genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  33  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8228208--8228308	50	2.0	50	100	0	202	27	28	9	33	1.89
8230121--8230192	38	1.9	36	88	5	108	16	5	6	70	1.28
8230106--8230190	42	2.0	42	84	4	109	16	7	5	70	1.29
8230314--8230619	108	2.8	109	88	1	440	31	17	16	33	1.93
8234913--8234968	17	3.2	17	87	2	85	78	1	19	0	0.84
8236172--8236573	45	9.0	45	76	7	390	29	24	23	22	1.99
8236164--8236573	89	4.6	89	91	0	613	30	23	23	22	1.99
8236717--8236853	45	3.1	44	76	3	139	31	18	24	26	1.97
8236731--8236853	45	2.8	45	81	3	151	31	19	21	26	1.97
8238761--8238791	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
8238917--8239222	109	2.8	109	85	2	404	31	16	17	34	1.92
8240832--8240886	28	2.0	28	85	7	76	29	0	1	69	0.99
8241206--8241257	26	2.0	25	81	3	59	53	3	5	36	1.43
8242585--8242622	14	2.6	15	84	16	53	47	15	10	26	1.78
8245773--8245833	23	2.6	24	77	15	65	65	8	0	26	1.20
8245860--8245904	6	7.3	6	80	14	56	77	2	2	17	0.97
8245861--8245886	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
8247125--8247158	17	1.9	18	88	5	52	20	0	2	76	0.92
8249859--8249909	22	2.4	22	77	9	52	68	3	7	19	1.30
8250005--8250054	24	2.1	24	84	0	64	46	6	26	22	1.74
8260771--8260856	40	2.2	40	91	0	145	44	17	5	32	1.73
8262772--8262933	18	8.7	18	68	15	98	59	1	2	36	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8262842--8262939	36	2.7	36	87	3	124	60	2	2	35	1.20
8263945--8263969	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
8277980--8278036	5	11.2	5	86	3	60	7	17	0	75	1.02
8294116--8294214	48	2.0	49	96	1	182	46	10	10	33	1.71
8303425--8303466	19	2.3	19	87	4	59	9	0	42	47	1.36
8303805--8304310	44	11.5	44	72	9	295	28	24	18	28	1.98
8303982--8304327	175	2.0	173	89	1	530	28	23	19	28	1.98
8303809--8304333	219	2.4	219	85	3	675	28	24	18	28	1.98
8304340--8304497	85	1.8	86	91	1	264	24	23	23	28	2.00
8305758--8305805	14	3.4	14	81	16	55	72	6	2	18	1.15
8306960--8307510	132	4.2	132	94	0	926	27	24	18	28	1.98
8307041--8307426	88	4.4	87	69	13	234	28	25	18	28	1.98
8307392--8307602	88	2.4	88	89	3	334	27	25	18	27	1.98
8307267--8307735	220	2.1	221	91	2	784	28	25	18	27	1.98
8307135--8307778	352	1.8	352	90	2	1042	28	25	18	28	1.98
8307462--8307778	132	2.4	132	90	1	483	28	24	18	27	1.98
8308947--8308980	13	2.8	12	90	4	50	14	14	0	70	1.17
8308947--8308980	6	5.5	6	89	6	50	14	14	0	70	1.17
8309492--8309527	18	2.0	18	89	10	56	2	5	8	83	0.89
8317775--8318358	300	2.0	298	88	2	868	26	19	16	38	1.92
8332499--8332536	20	1.9	20	94	0	67	52	2	0	44	1.14
8334539--8334622	41	2.0	41	100	0	168	38	16	9	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8337700--8337793	49	1.9	49	82	4	118	21	21	20	37	1.95
8338368--8338416	23	2.1	23	100	0	98	20	16	16	46	1.83
8349714--8349772	30	2.0	30	83	6	75	44	10	8	37	1.69
8350532--8350937	125	3.3	124	88	1	580	28	18	21	32	1.97
8353067--8353133	15	4.5	15	74	22	61	71	1	4	22	1.12
8353061--8353248	30	5.9	30	74	14	162	67	1	4	27	1.18
8353074--8353131	23	2.5	24	81	10	68	72	1	5	20	1.13
8353084--8353302	65	3.4	65	90	2	359	64	2	5	27	1.28
8353061--8353239	16	11.3	15	67	21	82	67	1	4	27	1.17
8353078--8353261	22	8.4	22	67	17	89	66	1	4	27	1.19
8353214--8353261	23	2.1	21	81	11	51	70	2	6	20	1.19
8362954--8362995	18	2.3	19	84	15	54	76	0	9	14	1.02
8368733--8368803	30	2.3	30	83	7	81	22	7	21	49	1.73
8379470--8379499	7	4.1	7	91	8	51	26	16	0	56	1.40
8379470--8379499	15	2.1	15	93	6	53	26	16	0	56	1.40
8380928--8381161	89	2.6	89	84	0	288	34	17	17	30	1.94
8381024--8381161	44	3.1	44	81	10	190	35	16	15	31	1.91
8381020--8381271	44	5.6	44	72	12	181	32	17	18	31	1.94
8381005--8381271	89	3.0	88	81	6	277	33	16	19	31	1.93
8381499--8381530	14	2.2	15	94	5	57	50	18	6	25	1.70
8382145--8382233	44	2.0	44	93	0	151	37	22	20	20	1.95
8383856--8384297	113	3.9	114	88	1	658	23	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8384544--8384589	15	3.1	15	96	0	83	19	0	43	36	1.51
8384539--8384620	22	3.8	20	75	10	65	20	0	40	39	1.53
8384829--8384875	14	3.3	15	82	8	62	27	0	31	40	1.57
8384872--8384946	15	5.1	15	81	13	77	24	0	38	37	1.55
8385346--8385499	85	1.8	83	91	5	256	41	16	15	26	1.88
8385430--8385783	135	2.5	138	83	11	424	47	13	13	24	1.80
8385514--8385783	144	1.9	140	84	9	355	48	13	12	24	1.77
8385513--8386760	253	4.9	239	73	15	782	47	12	13	26	1.78
8385643--8385850	102	2.0	103	89	5	323	47	11	12	27	1.77
8385643--8385896	102	2.4	99	84	11	271	47	12	13	26	1.78
8385430--8386837	386	3.6	388	88	6	2146	47	12	14	25	1.80
8385762--8386136	149	2.6	142	85	8	489	50	12	13	24	1.75
8386031--8386236	100	2.0	101	90	2	324	49	11	13	25	1.75
8386283--8386323	22	1.9	21	85	5	55	70	2	0	26	0.99
8386403--8386612	102	2.0	102	88	3	312	47	10	12	29	1.75
8386403--8386653	106	2.4	104	85	6	317	47	11	13	27	1.78
8386520--8386837	148	2.2	148	91	1	514	46	13	14	25	1.81
8390410--8390442	17	1.9	17	100	0	66	30	6	6	57	1.47
8391188--8391394	42	4.9	41	86	3	261	25	21	21	30	1.98
8391233--8391392	85	1.9	85	90	5	261	25	23	22	28	1.99
8392472--8392632	42	3.8	42	86	0	205	30	21	23	24	1.99
8392472--8392763	84	3.5	83	83	2	298	26	20	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8392561--8392763	42	4.8	42	90	2	300	21	20	22	34	1.96
8392524--8392763	126	1.9	126	82	0	300	24	20	22	33	1.97
8393079--8393128	21	2.4	21	90	6	75	2	44	18	36	1.61
8396161--8396598	9	47.8	9	71	17	278	34	1	17	46	1.58
8396242--8396332	34	2.6	34	73	5	83	35	3	18	42	1.67
8396272--8396598	123	2.7	121	84	3	494	35	1	17	45	1.56
8396522--8396629	52	2.1	51	84	1	135	33	1	20	44	1.62
8396556--8396607	18	2.9	18	88	0	50	30	3	21	44	1.70
8396556--8396607	27	1.9	27	84	0	68	30	3	21	44	1.70
8396616--8396688	35	2.1	34	85	9	96	31	1	13	53	1.49
8396559--8396751	86	2.3	85	81	10	209	32	2	14	50	1.56
8396649--8396707	12	4.8	12	74	15	57	35	0	11	52	1.38
8396835--8396878	15	2.8	16	82	10	54	56	0	4	38	1.20
8397081--8397125	23	2.0	23	81	0	54	42	4	6	46	1.50
8398343--8398402	29	2.1	28	96	3	111	46	20	6	26	1.75
8400308--8400362	7	7.9	7	75	0	56	49	45	0	5	1.25
8400322--8400366	21	2.1	21	87	0	63	48	42	0	8	1.34
8401490--8401626	72	1.9	73	84	4	188	25	24	18	32	1.97
8401562--8401857	114	2.6	115	84	2	364	25	23	20	30	1.98
8401564--8401913	114	3.1	114	80	4	287	26	23	18	30	1.98
8414646--8414680	8	4.4	8	88	0	52	40	0	5	54	1.24
8414646--8414680	16	2.2	16	94	0	61	40	0	5	54	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8416807--8416977	93	1.8	93	82	5	220	25	23	18	31	1.98
8427708--8427889	9	19.2	9	64	21	52	33	3	2	60	1.27
8427778--8427849	20	3.7	19	73	15	67	30	2	2	63	1.22
8427770--8427849	39	2.1	39	90	4	126	32	2	2	62	1.22
8429967--8430006	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
8430061--8430104	24	1.9	22	95	4	70	63	6	0	29	1.20
8431602--8431706	44	2.4	44	90	3	158	29	20	21	27	1.98
8431748--8432855	44	25.2	44	62	8	223	26	22	19	31	1.98
8431698--8432905	132	9.2	132	91	0	1862	25	23	19	31	1.98
8445063--8445104	3	14.0	3	85	9	59	66	2	0	30	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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