genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  10  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2815277--2815466	50	3.6	53	80	8	221	26	21	27	24	1.99
2818201--2818252	21	2.4	23	75	12	56	44	7	13	34	1.72
2818421--2818449	13	2.2	13	100	0	58	17	13	24	44	1.85
2819206--2819235	16	1.9	15	93	6	51	36	3	6	53	1.44
2819171--2819282	56	2.0	56	98	0	215	34	5	10	49	1.61
2819872--2820138	34	7.8	35	69	17	132	55	2	1	40	1.23
2819824--2820146	103	3.1	102	92	2	513	54	2	1	40	1.26
2820055--2820141	40	2.2	37	77	16	93	57	1	1	40	1.14
2824001--2824029	15	1.9	15	100	0	58	41	6	13	37	1.72
2824016--2824223	114	1.8	113	86	5	303	28	14	12	44	1.81
2830150--2830190	20	2.1	20	86	4	57	51	4	2	41	1.36
2832767--2832797	9	3.4	9	90	0	53	41	22	9	25	1.84
2832896--2832949	18	2.9	18	86	2	72	11	1	46	40	1.50
2834169--2834227	24	2.5	24	82	0	73	59	6	1	32	1.34
2835307--2835349	22	1.9	22	85	4	59	25	13	44	16	1.85
2836227--2836280	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
2836216--2836287	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
2836227--2836303	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
2836483--2836527	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
2836682--2836728	23	2.0	23	84	8	60	38	2	0	59	1.09
2836751--2836794	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
2844604--2844633	15	1.9	16	93	6	53	43	0	10	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2844606--2844646	9	4.6	9	83	16	50	43	0	9	46	1.36
2853131--2853790	331	2.0	333	93	1	1146	42	8	22	26	1.83
2856671--2856711	19	2.2	19	87	12	59	56	0	4	39	1.21
2857003--2857065	27	2.3	27	81	5	65	25	6	1	66	1.24
2864673--2864697	13	1.9	13	100	0	50	48	20	8	24	1.76
2867076--2867390	144	2.2	145	90	3	510	23	22	19	34	1.97
2868134--2868173	20	2.0	20	85	5	53	42	7	2	47	1.45
2875696--2875879	99	1.9	99	86	6	266	41	3	32	21	1.71
2879765--2879815	19	2.8	18	82	5	68	66	0	7	25	1.18
2879768--2879816	18	2.8	17	85	11	64	67	0	8	24	1.18
2886384--2886421	18	2.2	17	90	9	60	42	0	5	52	1.24
2892141--2892171	16	1.9	16	93	0	53	45	3	6	45	1.45
2896243--2896334	19	4.8	19	94	0	166	38	16	8	36	1.79
2896220--2896334	38	2.9	38	93	5	185	39	16	7	36	1.78
2897063--2897218	50	3.1	50	65	1	123	28	23	20	28	1.99
2897050--2897308	101	2.6	101	88	3	387	27	22	19	30	1.98
2897050--2897346	100	3.0	100	83	8	370	26	21	20	31	1.98
2897663--2897925	44	6.0	44	90	0	391	31	24	16	27	1.96
2900271--2900323	11	5.2	11	71	17	51	20	5	26	47	1.72
2900277--2900323	20	2.3	20	92	0	76	23	6	27	42	1.78
2900284--2900385	9	11.2	9	84	6	107	24	9	25	40	1.86
2900310--2900384	26	2.8	26	87	2	105	26	10	24	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2904633--2904678	23	2.1	23	84	8	60	43	15	4	36	1.66
2904633--2904786	19	7.7	22	86	6	70	38	16	7	37	1.77
2904670--2904796	19	6.7	19	94	0	227	37	16	9	37	1.81
2904647--2904796	38	3.8	38	91	3	237	38	16	8	36	1.80
2904647--2904792	57	2.5	57	89	4	220	38	16	8	36	1.79
2904892--2904932	19	2.1	19	86	4	55	17	2	12	68	1.31
2905769--2906002	69	3.4	69	83	0	297	25	18	24	31	1.97
2908388--2908422	15	2.3	15	90	5	52	57	5	2	34	1.37
2912718--2912806	41	2.2	40	81	2	97	34	4	10	50	1.56
2915166--2915344	43	4.2	42	78	7	162	40	21	19	18	1.92
2915207--2915379	43	4.0	43	76	5	136	40	21	17	20	1.91
2917713--2917767	27	2.0	27	89	0	83	14	25	40	20	1.90
2917847--2917899	22	2.3	23	84	12	74	66	1	30	1	1.13
2921227--2921256	6	5.0	6	91	0	51	0	36	33	30	1.58
2922881--2922922	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
2922959--2923040	38	2.2	38	95	0	146	39	3	3	53	1.36
2923074--2923195	60	2.0	60	85	3	165	54	14	0	30	1.47
2923236--2923595	22	15.9	22	74	18	262	55	12	0	31	1.41
2923236--2923461	27	9.1	27	75	18	195	54	12	0	32	1.41
2923183--2923461	49	5.7	49	84	2	368	54	13	0	31	1.42
2923355--2923575	103	2.3	91	79	14	198	55	13	0	31	1.38
2923758--2923798	3	14.3	3	80	10	50	0	39	0	60	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2923760--2923802	20	2.2	20	95	0	77	0	41	0	58	0.98
2923761--2923810	14	3.6	14	77	20	52	0	40	0	60	0.97
2934626--2934748	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
2934626--2934748	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
2934651--2934761	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
2938055--2938107	23	2.3	23	93	0	97	32	26	20	20	1.98
2938333--2938371	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
2948522--2948605	43	2.0	42	83	6	107	48	2	23	25	1.63
2954083--2954136	25	2.2	25	82	0	63	24	22	18	35	1.96
2954103--2954178	25	3.0	25	79	11	84	25	17	26	31	1.97
2970294--2970399	34	3.0	35	80	12	110	23	23	31	21	1.99
2970397--2970475	35	2.2	36	86	2	106	26	22	27	22	1.99
2973912--2973968	21	2.7	21	80	0	69	17	19	14	49	1.80
2973950--2974042	40	2.4	39	77	1	105	17	19	23	39	1.92
2980865--2980952	40	2.2	40	84	6	108	17	14	26	42	1.87
2990489--2990534	2	23.5	2	95	4	85	50	0	50	0	1.00
2993200--2993747	281	1.9	282	93	1	947	41	20	8	29	1.82
2994362--2994465	27	3.7	28	71	15	72	57	3	1	36	1.28
2994470--2994557	28	3.0	28	74	11	79	57	3	5	32	1.39
2994732--2994864	35	3.7	35	72	11	97	36	3	0	59	1.18
2994753--2994783	16	1.9	16	93	0	53	22	6	3	67	1.28
2994794--2994875	19	4.5	18	79	15	80	39	1	0	59	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2994813--2994852	16	2.6	16	88	4	55	40	0	0	60	0.97
2994804--2994872	35	2.0	33	88	5	102	39	1	0	59	1.06
2994896--2995107	87	2.4	86	83	7	241	31	8	20	40	1.81
2995595--2995634	20	2.0	20	85	0	53	62	7	5	25	1.42
2995636--2995773	9	14.9	9	69	14	50	56	5	1	36	1.32
2995777--2995842	31	2.2	29	84	10	87	62	1	0	36	1.05
2995777--2995852	32	2.4	31	84	8	91	60	2	0	36	1.11
2995995--2996036	21	2.0	21	86	4	59	28	0	2	69	1.01
2997024--2997097	37	2.0	37	84	5	96	27	32	16	24	1.96
2997052--2997308	43	6.0	43	77	7	245	30	29	16	22	1.96
2998021--2998110	47	1.9	46	88	6	137	38	25	6	28	1.81
2998021--2998112	23	4.0	23	79	13	107	38	26	6	29	1.81
2998448--2998531	39	2.1	39	86	4	114	51	7	11	29	1.65
3001608--3002339	146	5.0	146	90	3	1100	24	17	13	44	1.84
3001608--3002339	291	2.5	291	89	4	1109	24	17	13	44	1.84
3003010--3003085	22	3.5	22	71	8	68	38	32	0	28	1.58
3003641--3004013	113	3.3	112	90	4	556	24	26	22	26	2.00
3004082--3004107	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
3006355--3006413	31	1.9	31	89	0	91	23	3	40	32	1.71
3012682--3012727	11	4.1	11	83	11	58	2	19	0	78	0.86
3012693--3012727	13	2.8	13	91	4	54	2	20	0	77	0.90
3012682--3012727	25	2.0	22	87	12	65	2	19	0	78	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3016563--3016613	18	2.8	18	75	0	66	15	27	0	56	1.39
3016557--3016614	6	9.7	6	90	0	53	13	25	1	58	1.45
3020247--3020298	23	2.2	22	83	12	68	36	1	0	61	1.07
3023662--3023732	29	2.5	29	93	2	117	49	5	2	42	1.41
3023688--3023763	23	3.4	23	70	15	79	50	5	2	42	1.39
3023697--3023780	42	2.1	41	80	10	95	51	7	2	39	1.42
3026833--3026916	42	2.0	42	90	4	134	51	5	3	39	1.44
3027580--3027642	29	2.3	27	86	8	83	28	3	0	68	1.05
3027597--3027719	40	3.0	40	91	6	183	34	2	0	63	1.08
3028237--3028284	19	2.5	19	75	0	51	64	6	2	27	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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