genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1881129--1881202	33	2.2	34	87	4	105	51	9	1	37	1.43
1881102--1881270	83	2.0	86	91	3	281	48	7	4	40	1.50
1881187--1881254	34	2.0	34	88	8	102	47	4	4	44	1.43
1881149--1881279	43	3.1	43	67	11	110	48	7	3	39	1.50
1881315--1881371	16	3.6	16	92	0	96	45	5	3	45	1.43
1881345--1881406	22	2.7	23	90	5	90	48	1	1	48	1.21
1882069--1882114	17	2.6	17	86	3	56	60	0	2	36	1.09
1884172--1884295	43	2.9	44	78	9	139	33	27	19	19	1.96
1888602--1888913	34	9.3	33	83	6	367	35	17	16	30	1.92
1889825--1889863	15	2.6	15	95	0	69	28	28	20	23	1.99
1890515--1890572	15	3.9	15	86	0	80	29	22	17	31	1.96
1890506--1890572	30	2.2	30	89	0	98	28	19	19	32	1.96
1901207--1901241	17	2.0	18	88	5	54	14	45	28	11	1.79
1905379--1905435	22	2.6	22	85	0	69	22	19	42	15	1.89
1908124--1908182	19	3.1	19	79	15	68	38	0	3	57	1.15
1908124--1908182	31	1.9	31	89	0	91	38	0	3	57	1.15
1910247--1910306	24	2.5	24	83	2	75	38	33	18	10	1.84
1921009--1921046	14	2.7	14	91	0	58	36	7	18	36	1.80
1921139--1921176	20	1.9	20	100	0	76	50	2	0	47	1.15
1922428--1922517	26	3.2	28	81	15	105	55	15	3	25	1.56
1922418--1922504	26	2.9	31	80	19	121	52	16	3	27	1.59
1922419--1922531	27	4.0	27	75	18	88	53	16	3	26	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1925785--1925817	2	17.0	2	93	6	59	51	48	0	0	1.00
1936830--1936875	21	2.2	21	84	7	58	43	13	23	19	1.86
1936830--1936924	42	2.3	41	83	7	111	44	14	22	18	1.86
1940849--1940883	12	3.0	12	95	4	63	48	0	17	34	1.47
1941097--1941190	42	2.2	42	81	7	102	26	21	13	38	1.91
1942943--1943119	39	4.5	39	90	1	266	33	3	18	45	1.66
1943116--1943171	22	2.5	23	85	8	64	42	14	14	28	1.84
1943126--1943171	22	2.1	22	91	0	74	39	17	13	30	1.87
1947501--1947571	30	2.4	30	82	0	88	29	19	16	33	1.94
1947641--1947674	17	1.9	18	88	5	52	50	2	20	26	1.63
1950835--1950874	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
1950873--1950916	3	14.7	3	85	0	52	34	22	0	43	1.54
1950835--1950917	6	14.3	6	88	7	64	32	12	0	55	1.37
1951320--1951412	45	2.1	45	95	0	168	37	2	21	38	1.66
1964901--1964956	27	2.1	27	89	0	85	30	8	23	37	1.85
1968969--1969079	42	2.6	42	73	5	98	23	33	21	21	1.97
1971394--1973405	837	2.4	838	83	2	2533	34	18	12	33	1.89
1975914--1976013	27	3.7	28	74	16	84	19	27	19	35	1.95
1979434--1979473	20	2.0	20	95	0	71	17	20	22	40	1.92
1983438--1983507	31	2.3	31	80	7	81	25	11	20	42	1.85
1984375--1984423	16	3.1	16	77	8	55	44	2	0	53	1.12
1984413--1984440	8	3.5	8	100	0	56	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1991930--1992097	84	2.0	84	89	0	255	36	17	14	30	1.90
1994926--1994957	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
1997092--1997518	129	3.3	127	81	6	479	32	18	19	30	1.96
2000524--2000571	22	2.2	21	85	3	60	39	2	2	56	1.23
2000540--2000578	21	1.9	21	94	5	71	38	0	0	61	0.96
2004031--2004093	29	2.1	30	91	2	101	33	17	17	31	1.93
2008803--2008915	47	2.5	46	78	11	133	39	6	14	39	1.71
2008803--2008922	44	2.6	45	79	6	127	40	5	13	40	1.68
2008886--2009048	61	2.6	61	94	3	272	38	4	13	42	1.66
2009015--2009129	47	2.4	49	80	5	144	37	5	15	41	1.70
2009252--2009353	41	2.5	41	91	0	168	19	21	28	30	1.98
2012964--2013098	68	2.0	69	89	4	211	41	2	5	50	1.40
2014740--2014817	31	2.6	31	76	10	81	37	23	16	23	1.94
2016735--2016796	32	1.9	32	93	0	106	17	6	20	54	1.65
2020441--2020508	34	2.0	34	100	0	136	23	14	35	26	1.94
2023831--2023866	18	1.9	19	88	5	56	22	25	5	47	1.73
2024312--2024422	38	2.9	38	86	0	159	35	15	15	34	1.89
2026671--2026713	22	1.9	23	86	13	63	6	20	2	69	1.23
2027538--2027662	38	3.3	38	86	0	169	34	11	16	38	1.84
2027538--2027676	38	3.7	38	83	0	134	33	10	17	38	1.84
2027858--2027950	45	2.1	44	85	2	123	21	16	25	36	1.94
2030140--2030181	21	2.0	21	81	9	50	42	4	0	52	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2035048--2035079	16	2.0	16	100	0	64	25	6	31	37	1.81
2055882--2055926	18	2.5	18	82	7	56	40	17	4	37	1.70
2058583--2058782	102	2.0	102	95	0	364	23	12	25	40	1.88
2065868--2065917	21	2.4	21	96	0	91	32	20	48	0	1.50
2066293--2066375	43	2.0	43	90	2	132	21	20	22	34	1.96
2066918--2066956	17	2.4	16	84	16	53	56	0	12	30	1.37
2068066--2068116	22	2.3	22	93	0	84	31	15	3	49	1.63
2074134--2074251	60	2.0	59	86	5	166	26	18	17	37	1.93
2079300--2079351	28	1.9	27	84	7	70	44	17	0	38	1.49
2079521--2079694	62	2.9	57	80	13	208	29	21	6	42	1.77
2081117--2081194	39	2.0	39	100	0	156	38	28	5	28	1.78
2081694--2081735	20	2.0	21	90	4	68	45	26	14	14	1.83
2083245--2083399	49	3.1	48	73	10	141	25	24	13	36	1.92
2087105--2087149	22	2.0	22	100	0	90	37	4	8	48	1.55
2089890--2089921	6	5.3	6	100	0	64	15	0	0	84	0.63
2093024--2093057	12	2.8	12	95	0	59	17	0	26	55	1.42
2097367--2097462	23	4.2	23	94	0	156	20	19	27	32	1.97
2101099--2101365	107	2.5	108	84	5	380	33	18	16	31	1.93
2108018--2108160	75	1.9	76	82	7	184	28	21	18	31	1.97
2123383--2123421	19	2.1	19	85	0	51	28	0	12	58	1.34
2125615--2125665	24	2.1	25	85	10	70	21	15	19	43	1.88
2131030--2131174	50	2.9	51	84	4	186	24	17	28	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2131171--2131265	45	2.1	45	88	0	145	27	17	24	30	1.97
2134533--2134726	50	3.9	50	80	7	198	27	22	28	21	1.99
2134926--2134964	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
2138399--2138437	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
2138637--2138831	50	3.9	50	80	4	198	22	27	21	28	1.99
2138741--2138846	50	2.1	50	82	0	122	23	29	20	26	1.99
2140274--2140382	40	2.7	40	88	1	155	10	18	32	39	1.84
2143347--2143378	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2143473--2143714	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
2143473--2143722	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
2150469--2150500	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2150595--2150836	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
2150595--2150844	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
2156002--2156066	32	2.0	32	87	0	94	30	7	23	38	1.83
2156670--2156855	91	2.0	91	100	0	372	43	6	16	33	1.74
2160985--2161112	66	1.9	66	100	0	256	55	12	9	22	1.65
2165648--2165692	18	2.4	18	82	10	56	62	2	0	35	1.08
2166482--2166527	17	2.6	18	80	13	51	32	2	2	63	1.19
2173039--2173279	124	1.9	124	94	0	428	28	13	21	36	1.92
2173687--2173720	18	1.9	18	94	5	61	50	5	14	29	1.67
2173772--2173839	18	3.6	18	74	16	57	45	7	13	33	1.71
2173813--2173848	18	1.9	18	88	5	54	55	8	5	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173916--2173958	18	2.4	17	77	11	50	48	4	11	34	1.60
2174728--2174773	13	3.6	13	85	11	60	0	28	0	71	0.86
2174888--2174951	19	3.2	20	82	12	71	1	15	10	71	1.20
2174888--2174936	20	2.4	21	90	10	75	0	16	10	73	1.09
2174888--2174951	20	3.1	22	83	16	61	1	15	10	71	1.20
2174887--2174951	21	3.4	18	78	19	69	1	16	10	70	1.23
2175040--2175085	24	1.9	24	86	0	65	2	8	17	71	1.21
2175345--2175500	29	5.3	29	83	0	159	39	3	23	33	1.73
2175888--2176076	75	2.5	75	84	6	249	32	22	16	28	1.96
2175816--2176075	76	3.4	74	80	6	247	33	21	16	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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