genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  54  of  172  ( 20605 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14606137--14606319	50	3.5	50	80	6	161	24	28	19	27	1.99
14608494--14608607	60	1.9	60	94	0	201	34	20	18	27	1.96
14610875--14611080	27	7.7	27	78	9	208	19	18	19	41	1.90
14610875--14611080	53	3.9	54	81	8	242	19	18	19	41	1.90
14610913--14611066	80	1.9	81	88	4	231	18	19	19	42	1.90
14614132--14614181	26	1.9	26	91	0	82	44	20	16	20	1.87
14614341--14614816	27	17.6	27	83	4	496	19	18	18	43	1.89
14614341--14614816	81	5.9	81	86	2	582	19	18	18	43	1.89
14632609--14632651	19	2.2	20	84	12	54	55	0	11	32	1.36
14634665--14635002	44	7.6	44	76	6	299	31	25	15	28	1.96
14634670--14635002	89	3.8	89	76	6	307	31	24	15	27	1.96
14634665--14635002	133	2.5	133	92	0	559	31	25	15	28	1.96
14644705--14644740	4	8.8	4	87	6	54	72	0	2	25	0.98
14644674--14644746	35	2.1	35	82	5	85	65	5	2	26	1.27
14654028--14654103	20	3.8	20	75	3	73	11	31	15	40	1.84
14654086--14654136	20	2.5	20	78	6	59	9	27	23	39	1.86
14658556--14659029	234	2.0	234	96	0	869	31	21	12	34	1.90
14659996--14660112	49	2.4	49	81	9	132	23	24	20	30	1.98
14659983--14660168	50	3.7	50	80	6	200	23	27	22	26	1.99
14661351--14661788	138	3.2	137	85	1	583	44	5	9	40	1.61
14666029--14666064	17	2.1	18	89	5	56	36	19	11	33	1.87
14668559--14669362	140	5.8	140	77	9	726	28	19	19	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14668839--14669339	266	1.9	266	86	0	725	28	20	19	31	1.97
14668987--14669237	126	2.0	126	84	3	326	28	19	19	31	1.97
14671373--14671500	27	4.8	25	75	14	69	22	19	15	42	1.89
14671407--14671606	27	7.4	27	83	3	208	17	19	19	44	1.88
14678523--14678588	26	2.5	26	85	0	96	34	19	25	19	1.96
14678810--14679048	27	8.8	27	73	13	96	19	20	17	41	1.91
14678823--14679007	54	3.4	53	81	3	190	21	20	17	41	1.91
14678866--14679048	81	2.3	81	83	1	224	19	22	16	41	1.90
14678865--14679048	54	3.4	54	82	3	201	19	22	16	41	1.90
14684063--14684108	7	6.9	7	95	5	78	28	0	0	71	0.86
14684216--14684677	36	12.7	36	75	11	354	26	22	13	37	1.92
14684216--14684678	73	6.3	72	81	5	495	26	22	13	37	1.92
14684216--14684649	219	2.0	218	85	4	599	26	23	13	36	1.92
14684216--14684678	109	4.2	109	78	9	489	26	22	13	37	1.92
14693320--14693469	27	5.5	27	92	3	228	26	14	28	31	1.94
14693320--14693469	55	2.7	55	93	0	246	26	14	28	31	1.94
14697925--14697959	16	2.2	16	94	0	61	34	31	8	25	1.86
14713817--14713912	24	4.0	24	80	2	104	26	14	27	32	1.95
14737331--14737355	12	2.1	12	100	0	50	60	24	8	8	1.52
14737422--14737474	20	2.5	22	81	6	65	22	18	20	37	1.94
14751528--14751575	20	2.5	20	82	3	62	56	2	20	20	1.53
14753040--14753084	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14757041--14757078	18	2.0	19	90	10	60	63	7	0	28	1.23
14772534--14772563	15	2.0	15	100	0	60	40	33	6	20	1.78
14773380--14773408	12	2.3	13	94	5	51	13	17	0	68	1.20
14773327--14773456	63	2.2	60	81	12	142	28	19	4	47	1.69
14774920--14775095	27	6.5	27	82	8	191	38	21	19	19	1.93
14774939--14775513	27	21.4	27	80	7	468	35	19	21	23	1.96
14775632--14775694	27	2.4	26	82	10	83	25	23	15	34	1.95
14775740--14776006	32	8.4	32	76	9	215	18	19	24	37	1.94
14775752--14775986	64	3.7	63	80	4	240	18	20	25	36	1.95
14775745--14775986	96	2.5	96	80	5	265	18	19	25	36	1.94
14775998--14776062	22	3.0	21	81	4	76	16	20	18	44	1.87
14784452--14784808	46	8.2	46	83	12	475	29	20	15	34	1.94
14784619--14784767	36	3.9	36	78	16	163	27	20	14	37	1.92
14784572--14784808	82	2.9	82	96	0	429	28	21	13	35	1.92
14784452--14784808	128	2.7	132	81	13	427	29	20	15	34	1.94
14791071--14791101	11	2.8	11	90	0	53	61	0	0	38	0.96
14798830--14798898	27	2.6	27	90	0	102	39	20	21	18	1.93
14805968--14806009	22	2.0	22	86	13	63	54	0	0	45	0.99
14805971--14806004	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
14821053--14821276	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
14821195--14821346	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
14828605--14828827	104	2.2	104	92	2	369	17	19	31	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14828747--14828897	71	2.1	72	91	2	243	23	17	29	30	1.97
14852415--14852452	19	2.0	19	94	0	67	10	18	0	71	1.14
14852746--14852793	25	1.9	25	95	0	87	20	10	14	54	1.70
14857441--14857468	12	2.3	12	100	0	56	7	42	0	50	1.30
14863494--14863526	16	2.0	17	94	5	59	0	3	6	90	0.52
14865779--14865830	16	3.3	15	76	12	50	30	0	32	36	1.58
14865789--14865848	16	3.8	16	86	4	77	33	0	33	33	1.58
14866082--14866116	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14866097--14866287	61	3.2	61	70	14	205	49	6	1	42	1.39
14866181--14866232	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
14866065--14866357	120	2.4	121	94	1	509	50	5	2	42	1.36
14866398--14866458	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
14866405--14866548	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
14866373--14866580	91	2.3	90	89	4	317	46	4	2	46	1.37
14866398--14866540	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
14866423--14866561	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
14866049--14866613	221	2.6	216	71	18	479	49	5	2	43	1.38
14875605--14875671	33	2.0	33	94	0	116	23	23	5	46	1.74
14884624--14884676	27	2.0	27	84	0	70	35	11	7	45	1.69
14896884--14896919	9	4.1	9	89	7	56	41	13	0	44	1.44
14896884--14896919	17	2.1	17	89	5	54	41	13	0	44	1.44
14897664--14897865	43	4.7	43	79	2	219	24	15	22	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14897658--14897865	84	2.4	85	84	3	267	24	14	22	38	1.92
14903105--14903149	18	2.5	18	88	0	63	46	15	4	33	1.66
14904170--14904233	25	2.6	25	73	14	60	28	10	7	53	1.64
14907645--14907709	13	5.1	13	83	3	87	30	6	26	36	1.81
14909150--14909200	13	3.9	13	89	0	84	21	9	29	39	1.85
14912194--14912246	14	4.0	13	79	18	56	24	1	0	73	0.93
14912194--14912246	27	2.0	26	85	10	72	24	1	0	73	0.93
14916894--14916964	19	3.4	21	79	11	65	42	16	7	33	1.76
14916894--14916951	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
14917480--14917769	88	3.3	88	65	15	204	26	24	19	30	1.98
14917568--14918020	44	10.5	45	73	12	165	28	25	18	27	1.98
14917778--14918464	122	5.6	121	77	18	651	29	26	18	25	1.98
14917779--14918417	166	4.0	158	86	10	772	28	26	19	25	1.98
14917861--14918464	44	14.6	44	86	8	714	29	25	18	25	1.98
14919729--14919791	15	4.4	14	76	7	63	11	11	0	77	0.99
14919729--14919791	14	4.4	14	72	7	54	11	11	0	77	0.99
14919772--14919815	23	1.9	23	86	9	63	0	4	11	84	0.77
14921449--14921481	9	3.8	9	88	4	50	42	15	21	21	1.89
14923812--14923855	23	2.0	22	86	4	61	54	2	9	34	1.44
14924545--14924602	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
14924717--14924743	14	1.9	14	100	0	54	14	0	11	74	1.08
14925090--14925140	23	2.2	23	89	0	75	27	7	21	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14927628--14927736	39	2.8	39	97	1	202	51	28	2	17	1.59
14927854--14927916	17	3.5	17	69	12	54	34	3	12	49	1.57
14927851--14927925	37	2.0	37	94	0	114	36	4	14	45	1.64
14927924--14927964	18	2.3	18	91	0	64	24	4	24	46	1.72
14930823--14930857	18	2.0	18	88	5	54	48	0	0	51	1.00
14930828--14930877	17	2.9	17	83	16	52	48	4	0	48	1.20
14930848--14930877	15	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
14930844--14931014	38	4.3	38	65	19	107	50	4	1	42	1.33
14930802--14931430	120	5.2	120	94	0	1116	50	4	1	43	1.31
14930917--14930963	16	3.0	16	78	12	53	51	0	2	46	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172