genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  63  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17452296--17452356	27	2.2	28	94	2	106	19	0	39	40	1.52
17452623--17452671	21	2.3	21	82	6	64	4	26	36	32	1.75
17452927--17452972	18	2.6	18	82	6	58	50	8	26	15	1.73
17454733--17454771	19	2.1	19	90	0	60	51	0	0	48	1.00
17454843--17454900	11	5.2	11	89	2	89	46	1	32	18	1.60
17460314--17460398	32	2.7	32	100	0	170	60	7	3	29	1.40
17461593--17461738	60	2.4	60	79	9	147	30	19	11	39	1.87
17470461--17470516	28	2.0	29	82	10	71	46	1	1	50	1.22
17470485--17470520	18	2.1	18	89	5	56	41	2	0	55	1.14
17476731--17476915	40	4.6	39	83	5	203	24	23	27	24	2.00
17476731--17476915	79	2.3	81	83	7	227	24	23	27	24	2.00
17476732--17476948	79	2.7	79	80	7	201	25	22	27	23	2.00
17484725--17484909	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
17484726--17484909	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
17484726--17484942	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
17487737--17487814	38	2.1	38	90	0	120	34	10	23	32	1.88
17492085--17492287	1	203.0	1	68	0	118	84	4	10	0	0.81
17492090--17492287	12	16.8	12	87	5	145	84	4	10	0	0.79
17492090--17492262	6	28.5	6	95	2	240	84	3	11	0	0.73
17494224--17494296	33	2.2	32	78	7	83	38	19	20	21	1.94
17500959--17500992	3	11.3	3	93	0	59	29	0	2	67	1.05
17501036--17501098	23	3.0	21	75	9	58	39	11	4	44	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17501509--17501544	4	8.8	4	87	6	54	22	2	0	75	0.94
17501509--17501568	25	2.4	25	83	10	70	21	5	5	68	1.29
17505675--17505755	34	2.4	35	87	8	114	83	7	0	8	0.80
17505674--17505774	30	3.3	31	77	19	88	81	6	0	10	0.93
17505672--17505763	24	3.9	24	81	13	102	81	7	1	9	0.92
17505672--17505774	25	4.2	24	81	16	106	80	6	0	11	0.94
17505673--17505750	1	78.0	1	75	0	57	85	6	0	7	0.73
17506595--17506646	7	7.0	7	77	18	52	69	0	15	15	1.20
17506593--17506637	15	2.9	16	80	6	65	73	0	13	13	1.10
17506594--17506644	15	3.3	15	73	10	50	72	0	13	13	1.12
17506729--17506775	21	2.2	21	80	0	58	27	10	36	25	1.89
17507856--17508365	46	11.1	46	90	0	750	27	15	26	30	1.96
17508374--17510022	132	12.5	132	91	1	2479	30	17	24	26	1.97
17508374--17510022	790	2.1	788	95	0	2920	30	17	24	26	1.97
17516900--17517237	51	6.7	50	80	7	355	28	26	15	28	1.96
17516894--17517237	102	3.4	102	88	3	473	29	26	15	29	1.96
17524032--17524080	21	2.6	18	78	12	53	32	10	32	24	1.89
17530531--17530560	16	1.9	15	93	6	51	53	6	6	33	1.53
17539982--17540055	27	2.7	27	85	0	94	24	32	20	22	1.98
17540046--17540116	27	2.7	27	88	2	99	28	32	21	18	1.96
17541995--17542030	18	2.0	18	94	0	63	41	11	8	38	1.71
17545745--17545782	3	13.0	3	88	5	60	28	0	2	68	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17558011--17558149	44	3.1	43	69	10	100	28	21	23	26	1.99
17557986--17558214	89	2.6	89	84	2	291	32	19	21	25	1.97
17560140--17560171	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
17560343--17560367	9	2.8	9	100	0	50	0	8	0	92	0.40
17572145--17572195	12	4.2	12	75	9	59	64	1	33	0	1.05
17572126--17572174	21	2.4	21	86	3	64	71	0	28	0	0.86
17572142--17572191	24	2.1	24	85	7	66	66	2	32	0	1.03
17572127--17572195	36	1.9	36	90	0	111	66	1	31	0	1.00
17572127--17572213	36	2.4	36	84	1	102	64	3	31	1	1.17
17572663--17572712	26	1.9	26	84	8	66	36	20	4	40	1.71
17572909--17572968	28	2.1	28	81	0	66	30	16	1	51	1.54
17575795--17575834	18	2.1	20	90	9	66	37	5	0	57	1.21
17575792--17575842	20	2.5	21	84	15	72	37	3	1	56	1.29
17608999--17609078	34	2.5	32	82	8	90	26	22	21	30	1.99
17611343--17611376	18	1.9	17	88	5	50	17	32	0	50	1.47
17620322--17620370	22	2.3	22	82	3	55	14	8	51	26	1.70
17625208--17625248	21	1.9	21	85	5	55	48	17	2	31	1.60
17629667--17629778	55	2.0	55	98	0	215	25	4	27	42	1.74
17630741--17630794	24	2.2	24	86	0	72	50	1	7	40	1.41
17630754--17630803	24	2.1	24	88	0	73	54	0	6	40	1.25
17632337--17632389	22	2.4	22	90	3	79	28	9	16	45	1.79
17632713--17632768	18	3.1	18	77	10	60	30	1	19	48	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17632698--17632768	36	2.0	36	82	0	88	29	5	18	46	1.72
17649352--17649387	12	2.9	12	95	4	63	61	0	22	16	1.35
17659393--17659638	50	4.8	50	78	6	203	28	20	28	22	1.99
17659403--17659589	100	1.8	104	81	6	238	25	20	29	23	1.99
17663309--17663334	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
17666275--17666299	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
17668260--17668713	47	9.7	47	91	3	722	32	8	29	29	1.86
17674273--17674520	50	4.8	52	79	7	222	27	20	28	22	1.99
17674334--17674568	50	4.7	49	77	4	168	28	22	25	22	1.99
17681554--17681740	50	3.6	50	86	4	185	25	21	29	22	1.99
17681607--17681801	50	3.9	50	86	0	237	26	20	30	23	1.98
17681554--17681801	100	2.4	103	83	4	286	27	20	29	23	1.99
17688002--17688180	50	3.6	49	84	5	209	22	19	27	29	1.98
17688054--17688180	48	2.5	49	91	7	202	21	19	28	30	1.98
17687995--17688219	51	4.5	50	78	9	210	24	17	27	30	1.97
17694666--17694700	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
17697047--17697349	47	6.4	47	92	0	491	29	29	8	33	1.86
17699219--17699243	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
17700414--17700445	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
17701716--17701740	13	1.9	13	100	0	50	44	8	16	32	1.76
17702095--17702168	17	4.5	17	70	21	59	40	4	1	54	1.28
17702078--17702171	48	2.0	48	91	0	152	39	3	2	55	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17702199--17702257	28	2.1	29	83	3	75	50	1	5	42	1.34
17706975--17707027	25	2.1	25	89	0	79	28	9	20	41	1.83
17711505--17711580	37	2.1	36	83	11	93	40	2	2	53	1.28
17716870--17716990	61	2.0	63	83	6	158	51	5	17	25	1.67
17720408--17720497	20	4.3	20	77	6	81	33	1	2	63	1.14
17720448--17720488	12	3.8	11	81	12	50	31	0	4	63	1.15
17720848--17720895	8	5.8	8	82	4	51	41	0	0	58	0.98
17720842--17720896	9	6.3	9	79	10	53	43	0	0	56	0.99
17721579--17721685	50	2.1	50	96	0	196	49	12	13	25	1.76
17723158--17723182	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
17723349--17723388	22	1.9	20	90	10	62	27	2	10	60	1.42
17727077--17727106	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
17727941--17727994	19	2.8	19	76	13	65	61	0	0	38	0.96
17727955--17727992	11	3.6	11	86	13	62	60	0	0	39	0.97
17728577--17728602	6	4.3	6	100	0	52	15	30	53	0	1.42
17729308--17729671	168	2.2	169	87	4	522	32	12	14	39	1.84
17738441--17738479	20	2.0	20	84	0	51	58	2	0	38	1.12
17738437--17738482	24	1.9	24	82	8	58	60	2	0	36	1.09
17740366--17740397	16	2.0	16	100	0	64	25	12	25	37	1.91
17740556--17740603	24	2.0	24	100	0	96	37	16	16	29	1.91
17740609--17740636	7	4.0	7	100	0	56	28	0	0	71	0.86
17749288--17749478	67	2.8	69	72	7	172	34	22	18	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17749327--17749457	67	2.0	67	84	3	174	36	22	16	25	1.94
17766500--17766706	41	5.0	41	89	0	297	28	19	27	24	1.99
17768837--17768866	15	2.0	15	93	0	51	13	0	10	76	1.01
17770676--17770705	13	2.3	13	94	0	51	26	26	13	33	1.93
17771644--17771669	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
17772619--17772836	30	7.3	29	73	11	120	23	26	11	38	1.89
17772613--17772750	60	2.3	60	93	0	231	23	28	11	36	1.90
17772605--17772787	30	6.1	30	72	11	133	22	26	12	38	1.90
17772619--17772841	89	2.5	88	77	7	243	23	25	12	39	1.89
17781331--17781554	40	5.6	40	81	10	237	25	28	21	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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