genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  77  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21993877--21994289	222	1.9	223	90	2	661	46	5	7	39	1.57
21996961--21997038	40	2.0	40	85	12	108	29	6	12	51	1.65
21998672--21998752	36	2.2	36	86	0	108	16	9	41	32	1.81
22000411--22000446	12	3.1	12	92	4	56	80	5	13	0	0.88
22026253--22026451	27	7.4	26	82	6	213	40	20	20	19	1.92
22026253--22026477	80	2.8	81	82	2	258	41	20	19	18	1.91
22026253--22026479	54	4.2	53	80	8	246	40	20	19	18	1.91
22026256--22026479	107	2.1	107	84	3	290	41	20	19	18	1.91
22026253--22026477	27	8.4	26	77	10	105	41	20	19	18	1.91
22026652--22026752	26	3.9	26	82	0	130	21	19	16	41	1.90
22026864--22027086	28	8.0	28	85	0	275	24	25	21	28	1.99
22026859--22027115	28	8.9	31	74	15	144	25	25	21	28	1.99
22041815--22041879	23	2.8	23	85	2	94	30	12	27	29	1.93
22042435--22042485	22	2.3	22	89	0	75	23	27	19	29	1.98
22043364--22043410	20	2.3	21	82	13	55	61	6	0	31	1.21
22044178--22044210	16	2.1	16	100	0	66	30	18	12	39	1.87
22052402--22052438	8	4.9	8	80	12	51	35	0	2	62	1.10
22059779--22059830	21	2.5	22	75	9	54	23	26	25	25	2.00
22059950--22060054	30	3.5	30	89	0	156	18	36	29	16	1.92
22059987--22060037	13	3.6	13	76	19	57	17	37	27	17	1.93
22067707--22067947	29	8.2	29	84	4	247	21	27	13	37	1.91
22067678--22067947	58	4.6	58	82	5	292	22	26	12	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22067701--22067940	87	2.7	86	81	7	279	21	27	13	37	1.91
22070350--22070382	14	2.2	16	89	10	52	42	3	12	42	1.57
22079928--22079960	13	2.5	13	95	0	57	33	12	6	48	1.65
22080669--22080703	18	1.9	18	88	0	52	17	37	0	45	1.48
22080919--22080943	10	2.5	10	100	0	50	44	0	0	56	0.99
22082527--22082739	3	71.3	3	93	3	360	0	30	0	69	0.89
22086274--22086347	21	3.5	21	72	7	69	37	16	25	20	1.93
22093431--22093522	29	3.2	29	85	3	132	27	17	21	33	1.96
22093434--22093578	58	2.5	58	77	10	138	28	15	22	33	1.94
22095709--22095747	12	3.2	12	81	0	51	38	30	10	20	1.86
22102753--22102813	24	2.5	24	84	7	79	39	18	24	18	1.92
22102770--22102888	48	2.5	47	76	13	125	36	20	24	19	1.95
22102866--22102934	26	2.7	26	76	13	79	39	20	23	17	1.92
22105745--22105817	38	1.9	38	86	5	103	53	17	5	23	1.65
22110137--22110354	108	2.0	108	99	0	427	40	14	11	33	1.82
22114524--22114557	17	1.9	18	88	5	52	26	55	0	17	1.42
22117184--22117310	57	2.2	58	88	2	184	37	9	14	38	1.79
22117205--22117399	59	3.3	59	82	4	227	37	8	14	39	1.76
22118117--22118254	74	1.9	74	92	0	231	37	17	10	34	1.85
22121384--22121428	17	2.6	17	100	0	90	28	22	6	42	1.79
22122824--22122902	3	26.3	3	86	0	104	63	5	2	29	1.29
22123987--22124085	31	3.3	29	80	5	99	48	15	14	22	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22125876--22125945	16	4.4	16	87	0	104	44	5	22	27	1.75
22125876--22125945	32	2.2	32	97	0	131	44	5	22	27	1.75
22125925--22126017	44	2.1	44	92	6	152	33	4	25	36	1.76
22125925--22126028	44	2.5	41	77	18	108	34	3	24	37	1.74
22155669--22155821	41	3.8	39	79	8	164	22	22	26	28	1.99
22155665--22155821	82	1.9	81	83	6	201	21	22	27	28	1.99
22156264--22156303	20	2.0	20	85	0	53	25	0	40	35	1.56
22156332--22156451	54	2.2	54	88	5	181	30	0	22	46	1.52
22156434--22156483	21	2.3	21	82	3	64	24	0	44	32	1.54
22156444--22156486	14	3.1	13	80	12	50	25	0	46	27	1.53
22157297--22157334	13	2.8	14	80	8	51	55	0	5	39	1.23
22160400--22160425	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
22162665--22162711	19	2.5	19	82	6	60	31	2	4	61	1.27
22162680--22162724	22	2.0	22	87	8	65	33	2	4	60	1.29
22164441--22164475	16	2.2	16	89	0	52	22	14	20	42	1.88
22167540--22167641	43	2.4	43	86	0	132	20	13	29	36	1.91
22171825--22171861	19	1.9	19	94	0	65	35	0	18	45	1.50
22172073--22172248	41	4.3	41	91	0	280	29	19	27	23	1.98
22172073--22172242	82	2.1	82	98	0	331	29	18	28	23	1.98
22179451--22179487	19	1.9	19	94	0	65	35	0	18	45	1.50
22179701--22179957	41	6.3	41	90	0	408	29	19	27	23	1.98
22179701--22179957	122	2.1	123	90	1	408	29	19	27	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22182963--22183009	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
22186996--22187071	20	3.8	20	82	5	93	44	13	9	32	1.75
22186986--22187082	40	2.4	40	83	10	126	46	12	8	32	1.71
22189186--22189237	25	2.1	25	96	0	95	21	5	34	38	1.77
22190104--22190135	16	2.0	16	93	0	55	34	12	9	43	1.75
22191363--22191404	12	3.5	12	75	12	50	26	26	28	19	1.98
22191365--22191421	24	2.4	24	94	5	98	28	21	29	21	1.98
22193690--22193732	10	4.5	10	82	8	54	32	2	41	23	1.67
22193690--22193750	9	6.6	9	78	10	61	36	1	39	22	1.64
22194122--22194166	6	7.5	6	94	0	81	17	2	48	31	1.59
22194901--22194941	16	2.6	16	88	7	57	46	2	2	48	1.28
22195300--22195351	22	2.4	22	74	6	61	48	0	13	38	1.43
22196056--22196252	98	2.0	98	96	0	367	37	23	10	28	1.88
22197597--22197671	19	3.8	19	79	6	96	34	14	10	40	1.81
22197798--22197871	34	2.2	33	80	4	85	48	4	4	43	1.40
22198475--22198518	22	1.9	24	86	9	65	27	2	4	65	1.23
22204366--22204407	22	1.9	22	100	0	84	33	4	21	40	1.74
22206940--22207175	3	80.7	3	77	12	154	61	0	33	4	1.17
22207495--22208017	130	4.1	129	76	8	478	35	11	21	31	1.89
22207717--22207766	26	2.0	25	88	4	73	24	12	30	34	1.91
22207495--22207984	250	2.0	249	83	3	619	35	11	21	31	1.88
22209750--22209783	16	2.2	16	94	5	61	35	0	17	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22216729--22216765	19	1.9	19	100	0	74	35	21	5	37	1.77
22224242--22224283	21	2.0	21	86	9	59	61	4	7	26	1.42
22230137--22230201	28	2.3	28	76	5	69	26	24	24	24	2.00
22235084--22235331	120	2.1	120	96	0	460	42	1	4	51	1.29
22235097--22235287	61	3.2	61	74	11	230	42	1	4	51	1.30
22235463--22235558	45	2.2	45	87	9	135	35	27	4	33	1.76
22235544--22235574	16	1.9	16	93	0	53	25	32	0	41	1.56
22240334--22240360	14	1.9	14	100	0	54	37	11	29	22	1.89
22241484--22241630	61	2.6	58	76	19	164	57	0	8	33	1.35
22241548--22241609	23	2.8	23	79	13	69	56	1	8	33	1.38
22241777--22241823	19	2.5	19	79	10	51	51	2	6	40	1.39
22241813--22241890	34	2.3	34	82	6	88	50	1	11	37	1.47
22241947--22242006	22	2.8	21	87	5	68	56	1	10	31	1.42
22241956--22242009	22	2.5	22	93	0	90	57	1	7	33	1.37
22242063--22242117	14	4.1	13	79	9	56	63	3	3	29	1.28
22243181--22243254	23	3.3	21	83	7	67	18	12	52	16	1.74
22243217--22243268	23	2.3	23	89	0	77	17	19	51	11	1.75
22243772--22243808	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
22245346--22245378	17	2.0	16	94	5	57	54	0	0	45	0.99
22246601--22246643	22	2.0	22	85	0	59	65	4	0	30	1.13
22252086--22252886	44	18.6	44	70	12	457	24	21	22	31	1.98
22252086--22252886	129	6.2	128	73	11	559	24	21	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22252001--22252940	88	10.9	85	71	11	339	24	21	22	31	1.98
22252001--22252338	173	2.0	173	89	1	525	25	21	21	30	1.98
22252173--22252801	217	2.9	216	87	3	916	24	21	22	31	1.98
22252129--22252840	217	3.3	215	85	4	897	24	21	22	31	1.98
22253780--22253829	26	1.9	26	95	0	91	54	10	16	20	1.70
22260284--22260368	44	1.9	44	87	0	125	35	9	11	43	1.74
22268974--22269058	44	1.9	44	85	0	116	35	10	11	42	1.76
22275897--22276000	44	2.3	47	83	5	133	34	10	9	45	1.72
22280274--22280330	20	2.7	22	71	20	59	61	8	10	19	1.54
22280844--22280870	3	9.0	3	100	0	54	66	33	0	0	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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