genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5768807--5768855	3	16.7	3	82	4	64	65	0	2	32	1.04
5769401--5769443	15	2.8	15	96	3	77	4	32	4	58	1.39
5770006--5771053	132	8.0	132	92	1	1677	29	23	18	29	1.97
5769974--5770451	44	10.8	45	64	13	136	29	23	18	28	1.98
5770125--5770979	44	19.4	44	62	14	136	29	23	17	29	1.97
5775972--5776168	98	2.0	98	94	2	342	36	23	10	29	1.88
5776880--5776975	25	3.6	25	73	15	79	60	5	4	30	1.37
5777121--5777184	3	21.7	3	87	3	94	65	0	1	32	1.02
5777723--5777765	15	2.8	15	96	3	77	4	32	4	58	1.39
5779032--5779101	18	3.7	19	80	12	65	38	0	0	61	0.96
5779103--5779134	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
5779095--5779146	19	2.5	22	79	17	67	48	0	0	51	1.00
5779338--5779656	165	1.9	165	86	0	449	29	14	18	37	1.90
5781670--5781694	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
5785597--5786179	144	4.0	144	96	0	1058	27	20	18	33	1.96
5786251--5786561	144	2.2	144	95	1	561	30	20	14	35	1.92
5790589--5790623	7	5.0	7	100	0	70	28	0	14	57	1.38
5791883--5791974	22	4.3	21	80	11	73	47	28	1	22	1.58
5791916--5792053	22	6.2	21	71	18	84	47	32	1	18	1.57
5791884--5792724	43	19.5	42	77	10	572	45	33	0	20	1.56
5791919--5792195	7	39.4	7	65	21	73	45	34	1	18	1.57
5792052--5792725	21	31.1	21	75	9	559	44	33	0	20	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5792372--5792454	27	3.3	27	75	19	88	42	36	0	21	1.53
5792377--5792425	14	3.6	14	76	15	57	42	34	0	22	1.54
5792044--5792725	43	15.7	43	82	5	709	44	33	0	20	1.55
5792701--5792730	14	2.1	15	93	6	53	56	26	0	16	1.40
5798352--5798406	18	3.0	18	78	5	74	47	0	1	50	1.11
5798350--5798429	37	2.1	39	90	6	128	47	1	3	47	1.28
5798719--5798771	20	2.5	22	82	14	60	56	1	1	39	1.21
5802311--5802605	144	2.0	144	93	1	502	27	20	17	34	1.95
5802311--5802642	144	2.3	143	87	5	418	28	21	16	34	1.95
5802678--5803059	144	2.7	144	94	0	667	30	20	13	35	1.92
5808685--5808737	18	3.0	17	76	17	54	32	0	0	67	0.91
5808695--5808753	20	3.1	20	88	7	79	35	0	0	64	0.94
5808686--5808764	10	8.6	9	79	19	65	37	0	0	62	0.96
5808693--5808766	19	4.1	17	77	17	69	41	0	0	58	0.98
5808693--5808767	18	4.1	18	83	8	89	42	0	0	57	0.98
5812093--5812184	3	29.7	3	82	10	105	27	5	2	65	1.26
5812238--5812290	23	2.2	24	83	3	63	32	7	3	56	1.45
5814574--5814616	19	2.3	18	84	15	52	20	23	13	41	1.88
5816660--5816705	10	4.6	10	86	8	67	80	2	0	17	0.81
5816660--5816705	11	4.5	11	83	8	53	80	2	0	17	0.81
5816659--5816703	19	2.4	19	88	0	72	77	2	0	20	0.87
5818798--5831513	46	278.9	46	85	3	16343	24	16	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5823912--5824035	66	1.9	66	96	0	230	21	17	30	29	1.96
5823866--5824084	112	2.0	112	95	0	393	22	17	30	30	1.96
5823820--5824134	158	2.0	158	93	0	540	23	16	30	29	1.97
5827641--5827847	106	1.9	107	91	6	341	22	15	30	30	1.95
5833609--5849477	46	347.3	46	82	8	18350	29	29	16	24	1.96
5849478--5861255	46	258.2	46	83	4	13630	24	16	28	30	1.96
5868465--5868507	18	2.4	18	80	7	52	32	9	4	53	1.53
5874981--5875071	18	4.8	18	71	19	69	74	7	2	15	1.14
5874971--5875007	13	3.1	13	81	18	53	78	5	0	16	0.93
5875005--5875038	17	2.0	17	88	0	50	85	2	2	8	0.80
5876006--5876055	7	7.0	7	82	17	59	70	0	16	14	1.18
5876007--5876037	13	2.3	13	94	5	53	74	0	12	12	1.08
5876006--5876057	15	3.6	15	82	15	65	69	0	17	13	1.19
5877447--5877638	43	4.5	43	78	3	226	17	33	31	17	1.93
5877477--5877635	85	1.9	86	89	1	248	15	33	31	19	1.93
5877666--5877723	21	2.8	22	82	15	70	55	3	1	39	1.27
5878645--5879001	176	2.0	176	97	0	669	37	17	18	27	1.93
5880784--5881077	105	2.8	105	93	1	493	29	30	21	18	1.97
5881027--5881104	27	2.9	27	94	0	138	29	32	25	12	1.93
5880922--5881209	132	2.2	132	96	0	522	31	29	21	17	1.96
5881056--5881287	105	2.2	104	91	2	367	32	30	19	17	1.95
5880818--5881287	237	2.0	235	93	1	798	31	29	20	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5881616--5881680	30	2.2	29	81	8	76	30	26	6	36	1.81
5881623--5881680	30	1.9	30	85	0	80	31	22	6	39	1.80
5883012--5883051	19	2.1	19	90	9	64	15	15	5	65	1.44
5884005--5884046	7	6.0	7	81	18	52	69	0	16	14	1.20
5884005--5884046	21	2.0	21	86	9	59	69	0	16	14	1.20
5885108--5885152	22	2.0	23	91	4	74	37	20	4	37	1.73
5885341--5886114	89	8.7	89	91	1	1239	31	17	23	28	1.97
5886695--5886751	17	3.4	17	77	0	60	15	50	14	19	1.77
5887903--5887997	18	5.3	19	70	22	71	29	8	0	62	1.25
5887916--5887990	14	5.5	14	68	17	50	32	6	0	61	1.22
5887897--5888011	54	2.1	54	96	0	212	28	6	0	64	1.19
5887916--5888008	26	3.5	26	64	14	64	32	6	0	61	1.21
5887918--5888031	54	2.1	54	81	3	131	35	7	0	56	1.35
5889006--5889054	19	2.6	19	83	3	55	28	4	2	65	1.22
5892000--5892466	144	3.2	143	90	1	745	29	20	14	35	1.92
5892562--5892618	18	3.2	18	69	0	51	35	14	7	43	1.72
5893994--5894026	16	2.0	17	88	5	50	39	3	6	51	1.42
5896600--5896659	31	1.9	33	86	10	90	46	1	5	46	1.34
5897540--5898122	144	4.0	144	96	0	1058	27	20	18	33	1.96
5898194--5898504	144	2.2	144	95	1	561	30	20	14	35	1.92
5905973--5906073	27	3.7	27	79	10	82	58	1	4	34	1.31
5905939--5906040	27	3.6	27	76	19	93	59	0	4	34	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5915870--5915915	23	2.0	24	91	4	76	41	10	2	45	1.51
5915976--5916003	12	2.3	12	100	0	56	21	35	28	14	1.92
5916097--5916138	11	3.9	11	87	6	68	69	0	30	0	0.89
5916097--5916136	21	1.9	21	94	0	71	70	0	30	0	0.88
5916162--5916204	22	2.0	22	86	9	61	20	0	11	67	1.22
5916266--5916300	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
5917142--5917179	18	2.1	18	95	0	67	34	7	47	10	1.67
5921417--5921559	4	35.0	4	75	17	100	0	31	0	67	0.95
5921402--5921560	40	4.4	36	79	13	175	0	32	0	66	0.96
5921402--5921471	35	2.2	30	85	12	86	1	31	0	67	1.00
5921403--5921560	75	2.2	74	84	12	204	0	32	0	66	0.97
5921678--5921719	21	2.0	21	95	0	75	59	0	7	33	1.25
5925758--5925803	24	1.9	24	82	8	58	58	0	8	32	1.28
5925765--5925834	27	2.6	28	84	8	83	57	0	10	32	1.32
5928432--5928723	144	2.0	144	90	3	455	32	14	24	28	1.95
5937774--5937829	3	17.3	3	78	14	58	5	32	0	62	1.18
5939691--5939749	6	9.8	6	100	0	118	67	0	0	32	0.91
5942749--5942905	56	2.8	56	83	0	188	46	14	6	32	1.70
5945834--5945864	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
5946340--5946375	11	3.2	12	88	11	58	47	0	52	0	1.00
5947655--5947907	73	3.5	72	92	3	400	30	18	18	32	1.95
5947840--5948084	86	2.8	86	83	6	269	34	19	17	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5948303--5948641	75	4.5	74	88	4	459	32	20	15	31	1.94
5948303--5948641	72	4.5	74	87	5	441	32	20	15	31	1.94
5948659--5948834	71	2.5	70	85	3	212	34	22	14	28	1.94
5956986--5957316	19	17.6	18	68	19	115	45	11	12	30	1.77
5957073--5957128	20	2.8	19	86	5	67	39	12	8	39	1.75
5957172--5957234	17	3.8	17	76	4	65	50	7	9	31	1.64
5957233--5957283	25	2.0	25	84	7	66	52	13	11	21	1.72
5957214--5957307	46	2.1	46	88	7	140	53	11	11	23	1.70
5957341--5957431	24	4.2	23	80	14	104	39	12	6	41	1.68
5957410--5957444	18	1.9	18	94	0	61	51	14	8	25	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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