genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28210336--28210425	41	2.2	41	86	4	119	31	32	22	14	1.94
28214542--28214582	20	2.1	18	86	13	55	63	4	0	31	1.15
28215247--28215314	21	3.0	24	77	14	72	39	13	5	41	1.68
28215270--28215366	21	4.7	21	92	2	153	39	11	9	40	1.73
28218930--28218971	16	2.5	18	77	14	54	45	2	2	50	1.27
28222530--28222575	11	4.2	11	91	0	74	17	32	2	47	1.60
28222530--28222591	22	2.8	22	85	9	74	20	32	1	45	1.61
28222564--28222641	40	2.0	40	89	5	122	26	28	0	44	1.54
28222530--28222593	11	5.8	12	83	10	59	21	31	1	45	1.62
28223782--28223806	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
28224452--28224494	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
28225916--28225953	15	2.6	15	91	4	60	44	34	0	21	1.52
28238249--28238295	17	2.8	17	71	12	51	74	0	21	4	0.99
28241949--28242002	25	2.2	25	86	6	74	24	14	3	57	1.54
28243713--28243756	7	6.3	7	82	17	56	68	0	15	15	1.22
28243713--28243756	21	2.1	21	91	0	70	68	0	15	15	1.22
28244997--28245573	88	6.5	88	81	2	528	28	23	24	23	2.00
28244992--28245573	176	3.3	174	83	3	646	28	23	24	23	1.99
28244997--28245573	264	2.2	265	80	1	627	28	23	24	23	2.00
28247441--28247497	3	19.0	3	80	7	53	33	5	3	57	1.38
28247536--28247610	20	3.5	20	72	19	69	25	5	6	62	1.41
28249331--28249366	17	2.1	17	100	0	72	41	19	11	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28266827--28266861	18	1.9	18	88	0	52	28	17	11	42	1.83
28277150--28277286	32	4.3	32	83	0	159	37	21	21	19	1.95
28277295--28277344	26	1.9	26	91	0	82	34	26	22	18	1.96
28277460--28277564	24	4.4	24	80	7	97	44	23	8	22	1.80
28277472--28277567	24	4.0	24	80	8	106	45	22	7	23	1.77
28277585--28277709	27	4.8	26	72	14	96	23	18	20	37	1.94
28277590--28277744	77	2.0	77	81	7	181	20	19	20	39	1.93
28277647--28277691	23	2.0	23	86	8	65	22	20	24	33	1.97
28277706--28277847	27	5.3	27	79	5	146	21	19	17	42	1.90
28283526--28283580	5	11.0	5	100	0	110	0	20	0	80	0.72
28286033--28286073	19	2.1	20	86	4	57	56	4	9	29	1.53
28286523--28286661	40	3.5	40	72	8	124	29	17	23	29	1.97
28304847--28304898	28	2.0	25	85	11	68	51	3	5	38	1.44
28309345--28309375	11	2.8	11	100	0	62	9	16	16	58	1.63
28314418--28314599	90	2.0	90	98	0	355	41	11	22	24	1.87
28317374--28317407	18	1.9	17	88	5	50	70	0	5	23	1.09
28332627--28332818	104	1.8	105	86	4	278	23	17	10	47	1.80
28333390--28333950	132	4.2	132	92	0	845	27	16	25	30	1.96
28333286--28333621	177	1.9	177	95	1	602	26	16	26	30	1.97
28333286--28333732	177	2.5	177	86	3	526	26	16	26	30	1.97
28333286--28333946	44	15.0	45	76	5	537	28	15	25	30	1.96
28333983--28334077	40	2.3	40	85	7	109	32	17	21	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28333998--28334077	40	2.0	42	92	5	137	31	21	18	28	1.97
28336107--28336155	2	24.5	2	87	0	71	42	0	6	51	1.27
28338670--28338858	91	2.1	91	85	2	263	43	12	11	32	1.78
28339893--28340028	66	2.1	65	95	1	245	27	19	14	37	1.91
28345282--28345358	28	2.5	28	82	17	84	50	1	2	45	1.23
28347999--28348026	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
28354287--28354317	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
28355407--28355476	29	2.4	29	81	13	81	35	0	0	64	0.94
28355417--28355475	30	1.9	31	86	6	84	38	0	0	61	0.96
28358454--28358539	43	2.0	43	86	0	118	54	0	19	25	1.44
28359961--28360054	49	1.9	49	91	0	152	43	8	24	23	1.81
28361526--28361590	21	3.1	21	70	16	55	58	9	1	30	1.39
28363165--28363230	26	2.5	26	75	0	69	33	4	24	37	1.76
28363269--28363321	13	4.1	13	82	0	70	33	7	22	35	1.83
28363261--28363321	26	2.4	25	78	10	70	34	8	21	36	1.83
28369767--28369804	18	2.1	19	85	5	51	36	7	10	44	1.68
28370348--28370424	31	2.5	31	79	8	93	28	15	10	45	1.79
28370618--28370663	24	2.0	23	86	4	65	28	4	2	65	1.23
28371068--28371157	30	2.9	31	73	15	96	57	8	4	28	1.48
28371506--28371592	19	4.7	19	70	23	78	29	10	13	45	1.77
28371488--28371607	54	2.2	54	88	2	179	32	10	15	42	1.79
28375026--28375051	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28381370--28381422	19	2.7	21	83	13	69	30	22	7	39	1.82
28394255--28394582	51	6.8	49	67	18	154	31	19	19	29	1.96
28394439--28394710	50	5.6	49	69	13	150	32	20	19	27	1.97
28394267--28394537	94	2.9	93	79	8	302	32	18	20	28	1.96
28394398--28394710	145	2.2	145	91	0	502	32	20	19	27	1.97
28396464--28396513	21	2.2	23	83	16	61	22	12	6	60	1.53
28399566--28399602	20	2.0	20	84	10	51	27	0	5	67	1.12
28399911--28399951	21	1.9	22	85	5	57	39	17	2	41	1.62
28403046--28403084	21	1.9	20	84	5	51	25	15	33	25	1.95
28403079--28403144	28	2.4	28	79	2	71	24	9	33	33	1.87
28403115--28403159	21	2.1	21	84	8	56	28	6	33	31	1.83
28403120--28403175	21	2.7	21	81	8	53	32	10	26	30	1.90
28416647--28416715	25	2.8	24	78	6	75	15	26	18	39	1.91
28422315--28422358	21	2.1	21	86	0	61	15	20	47	15	1.82
28426144--28426216	37	1.9	38	83	2	94	28	13	19	38	1.90
28429147--28429747	31	19.6	31	71	11	339	45	15	5	32	1.71
28429150--28429839	92	7.5	92	92	0	1074	44	16	6	32	1.73
28432985--28433074	38	2.4	36	78	15	101	42	8	14	34	1.77
28433594--28433669	21	3.6	21	71	3	64	35	15	19	28	1.93
28436174--28436229	28	2.0	28	100	0	112	28	10	28	32	1.90
28438100--28438155	28	2.0	28	100	0	112	42	25	14	17	1.87
28442905--28442962	26	2.2	26	81	9	64	39	0	1	58	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28446715--28446861	54	2.6	54	86	8	179	45	14	14	25	1.83
28448969--28449169	27	7.3	27	82	3	197	42	22	15	18	1.88
28448969--28449169	55	3.7	55	82	2	242	42	22	15	18	1.88
28449344--28449397	26	2.1	26	92	0	90	18	20	24	37	1.94
28455831--28455888	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
28456100--28456131	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
28456226--28456467	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
28456226--28456475	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
28463424--28463481	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
28463693--28463724	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
28463819--28464060	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
28463819--28464068	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
28470619--28470657	18	2.1	18	90	4	60	38	7	5	48	1.54
28476023--28476049	11	2.5	11	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28479273--28479317	20	2.2	20	88	0	63	31	6	8	53	1.58
28483014--28483222	72	2.9	73	91	1	339	34	17	18	29	1.94
28483710--28483736	7	3.9	7	100	0	54	59	0	11	29	1.32
28489701--28490234	100	5.4	100	86	3	684	26	18	21	33	1.96
28489752--28490240	50	9.8	50	72	5	373	25	20	21	32	1.97
28492019--28492059	20	2.0	21	86	13	59	36	4	0	58	1.20
28501148--28501777	45	14.4	45	73	11	402	31	19	22	26	1.98
28501314--28501786	174	2.7	171	75	9	459	32	19	22	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28512130--28512507	50	7.6	50	78	3	393	27	16	21	33	1.95
28512148--28512559	150	2.8	149	88	0	608	26	18	20	34	1.96
28512128--28512575	50	9.0	49	76	4	351	26	17	21	34	1.96
28512697--28512935	50	4.8	50	76	6	236	24	20	21	33	1.97
28512430--28513447	361	2.8	361	96	0	1851	25	23	19	31	1.98
28512697--28512935	100	2.4	99	89	1	354	24	20	21	33	1.97
28513058--28513291	50	4.7	50	78	4	231	25	20	21	32	1.97
28513057--28513295	100	2.4	99	87	0	325	25	20	20	33	1.97
28513109--28513313	50	4.1	49	71	11	141	26	20	20	31	1.98
28527436--28527992	45	12.7	43	74	10	291	30	19	23	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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