genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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This is table  89  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25537046--25537081	17	2.1	18	94	5	65	63	13	5	16	1.47
25547324--25547444	43	2.8	43	83	7	156	28	25	19	25	1.99
25548332--25548388	28	2.0	28	90	6	89	38	5	0	56	1.22
25548581--25548609	14	2.0	15	93	6	51	51	27	0	20	1.47
25549872--25549925	21	2.6	21	91	2	83	20	22	16	40	1.91
25552933--25552993	31	2.1	30	81	9	72	57	9	1	31	1.41
25553728--25553803	24	3.2	24	77	3	91	35	10	22	31	1.88
25560968--25561012	17	2.4	19	85	10	58	40	0	2	57	1.11
25570314--25570521	53	4.0	53	82	3	251	27	23	13	36	1.92
25570309--25570517	103	2.0	103	87	5	305	27	22	13	36	1.91
25583956--25584059	42	2.5	42	78	10	113	24	26	34	14	1.94
25584473--25584532	22	2.6	21	79	12	57	31	15	15	38	1.88
25591324--25591364	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
25591952--25592011	27	2.3	27	82	8	70	21	3	6	68	1.28
25591966--25592042	27	2.8	26	84	11	84	27	1	6	64	1.25
25592001--25592060	29	2.0	30	81	9	70	33	1	5	60	1.29
25599796--25599843	14	3.3	14	75	11	51	77	4	16	2	1.03
25599794--25599850	8	7.1	8	74	7	53	78	3	15	1	0.96
25599820--25599856	15	2.5	15	91	4	58	83	0	16	0	0.64
25599826--25599872	18	2.7	18	83	3	60	80	0	14	4	0.85
25615333--25615452	56	2.1	56	96	3	224	45	9	22	22	1.80
25617305--25618150	49	17.6	47	94	2	1399	33	7	28	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25617305--25618150	96	8.8	95	93	3	1416	33	7	28	30	1.85
25617305--25618150	145	5.9	145	95	1	1494	33	7	28	30	1.85
25618269--25618347	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
25635550--25635649	52	1.9	52	85	0	137	37	24	5	34	1.77
25651329--25651496	60	2.8	60	87	0	228	24	18	18	38	1.93
25651403--25651516	20	5.7	20	71	0	75	23	21	20	35	1.96
25651412--25651520	40	2.7	40	84	0	146	24	19	20	35	1.95
25651401--25651519	60	2.0	60	81	0	139	22	20	21	36	1.95
25659517--25659659	27	5.3	27	88	0	180	18	15	22	43	1.88
25676053--25676086	17	1.9	18	88	5	52	38	2	5	52	1.41
25676032--25676086	17	3.1	17	75	20	51	36	1	9	52	1.44
25678134--25678172	20	1.9	21	89	5	62	51	12	5	30	1.62
25681812--25681879	28	2.5	27	88	4	100	55	19	7	17	1.64
25681826--25681891	28	2.4	28	97	0	123	60	12	6	21	1.53
25687490--25687558	34	2.0	34	100	0	138	20	26	5	47	1.72
25690861--25690951	30	3.0	30	83	1	101	32	15	17	34	1.91
25700698--25700736	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
25700952--25701069	50	2.4	49	79	9	125	23	22	22	31	1.98
25709793--25709842	3	16.7	3	100	0	100	66	0	34	0	0.92
25713697--25713794	27	3.6	27	83	0	115	38	11	23	26	1.88
25717791--25717819	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
25721836--25721860	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25722835--25722864	15	2.0	15	93	0	51	66	16	0	16	1.25
25722876--25722920	13	3.3	14	82	14	58	73	6	0	20	1.05
25723311--25723350	21	1.9	21	84	0	53	57	5	5	32	1.42
25723307--25723366	31	2.0	30	83	3	75	58	3	5	33	1.36
25724414--25724559	45	3.3	45	90	0	222	23	23	24	27	2.00
25724413--25724576	90	1.8	89	84	1	202	23	25	22	28	1.99
25724574--25724756	100	1.8	99	87	3	269	29	22	18	29	1.97
25724608--25724783	50	3.5	50	70	1	138	26	27	18	28	1.98
25725016--25725140	43	3.0	42	68	17	118	24	28	20	28	1.99
25733596--25733633	19	2.0	20	84	5	51	39	10	5	44	1.61
25733874--25734595	357	2.0	358	94	1	1252	21	26	11	40	1.87
25737459--25737488	15	2.0	15	93	0	51	66	16	0	16	1.25
25737499--25737538	13	2.9	14	82	17	57	67	7	5	20	1.34
25737881--25737939	32	1.9	30	86	10	84	59	8	5	27	1.48
25739498--25739569	29	2.4	29	77	15	76	45	15	12	26	1.81
25742488--25742527	21	1.9	21	84	0	53	37	22	15	25	1.93
25744872--25745015	61	2.4	59	77	2	135	29	19	11	40	1.86
25746789--25746839	24	2.1	24	96	0	93	21	11	15	50	1.76
25754419--25754478	20	2.8	20	80	9	57	23	5	3	68	1.24
25758007--25758197	50	3.8	50	81	6	219	29	23	26	20	1.99
25771461--25771509	26	1.9	26	87	4	73	40	0	2	57	1.10
25772807--25772863	30	1.9	30	82	7	71	47	8	7	36	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25789023--25789048	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
25792770--25792895	25	5.3	25	82	6	120	38	20	23	17	1.93
25793854--25793916	5	12.8	5	93	3	110	58	1	0	39	1.07
25796101--25796168	29	2.4	28	79	16	77	57	13	0	29	1.37
25796881--25796921	14	2.9	14	85	7	55	41	4	4	48	1.46
25800094--25800124	15	2.1	15	93	0	53	16	22	9	51	1.73
25803904--25803932	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
25811908--25811953	24	1.9	24	81	0	56	36	2	2	58	1.22
25812035--25812077	23	1.9	22	85	4	59	44	6	0	48	1.29
25819696--25819723	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
25820118--25820155	18	2.1	18	90	0	58	26	2	39	31	1.70
25820588--25820624	12	2.7	15	76	24	53	21	43	8	27	1.80
25820944--25821011	15	4.3	15	76	10	73	41	29	2	26	1.70
25821228--25821265	3	12.7	3	83	10	51	0	2	28	68	1.03
25821718--25821746	12	2.3	13	94	5	51	68	0	27	3	1.05
25822073--25822099	5	5.4	5	100	0	54	55	22	22	0	1.44
25826124--25826148	9	2.8	9	100	0	50	40	0	24	36	1.55
25827982--25828015	17	2.0	17	88	0	50	29	17	0	52	1.45
25831584--25831797	42	5.1	42	80	5	218	41	18	21	18	1.90
25831652--25831713	21	3.0	21	65	9	54	46	17	17	17	1.84
25831586--25831796	84	2.5	83	84	3	262	42	18	21	18	1.90
25831738--25831803	21	3.2	20	65	6	51	45	19	19	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25831985--25832077	45	2.1	45	93	0	159	46	15	1	37	1.53
25837871--25837923	20	2.6	20	85	8	63	52	1	3	41	1.30
25841742--25841787	18	2.5	20	75	13	53	43	2	2	52	1.25
25842535--25842566	16	2.0	16	100	0	64	31	0	6	62	1.20
25845477--25845541	33	1.9	34	87	3	96	33	23	9	33	1.86
25845477--25845543	34	2.0	34	85	5	91	34	22	10	32	1.88
25854302--25854327	8	3.2	8	100	0	52	65	0	34	0	0.93
25856135--25856180	22	2.0	22	84	12	58	34	0	2	63	1.07
25856360--25856423	30	2.1	30	83	11	78	54	3	3	39	1.32
25861172--25861231	30	2.0	31	90	3	95	41	0	38	20	1.52
25874467--25874491	11	2.3	11	100	0	50	16	36	0	48	1.46
25891415--25891480	8	8.4	8	73	18	50	45	1	1	51	1.19
25891412--25891477	7	8.6	7	76	18	53	43	1	1	53	1.19
25891431--25891490	30	1.9	32	83	6	79	45	1	5	48	1.34
25892378--25892483	41	2.6	41	85	4	126	26	16	24	33	1.96
25903661--25903710	12	4.1	12	76	23	59	52	0	0	48	1.00
25903665--25903705	20	2.0	21	85	4	57	53	0	0	46	1.00
25905970--25906322	39	9.1	39	78	2	361	13	17	33	35	1.89
25905973--25906295	117	2.8	117	85	2	418	13	18	32	35	1.90
25917218--25917312	26	3.9	23	75	13	66	26	24	17	31	1.97
25922440--25922501	14	4.4	14	78	13	56	40	0	3	56	1.15
25923991--25924034	19	2.3	19	96	4	79	45	0	9	45	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25936906--25936967	25	2.5	25	97	0	115	59	1	3	35	1.23
25939084--25939350	103	2.6	104	95	1	464	20	20	29	29	1.98
25946533--25946797	103	2.6	103	93	2	442	19	20	29	30	1.97
25953802--25953843	16	2.6	16	82	14	50	78	0	4	16	0.91
25967116--25967175	26	2.3	26	77	13	61	26	5	3	65	1.29
25973285--25973363	28	2.8	28	86	3	106	27	15	24	32	1.95
25973294--25973414	29	4.2	29	82	5	113	27	13	23	35	1.92
25973313--25973479	29	5.8	29	79	4	151	27	13	22	36	1.91
25973304--25973497	29	6.8	29	72	12	89	27	14	21	36	1.92
25976065--25976091	7	3.9	7	100	0	54	44	14	0	40	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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