genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  29  of  172  ( 20605 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7028329--7028431	22	4.7	22	70	24	76	37	0	11	50	1.39
7028285--7028685	31	13.5	31	70	23	192	40	1	11	46	1.51
7028214--7028669	56	7.8	56	75	16	236	39	1	12	45	1.53
7028453--7028528	16	4.6	16	70	23	68	35	0	18	46	1.50
7028419--7028528	50	2.2	50	88	6	161	39	0	16	44	1.48
7028452--7028528	25	3.1	25	77	18	97	36	0	18	45	1.49
7028569--7028671	9	10.8	9	67	20	50	37	1	11	48	1.51
7030829--7030877	16	3.1	16	81	0	53	26	16	42	14	1.86
7030834--7030880	16	2.9	16	83	0	58	25	19	40	14	1.90
7031137--7031418	83	3.4	81	79	7	289	32	23	18	25	1.97
7031722--7031771	19	2.7	19	81	9	59	22	2	2	74	1.03
7031722--7031764	20	2.2	20	87	8	61	18	2	2	76	1.00
7031744--7031779	12	3.0	12	92	8	56	25	2	0	72	0.98
7032100--7032135	17	2.1	18	89	5	56	38	33	0	27	1.57
7032992--7033693	114	6.2	114	86	1	971	27	21	19	31	1.97
7035198--7035237	20	1.9	21	90	10	64	50	5	0	45	1.23
7038545--7038570	11	2.4	11	100	0	52	46	11	7	34	1.69
7045567--7045617	21	2.4	21	80	6	59	43	5	25	25	1.77
7045894--7045933	17	2.2	17	86	8	53	40	0	7	52	1.30
7046279--7046319	21	2.0	21	85	0	55	17	14	21	46	1.84
7046666--7046708	21	2.0	21	100	0	86	44	13	9	32	1.76
7047864--7047905	10	3.9	10	82	17	57	40	19	2	38	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7047851--7047905	23	2.4	23	96	0	101	40	16	3	40	1.66
7047851--7047902	13	4.2	13	80	14	65	42	13	3	40	1.62
7047887--7048026	43	3.3	43	92	2	219	44	16	10	29	1.80
7051225--7051263	20	2.0	20	84	0	51	51	0	2	46	1.14
7061576--7061628	27	2.0	27	88	0	79	28	33	15	22	1.94
7070294--7070364	16	4.2	16	75	10	61	39	23	12	23	1.89
7074446--7075072	67	9.4	67	82	3	676	31	16	26	25	1.96
7075220--7075276	27	2.2	26	87	3	78	43	15	19	21	1.87
7076893--7076969	38	2.0	38	100	0	154	48	23	10	18	1.78
7084033--7084097	32	2.0	32	82	11	80	15	23	3	58	1.51
7091537--7091561	13	1.9	13	100	0	50	48	16	4	32	1.64
7091576--7091637	16	4.2	15	76	17	67	58	17	0	24	1.39
7091648--7091718	33	2.2	33	84	5	90	53	21	2	22	1.59
7091657--7091726	33	2.1	33	89	0	104	52	17	4	25	1.62
7091840--7091877	15	2.5	15	91	0	58	57	13	5	23	1.56
7094911--7094942	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
7095103--7095271	43	4.0	43	77	13	179	31	28	17	21	1.96
7111949--7111994	18	2.6	17	83	10	58	39	28	15	17	1.90
7117335--7117403	27	2.6	27	88	0	102	28	17	15	37	1.91
7117395--7117549	27	5.8	27	82	3	179	18	16	22	43	1.88
7117395--7117547	81	1.9	80	89	4	236	18	16	22	43	1.88
7120034--7120110	17	4.4	18	82	8	79	35	31	18	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7120015--7120144	34	3.9	34	74	13	101	36	32	16	13	1.89
7120261--7120306	20	2.2	21	84	3	67	34	0	4	60	1.16
7121014--7121079	29	2.2	30	83	2	89	43	12	7	36	1.70
7121634--7121666	15	2.3	15	89	5	50	51	0	6	42	1.26
7122078--7122130	27	2.0	27	84	0	70	52	1	0	45	1.11
7122027--7122139	27	4.1	27	68	7	68	50	1	0	46	1.17
7123547--7123686	70	2.0	70	100	0	280	45	5	25	22	1.74
7136750--7136921	50	3.4	50	80	4	159	25	25	29	20	1.99
7137563--7137598	19	1.9	18	88	5	54	50	5	5	38	1.49
7137835--7137875	20	2.0	20	85	0	55	29	0	19	51	1.47
7140691--7140783	45	2.1	45	89	0	141	32	19	18	30	1.95
7140843--7140877	3	11.7	3	93	0	61	2	0	31	65	1.07
7140987--7141043	29	2.0	29	86	6	80	29	29	15	24	1.96
7141994--7142042	22	2.2	23	81	3	55	51	6	2	40	1.38
7144584--7144609	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
7148675--7148738	32	2.0	32	81	3	74	53	0	9	37	1.34
7149214--7149248	18	1.9	18	88	0	52	40	0	0	60	0.97
7149230--7149271	15	2.9	14	83	13	50	54	0	0	45	0.99
7149234--7149270	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
7153071--7153148	39	2.0	39	97	0	147	28	14	17	39	1.89
7155133--7155189	27	2.1	27	81	12	64	42	5	0	52	1.24
7155663--7155857	72	2.7	71	80	9	211	28	24	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7155801--7156087	115	2.5	115	79	8	318	26	25	23	24	2.00
7156431--7156481	8	6.6	8	77	8	52	19	0	41	39	1.52
7156426--7156456	16	2.0	16	93	6	55	19	0	41	38	1.51
7156431--7156483	23	2.3	24	81	15	67	20	0	41	37	1.53
7157628--7157689	22	2.7	23	78	14	58	54	3	1	40	1.26
7157887--7158135	82	3.0	82	94	3	437	38	10	19	31	1.86
7157887--7158135	83	3.0	81	93	5	428	38	10	19	31	1.86
7157887--7158168	82	3.4	79	87	9	332	35	11	20	32	1.89
7162682--7162725	21	2.1	21	86	0	61	34	18	47	0	1.49
7163061--7163349	43	6.8	43	93	1	458	35	22	19	23	1.96
7172665--7172723	30	2.0	30	96	0	109	54	15	5	25	1.61
7172753--7172795	22	2.0	22	85	0	59	58	9	11	20	1.61
7172760--7172800	11	3.7	11	80	0	55	56	7	14	21	1.63
7172761--7172808	22	2.2	22	85	7	62	60	4	16	18	1.51
7181404--7181519	43	2.7	42	80	9	135	48	19	19	12	1.80
7184918--7185030	32	3.5	32	79	6	120	36	14	7	41	1.75
7185432--7185482	25	2.0	25	88	7	77	56	1	15	25	1.50
7202354--7202428	38	1.9	39	81	10	91	36	1	2	60	1.20
7205306--7205351	19	2.4	19	80	16	51	65	0	4	30	1.12
7209807--7209840	15	2.3	15	90	10	52	35	0	26	38	1.57
7215289--7215328	20	2.0	20	86	13	57	65	2	0	32	1.06
7217433--7217488	18	3.4	16	73	26	55	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7217433--7217488	16	3.4	17	76	14	64	53	0	0	46	1.00
7217465--7217530	22	2.9	22	69	18	55	48	0	1	50	1.10
7218535--7218586	4	12.8	4	83	4	50	42	26	7	23	1.81
7222013--7222063	19	2.6	20	81	9	61	29	1	1	66	1.13
7221998--7222063	29	2.3	29	84	5	89	28	3	3	65	1.23
7222070--7222111	17	2.5	16	85	11	57	42	0	2	54	1.13
7227134--7227241	54	2.0	54	98	0	207	28	3	36	31	1.75
7227141--7227231	29	3.3	29	72	17	102	30	3	37	28	1.73
7231485--7231518	10	3.3	10	84	8	50	67	11	11	8	1.42
7232503--7232532	3	9.7	3	92	7	51	66	0	33	0	0.92
7233808--7233843	17	2.1	17	100	0	72	36	0	16	47	1.47
7234615--7234644	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
7234683--7234742	30	2.0	30	100	0	120	43	13	10	33	1.77
7237545--7237588	18	2.4	18	100	0	88	22	13	18	45	1.84
7237621--7237645	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
7237626--7237703	38	2.0	39	92	2	131	50	29	2	17	1.60
7237900--7237966	9	7.4	9	93	0	89	25	8	23	41	1.83
7239724--7239818	28	3.4	28	85	1	102	24	27	20	28	1.99
7239737--7239824	28	3.1	27	88	6	122	20	23	19	36	1.95
7243868--7243918	24	2.2	22	76	10	57	21	19	7	50	1.72
7243873--7243917	24	1.9	23	86	4	63	22	20	4	53	1.63
7246774--7246809	16	2.2	16	95	0	63	27	0	33	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7247044--7247078	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
7246939--7247247	157	2.0	157	96	0	575	44	2	4	47	1.38
7247181--7247222	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
7247190--7247231	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
7247001--7247250	76	3.1	82	65	24	224	48	3	2	46	1.33
7247179--7247476	120	2.5	121	90	5	462	50	4	2	42	1.37
7247300--7247351	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
7247472--7247686	92	2.3	92	80	7	211	49	4	2	43	1.36
7252836--7252887	26	2.0	26	84	0	68	51	5	1	40	1.37
7260138--7260203	31	2.1	31	100	0	132	40	3	36	19	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172