genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22836348--22836671	44	7.4	45	66	16	124	29	23	18	29	1.97
22837873--22837911	7	5.6	7	85	11	53	15	12	0	71	1.14
22840758--22840803	19	2.4	19	85	7	58	45	8	21	23	1.80
22841226--22841261	17	2.1	17	89	0	54	41	19	19	19	1.90
22842620--22842651	7	4.4	7	96	4	55	53	0	12	34	1.39
22842814--22842856	3	14.3	3	83	9	52	60	0	4	34	1.17
22845404--22845428	13	1.9	13	100	0	50	16	0	24	60	1.36
22852131--22852166	19	1.9	19	88	5	56	72	2	0	25	0.98
22853118--22853215	49	2.0	50	88	6	146	33	4	26	35	1.76
22853372--22853407	18	2.0	18	94	0	63	63	0	0	36	0.94
22856083--22856120	15	2.5	15	91	0	58	10	31	21	36	1.87
22863300--22863353	26	2.1	26	100	0	108	33	24	0	42	1.55
22863365--22863433	15	4.6	15	81	0	75	30	23	7	39	1.82
22869406--22869763	71	5.0	70	79	4	331	31	21	22	24	1.98
22869406--22869706	36	8.5	36	68	7	159	31	21	22	24	1.98
22869409--22869763	142	2.5	143	83	2	421	31	21	22	24	1.98
22871689--22871793	54	1.9	54	82	0	129	24	30	21	22	1.99
22875179--22875235	28	2.0	28	93	6	98	36	17	17	28	1.93
22881718--22881762	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
22882342--22882568	42	5.5	42	86	4	266	29	19	23	28	1.98
22888075--22888100	12	2.2	12	100	0	52	57	19	7	15	1.62
22888134--22888203	15	4.5	15	75	8	52	30	22	2	44	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22892040--22892079	20	2.0	20	85	0	53	45	2	2	50	1.28
22894280--22894315	16	2.1	16	90	10	54	55	0	0	44	0.99
22895415--22895450	16	2.1	16	90	10	54	44	0	0	55	0.99
22900573--22901100	95	5.6	95	84	0	637	31	17	13	37	1.89
22900573--22901133	284	2.0	284	84	1	730	31	17	13	37	1.89
22901044--22901356	131	2.4	131	82	0	383	31	15	13	38	1.86
22907226--22907278	2	26.5	2	100	0	106	49	0	50	0	1.00
22912206--22912234	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
22917282--22917425	71	2.0	73	85	9	197	22	0	15	61	1.33
22917361--22917593	102	2.4	94	79	15	285	27	0	15	56	1.42
22922503--22922576	25	2.9	26	76	15	73	44	8	18	28	1.78
22930494--22930537	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
22930604--22930780	66	2.9	59	87	11	273	45	9	5	40	1.59
22930634--22930784	66	2.3	66	97	2	284	48	9	3	38	1.54
22930889--22930940	5	10.0	5	83	8	68	7	57	34	0	1.27
22930889--22930940	21	2.5	21	100	0	104	7	57	34	0	1.27
22940337--22940374	2	19.0	2	94	0	67	0	50	2	47	1.15
22949352--22949716	188	2.0	186	86	1	514	32	18	22	27	1.97
22949531--22949828	114	2.6	111	80	7	325	30	18	22	28	1.97
22949578--22949828	112	2.2	113	81	5	285	29	18	23	28	1.98
22949350--22950127	300	2.6	299	88	1	1153	30	17	23	27	1.97
22949653--22950016	186	2.0	186	83	3	473	29	17	24	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22949731--22949902	73	2.3	73	82	3	193	29	18	23	29	1.97
22949836--22950269	114	3.8	115	86	4	508	28	18	24	28	1.98
22950290--22950364	16	4.5	17	93	3	127	33	0	9	57	1.31
22950290--22950364	33	2.3	33	93	4	125	33	0	9	57	1.31
22950605--22950646	14	2.9	14	89	3	57	16	0	35	47	1.47
22953089--22953758	246	2.7	249	94	2	1177	47	10	8	34	1.67
22953787--22954016	9	26.0	9	72	15	176	46	21	0	31	1.58
22953791--22953976	79	2.4	79	95	1	331	46	20	0	31	1.55
22958315--22958369	28	1.9	29	85	3	76	18	43	1	36	1.61
22961539--22961763	43	5.3	43	83	3	294	26	18	28	27	1.98
22962966--22963062	49	1.9	52	87	10	148	44	8	16	30	1.77
22962968--22963078	49	2.2	51	82	7	129	45	9	15	30	1.77
22964017--22964091	38	1.9	39	89	5	116	37	20	10	32	1.87
22968255--22968293	18	2.1	19	86	13	55	48	15	12	23	1.79
22970117--22970141	11	2.3	11	100	0	50	28	32	12	28	1.92
22980448--22980503	17	3.2	17	84	5	67	44	14	3	37	1.62
22981576--22981620	16	2.9	16	93	6	76	57	6	0	35	1.25
22987734--22987803	36	2.0	36	91	2	115	25	7	20	47	1.75
22994048--22994322	131	2.1	131	97	0	523	34	17	15	32	1.91
22998423--22998472	6	8.2	6	84	4	64	46	14	20	20	1.84
22998453--22998556	45	2.3	45	86	0	145	42	16	17	24	1.88
22998756--22998843	40	2.2	41	87	2	124	40	20	7	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22998756--22998823	21	3.3	21	68	15	61	38	20	8	32	1.84
22999105--22999131	13	2.1	13	100	0	54	0	22	0	77	0.76
22999155--22999190	4	8.5	4	88	11	54	0	22	2	75	0.94
23000142--23000195	3	18.3	3	96	3	101	0	31	0	68	0.90
23001801--23001885	21	4.0	21	80	7	100	36	23	22	17	1.95
23001801--23001885	44	2.0	41	84	6	107	36	23	22	17	1.95
23003014--23003039	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
23005437--23005501	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
23005688--23005847	38	4.2	38	86	0	230	20	18	27	33	1.96
23008220--23008252	12	2.8	12	90	0	57	12	24	39	24	1.89
23009904--23009953	26	1.9	26	95	0	91	40	4	4	52	1.39
23011201--23011235	18	1.9	18	100	0	70	34	11	17	37	1.85
23011287--23011323	9	4.1	9	89	0	56	43	13	13	29	1.82
23013825--23013854	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
23018634--23018674	17	2.5	16	84	7	55	46	21	0	31	1.52
23021053--23021105	27	2.0	27	96	0	97	24	16	13	45	1.83
23022471--23022523	21	2.5	21	93	0	88	28	35	9	26	1.87
23024083--23024127	19	2.3	19	84	3	54	80	4	6	8	1.03
23027982--23028428	224	2.0	224	98	0	867	31	20	15	32	1.94
23031324--23031382	25	2.3	27	82	11	86	23	22	16	37	1.94
23031331--23031386	25	2.2	25	93	0	94	23	25	14	37	1.92
23031339--23031392	25	2.2	25	93	0	90	25	22	14	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23031341--23031408	25	2.9	23	84	6	84	22	25	16	36	1.94
23036162--23036263	38	2.7	38	86	3	134	38	4	8	48	1.56
23047593--23047634	22	1.9	22	95	0	75	35	2	2	59	1.23
23060190--23060272	11	7.8	12	70	18	51	25	27	1	45	1.61
23061534--23061576	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
23065070--23065155	44	2.0	44	88	0	127	24	22	26	26	2.00
23065103--23065404	126	2.4	126	88	0	469	26	21	18	33	1.96
23074139--23074536	109	3.7	109	89	1	582	35	18	15	30	1.92
23074571--23074608	20	1.9	20	84	10	51	57	2	13	26	1.49
23074861--23074894	18	1.9	18	88	5	52	52	0	14	32	1.42
23075166--23075201	3	12.3	3	88	5	56	66	2	0	30	1.06
23077092--23077136	22	2.1	21	88	8	65	51	8	0	40	1.33
23079074--23079124	23	2.2	23	86	6	68	23	9	45	21	1.82
23090641--23090667	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
23100374--23100492	27	4.4	27	87	2	159	21	15	16	46	1.84
23100374--23100491	54	2.2	54	93	3	202	21	16	16	45	1.85
23105032--23105098	25	2.7	24	86	11	82	29	17	16	35	1.92
23106748--23106799	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
23113644--23113699	24	2.3	24	93	0	94	46	7	7	39	1.59
23113655--23113706	24	2.2	24	96	0	95	50	3	5	40	1.45
23114038--23114081	22	2.0	22	86	8	63	45	38	2	13	1.56
23114495--23114545	20	2.5	21	81	12	54	41	0	3	54	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23129859--23129919	21	2.9	21	85	0	77	36	1	29	32	1.67
23129851--23129920	7	10.0	7	84	0	68	35	1	31	31	1.67
23129852--23129896	7	6.4	7	94	0	72	37	0	31	31	1.58
23136177--23136221	21	2.0	24	87	12	69	40	6	4	48	1.49
23136352--23136388	20	1.9	18	89	10	56	37	8	5	48	1.56
23142170--23142208	15	2.5	17	73	26	50	46	0	0	53	1.00
23145414--23145471	5	11.2	5	82	14	73	77	1	18	1	0.94
23145415--23145466	27	1.9	27	88	7	79	76	1	19	1	0.97
23145773--23145819	21	2.2	21	85	7	60	38	8	8	44	1.65
23156277--23156328	23	2.3	23	86	0	68	13	42	25	19	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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