genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  35  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8747686--8747751	9	7.2	9	86	10	89	21	10	28	39	1.86
8747686--8747751	20	3.6	18	83	8	89	21	10	28	39	1.86
8749919--8749976	17	3.2	18	78	11	55	65	1	0	32	1.03
8749975--8750035	9	6.6	9	75	20	54	52	1	1	44	1.20
8749936--8750023	10	9.1	10	70	16	53	61	2	1	35	1.16
8749965--8750023	19	3.2	19	81	15	70	57	1	1	38	1.19
8750458--8750530	16	4.7	16	73	14	64	34	2	1	61	1.19
8750472--8750531	29	2.1	27	87	6	84	31	1	1	65	1.13
8750470--8750538	16	4.4	16	76	12	72	33	1	1	63	1.12
8752228--8752573	36	9.4	36	79	8	313	30	14	19	34	1.92
8752306--8752556	109	2.3	109	92	0	421	29	15	20	34	1.94
8752284--8752573	73	3.9	74	80	5	338	30	15	20	34	1.93
8755059--8755102	19	2.4	19	77	14	56	72	2	20	4	1.13
8755789--8755900	50	2.2	50	82	3	127	28	16	18	36	1.92
8755943--8756339	218	1.8	218	90	2	636	26	24	19	28	1.99
8756326--8756571	129	1.9	129	96	0	456	23	24	21	31	1.98
8757858--8757890	7	4.9	7	85	7	50	12	3	0	84	0.72
8758720--8758758	15	2.6	15	83	0	51	0	28	0	71	0.86
8758754--8758829	6	12.8	6	80	13	50	10	7	10	71	1.32
8758779--8758840	29	2.1	29	82	8	72	6	6	11	75	1.17
8764936--8765079	37	4.0	37	82	5	161	30	13	19	36	1.90
8765826--8765856	16	1.9	16	93	0	53	19	19	29	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8775596--8775677	6	13.7	6	87	5	76	70	9	7	12	1.33
8777860--8778218	129	2.8	129	90	0	558	31	19	22	27	1.97
8778203--8778707	44	11.6	44	70	10	232	27	19	24	28	1.98
8778204--8778790	217	2.7	218	91	0	942	28	19	24	28	1.99
8779537--8779591	27	2.0	28	82	3	67	41	34	5	18	1.73
8780787--8780823	3	12.0	3	88	5	56	35	2	0	62	1.10
8780789--8780831	22	2.0	22	86	9	61	32	2	2	62	1.20
8781028--8781062	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
8789652--8789694	22	2.0	22	90	0	68	51	16	13	18	1.77
8790691--8790783	46	2.0	46	100	0	186	39	25	10	23	1.87
8794721--8794757	18	2.1	18	85	14	51	43	2	8	45	1.47
8798403--8798502	49	2.0	49	86	3	139	31	16	11	42	1.82
8802558--8802638	40	2.0	40	100	0	162	43	17	12	27	1.84
8806399--8806696	149	2.0	149	95	0	542	21	21	14	42	1.88
8811616--8812013	42	9.4	42	86	5	498	31	21	22	24	1.98
8811616--8812013	85	4.7	85	87	3	500	31	21	22	24	1.98
8811635--8812013	169	2.2	170	87	4	543	32	21	21	24	1.98
8812461--8812508	21	2.3	21	88	0	69	2	43	18	35	1.62
8818023--8818235	9	24.2	9	69	17	144	30	2	19	46	1.62
8818017--8818206	25	7.7	25	73	14	135	31	2	19	46	1.61
8818348--8818388	13	2.8	15	85	14	59	34	0	19	46	1.50
8818347--8818425	16	5.0	16	76	13	74	34	1	16	48	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8823715--8823827	41	2.8	41	79	2	129	35	23	23	17	1.95
8823802--8823857	26	2.2	26	96	0	103	33	32	23	10	1.89
8823840--8823937	41	2.4	41	86	3	126	38	25	21	14	1.91
8823734--8823935	108	1.9	108	88	0	305	36	26	22	14	1.93
8826268--8826325	27	2.1	27	90	3	89	39	10	3	46	1.55
8826890--8826920	16	1.9	16	100	0	62	35	0	0	64	0.94
8829407--8829444	17	2.2	17	90	0	58	31	5	0	63	1.17
8831526--8831559	17	2.0	17	88	0	50	41	17	5	35	1.74
8834014--8834075	10	6.3	10	70	22	51	59	0	3	37	1.13
8834015--8834075	19	3.2	19	71	19	54	59	0	3	37	1.14
8834016--8834076	29	2.1	28	87	3	86	57	0	3	39	1.15
8833927--8834085	39	4.2	38	73	13	105	61	2	3	32	1.27
8839636--8839723	40	2.2	41	85	2	115	31	7	19	40	1.80
8840238--8840308	35	2.0	35	100	0	142	29	19	14	36	1.91
8847097--8847127	13	2.3	14	94	5	55	51	25	3	19	1.62
8849991--8850057	35	1.9	34	84	3	89	25	4	7	62	1.40
8850687--8850768	31	2.7	30	81	5	85	32	8	13	45	1.74
8867158--8867193	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
8885127--8885226	45	2.2	45	84	7	132	41	16	16	27	1.88
8889054--8889280	41	5.5	41	96	0	409	23	27	22	26	1.99
8896968--8897153	41	4.5	41	97	0	345	23	28	22	25	1.99
8906321--8906360	19	2.1	19	100	0	80	35	5	15	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8906721--8906768	25	1.9	25	82	0	60	41	0	16	41	1.48
8907546--8907613	20	3.4	20	70	8	66	14	29	17	38	1.90
8907534--8907618	40	2.1	40	91	4	136	17	30	16	35	1.92
8909284--8909319	11	3.3	11	92	0	54	22	5	41	30	1.76
8912936--8912968	17	1.9	17	93	0	57	45	18	15	21	1.85
8921062--8921098	17	2.1	19	85	10	51	29	24	5	40	1.77
8926252--8926284	9	3.7	9	95	0	57	12	6	0	81	0.85
8930936--8930987	20	2.3	24	81	15	67	71	1	0	26	0.97
8934508--8934551	23	1.9	23	85	0	61	50	6	13	29	1.68
8935230--8935279	11	4.5	11	78	14	50	38	2	0	60	1.09
8935288--8935340	20	2.7	20	82	5	63	35	1	7	54	1.40
8935419--8935458	18	2.2	18	90	0	62	35	10	5	50	1.58
8938409--8938448	12	3.3	12	78	0	53	0	2	27	70	1.01
8941448--8941480	17	1.9	17	93	0	57	78	0	15	6	0.93
8941787--8941831	19	2.3	19	88	3	63	84	4	8	2	0.84
8943634--8943658	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8944860--8944898	21	1.9	20	84	5	51	38	5	0	56	1.22
8944938--8944979	22	2.0	22	85	4	59	61	2	0	35	1.09
8946023--8946076	20	2.7	20	85	5	65	55	9	1	33	1.42
8946023--8946085	19	3.2	19	80	8	65	55	7	1	34	1.39
8946024--8946099	18	4.1	18	80	13	66	51	9	1	38	1.42
8946760--8946858	9	10.8	9	76	18	71	39	1	2	57	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8946760--8946858	29	3.6	28	78	12	98	39	1	2	57	1.17
8952921--8952958	20	1.9	20	88	0	58	42	18	26	13	1.87
8955685--8955750	29	2.2	29	87	12	91	57	0	1	40	1.08
8956145--8956220	29	2.6	29	78	0	80	34	3	15	46	1.65
8956565--8956606	17	2.5	18	81	11	54	33	0	2	64	1.07
8957157--8957215	23	2.4	24	83	8	66	59	0	0	40	0.97
8957155--8957215	24	2.5	24	81	10	70	59	0	0	40	0.98
8957198--8957239	22	1.9	22	90	0	66	54	2	0	42	1.13
8957838--8957870	17	1.9	17	88	11	50	66	0	3	30	1.06
8958283--8958330	25	1.9	25	95	0	87	27	0	8	64	1.22
8958359--8958395	17	2.2	17	90	0	56	51	0	0	48	1.00
8958552--8958576	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8960909--8960949	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
8970667--8970764	49	2.0	49	100	0	196	38	4	20	36	1.72
8975500--8975556	30	1.9	30	86	10	82	57	1	5	35	1.31
8976940--8976995	29	1.9	29	82	13	71	48	0	10	41	1.38
8977204--8977257	28	2.0	27	85	7	74	44	0	11	44	1.39
8980083--8980205	57	2.1	60	85	10	164	31	17	25	25	1.97
8993529--8993562	16	2.1	16	88	0	50	17	2	8	70	1.25
8994696--8994735	20	2.0	20	90	4	64	60	5	5	30	1.40
8995164--8995239	37	2.1	36	83	11	93	39	2	2	55	1.28
8995695--8995783	42	2.1	42	93	0	151	16	17	15	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8995653--8995838	99	1.9	98	94	1	327	19	17	17	45	1.86
8995737--8995862	57	2.2	57	94	0	216	20	19	15	44	1.86
8995737--8995878	57	2.5	56	88	4	205	19	20	14	45	1.86
9002886--9003235	174	2.0	175	95	0	630	42	20	9	28	1.83
9004232--9004438	57	3.6	56	83	7	249	43	15	17	23	1.87
9004656--9004695	16	2.5	17	76	15	50	40	0	5	55	1.22
9009491--9009538	13	3.6	14	77	11	55	16	16	14	52	1.76
9015397--9015433	18	2.1	18	90	5	58	29	2	16	51	1.58
9022079--9022201	61	2.0	61	100	0	246	26	16	24	33	1.96
9026006--9026050	19	2.4	18	82	10	56	71	6	0	22	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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