8	34	1.69
21839588--21839636	26	1.9	26	84	12	66	59	6	2	32	1.34
21839613--21839761	40	3.7	39	84	10	185	63	0	2	34	1.11
21842941--21843290	124	2.8	124	94	0	612	29	16	21	33	1.95
21845141--21845166	12	2.2	12	100	0	52	7	23	15	53	1.67
21846456--21846546	45	2.0	45	97	0	173	46	10	5	37	1.63
21846528--21846683	55	2.8	55	92	2	242	44	5	11	38	1.63
21846678--21847503	58	15.4	58	70	20	552	30	0	22	46	1.53
21846738--21847107	101	3.8	98	73	16	282	29	0	23	46	1.55
21846709--21847083	130	2.8	130	83	7	450	30	0	22	46	1.54
21846678--21847483	188	4.2	190	82	10	767	30	0	23	46	1.54
21847061--21847400	130	2.6	129	95	0	599	31	0	22	46	1.52
21847120--21847472	72	4.7	72	73	18	317	32	0	20	46	1.51
21847278--21847445	43	3.6	43	72	20	165	35	0	17	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21847326--21847402	28	2.7	28	93	2	136	29	0	20	49	1.49
21847221--21847534	101	3.1	101	97	0	585	32	0	20	46	1.51
21846678--21847504	29	31.0	27	74	18	487	30	0	22	46	1.54
21847061--21847501	130	3.4	128	84	10	492	31	0	22	46	1.52
21847983--21848022	18	2.2	18	86	0	53	40	7	30	22	1.81
21849758--21849821	31	2.1	31	96	0	119	64	0	1	34	1.03
21849758--21849809	10	5.1	10	76	4	50	67	0	1	30	1.02
21849812--21849937	51	2.5	51	90	1	189	44	0	25	29	1.60
21852986--21853045	24	2.5	24	76	10	61	60	5	6	28	1.43
21861129--21861180	22	2.4	22	87	3	70	15	13	13	57	1.65
21861129--21861162	15	2.4	14	95	5	59	14	14	11	58	1.63
21861129--21861162	7	4.7	7	92	7	59	14	14	11	58	1.63
21861792--21861889	17	5.4	17	64	13	52	32	4	14	48	1.62
21861787--21861970	37	4.9	37	93	1	305	33	4	14	47	1.65
21861787--21861970	75	2.5	75	92	0	316	33	4	14	47	1.65
21861970--21862088	9	13.4	9	81	1	143	34	7	23	34	1.83
21861970--21862088	27	4.5	27	85	3	161	34	7	23	34	1.83
21862573--21862694	36	3.3	36	73	8	127	33	25	18	22	1.97
21862543--21862741	76	2.6	76	89	1	281	35	22	18	23	1.95
21869626--21869689	20	3.2	20	93	2	101	42	7	15	34	1.76
21875196--21875230	19	1.9	19	88	11	56	45	5	5	42	1.51
21877339--21877398	30	2.0	30	96	0	111	30	8	23	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21878449--21878602	77	2.0	76	98	1	299	23	14	11	50	1.75
21878469--21878590	38	3.2	38	67	26	112	22	13	11	52	1.72
21879886--21879920	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
21886546--21886574	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
21888005--21888047	22	2.0	20	82	8	50	55	4	0	39	1.20
21888040--21888100	27	2.3	26	83	11	70	47	3	1	47	1.28
21888300--21888353	17	3.1	17	83	2	54	44	3	1	50	1.30
21888497--21888541	20	2.1	21	80	19	58	55	15	0	28	1.41
21888497--21888541	21	2.1	21	84	8	56	55	15	0	28	1.41
21902295--21902408	42	2.7	42	84	1	138	24	25	30	19	1.98
21902476--21902506	13	2.4	13	94	0	53	22	25	38	12	1.90
21917798--21917923	27	4.6	28	73	7	91	42	23	10	24	1.85
21917798--21917923	54	2.3	55	74	17	129	42	23	10	24	1.85
21918478--21918548	27	2.7	26	75	16	65	28	12	29	29	1.93
21919263--21919289	6	4.5	6	100	0	54	14	29	0	55	1.40
21931932--21931967	16	2.2	16	100	0	72	19	25	16	38	1.92
21936703--21936991	143	2.0	143	96	0	533	40	11	20	27	1.86
21939796--21939858	26	2.5	26	89	2	92	46	14	6	33	1.70
21945062--21945162	27	3.8	27	85	2	123	40	13	22	22	1.90
21957177--21957216	3	13.7	3	94	5	73	32	0	0	67	0.91
21957364--21957427	22	3.0	20	72	20	58	43	7	0	48	1.32
21957364--21957433	21	3.2	21	70	27	56	45	7	0	47	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21964434--21964463	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
21973098--21973156	30	2.0	30	83	6	75	50	11	6	30	1.65
21977259--21977300	13	3.0	14	83	16	52	14	7	2	76	1.10
21979352--21979397	23	2.0	24	87	12	69	65	6	0	28	1.17
21985982--21986072	44	2.0	46	85	8	125	32	3	26	37	1.73
21987950--21988024	37	2.0	37	94	0	132	34	28	9	28	1.88
21989220--21989253	17	2.0	17	88	0	50	64	5	2	26	1.30
21991205--21991242	17	2.2	17	90	0	58	71	2	15	10	1.25
21993784--21994099	138	2.3	138	90	2	474	47	4	6	42	1.49
21994019--21994183	85	2.0	84	91	3	269	49	6	8	36	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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