genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  100  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28818674--28818704	3	10.0	3	93	6	53	35	0	0	64	0.94
28823342--28823592	65	3.8	67	74	8	181	30	19	15	35	1.92
28823479--28823722	71	3.5	70	81	4	257	28	18	14	37	1.91
28828529--28828622	47	2.0	47	100	0	188	59	12	12	14	1.61
28835849--28835920	27	2.6	28	80	10	78	40	22	11	26	1.87
28838910--28839012	41	2.5	41	88	0	161	30	22	18	29	1.97
28845771--28845796	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
28847819--28847880	20	3.2	20	71	13	65	30	25	20	22	1.98
28847812--28847894	39	2.1	39	86	0	112	32	24	19	24	1.97
28862526--28862556	6	5.2	6	92	0	53	48	16	3	32	1.62
28862738--28862836	49	2.0	49	98	0	189	37	11	18	33	1.86
28866048--28866259	91	2.3	92	83	2	268	29	7	10	52	1.63
28866322--28866355	16	2.1	17	88	5	52	29	5	5	58	1.45
28876909--28877103	96	2.0	96	98	0	381	40	19	10	29	1.85
28892603--28892643	20	2.0	20	85	0	55	46	2	9	41	1.50
28894030--28894072	23	1.9	23	81	13	54	37	0	18	44	1.50
28896162--28896273	56	2.0	56	87	0	161	22	27	27	22	1.99
28897335--28897528	105	1.9	101	87	4	280	32	15	24	27	1.96
28897335--28897566	105	2.3	101	82	5	277	33	16	24	25	1.96
28899523--28899615	46	2.0	46	100	0	186	24	34	8	32	1.86
28908166--28908217	7	8.0	6	87	8	59	19	3	0	76	0.93
28908161--28908210	20	2.3	22	83	13	68	16	4	0	80	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28908213--28908246	14	2.4	14	90	9	52	44	0	0	55	0.99
28917716--28917750	6	5.8	6	100	0	70	51	0	0	48	1.00
28921343--28921393	22	2.3	22	82	0	66	37	21	9	31	1.86
28934633--28934675	19	2.1	21	83	8	54	55	2	0	41	1.12
28934639--28934685	14	3.3	15	82	8	62	61	0	0	38	0.96
28935479--28935542	29	2.2	29	86	8	85	37	3	9	50	1.51
28937844--28938254	135	3.0	135	92	1	687	21	24	14	39	1.91
28941234--28941309	24	3.2	24	98	0	143	48	15	6	28	1.70
28942382--28942623	83	2.9	82	91	3	405	51	12	6	29	1.64
28945963--28946024	31	2.0	31	93	0	106	51	6	20	20	1.69
28950164--28950206	11	4.1	11	79	11	54	34	0	0	65	0.93
28960813--28960848	18	1.9	19	88	5	56	55	0	2	41	1.14
28966762--28966797	12	3.1	11	92	4	54	69	2	2	25	1.15
28967144--28967216	18	3.9	18	77	12	76	43	1	1	53	1.17
28967106--28968073	120	8.1	120	97	0	1771	42	1	5	50	1.34
28967306--28967357	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
28967426--28967477	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
28967546--28967597	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
28967675--28967717	15	2.8	16	79	10	54	44	0	2	53	1.13
28967795--28967957	15	10.8	16	66	21	59	43	0	4	51	1.26
28967844--28968037	54	3.1	68	65	29	174	43	2	5	48	1.38
28967889--28967936	18	2.8	18	74	22	50	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28968035--28968076	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
28968026--28968067	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
28968291--28968328	16	2.4	16	95	0	67	31	34	0	34	1.58
28975291--28975337	18	2.4	19	82	10	51	55	2	4	38	1.31
28975426--28975563	19	6.8	19	70	19	68	55	2	4	37	1.35
28975426--28975524	22	4.8	21	72	21	68	55	2	4	38	1.30
28975756--28975820	24	2.5	26	80	9	71	61	1	4	32	1.26
28977876--28977950	28	2.5	31	79	14	86	42	8	16	33	1.77
28982362--28982404	17	2.3	19	84	11	54	65	0	27	6	1.18
28983386--28983437	19	2.7	19	84	0	68	63	11	13	11	1.52
28988933--28989089	42	3.7	42	91	1	235	18	19	17	45	1.86
28988934--28989103	63	2.7	62	83	3	200	17	20	17	44	1.87
28988934--28989092	21	7.6	21	78	5	178	18	19	17	44	1.87
28994875--28994934	24	2.5	24	91	0	93	11	36	0	51	1.38
28997341--28997374	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
28997498--28997560	30	2.1	30	90	0	99	57	12	3	26	1.51
29006921--29006973	24	2.1	26	86	6	74	64	3	5	26	1.33
29006930--29006980	25	2.0	25	85	7	68	66	3	5	23	1.30
29009378--29009443	27	2.5	27	81	13	75	42	12	12	33	1.79
29009378--29009454	26	2.9	26	76	14	77	42	10	15	31	1.81
29009653--29010249	298	2.0	297	99	0	1185	33	13	13	38	1.85
29025493--29025533	12	3.4	12	86	10	57	56	0	9	34	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29037838--29037919	24	3.3	24	77	13	78	18	23	17	41	1.90
29042210--29042236	12	2.2	12	100	0	54	62	14	0	22	1.31
29042606--29042645	16	2.4	16	84	15	55	42	0	0	57	0.98
29043422--29043467	22	2.2	21	88	7	67	21	2	2	73	1.04
29049530--29050051	125	4.2	124	82	3	670	30	17	22	30	1.96
29049530--29050051	250	2.1	250	87	2	744	30	17	22	30	1.96
29051385--29051433	26	1.9	26	84	12	66	32	12	0	55	1.37
29051457--29051506	22	2.2	22	85	7	64	34	8	6	52	1.55
29052020--29052248	109	2.1	106	92	2	377	31	17	16	33	1.93
29055808--29056855	21	48.7	21	77	8	930	23	0	29	45	1.57
29056282--29056340	28	2.1	28	100	0	118	20	0	32	47	1.50
29056495--29056524	15	2.0	15	93	0	51	30	0	26	43	1.55
29056761--29056813	14	3.8	13	75	20	54	16	0	37	45	1.48
29056761--29056817	28	2.1	27	93	3	96	17	0	40	42	1.49
29055808--29056855	43	24.3	43	81	7	1036	23	0	29	45	1.57
29057408--29057473	18	3.4	18	73	18	60	43	9	28	18	1.80
29057422--29057469	23	2.1	23	100	0	96	37	8	33	20	1.83
29058062--29058087	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
29058255--29058292	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
29059230--29059327	51	1.9	51	85	4	135	45	2	25	26	1.64
29059289--29059362	11	6.6	11	74	21	66	44	1	27	27	1.62
29059291--29059358	33	2.1	33	86	5	93	45	1	26	26	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29060534--29060581	12	4.1	12	76	15	55	47	2	0	50	1.12
29060626--29060680	25	2.2	25	81	12	60	49	5	1	43	1.36
29062299--29062329	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
29068916--29068980	30	2.2	30	100	0	130	24	3	13	58	1.50
29077431--29077509	34	2.3	34	76	4	88	54	5	8	31	1.53
29079338--29079450	44	2.6	44	97	1	210	30	23	13	31	1.93
29079387--29079890	174	2.9	174	95	0	875	26	25	19	28	1.99
29079816--29080982	132	8.9	132	87	2	1546	28	23	18	28	1.98
29080296--29080480	44	4.2	44	65	8	133	28	22	19	29	1.98
29079816--29080969	392	2.9	391	88	2	1657	28	23	18	28	1.98
29080673--29080860	44	4.3	44	66	9	105	28	25	15	30	1.96
29082291--29082325	7	5.0	7	86	13	54	14	14	0	71	1.15
29083267--29083307	20	2.0	20	86	9	57	63	4	17	14	1.47
29086121--29086266	41	3.6	40	76	12	129	28	28	19	23	1.98
29086121--29086276	82	1.9	82	80	10	185	29	26	19	24	1.98
29087568--29087613	18	2.6	18	80	19	60	56	17	4	21	1.58
29093890--29094035	41	3.6	40	80	10	154	28	27	19	24	1.99
29093890--29094045	82	1.9	82	83	7	201	28	26	19	25	1.99
29095342--29095387	18	2.6	18	80	19	60	56	17	4	21	1.58
29097935--29098018	34	2.5	34	71	11	82	54	4	7	33	1.49
29099844--29100521	174	3.9	174	95	0	1187	25	25	19	29	1.99
29100431--29101617	132	9.0	132	88	1	1571	28	23	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29100819--29101144	44	7.4	44	65	12	134	26	24	18	30	1.98
29102927--29102968	7	6.0	7	79	20	52	14	16	0	69	1.20
29103918--29103958	20	2.0	20	86	9	57	63	4	17	14	1.47
29106774--29106919	41	3.6	40	77	12	138	28	28	19	23	1.99
29106774--29106929	82	1.9	82	82	10	194	28	26	19	24	1.99
29110812--29110895	34	2.5	34	71	11	82	54	4	7	33	1.49
29119203--29119253	17	2.9	17	76	2	57	60	7	29	1	1.36
29121215--29121249	6	5.8	6	89	0	52	60	2	17	20	1.49
29127581--29127622	18	2.3	19	83	4	50	14	26	0	59	1.35
29138088--29138190	31	3.3	31	74	8	102	13	34	29	22	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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