genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  38  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9589734--9589768	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
9589593--9589882	119	2.4	120	95	1	519	49	4	2	43	1.35
9589965--9590044	40	2.0	40	100	0	160	50	5	2	42	1.37
9589975--9590039	20	3.2	20	66	30	57	47	6	3	43	1.43
9590386--9590410	13	1.9	13	100	0	50	20	16	8	56	1.65
9590891--9590965	29	2.6	28	87	8	116	38	18	12	30	1.87
9594479--9594523	23	1.9	24	90	4	74	62	0	6	31	1.21
9594479--9594543	25	2.7	23	85	7	76	58	1	6	33	1.32
9594982--9595051	21	3.3	21	78	7	63	61	7	0	31	1.23
9594996--9595054	23	2.7	23	80	12	63	61	5	0	33	1.18
9594996--9595060	21	3.2	19	71	24	53	61	4	0	33	1.16
9595034--9595082	21	2.6	18	84	12	62	59	0	0	40	0.98
9595010--9595102	31	2.9	31	79	10	91	53	3	0	43	1.16
9601319--9601522	109	1.8	112	82	3	261	33	11	18	36	1.87
9607525--9607792	90	3.0	89	78	5	252	53	10	7	29	1.60
9608185--9608214	11	2.6	11	94	5	51	36	3	0	60	1.14
9608198--9608247	15	3.3	15	77	5	55	30	2	0	68	1.01
9609203--9609249	19	2.2	20	85	14	60	53	2	4	40	1.32
9614527--9615158	47	13.4	47	95	0	1057	33	8	29	29	1.87
9615277--9615355	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
9623908--9623946	19	2.1	19	95	0	69	25	15	12	46	1.81
9625011--9625124	31	3.7	30	73	8	104	47	3	2	46	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9624977--9625107	61	2.1	61	88	0	190	48	3	2	45	1.33
9625072--9625130	12	4.9	12	78	15	52	44	1	1	52	1.21
9627367--9627400	10	3.2	10	88	12	50	41	17	2	38	1.65
9632280--9632331	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
9633471--9633511	20	2.0	20	85	0	55	41	7	9	41	1.66
9634937--9635023	25	3.5	25	77	1	77	28	22	25	22	1.99
9637282--9637319	3	12.3	3	88	5	58	63	2	2	31	1.22
9644538--9644575	3	12.3	3	88	5	58	63	2	2	31	1.22
9650123--9650178	30	1.9	28	85	7	76	42	1	0	55	1.10
9650227--9650281	24	2.1	28	78	18	66	36	9	7	47	1.63
9650714--9650760	20	2.4	19	82	10	58	29	4	2	63	1.25
9651338--9651393	24	2.3	23	80	14	60	58	5	5	30	1.42
9652589--9652618	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
9664074--9665561	302	4.9	302	97	0	2805	29	20	15	34	1.94
9676748--9676807	6	10.5	6	78	10	72	63	1	0	35	1.05
9676748--9676807	16	3.5	18	77	11	72	63	1	0	35	1.05
9676739--9676825	27	3.3	27	80	12	83	63	1	1	34	1.10
9680579--9680970	84	4.6	84	76	8	305	44	8	11	34	1.73
9680898--9681132	79	3.0	79	84	0	301	40	12	14	31	1.84
9681058--9681316	88	3.0	87	82	7	283	39	13	14	32	1.85
9681513--9681586	27	2.6	28	83	8	80	62	1	4	32	1.22
9706750--9706775	9	2.9	9	100	0	52	30	11	11	46	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9711866--9711895	15	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
9716261--9716287	13	2.1	13	100	0	54	62	7	0	29	1.22
9722810--9723145	123	2.7	123	87	5	478	30	15	21	33	1.94
9722795--9723145	126	2.8	125	86	4	485	30	15	20	33	1.93
9726144--9726361	116	1.9	116	94	0	382	42	8	9	39	1.67
9726417--9727102	118	5.8	117	79	15	690	29	0	22	46	1.58
9726358--9726864	140	3.6	140	90	5	769	30	1	21	45	1.60
9726397--9727130	23	31.3	23	79	15	765	29	0	22	47	1.58
9727099--9727164	29	2.2	30	83	2	89	19	0	27	53	1.46
9727190--9727276	44	2.0	45	90	2	140	49	12	0	37	1.41
9727699--9727733	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
9728386--9728411	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
9729555--9729668	51	2.2	51	95	0	201	46	0	24	28	1.53
9729638--9729695	22	2.6	22	88	2	89	39	0	29	31	1.57
9740218--9740242	12	2.1	12	100	0	50	52	16	8	24	1.70
9746148--9746247	27	3.7	27	80	5	112	34	18	29	19	1.95
9746198--9746263	27	2.4	27	79	0	69	43	19	22	13	1.86
9746150--9746263	54	2.1	54	78	0	120	37	18	25	18	1.93
9747460--9747615	23	6.8	23	89	2	242	38	17	12	31	1.87
9747460--9747688	46	4.8	46	82	12	271	38	17	12	31	1.87
9747460--9747688	69	3.2	69	85	6	278	38	17	12	31	1.87
9747583--9747648	33	2.0	33	96	0	123	39	19	9	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9747616--9747688	23	3.2	23	92	0	119	39	17	12	30	1.87
9747561--9747669	56	1.9	56	98	0	209	39	17	11	32	1.85
9747537--9747695	79	2.0	77	90	4	248	40	17	11	30	1.85
9748483--9748570	40	2.2	40	85	4	115	37	28	12	21	1.90
9754923--9755025	23	4.5	23	92	0	170	37	19	13	29	1.90
9754923--9755025	46	2.2	46	96	0	188	37	19	13	29	1.90
9761478--9761682	27	7.6	27	83	4	198	27	16	28	28	1.97
9761479--9761682	109	1.9	108	85	3	284	26	16	28	28	1.97
9769541--9769745	27	7.5	26	84	4	185	26	15	28	28	1.96
9769541--9769745	55	3.8	53	81	7	214	26	15	28	28	1.96
9769541--9769745	82	2.5	81	80	6	216	26	15	28	28	1.96
9776735--9776802	11	6.4	11	74	17	54	61	0	2	35	1.11
9776726--9776819	41	2.3	40	92	5	163	64	0	2	32	1.05
9776786--9776831	16	2.8	17	83	6	58	60	0	0	39	0.97
9781309--9781386	18	4.3	18	67	23	56	38	1	7	52	1.38
9781309--9781452	50	2.8	53	82	9	179	37	2	5	54	1.35
9781292--9781439	54	2.9	49	81	5	170	37	2	8	52	1.43
9787856--9787933	39	2.0	41	92	5	133	33	2	24	39	1.69
9794131--9794178	22	2.1	23	84	3	62	41	0	6	52	1.27
9797543--9797615	29	2.5	29	91	4	121	31	23	5	39	1.77
9803328--9803899	282	2.0	284	95	2	1042	32	12	22	31	1.92
9808377--9808453	40	1.9	40	86	0	109	24	28	3	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9809151--9809187	19	1.9	19	94	0	65	32	2	2	62	1.23
9809226--9809283	16	3.5	15	81	13	62	20	3	3	72	1.14
9809120--9809357	122	1.9	124	81	10	292	31	3	4	59	1.35
9812836--9812862	6	4.5	6	100	0	54	51	0	14	33	1.43
9812844--9812883	16	2.5	16	87	0	53	55	0	17	27	1.43
9814824--9814882	31	1.9	31	89	0	91	32	8	11	47	1.70
9821945--9821969	13	1.9	13	100	0	50	48	32	0	20	1.50
9832344--9832392	21	2.5	19	83	9	62	55	2	8	34	1.41
9832635--9832673	20	1.9	21	94	5	71	38	0	25	35	1.56
9835010--9835051	22	1.9	22	100	0	84	38	23	14	23	1.92
9837850--9837890	17	2.4	18	80	12	50	29	19	0	51	1.47
9868600--9869084	105	4.5	106	83	10	560	37	15	17	29	1.91
9868600--9869084	218	2.3	209	85	8	620	37	15	17	29	1.91
9871970--9872095	52	2.4	52	94	1	218	52	0	20	26	1.52
9871966--9872107	52	2.7	52	88	6	216	50	1	21	26	1.57
9872187--9872292	44	2.4	44	87	6	144	52	3	18	24	1.62
9872662--9872806	44	3.3	43	86	4	182	25	22	4	48	1.68
9872865--9872997	54	2.4	54	89	1	203	24	21	0	53	1.51
9894805--9894846	17	2.5	17	76	3	50	50	0	0	50	1.00
9895499--9895550	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
9903014--9903061	24	2.0	24	87	0	69	47	10	4	37	1.57
9905350--9905575	92	2.5	90	83	3	283	33	15	21	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9905723--9905939	92	2.4	92	85	1	285	31	14	22	31	1.94
9905396--9906028	322	2.0	322	82	1	784	32	18	18	29	1.95
9924272--9924340	31	2.2	31	89	0	102	30	7	15	46	1.73
9938693--9938772	20	4.0	20	71	15	58	57	1	1	40	1.15
9939752--9939779	7	4.0	7	100	0	56	42	14	0	42	1.45
9947954--9948178	101	2.2	99	83	4	263	32	17	19	31	1.95
9947983--9948178	101	1.9	102	85	4	270	32	16	18	32	1.93
9948603--9948755	61	2.5	61	72	17	154	50	7	10	31	1.65
9956005--9956040	15	2.3	16	90	4	56	8	22	0	69	1.15
9956004--9956041	16	2.4	17	82	13	53	7	21	0	71	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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