genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  78  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22280869--22280947	3	26.3	3	92	5	133	65	0	2	31	1.06
22281683--22281732	6	8.5	6	76	12	50	80	2	2	16	0.91
22281683--22281713	11	2.8	11	95	0	53	83	3	0	12	0.75
22281693--22281734	19	2.2	19	86	0	57	80	2	2	14	0.90
22281687--22281735	24	2.1	23	85	11	64	81	2	2	14	0.87
22282543--22282734	44	4.4	44	67	15	126	26	25	19	29	1.98
22282392--22282937	132	4.1	132	92	0	867	25	24	18	31	1.98
22282922--22284438	46	33.0	46	88	0	2127	28	28	16	26	1.97
22285629--22285661	9	3.6	9	95	4	57	9	12	0	78	0.95
22285645--22285676	13	2.4	14	94	5	57	9	12	0	78	0.97
22285622--22285676	25	2.2	25	83	6	67	10	12	0	76	1.02
22286503--22286564	10	6.3	10	84	14	76	6	0	11	82	0.84
22286503--22286568	15	3.8	17	82	13	73	7	0	12	80	0.91
22286503--22286562	28	2.1	29	87	9	88	6	0	11	81	0.86
22288610--22288652	19	2.3	17	78	21	50	41	13	23	20	1.88
22290503--22290559	20	2.7	22	71	20	59	61	8	10	19	1.54
22291080--22291140	3	20.3	3	86	6	88	63	0	4	31	1.15
22291891--22291921	11	2.8	11	95	0	53	83	3	0	12	0.75
22291901--22291942	19	2.2	19	86	0	57	80	2	4	11	0.95
22292256--22292312	27	2.1	28	83	9	73	8	3	35	52	1.50
22297515--22297805	142	2.0	145	90	2	462	43	4	10	41	1.59
22297521--22297841	142	2.2	142	83	7	423	44	4	10	41	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22302383--22302411	15	1.9	15	100	0	58	37	13	20	27	1.91
22321281--22321581	94	3.2	94	79	5	333	27	24	15	31	1.96
22331262--22331329	30	2.2	29	82	14	84	57	0	0	42	0.98
22332441--22332662	110	2.0	110	85	3	304	24	20	18	36	1.94
22335150--22335220	22	3.2	22	88	4	90	39	12	15	32	1.85
22335220--22335250	16	1.9	16	93	0	53	29	12	25	32	1.93
22335362--22335398	19	1.9	19	88	0	56	32	10	10	45	1.74
22335405--22335444	19	2.1	19	90	0	62	37	10	10	42	1.72
22338884--22339066	32	5.7	31	78	5	177	35	22	21	20	1.96
22338833--22339066	127	1.9	125	87	1	342	36	21	20	20	1.95
22338837--22339066	63	3.6	64	86	2	322	36	21	21	20	1.95
22339253--22339355	24	4.3	24	84	0	134	48	17	3	30	1.65
22339243--22339379	48	2.8	48	82	3	159	46	17	5	29	1.71
22339421--22339584	27	6.1	27	83	4	190	23	15	17	43	1.87
22339421--22339584	81	2.0	80	84	5	215	23	15	17	43	1.87
22351704--22351751	22	2.2	22	92	7	80	41	10	0	47	1.37
22356710--22356743	7	4.9	7	96	0	59	41	14	2	41	1.61
22356878--22356925	20	2.4	20	75	6	53	35	16	35	12	1.87
22362239--22362332	48	2.0	48	91	0	152	23	25	12	38	1.90
22384407--22384553	40	3.7	40	82	0	168	32	26	19	21	1.97
22388778--22389024	50	4.8	50	79	4	219	23	25	22	28	1.99
22394028--22394275	50	4.9	50	79	4	221	23	28	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22394027--22394275	99	2.4	102	78	5	245	23	28	20	27	1.99
22397280--22397334	27	2.1	25	81	18	60	67	9	5	18	1.38
22397365--22397408	19	2.3	19	84	0	61	75	2	4	18	1.09
22398965--22400122	143	8.1	143	85	0	1456	27	21	20	30	1.98
22400429--22400645	109	2.0	109	99	0	425	31	18	11	37	1.88
22412882--22412929	20	2.4	20	85	0	60	50	10	6	33	1.62
22417249--22417275	14	1.9	14	100	0	54	59	33	0	7	1.25
22417599--22417648	19	2.6	19	84	6	66	20	12	0	68	1.21
22419136--22419176	20	2.0	20	85	0	55	41	17	21	19	1.90
22421470--22421500	15	2.1	15	93	0	53	67	16	0	16	1.23
22421511--22421548	13	2.8	14	80	19	53	65	7	5	21	1.38
22422740--22422779	4	10.0	4	83	0	53	75	5	2	17	1.10
22425178--22425234	28	2.0	28	96	0	105	31	0	7	61	1.23
22427667--22427763	19	5.2	19	78	2	97	31	12	16	39	1.86
22427667--22427759	37	2.5	37	75	1	96	30	12	17	39	1.87
22427666--22427778	56	2.0	56	82	0	136	32	15	15	36	1.89
22428104--22428167	32	2.0	32	100	0	128	25	12	28	34	1.92
22438161--22438224	20	3.2	21	82	4	62	23	26	15	34	1.95
22438168--22438225	30	1.9	30	83	13	75	24	25	13	36	1.92
22439596--22439649	17	3.2	17	73	19	51	72	1	11	14	1.21
22440763--22440849	20	4.4	19	73	16	70	36	12	27	22	1.91
22440763--22440849	30	2.9	27	76	17	75	36	12	27	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22441984--22442035	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
22455621--22455645	10	2.5	10	100	0	50	44	0	8	48	1.32
22455838--22455876	3	12.7	3	84	15	53	64	0	5	30	1.15
22460018--22460168	40	3.8	40	77	0	140	35	21	20	21	1.96
22460050--22460154	20	5.2	20	65	4	59	36	22	20	20	1.95
22460024--22460172	80	1.9	80	84	0	199	36	23	18	20	1.95
22460107--22460186	40	2.0	40	82	0	97	35	22	18	23	1.96
22468684--22468723	19	2.0	20	85	4	55	37	12	2	47	1.55
22472039--22472086	19	2.6	18	81	15	53	25	20	8	45	1.79
22480483--22481205	44	16.6	43	66	16	197	30	18	21	29	1.97
22480484--22480761	129	2.2	129	91	0	448	30	18	21	29	1.97
22480613--22481030	175	2.4	175	94	0	710	31	19	20	28	1.97
22480613--22481118	90	5.7	90	75	7	464	31	19	20	28	1.97
22480753--22481239	265	1.8	265	93	0	848	31	19	20	28	1.97
22483197--22483235	19	2.0	20	85	5	53	38	12	2	46	1.56
22487105--22487152	19	2.6	18	81	15	53	25	20	8	45	1.79
22488703--22488864	44	3.6	44	75	6	164	27	20	23	28	1.99
22488703--22488907	44	4.6	44	72	8	130	29	19	21	29	1.98
22490923--22490962	19	2.0	20	85	4	55	37	12	2	47	1.55
22492755--22492801	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
22492930--22492963	17	2.1	17	88	5	52	47	2	0	50	1.16
22495212--22495300	22	3.9	21	72	20	63	28	8	1	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22495502--22495555	20	2.7	20	80	8	65	40	3	0	55	1.17
22495502--22495572	22	3.4	21	74	18	60	40	7	0	52	1.29
22495633--22495663	16	1.9	16	100	0	62	51	9	0	38	1.35
22495786--22495817	13	2.5	13	100	0	64	9	12	9	68	1.39
22496039--22496181	73	2.0	73	88	2	216	27	18	19	34	1.95
22496735--22497014	137	2.0	137	100	0	560	19	15	17	47	1.82
22498834--22498892	5	12.4	5	79	16	72	83	13	1	1	0.81
22498834--22498892	15	4.1	14	89	10	93	83	13	1	1	0.81
22498834--22498892	28	2.1	29	90	9	95	83	13	1	1	0.81
22498847--22498894	24	2.0	23	92	4	78	83	12	0	4	0.79
22499341--22499375	18	1.9	18	88	0	52	80	2	17	0	0.84
22500253--22502069	50	36.4	50	72	4	1100	32	20	21	25	1.98
22500506--22502069	100	15.6	100	86	0	2027	32	20	21	25	1.98
22502848--22502892	23	2.0	23	95	0	81	8	35	22	33	1.85
22503172--22503217	23	2.0	23	87	8	67	30	2	2	65	1.16
22503580--22503616	12	3.1	12	88	0	56	48	8	0	43	1.32
22503581--22503615	18	1.9	18	100	0	70	51	8	0	40	1.33
22504004--22504145	74	1.9	74	88	0	212	26	16	19	37	1.93
22507639--22507728	44	2.0	46	86	4	130	33	4	26	35	1.77
22507893--22508100	18	11.9	18	68	19	111	57	3	0	37	1.23
22507873--22508221	100	3.5	100	83	9	518	54	4	1	40	1.26
22510886--22510937	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22510895--22510950	12	4.7	12	74	14	53	12	23	0	64	1.27
22517129--22517407	123	2.3	124	93	1	481	29	15	21	32	1.95
22520623--22521190	58	9.6	58	79	10	580	26	1	27	44	1.62
22520807--22520881	28	3.0	23	74	22	62	26	0	29	44	1.55
22520982--22521049	26	2.6	26	100	0	136	14	2	35	47	1.60
22521083--22521181	29	3.4	29	95	4	182	28	0	28	43	1.55
22520623--22521049	29	14.8	29	85	6	548	25	0	28	45	1.60
22522421--22522503	42	2.0	42	95	0	148	38	9	18	33	1.83
22523113--22523143	11	2.8	11	95	0	53	90	6	3	0	0.55
22523073--22523179	49	2.1	49	83	11	128	70	7	6	15	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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