genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27963098--27963143	20	2.3	20	88	0	74	63	0	0	36	0.95
27970549--27970619	27	2.6	27	95	0	124	28	29	26	15	1.96
27970661--27970816	36	4.6	34	69	23	98	68	0	29	1	1.00
27970655--27970711	4	14.2	4	78	14	55	68	0	31	0	0.90
27973889--27973920	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
27974038--27974077	11	3.7	11	86	6	64	0	30	0	70	0.88
27974040--27974078	21	1.9	20	94	5	69	0	30	0	69	0.89
27974160--27974233	27	2.7	27	97	0	139	14	33	27	24	1.94
27974296--27974348	27	2.0	27	88	0	79	49	0	7	43	1.31
27975472--27975529	31	1.9	30	96	3	107	65	3	0	31	1.09
27978439--27978472	14	2.4	14	90	5	50	82	2	2	11	0.89
27978764--27978789	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27993301--27993345	3	15.0	3	85	0	54	31	8	0	60	1.28
27993498--27993608	51	2.2	48	80	16	113	36	10	0	52	1.43
27996963--27996996	17	1.9	18	88	5	52	26	0	0	73	0.83
27997178--27997214	18	2.1	18	100	0	74	45	10	21	21	1.82
27999244--27999325	12	6.8	12	67	9	51	48	9	14	26	1.75
27999249--27999295	25	1.9	24	82	4	58	48	8	14	27	1.73
27999311--27999375	14	4.6	14	71	7	51	53	7	12	26	1.64
27999363--27999400	18	2.1	18	85	9	51	60	7	15	15	1.57
28000258--28000303	12	3.9	12	88	8	60	6	0	8	84	0.77
28000732--28000789	6	9.5	6	85	10	55	72	0	3	24	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28000748--28000791	3	15.3	3	81	9	56	70	0	2	27	0.99
28005056--28005178	12	9.8	12	68	15	61	50	8	15	26	1.71
28005061--28005107	25	1.9	24	82	4	58	51	6	14	27	1.67
28005173--28005210	18	2.1	18	85	9	51	60	7	15	15	1.57
28008005--28008039	8	4.4	8	100	0	70	22	0	0	77	0.78
28008012--28008090	30	2.6	28	75	13	77	26	3	0	69	1.05
28008019--28008093	13	5.8	12	71	12	51	28	4	0	68	1.08
28009855--28010025	90	1.9	88	89	2	261	42	7	12	38	1.70
28010349--28010388	20	2.1	19	86	9	55	10	7	2	80	1.00
28013506--28013536	10	3.1	10	90	0	53	77	3	9	9	1.10
28016381--28016407	13	2.1	13	100	0	54	14	0	0	85	0.61
28017299--28017468	71	2.4	69	80	11	182	30	24	15	30	1.95
28022916--28022948	16	2.2	15	89	10	50	36	9	24	30	1.86
28025992--28026134	33	4.3	33	74	7	112	21	44	3	30	1.69
28028303--28028329	13	2.1	13	100	0	54	62	0	14	22	1.31
28028935--28028969	18	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
28029244--28029385	50	2.8	50	79	7	171	23	33	5	37	1.79
28030589--28030624	11	3.2	11	96	4	63	19	36	0	44	1.51
28030697--28030736	10	4.0	10	80	0	53	32	0	0	67	0.91
28032711--28032759	21	2.3	21	86	6	64	36	34	24	4	1.75
28032923--28033489	23	24.6	24	75	14	427	48	23	0	27	1.55
28032925--28033506	66	8.8	67	82	10	609	48	24	0	27	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28032925--28033489	45	12.8	45	82	11	538	48	23	0	27	1.55
28033158--28033283	37	3.2	38	83	16	182	49	23	0	27	1.50
28033017--28033547	196	2.7	191	84	10	650	47	24	0	27	1.56
28032944--28033586	21	29.5	21	74	14	278	47	23	0	27	1.57
28033589--28033799	104	2.0	103	96	0	386	37	9	9	43	1.71
28033793--28033873	18	4.8	16	72	18	58	44	7	1	46	1.39
28036864--28037115	124	2.0	124	91	2	407	30	24	15	29	1.96
28040803--28040827	12	2.1	12	100	0	50	16	20	24	40	1.91
28050925--28051014	34	2.6	36	87	5	123	35	3	18	42	1.67
28051091--28051120	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
28055312--28055394	25	3.3	25	68	0	67	37	15	21	25	1.93
28055610--28055684	24	3.1	23	74	11	69	36	20	29	14	1.92
28056017--28056046	10	2.8	11	90	10	53	36	26	0	36	1.57
28058806--28058856	18	2.7	20	73	14	54	52	0	1	45	1.12
28058826--28058856	16	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
28064587--28064859	35	7.4	35	72	13	190	31	23	21	23	1.98
28064544--28064877	75	4.5	75	84	3	399	32	23	21	23	1.98
28064916--28064990	37	2.0	37	94	0	132	37	22	1	38	1.63
28066787--28066837	24	2.2	24	85	3	68	39	13	13	33	1.84
28071023--28071098	33	2.5	30	78	16	75	48	1	1	48	1.18
28080719--28080766	24	2.0	24	100	0	96	37	8	20	33	1.83
28084622--28084693	20	3.7	19	81	7	83	34	0	8	56	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28084608--28084692	39	2.1	41	81	14	97	38	0	7	54	1.28
28084606--28084694	20	4.3	21	76	16	80	37	0	6	56	1.26
28086562--28086629	33	2.1	33	100	0	136	38	14	23	23	1.92
28092753--28092943	28	6.9	27	78	9	163	25	23	16	35	1.94
28092766--28092950	55	3.4	56	82	5	191	25	22	16	35	1.95
28095740--28095791	27	1.9	27	96	0	95	36	13	9	40	1.77
28099811--28099877	28	2.4	28	92	2	109	26	29	13	29	1.94
28102236--28102267	15	2.1	15	94	0	55	71	0	0	28	0.86
28110493--28110572	26	3.1	26	81	1	99	22	21	22	33	1.97
28110499--28110573	25	3.0	25	80	2	87	21	21	22	34	1.97
28110675--28110739	28	2.4	27	84	5	87	26	20	23	30	1.98
28118209--28118341	26	5.1	26	86	0	167	23	21	21	34	1.97
28125013--28125203	64	3.0	64	100	0	382	28	28	14	29	1.95
28125634--28125692	7	8.0	7	80	12	57	72	1	13	11	1.19
28125633--28125692	14	4.0	15	79	14	70	73	1	13	11	1.18
28125633--28125683	8	6.6	8	78	17	63	76	1	11	9	1.10
28125633--28125692	31	2.0	29	87	6	84	73	1	13	11	1.18
28126923--28127061	45	3.2	45	66	13	117	30	23	23	22	1.99
28127061--28127397	129	2.6	127	87	2	494	31	19	23	24	1.98
28127408--28127943	219	2.5	218	84	4	666	29	19	22	28	1.98
28127961--28128236	50	5.5	50	71	5	198	32	22	19	24	1.97
28127944--28128240	100	3.0	100	90	0	450	32	22	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28129637--28129693	3	18.3	3	75	7	51	28	5	3	63	1.33
28133316--28133357	18	2.4	17	84	7	57	52	2	0	45	1.13
28137717--28137825	57	1.9	57	96	3	202	21	42	1	34	1.63
28137734--28137824	27	3.3	27	69	24	89	19	40	2	37	1.64
28148483--28148821	41	8.3	41	90	0	527	22	28	20	29	1.98
28148489--28148821	82	4.1	82	99	0	659	22	28	20	29	1.98
28149033--28149069	19	1.9	19	94	0	65	45	18	0	35	1.50
28155368--28155707	41	8.3	41	90	0	527	22	28	20	29	1.98
28155374--28155707	82	4.1	82	100	0	668	22	28	20	29	1.98
28155919--28155955	19	1.9	19	94	0	65	45	18	0	35	1.50
28167122--28167163	21	2.0	21	100	0	84	14	28	19	38	1.90
28171605--28171698	37	2.6	36	81	11	102	32	22	1	43	1.60
28175271--28175316	3	15.7	3	86	13	69	63	0	0	36	0.95
28179113--28179144	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
28179211--28179240	12	2.6	12	94	5	53	36	6	0	56	1.26
28184609--28184744	43	3.2	43	84	3	159	24	28	21	25	1.99
28186783--28186830	22	2.2	22	100	0	96	14	20	16	47	1.82
28189171--28189244	23	3.2	23	92	1	112	25	6	6	60	1.47
28189824--28189859	7	5.1	7	86	0	54	27	50	2	19	1.62
28189972--28190013	14	3.1	14	83	16	61	35	45	0	19	1.50
28189999--28190108	54	2.0	56	92	3	188	48	20	0	30	1.50
28190148--28190191	21	2.1	21	83	8	54	31	43	0	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28190285--28190318	14	2.4	14	100	0	68	44	32	0	23	1.54
28190644--28190964	41	7.9	41	91	1	493	28	31	20	19	1.97
28190999--28191135	40	3.4	40	82	5	161	18	22	21	37	1.94
28194499--28194631	41	3.3	40	89	3	196	33	18	27	21	1.96
28194560--28194626	20	3.3	20	68	12	64	35	19	25	19	1.95
28199257--28199321	27	2.4	28	87	10	98	30	0	23	46	1.53
28199402--28199437	18	1.9	19	88	5	56	41	0	2	55	1.14
28200204--28200328	55	2.3	54	80	4	142	24	10	15	49	1.75
28200338--28200458	55	2.2	55	88	1	181	28	7	14	48	1.71
28209923--28209967	21	2.1	21	87	0	63	20	33	22	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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