genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  68  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19054164--19054235	36	2.0	36	84	7	94	30	25	6	37	1.82
19066606--19066635	15	2.1	15	93	6	53	6	30	0	63	1.20
19068948--19069015	20	3.5	19	78	11	66	42	14	8	33	1.77
19076394--19076496	42	2.5	42	93	0	170	24	26	22	27	2.00
19082297--19082348	15	3.3	15	75	8	50	75	1	21	1	1.00
19082328--19082395	26	2.6	26	69	4	66	67	5	20	5	1.33
19085890--19085939	22	2.4	22	80	9	61	56	10	10	24	1.63
19102410--19102535	63	2.0	63	100	0	252	25	30	15	28	1.96
19105025--19105065	21	1.9	22	90	5	66	12	24	0	63	1.28
19105047--19105084	18	2.1	19	90	5	60	7	23	0	68	1.16
19109784--19109872	45	2.0	46	88	6	137	35	22	16	24	1.95
19112720--19112761	16	2.5	17	84	7	50	9	21	0	69	1.17
19112725--19112761	16	2.2	18	85	9	51	10	18	0	70	1.16
19114115--19114207	46	2.0	46	97	0	177	34	21	20	23	1.97
19119908--19120081	27	6.4	27	84	4	197	29	27	14	27	1.96
19119925--19120080	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19127935--19128108	27	6.4	27	84	4	197	29	27	14	27	1.96
19127952--19128107	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19133146--19133789	96	6.7	95	93	1	983	33	8	29	29	1.86
19133146--19133789	47	13.4	47	90	3	1000	33	8	29	29	1.86
19133146--19133789	143	4.5	141	92	3	1018	33	8	29	29	1.86
19133908--19134045	37	3.7	37	97	0	249	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19140742--19141088	47	7.6	45	67	21	177	44	3	3	48	1.38
19140756--19141054	91	3.3	91	94	0	508	46	3	3	46	1.37
19141081--19141389	59	5.2	58	66	21	190	42	2	4	49	1.37
19141070--19141487	120	3.5	120	94	1	730	43	2	5	49	1.37
19141143--19141450	61	5.1	61	67	19	241	42	1	6	48	1.40
19141196--19141235	18	2.2	18	86	8	55	52	0	0	47	1.00
19141324--19141370	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
19141144--19141447	59	5.1	58	66	23	191	42	1	6	48	1.40
19141444--19141485	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
19141435--19141476	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
19141696--19141744	16	3.1	16	90	0	80	22	34	4	38	1.73
19148073--19148131	20	3.0	20	89	0	91	20	16	33	28	1.95
19149971--19150048	36	2.2	35	86	6	104	6	23	3	66	1.31
19149998--19150050	6	9.0	6	79	4	54	3	20	1	73	1.08
19149971--19150048	18	4.4	18	72	4	70	6	23	3	66	1.31
19153237--19153278	17	2.4	18	84	11	52	59	0	23	16	1.37
19153248--19153281	18	1.9	17	94	5	59	52	0	23	23	1.47
19153265--19153317	12	4.1	12	77	15	52	64	1	18	15	1.38
19159046--19159114	20	3.5	20	85	0	93	23	15	33	27	1.95
19175820--19175874	20	2.7	20	86	10	76	32	12	12	41	1.81
19175783--19175854	37	2.0	35	86	10	101	44	11	8	36	1.70
19175820--19175868	21	2.4	21	90	10	75	32	10	10	46	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19175791--19175908	58	2.1	55	80	4	128	44	11	8	35	1.72
19179756--19179815	28	2.2	28	84	3	77	53	15	6	25	1.65
19181303--19181367	26	2.6	24	86	9	103	53	3	23	20	1.59
19181353--19181382	15	2.0	15	93	0	51	43	3	26	26	1.70
19183492--19183577	40	2.2	40	93	0	145	30	10	13	45	1.78
19183479--19183599	40	2.8	45	77	14	135	30	9	12	47	1.74
19188819--19188848	11	2.6	11	94	5	51	23	0	6	70	1.11
19188801--19188849	26	2.0	24	88	8	71	26	2	10	61	1.39
19188802--19188849	12	3.9	12	81	5	60	25	2	10	62	1.38
19190196--19190247	27	1.9	27	96	0	95	21	26	15	36	1.93
19192144--19192321	27	6.6	27	81	3	187	28	15	26	29	1.96
19192145--19192300	82	1.9	81	85	3	215	28	15	26	29	1.96
19192141--19192321	82	2.2	81	81	2	211	28	15	26	29	1.96
19194067--19194238	50	3.4	51	80	7	183	40	12	15	31	1.84
19194314--19194341	9	3.1	9	100	0	56	78	0	0	21	0.75
19200105--19200161	28	2.0	28	86	6	80	26	10	15	47	1.78
19201458--19201487	11	2.6	11	94	5	51	76	10	0	13	1.01
19208309--19208463	72	2.1	73	89	1	231	25	18	25	30	1.97
19208309--19208491	72	2.5	72	84	4	217	25	17	26	31	1.97
19211611--19211650	15	2.7	15	84	3	55	32	7	2	57	1.40
19214311--19214341	16	1.9	16	93	0	53	35	3	16	45	1.63
19214558--19214804	101	2.5	98	80	5	253	27	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19214554--19214790	51	4.7	51	74	6	187	27	16	25	30	1.97
19217358--19217408	26	1.9	27	84	11	70	19	11	13	54	1.69
19217922--19217965	17	2.6	18	82	10	56	75	2	9	13	1.14
19223238--19223281	22	1.9	24	81	9	56	27	15	13	43	1.85
19225375--19225401	14	1.9	14	100	0	54	22	7	0	70	1.12
19226042--19227992	732	2.7	732	93	0	3226	21	17	16	44	1.87
19231078--19231173	27	3.4	26	73	21	79	66	1	19	12	1.30
19231091--19231179	18	4.7	18	67	19	56	66	1	19	13	1.31
19231080--19231181	45	2.3	44	83	8	134	66	0	19	12	1.30
19239343--19239458	20	5.8	20	81	1	135	25	17	31	26	1.97
19239343--19239458	40	2.9	40	83	1	153	25	17	31	26	1.97
19239371--19239446	10	7.6	10	70	11	57	23	19	30	26	1.98
19242479--19242509	10	3.2	10	90	9	55	9	0	6	83	0.79
19257333--19257375	18	2.4	18	96	0	77	27	16	37	18	1.92
19259180--19259264	42	2.0	42	95	0	152	30	24	23	21	1.99
19260717--19260792	34	2.2	34	92	0	125	43	11	9	35	1.73
19262616--19262672	24	2.4	24	81	0	60	10	21	3	64	1.39
19262658--19262711	6	9.0	6	78	8	56	5	16	1	75	1.07
19262616--19262710	42	2.3	42	84	0	118	9	20	3	67	1.33
19263451--19263514	32	2.0	32	90	0	101	45	18	20	15	1.86
19264274--19264324	17	2.9	17	83	13	59	13	27	1	56	1.48
19264290--19264324	18	1.9	18	88	11	54	14	28	0	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19264319--19264374	21	2.8	20	76	10	60	7	17	1	73	1.15
19264342--19264371	15	1.9	16	93	6	53	3	16	0	80	0.85
19265154--19265184	14	2.2	14	94	0	53	0	22	0	77	0.77
19273816--19273868	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
19278395--19278432	16	2.4	16	100	0	76	57	31	10	0	1.32
19286153--19286178	12	2.2	12	100	0	52	23	7	7	61	1.49
19286439--19286498	30	2.0	30	93	6	104	50	13	20	16	1.78
19288084--19288115	15	2.1	15	94	0	55	3	18	0	78	0.89
19292914--19293000	6	14.0	6	69	7	57	70	3	19	6	1.25
19292901--19292930	15	1.9	16	93	6	53	80	0	16	3	0.85
19292916--19293000	18	4.6	18	71	7	71	69	3	20	7	1.27
19292988--19293022	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
19296324--19296380	27	2.2	26	81	6	62	61	0	26	12	1.31
19296437--19296474	15	2.5	15	87	8	51	71	2	23	2	1.12
19304349--19304395	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
19306065--19306170	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
19307196--19307246	13	3.6	13	78	17	57	15	5	3	74	1.16
19310562--19310616	20	2.8	20	86	5	76	23	21	18	36	1.95
19317636--19317681	19	2.4	18	82	13	56	41	10	13	34	1.79
19317797--19317851	20	2.8	20	81	10	67	25	21	14	38	1.92
19319600--19319693	46	2.0	46	87	4	136	25	19	20	35	1.96
19324316--19324350	18	1.9	18	94	0	61	22	22	0	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19324280--19324358	13	6.7	12	69	26	53	13	20	1	64	1.35
19324273--19324362	18	4.8	19	69	18	55	13	20	1	65	1.32
19337243--19337332	20	4.5	20	84	5	110	24	15	32	27	1.95
19339997--19340149	45	3.3	45	66	22	118	18	26	19	34	1.95
19339977--19340167	95	2.0	95	95	0	346	19	26	18	35	1.95
19341673--19341755	27	3.0	27	85	5	105	69	1	16	12	1.24
19343728--19343757	15	1.9	16	93	6	53	20	6	16	56	1.62
19348318--19348495	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19348319--19348474	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19348315--19348495	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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