genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21045044--21045087	6	7.5	6	87	2	63	15	0	4	79	0.89
21046865--21046952	30	2.9	30	84	0	113	19	35	29	15	1.93
21047041--21047093	23	2.2	24	77	9	56	47	11	20	20	1.81
21049362--21049483	40	3.0	40	86	0	163	25	28	14	31	1.95
21050614--21050639	12	2.2	12	100	0	52	46	0	7	46	1.31
21053295--21053344	26	1.9	26	87	0	73	42	0	36	22	1.54
21053449--21053509	30	2.0	31	90	3	97	36	0	44	19	1.51
21053558--21053585	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
21054243--21054276	17	1.9	18	88	5	52	23	26	23	26	2.00
21056604--21056654	20	2.6	19	82	11	59	15	11	15	56	1.66
21058036--21058073	11	3.7	10	86	13	51	76	7	0	15	1.01
21058202--21059019	154	5.3	153	87	3	1167	29	10	7	52	1.63
21058210--21059020	308	2.6	311	93	1	1373	29	10	7	52	1.63
21059886--21059922	19	2.1	18	85	14	51	51	0	0	48	1.00
21060859--21060901	13	2.9	15	76	16	54	41	13	0	44	1.44
21060810--21060905	49	1.9	49	85	6	131	36	12	1	50	1.47
21064467--21064650	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
21064467--21064647	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
21064548--21064697	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
21072369--21072552	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
21072369--21072549	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
21072450--21072599	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21075697--21075966	137	2.0	137	85	1	362	34	28	18	18	1.95
21082388--21082458	30	2.4	30	85	0	88	32	22	23	21	1.98
21082566--21082662	26	3.7	26	83	4	124	36	22	24	16	1.94
21082843--21083120	27	10.3	28	78	8	220	19	16	17	45	1.85
21082843--21083120	54	5.1	55	78	6	246	19	16	17	45	1.85
21082842--21083120	81	3.4	81	81	4	260	19	16	18	45	1.86
21085324--21085393	31	2.3	30	85	4	88	34	14	5	45	1.68
21088322--21088429	51	2.1	51	87	5	155	44	6	20	28	1.76
21094400--21094438	17	2.1	20	86	13	57	51	10	0	38	1.36
21101547--21101598	27	1.9	27	88	0	77	30	19	28	21	1.97
21101550--21101607	27	2.1	27	81	6	64	34	18	25	20	1.96
21110267--21110292	6	4.3	6	100	0	52	0	0	15	84	0.62
21115109--21115146	17	2.3	17	86	4	51	26	0	18	55	1.43
21115112--21115177	24	2.7	23	77	9	69	27	0	18	54	1.44
21115469--21115513	12	3.4	12	80	19	54	48	13	0	37	1.42
21115477--21115540	15	4.1	15	69	25	51	40	15	1	42	1.57
21115628--21115730	49	2.2	46	86	8	136	35	14	12	36	1.84
21117567--21117711	28	5.1	28	70	16	109	35	15	23	25	1.95
21117545--21117736	57	3.4	56	84	2	240	33	15	25	26	1.95
21117603--21117757	28	5.5	28	71	16	115	32	15	25	27	1.95
21120172--21120227	27	2.1	27	83	3	69	67	10	8	12	1.41
21127756--21127971	9	24.0	9	73	12	133	33	1	18	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21127760--21127869	34	3.5	33	72	21	117	31	0	18	49	1.54
21127762--21127877	61	1.9	61	96	0	214	32	0	18	47	1.55
21127756--21127998	47	5.4	44	79	13	162	34	1	17	46	1.56
21127799--21127998	47	4.3	47	86	8	277	35	1	18	45	1.56
21127808--21127961	38	3.9	37	78	10	114	35	1	17	45	1.57
21128026--21128097	9	8.0	9	77	9	58	33	0	16	50	1.46
21128157--21128565	119	3.4	121	91	3	680	46	2	7	43	1.45
21128489--21128535	21	2.3	21	88	3	69	48	0	8	42	1.33
21128501--21128548	21	2.3	21	78	7	53	52	0	4	43	1.20
21128519--21128559	14	3.2	13	86	10	57	48	0	0	51	1.00
21129810--21129845	16	2.2	16	90	0	54	36	13	47	2	1.58
21130270--21130428	40	4.0	40	74	9	110	28	24	16	30	1.97
21144070--21144254	101	1.8	102	89	3	293	23	16	27	32	1.96
21144064--21144262	51	3.9	51	79	7	226	24	16	27	31	1.96
21146573--21146624	27	1.9	27	84	7	70	61	5	7	25	1.45
21157678--21157702	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
21161798--21161826	11	2.7	11	94	5	51	31	10	0	58	1.31
21163032--21163146	57	2.0	57	89	0	176	16	21	23	38	1.93
21164117--21164147	14	2.2	14	94	0	53	3	58	9	29	1.46
21176642--21176929	50	5.6	51	81	6	234	28	22	28	21	1.99
21176642--21176931	100	2.8	100	81	6	300	28	22	28	21	1.99
21182244--21182315	31	2.6	26	70	19	65	51	20	15	12	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21186079--21186115	7	5.6	7	90	9	60	0	89	0	10	0.49
21186079--21186114	13	2.8	13	95	4	65	0	88	0	11	0.50
21188370--21188408	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
21188657--21188889	50	4.7	50	81	3	238	22	27	20	29	1.98
21197556--21197605	22	2.2	22	86	10	66	50	22	2	26	1.60
21197579--21197616	14	2.6	15	83	8	60	52	21	0	26	1.47
21200198--21200350	32	4.8	32	76	7	150	36	18	20	24	1.94
21200193--21200350	64	2.5	64	83	4	194	37	17	20	24	1.94
21200521--21200563	13	3.5	13	78	12	54	48	23	6	20	1.73
21200521--21200627	24	4.5	24	85	0	106	47	22	6	23	1.74
21200649--21201072	27	15.8	27	82	2	415	22	18	21	37	1.94
21200649--21201071	81	5.2	81	87	1	546	22	18	21	37	1.95
21206445--21206481	8	4.6	8	93	0	56	35	37	2	24	1.70
21208031--21208059	12	2.4	12	100	0	58	41	20	0	37	1.53
21209099--21209163	25	2.6	25	80	2	76	33	18	9	38	1.83
21218011--21218099	30	3.2	30	62	23	75	26	3	22	47	1.67
21217994--21218103	54	2.0	54	94	0	193	27	3	22	46	1.69
21220002--21220043	21	2.0	20	82	13	50	28	7	16	47	1.73
21226242--21226504	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
21234194--21234456	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
21236414--21236443	15	2.0	15	100	0	60	26	13	20	40	1.89
21252645--21252714	25	2.8	25	86	0	95	25	24	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21262923--21262965	23	1.9	22	85	4	59	41	4	4	48	1.44
21263517--21263664	75	2.0	75	100	0	296	35	17	12	35	1.87
21266283--21266467	79	2.3	81	83	7	227	24	27	22	24	2.00
21266283--21266467	40	4.7	40	82	7	225	24	27	22	24	2.00
21268382--21268418	18	2.1	18	85	14	51	59	2	2	35	1.26
21286744--21286795	25	2.1	25	96	0	95	36	17	0	46	1.48
21287049--21287111	28	2.3	28	86	2	92	39	7	1	50	1.41
21287810--21287847	18	2.1	18	90	0	58	47	0	13	39	1.42
21288151--21288215	27	2.4	28	92	2	114	50	0	9	40	1.34
21292226--21292516	33	8.8	33	81	4	255	21	21	14	42	1.89
21292217--21292518	99	3.1	99	77	6	283	21	21	14	42	1.88
21295449--21295482	16	2.2	16	89	5	52	35	8	11	44	1.72
21307456--21307740	27	10.6	27	82	7	303	19	16	19	44	1.87
21307457--21307740	54	5.3	54	84	2	358	19	16	19	44	1.87
21307457--21307740	81	3.5	80	84	4	349	19	16	19	44	1.87
21319048--21319198	64	2.4	64	94	0	266	22	13	19	44	1.86
21325593--21325640	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
21336054--21336115	26	2.4	26	88	0	88	40	11	12	35	1.80
21336422--21336458	16	2.3	16	100	0	74	29	21	5	43	1.75
21340420--21340446	8	3.4	8	100	0	54	14	0	0	85	0.61
21341628--21341681	25	2.2	25	82	0	63	27	22	22	27	1.99
21349665--21349698	17	2.1	15	89	10	50	44	2	0	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21351469--21351508	18	2.2	18	95	0	71	22	30	7	40	1.81
21351937--21352022	25	2.9	31	78	21	121	38	0	13	47	1.44
21351969--21352120	25	6.3	24	79	11	170	39	0	13	47	1.42
21351994--21352148	45	3.4	44	81	9	202	37	0	12	49	1.41
21351927--21352148	95	2.3	96	92	6	358	37	0	13	49	1.42
21352111--21352366	64	4.0	64	95	0	469	32	4	12	50	1.61
21355377--21355561	97	1.9	97	96	0	343	28	24	17	29	1.97
21355459--21355700	125	1.9	125	94	0	430	33	22	15	28	1.95
21355727--21355773	23	2.0	23	84	8	60	48	31	6	12	1.66
21356027--21356071	11	4.4	11	81	13	60	42	2	0	55	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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