genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  49  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13202602--13202764	54	3.0	54	93	0	283	17	20	31	30	1.95
13203356--13203401	13	3.5	13	84	3	56	26	4	17	52	1.63
13209050--13209276	50	4.4	50	85	3	247	26	20	29	23	1.99
13209710--13209980	43	6.3	43	84	0	319	30	30	16	21	1.96
13212069--13212128	24	2.5	24	86	2	86	56	10	10	23	1.62
13214040--13214069	15	2.0	15	93	0	51	43	33	0	23	1.54
13214049--13214100	21	2.5	20	78	9	59	34	40	0	25	1.56
13214707--13214748	20	2.2	19	86	4	57	66	4	4	23	1.30
13214755--13214941	41	4.6	41	79	2	151	26	26	22	23	2.00
13215011--13215138	40	3.2	40	78	5	116	22	22	20	34	1.97
13216001--13216042	20	2.1	20	100	0	84	19	9	23	47	1.78
13220307--13220594	50	5.7	49	79	6	245	27	20	28	24	1.99
13220352--13220594	100	2.4	100	82	2	274	27	20	29	23	1.99
13225733--13225788	26	2.2	26	86	0	76	17	14	10	57	1.65
13232317--13232379	27	2.3	27	81	5	74	26	25	14	33	1.94
13238000--13238036	19	1.9	19	88	0	56	48	0	8	43	1.32
13241148--13241194	23	2.1	22	88	7	69	57	14	6	21	1.60
13247600--13247643	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
13247599--13247654	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
13247612--13247677	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
13247643--13247687	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
13248973--13249167	98	2.0	98	95	0	354	28	10	24	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13253165--13253210	17	2.9	15	78	12	56	84	13	2	0	0.71
13253163--13253211	22	2.3	21	86	13	73	83	14	2	0	0.73
13253165--13253211	10	4.5	10	82	10	58	85	12	2	0	0.70
13254553--13263628	132	68.9	132	93	1	15054	28	17	23	29	1.97
13257418--13257598	43	4.2	44	65	16	103	30	17	22	29	1.96
13254553--13263536	44	204.8	44	62	9	848	28	17	23	29	1.97
13263857--13263950	19	4.8	19	88	5	143	36	11	15	36	1.85
13263857--13263957	40	2.7	38	86	8	143	36	10	16	35	1.84
13263889--13263973	21	4.0	22	79	14	81	37	7	16	38	1.76
13263939--13263983	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
13264831--13265021	98	1.9	98	94	0	337	27	9	24	38	1.87
13265817--13265855	17	2.2	17	86	4	51	71	2	2	23	1.10
13267825--13267948	59	2.1	60	86	1	169	33	16	9	39	1.82
13269838--13269915	29	2.7	29	78	7	79	20	25	34	19	1.96
13270818--13270856	17	2.2	17	90	4	60	35	10	7	46	1.67
13278113--13278185	29	2.4	30	80	15	96	15	27	15	42	1.86
13284903--13284935	17	1.9	17	93	0	57	57	15	12	15	1.65
13287186--13287216	11	2.7	11	95	5	53	77	0	3	19	0.90
13294245--13294436	48	4.0	48	78	6	183	27	20	28	23	1.99
13294255--13294429	95	1.8	95	82	0	224	26	18	29	25	1.98
13301629--13301825	48	4.1	48	80	2	207	25	19	30	23	1.98
13304427--13304474	20	2.4	20	100	0	96	25	37	20	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13305623--13305682	29	2.0	30	90	6	95	16	26	15	41	1.88
13305639--13305694	29	1.9	29	88	0	85	14	25	17	42	1.87
13305628--13305844	120	1.8	120	87	0	326	19	23	16	40	1.91
13307266--13309959	732	3.7	735	88	3	3846	34	21	16	27	1.95
13320106--13321780	736	2.3	733	92	1	2779	33	21	16	28	1.95
13323372--13323618	137	1.8	137	80	0	305	32	27	19	19	1.97
13324596--13324724	40	3.2	40	74	3	118	34	20	22	22	1.97
13324765--13324961	41	4.8	41	80	5	236	19	22	28	29	1.98
13324765--13324959	82	2.4	81	87	6	261	19	22	28	29	1.98
13325055--13325116	26	2.3	27	83	5	81	56	4	12	25	1.56
13326226--13326258	16	2.1	16	100	0	66	60	6	6	27	1.44
13328646--13328676	15	2.1	15	100	0	62	38	6	6	48	1.55
13328656--13328734	22	3.8	21	74	19	67	34	5	5	55	1.44
13328980--13329938	142	6.8	142	97	0	1801	46	10	4	38	1.59
13329589--13329938	66	5.0	66	71	20	289	46	10	4	39	1.58
13329811--13330024	86	2.5	86	97	0	401	48	10	4	36	1.57
13329898--13331196	142	9.2	142	97	0	2417	45	10	5	38	1.60
13328980--13331345	284	8.4	291	89	6	2101	46	10	4	38	1.60
13328980--13331074	426	4.9	437	88	6	1917	45	10	4	38	1.60
13329244--13330592	654	2.1	654	97	0	2545	46	10	4	38	1.60
13331037--13331076	20	2.0	20	95	5	71	50	0	7	42	1.30
13331159--13331297	66	2.3	55	74	23	170	46	14	2	35	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13331047--13331384	187	1.8	187	98	1	651	47	10	4	37	1.59
13331173--13331326	66	2.3	66	98	0	281	48	11	3	35	1.58
13331305--13331422	55	2.1	54	84	9	150	46	8	3	41	1.51
13331522--13331716	9	23.5	8	68	16	55	47	18	4	29	1.68
13331536--13331716	66	2.7	65	79	7	195	46	18	4	30	1.68
13331522--13331700	16	10.8	16	67	15	71	46	19	4	29	1.69
13331605--13331658	25	2.2	25	86	0	72	48	18	3	29	1.65
13331571--13331700	41	3.2	41	83	0	134	49	16	4	29	1.66
13331431--13331658	116	2.0	116	81	8	268	46	19	4	29	1.69
13337095--13337261	66	2.5	66	83	1	192	39	16	29	14	1.88
13337615--13337804	43	4.4	43	71	5	123	26	17	30	25	1.97
13337664--13337911	43	5.7	43	79	4	250	21	19	31	27	1.98
13337627--13337911	130	2.2	129	83	3	340	22	18	31	28	1.97
13337639--13337911	86	3.2	87	81	4	304	21	19	30	28	1.97
13341301--13341355	21	2.6	21	91	0	83	27	16	27	29	1.97
13348873--13348935	26	2.4	26	100	0	126	19	22	25	33	1.97
13352265--13352304	21	1.9	21	89	0	62	45	35	10	10	1.71
13362729--13362761	15	2.1	16	88	5	50	63	3	3	30	1.24
13370089--13370203	37	3.1	37	88	0	167	17	14	26	41	1.88
13387405--13387464	13	4.5	13	74	12	50	31	3	15	50	1.60
13387485--13387532	14	3.6	13	86	10	62	27	4	14	54	1.59
13388212--13388250	17	2.3	17	91	8	62	28	7	41	23	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13392819--13392917	29	3.4	29	75	5	119	44	21	6	28	1.75
13393366--13393424	28	2.1	28	100	0	118	25	6	28	38	1.81
13394355--13394407	26	2.0	26	100	0	106	41	18	15	24	1.89
13395741--13395793	20	2.7	20	93	0	88	52	7	9	30	1.61
13395731--13395791	20	2.7	24	75	17	58	50	6	11	31	1.64
13398608--13398912	81	3.7	81	78	7	249	45	12	11	30	1.78
13398617--13398921	88	3.7	79	76	12	256	44	12	11	31	1.78
13401271--13401371	50	2.0	50	96	0	184	39	6	12	40	1.70
13404125--13404219	43	2.2	43	90	0	145	32	34	14	17	1.91
13406138--13406168	10	3.1	10	95	0	53	51	12	19	16	1.76
13406841--13406879	12	3.2	12	96	0	69	38	30	10	20	1.86
13408403--13408460	32	1.9	31	83	13	77	41	3	6	48	1.47
13408709--13408773	14	4.6	14	75	21	55	36	38	0	24	1.56
13408704--13408821	21	5.5	21	70	11	71	38	34	0	25	1.62
13408768--13408814	15	3.3	15	85	8	62	40	31	2	25	1.68
13408998--13409059	15	4.1	15	79	6	63	30	40	1	27	1.66
13409059--13409110	14	3.6	14	74	5	50	48	28	0	23	1.51
13409398--13409492	41	2.3	41	94	0	163	28	32	22	16	1.96
13409566--13409641	40	1.9	40	83	5	100	19	18	22	39	1.92
13410718--13410867	65	2.3	65	97	1	282	44	1	8	46	1.41
13411003--13411033	15	2.1	15	100	0	62	38	22	19	19	1.93
13411305--13411416	61	1.9	58	88	5	170	39	3	5	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13411302--13411437	58	2.3	58	81	9	152	39	3	6	50	1.46
13412528--13412552	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
13413608--13413804	41	4.8	41	91	5	308	28	20	22	28	1.98
13414021--13414084	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
13414028--13414101	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
13419728--13419752	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
13420789--13420886	41	2.3	43	87	6	148	30	20	19	29	1.97
13422260--13422529	40	6.8	39	85	8	325	24	26	22	25	2.00
13422260--13422529	79	3.4	79	85	7	352	24	26	22	25	2.00
13422260--13422517	119	2.2	120	86	8	357	24	25	22	26	2.00

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