genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1369625--1369672	12	4.0	12	88	0	78	33	45	0	20	1.52
1372211--1372384	43	4.1	43	86	3	235	29	26	18	25	1.98
1372211--1372375	85	1.9	86	87	3	244	28	25	19	26	1.99
1378249--1378581	9	38.4	9	70	21	207	31	0	21	47	1.55
1378242--1378555	16	19.2	16	69	23	185	31	0	20	47	1.55
1378242--1378608	25	15.1	25	74	15	276	31	0	20	47	1.55
1378266--1378458	41	4.6	41	80	15	202	29	0	21	48	1.54
1378443--1378544	30	3.6	30	74	17	126	33	0	19	47	1.50
1378302--1378550	55	4.5	55	88	8	246	32	0	19	47	1.53
1378562--1378601	20	2.1	19	90	4	62	32	0	12	55	1.38
1378627--1378667	16	2.5	16	84	4	55	34	0	9	56	1.32
1378604--1378672	12	5.4	12	72	16	50	37	0	10	52	1.36
1378719--1378756	17	2.2	18	90	4	60	60	0	2	36	1.11
1378731--1378773	15	2.9	15	89	0	59	60	0	2	37	1.10
1379124--1379164	21	2.0	21	100	0	82	14	14	26	43	1.84
1379226--1379266	21	2.0	21	95	0	73	14	14	24	46	1.82
1379070--1379275	102	2.0	103	97	1	387	28	12	16	42	1.85
1381339--1381429	47	1.9	47	82	4	112	32	8	12	46	1.72
1381542--1381611	7	9.7	7	70	11	52	48	34	0	17	1.47
1381541--1381604	21	3.0	23	80	11	82	50	32	0	17	1.46
1381666--1381706	21	2.0	21	90	0	64	34	43	2	19	1.64
1381788--1381829	15	2.9	15	79	13	52	40	45	0	14	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1381905--1381944	21	1.9	21	85	10	55	50	32	0	17	1.47
1381927--1381960	15	2.4	14	85	9	50	44	35	0	20	1.52
1382106--1382632	115	4.6	116	73	9	273	27	20	19	32	1.97
1382255--1382471	115	1.9	114	83	2	283	29	21	17	30	1.96
1386628--1386663	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
1386993--1387039	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
1386877--1387413	120	4.5	121	94	0	868	50	5	2	41	1.40
1387138--1387172	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1387164--1387193	16	1.9	15	93	6	51	50	10	0	40	1.36
1387214--1387402	59	3.2	59	66	19	174	50	4	4	40	1.41
1387395--1387562	47	3.7	46	70	18	143	47	3	3	45	1.37
1387410--1387586	91	1.9	92	88	4	254	49	3	2	44	1.33
1387551--1387589	17	2.5	15	84	12	51	58	0	0	41	0.98
1400301--1400520	108	2.0	108	95	0	395	31	13	16	39	1.87
1401554--1401596	15	2.7	16	82	17	54	55	13	6	23	1.62
1404827--1404873	25	1.9	24	91	4	76	31	2	2	63	1.18
1404831--1404891	25	2.5	24	84	10	72	36	1	1	60	1.16
1406102--1406178	38	2.0	38	92	5	129	38	16	2	41	1.63
1424914--1424966	25	2.2	25	89	3	81	60	0	1	37	1.08
1424933--1424984	15	3.0	18	73	21	65	61	0	3	34	1.14
1431212--1431263	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
1441152--1441176	6	4.2	6	100	0	50	16	20	0	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1444151--1444178	3	9.3	3	100	0	56	32	0	35	32	1.58
1444655--1444686	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
1471007--1471057	22	2.3	22	89	0	75	25	23	27	23	2.00
1473402--1473502	42	2.4	42	91	1	159	31	23	20	23	1.98
1477554--1477659	38	2.7	39	85	7	142	29	31	15	24	1.95
1477549--1477782	41	5.8	41	82	7	262	29	27	19	23	1.98
1477820--1477895	39	1.9	39	86	0	107	26	19	17	36	1.94
1477820--1477955	40	3.4	39	74	3	119	23	19	18	38	1.93
1477829--1477910	39	2.1	39	83	2	101	26	19	19	34	1.96
1487741--1488002	60	4.3	60	81	1	272	27	25	17	29	1.98
1487824--1487995	62	2.8	62	84	0	229	27	25	16	30	1.97
1487993--1488161	61	2.8	60	90	2	266	28	26	15	29	1.96
1488022--1488123	32	3.3	32	69	22	108	33	26	13	26	1.94
1487908--1488091	90	2.0	91	90	1	289	28	25	17	28	1.97
1487964--1488091	29	4.3	29	72	13	116	28	25	17	27	1.98
1496428--1496452	13	1.9	13	100	0	50	16	12	0	72	1.13
1497103--1497155	21	2.6	21	85	8	65	43	7	26	22	1.80
1500131--1500174	18	2.5	18	81	3	54	43	34	18	4	1.70
1502852--1502912	30	2.0	30	90	0	95	32	6	19	40	1.77
1514864--1514970	53	2.0	53	90	0	169	53	6	11	28	1.61
1515622--1515672	18	2.7	19	72	24	54	70	0	0	29	0.87
1515943--1516013	35	2.0	36	88	5	108	29	11	15	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1516329--1516367	21	1.9	21	94	5	71	41	0	0	58	0.98
1520825--1520880	28	2.1	26	81	15	62	42	1	12	42	1.53
1538253--1538294	4	10.5	4	100	0	84	26	0	23	50	1.50
1538480--1538544	23	2.9	21	76	24	62	66	1	6	26	1.24
1538569--1538605	15	2.5	15	90	0	56	62	8	2	27	1.37
1548173--1548197	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
1554564--1554641	40	2.0	40	87	5	113	44	1	26	26	1.62
1564255--1564298	20	2.2	20	84	8	54	25	2	6	65	1.28
1565328--1565374	20	2.3	20	88	0	67	21	51	17	10	1.75
1566236--1566266	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
1570766--1570808	19	2.3	19	84	8	52	23	20	16	39	1.92
1573001--1573224	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
1573254--1573305	26	2.0	26	92	0	86	15	21	34	28	1.94
1573143--1573293	72	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
1580558--1580783	105	2.2	106	91	3	368	17	19	31	31	1.95
1580701--1580853	73	2.1	73	91	2	247	22	16	29	30	1.96
1584010--1584059	26	1.9	26	95	0	91	12	24	34	30	1.91
1584112--1584161	26	1.9	26	95	0	91	14	24	32	30	1.94
1583931--1584194	102	2.6	103	90	3	415	20	20	29	29	1.97
1585995--1586054	24	2.6	22	82	10	75	81	0	18	0	0.69
1585995--1586066	15	5.0	14	82	12	76	80	0	18	1	0.78
1585996--1586062	5	12.8	5	82	16	66	80	0	17	1	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1585998--1586066	9	8.0	8	76	20	52	79	0	18	1	0.80
1586024--1586065	19	2.2	18	91	8	66	83	0	14	2	0.75
1586283--1586318	14	2.6	14	95	0	63	36	16	25	22	1.94
1586363--1586747	97	4.0	97	91	0	592	26	15	10	47	1.78
1587416--1587451	16	2.3	16	95	4	65	38	22	5	33	1.77
1587662--1588196	46	11.6	46	92	0	854	26	17	26	29	1.97
1588415--1588508	42	2.2	42	78	3	98	29	12	28	28	1.93
1588313--1588476	89	1.8	89	83	5	215	30	15	26	27	1.96
1588436--1588516	42	1.9	42	87	0	117	29	14	27	28	1.95
1589116--1589154	20	2.0	20	84	0	51	20	48	17	12	1.80
1590015--1590051	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
1596975--1597023	22	2.4	20	83	10	55	51	16	16	16	1.78
1604349--1604533	46	4.0	46	95	0	325	33	9	28	28	1.88
1607604--1607662	32	1.9	30	82	6	73	44	1	5	49	1.34
1609458--1609526	25	2.8	25	77	4	68	24	24	18	31	1.98
1609458--1609536	25	3.2	25	78	5	63	24	25	17	32	1.97
1611797--1611833	17	2.2	17	90	4	58	75	0	2	21	0.92
1613653--1613687	12	2.9	12	86	0	52	14	17	17	51	1.77
1613904--1613990	23	3.7	23	81	4	95	29	11	17	41	1.84
1615647--1615698	26	2.0	26	85	7	70	26	15	11	46	1.80
1616772--1616831	9	6.7	9	88	0	93	45	21	10	23	1.82
1616920--1616960	18	2.3	18	86	0	55	19	2	39	39	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1617721--1617750	15	2.1	15	93	6	53	23	6	6	63	1.43
1617735--1617786	26	2.0	26	92	0	86	28	11	9	50	1.70
1623628--1623666	21	1.9	20	84	5	51	41	0	2	56	1.13
1624292--1624317	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
1628431--1628469	6	6.3	6	94	5	69	15	17	0	66	1.25
1628566--1628594	10	2.9	10	100	0	58	20	10	0	68	1.18
1634196--1634235	21	1.9	21	94	0	71	20	12	12	55	1.69
1634552--1634591	17	2.3	18	86	4	55	40	0	0	60	0.97
1638830--1638854	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
1639135--1639179	18	2.5	17	86	13	56	48	2	4	44	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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