genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  31  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7508877--7509105	126	1.8	126	94	1	406	28	17	22	31	1.96
7522424--7522464	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
7527837--7528153	125	2.5	125	85	2	431	32	17	21	29	1.96
7531618--7531851	124	1.9	124	85	1	326	35	16	19	29	1.93
7537854--7537916	23	2.8	22	79	18	67	38	3	4	53	1.38
7537871--7537915	21	2.0	22	87	12	65	37	2	6	53	1.40
7547232--7547270	5	7.4	5	85	8	51	33	0	0	66	0.92
7552648--7552684	17	2.2	17	90	0	56	29	24	2	43	1.68
7564431--7564475	21	2.1	22	87	4	65	64	0	26	8	1.23
7564431--7564468	11	3.5	11	82	7	51	65	0	23	10	1.23
7566765--7567413	154	4.3	154	85	7	879	52	7	10	29	1.63
7566883--7567406	147	3.5	145	84	10	661	52	7	10	29	1.63
7577269--7577310	21	1.9	21	85	9	57	38	0	7	54	1.28
7580554--7580632	36	2.2	36	97	0	149	43	22	20	13	1.87
7586237--7586288	23	2.3	23	86	0	68	38	7	17	36	1.78
7586246--7586296	23	2.2	23	82	0	57	39	11	17	31	1.86
7586308--7586611	47	6.6	45	87	3	383	41	13	12	32	1.82
7586308--7586611	92	3.3	92	87	2	450	41	13	12	32	1.82
7586338--7586600	139	1.9	139	96	0	490	40	14	11	33	1.82
7586347--7586605	24	11.2	22	67	18	63	40	14	11	33	1.82
7586966--7587000	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
7587624--7587752	43	3.0	43	75	15	140	29	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7588885--7588918	16	2.2	16	89	5	52	55	20	0	23	1.43
7590518--7590590	30	2.6	29	80	6	78	38	21	2	36	1.68
7596627--7596684	30	1.9	31	82	10	75	46	0	34	18	1.50
7598508--7598552	3	15.0	3	90	0	72	62	4	0	33	1.15
7604617--7604681	25	2.6	25	95	0	112	32	26	20	21	1.97
7609545--7609602	27	2.1	27	90	0	89	34	31	15	18	1.93
7609551--7609609	27	2.2	27	87	0	82	32	30	15	22	1.94
7612819--7612844	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
7618321--7618377	18	3.2	18	78	11	55	50	15	8	24	1.72
7619201--7619273	34	2.1	34	82	9	87	28	16	28	26	1.97
7619201--7619273	17	4.3	17	72	6	76	28	16	28	26	1.97
7620810--7620866	25	2.3	25	81	6	62	28	21	31	19	1.97
7634984--7635014	13	2.4	13	100	0	62	61	6	0	32	1.21
7639167--7639277	55	2.0	55	100	0	222	41	7	14	36	1.73
7644341--7644370	6	5.0	6	100	0	60	83	0	16	0	0.65
7646366--7646398	16	2.1	16	100	0	66	36	21	24	18	1.95
7650886--7650921	13	2.9	12	84	8	54	19	5	19	55	1.62
7676846--7677157	158	2.0	158	95	0	561	26	8	23	41	1.84
7690841--7690945	54	1.9	54	86	3	149	27	27	26	18	1.98
7690839--7690965	54	2.4	54	79	2	139	26	25	27	19	1.99
7693034--7693092	26	2.3	26	87	0	82	38	11	16	32	1.86
7698129--7698217	40	2.2	38	75	11	88	41	3	0	55	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7698896--7698947	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7700866--7700917	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7702278--7702324	22	2.2	21	85	7	60	55	14	8	21	1.66
7702754--7702790	19	1.9	19	88	0	56	10	13	2	72	1.21
7718930--7719072	30	4.8	29	74	10	108	40	13	13	32	1.83
7718929--7719071	60	2.4	61	77	9	159	41	13	12	32	1.82
7719015--7719073	31	1.9	30	89	3	91	44	13	15	27	1.84
7723018--7723386	103	3.6	103	94	1	614	30	29	20	19	1.97
7733297--7733445	41	3.6	41	82	5	158	24	26	19	30	1.98
7733300--7733466	41	4.1	40	75	9	108	24	26	19	29	1.98
7735973--7736034	18	3.3	18	79	4	70	41	6	16	35	1.74
7740857--7740895	18	2.2	18	90	0	60	15	35	35	12	1.86
7741817--7741866	18	2.8	18	78	0	55	42	4	16	38	1.66
7747346--7747397	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7749302--7749353	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7752169--7752215	22	2.2	21	81	11	60	12	19	4	63	1.44
7758693--7758730	20	1.9	20	100	0	76	0	26	0	73	0.83
7759413--7759468	28	2.1	27	83	6	69	69	1	21	7	1.22
7759420--7759509	42	2.2	39	82	9	99	74	1	15	8	1.12
7759457--7759508	9	5.2	10	79	11	54	78	0	11	9	0.95
7759924--7760035	9	12.4	9	88	0	170	24	12	23	40	1.89
7763358--7763595	91	2.6	91	79	5	243	34	13	11	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7766001--7766032	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
7777121--7777178	29	1.9	31	86	13	86	55	5	3	36	1.39
7778999--7779121	37	3.3	35	74	19	99	39	2	4	54	1.33
7779058--7779115	5	9.7	6	76	23	52	43	0	3	53	1.17
7787753--7787792	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
7787761--7787827	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
7787776--7787815	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
7787755--7787831	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
7787985--7788035	26	2.2	24	78	21	56	60	5	0	33	1.21
7792334--7792430	19	5.2	19	76	10	76	45	2	2	50	1.25
7792340--7792396	20	2.9	19	84	7	62	47	1	0	50	1.11
7792370--7792411	22	1.9	22	85	0	57	47	4	0	47	1.23
7795675--7795723	25	2.0	25	84	8	64	40	18	18	22	1.91
7797718--7797777	31	1.9	31	100	0	120	45	8	20	26	1.79
7798074--7798125	21	2.5	21	75	12	54	65	0	15	19	1.27
7803426--7803502	37	2.1	37	100	0	154	19	20	10	49	1.77
7809921--7809949	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
7814377--7814884	261	1.9	263	82	3	632	44	21	11	21	1.84
7815955--7816020	18	3.6	18	72	13	53	42	1	1	54	1.18
7825437--7825475	21	1.9	20	84	5	51	61	0	2	35	1.10
7826301--7826341	16	2.6	16	84	0	55	65	0	7	26	1.18
7826338--7826386	21	2.4	21	80	6	57	40	4	6	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7826847--7826889	18	2.4	18	84	7	61	60	0	0	39	0.97
7830595--7830636	18	2.3	18	88	8	59	59	2	7	30	1.37
7844559--7844592	17	2.0	17	88	0	50	61	0	2	35	1.11
7845058--7845083	6	4.3	6	100	0	52	65	0	19	15	1.27
7847836--7847936	26	3.9	26	86	0	130	28	18	22	29	1.98
7851828--7851867	5	8.4	5	83	10	57	40	0	2	57	1.12
7851830--7851867	9	4.1	9	86	6	58	39	0	2	57	1.12
7857436--7857513	33	2.4	33	80	4	95	17	20	12	48	1.80
7867411--7867447	19	1.9	19	88	0	56	16	0	21	62	1.33
7870144--7870177	17	1.9	18	88	5	52	55	0	8	35	1.31
7874666--7874728	27	2.3	27	79	12	67	4	33	1	60	1.27
7874799--7874849	21	2.3	23	83	6	70	13	17	0	68	1.21
7875894--7875970	29	2.6	28	79	8	82	46	12	12	27	1.79
7886876--7886907	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7889112--7889151	20	2.0	20	100	0	80	25	25	5	45	1.73
7897329--7897373	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
7900666--7900710	22	2.0	22	91	0	72	46	15	2	35	1.58
7908226--7908259	13	2.6	13	95	0	59	17	29	29	23	1.97
7908838--7908891	22	2.4	22	84	9	65	44	11	3	40	1.58
7910026--7910179	5	30.8	5	100	0	308	40	19	0	40	1.52
7914869--7914911	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
7915103--7915175	23	3.3	22	78	14	78	34	23	24	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7915120--7915198	23	3.4	23	87	0	104	39	20	21	18	1.93
7915078--7915229	46	3.4	45	79	6	143	38	18	21	21	1.93
7915139--7915233	23	4.1	23	87	0	127	40	18	20	21	1.92
7917639--7917707	27	2.6	27	78	0	84	28	26	18	26	1.98
7931859--7931904	20	2.3	21	85	7	60	28	4	4	63	1.33
7934875--7934954	29	2.8	30	75	21	89	21	17	17	43	1.88
7937814--7938062	125	2.0	125	95	0	453	42	12	14	30	1.83
7941732--7941761	15	2.0	15	100	0	60	33	26	20	20	1.97
7941747--7941953	84	2.5	84	97	0	387	36	26	16	20	1.94
7941747--7941953	42	5.0	41	80	8	265	36	26	16	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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