genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.149.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  149  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42972654--42972760	29	3.8	27	73	14	74	65	1	2	29	1.17
42973011--42973157	27	5.2	27	72	15	93	31	4	0	64	1.12
42973016--42973156	10	14.8	10	65	18	68	31	3	0	65	1.10
42973051--42973112	18	3.4	18	75	16	56	25	4	0	69	1.08
42973073--42973142	29	2.4	30	81	13	83	31	4	0	64	1.13
42973086--42973149	19	3.4	18	75	14	58	32	3	0	64	1.10
42973024--42973156	46	2.8	45	76	16	126	30	3	0	65	1.10
42973970--42974031	6	10.3	6	81	6	54	1	46	24	27	1.62
42973970--42974041	18	4.0	18	78	10	67	1	45	25	27	1.61
42973981--42974093	6	18.8	6	86	0	100	6	46	19	27	1.73
42977717--42977788	27	2.6	29	79	14	80	56	2	4	36	1.33
42985927--42985955	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
42989180--42989242	30	2.1	32	82	8	78	71	6	1	20	1.16
42992102--42992140	21	1.9	20	84	5	51	66	2	5	25	1.25
42998070--42998186	61	1.9	61	96	0	216	33	17	15	33	1.92
43006206--43006320	58	2.0	58	94	0	203	25	5	20	48	1.70
43011173--43011271	11	9.3	11	68	25	52	58	0	4	37	1.17
43011165--43011261	31	3.1	31	89	5	144	61	0	3	35	1.11
43011183--43011247	17	4.0	17	75	18	75	61	0	1	36	1.05
43011200--43011280	42	1.9	42	92	0	135	59	0	4	35	1.19
43011202--43011298	42	2.3	42	83	3	106	61	0	4	34	1.15
43012292--43012325	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43015121--43015161	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
43017067--43017100	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
43018282--43018433	76	2.0	77	94	1	270	30	3	9	56	1.47
43020655--43020695	18	2.4	17	84	8	57	43	9	12	34	1.75
43023876--43023976	49	2.1	49	96	0	184	23	15	15	44	1.85
43025573--43025628	27	2.1	27	100	0	112	25	14	19	41	1.89
43037154--43037246	18	5.2	18	96	0	168	26	23	17	32	1.96
43048357--43048390	17	1.9	17	88	5	50	61	8	11	17	1.54
43048969--43049010	18	2.4	18	84	11	52	38	4	7	50	1.51
43051885--43051928	23	2.0	22	90	4	70	38	0	0	61	0.96
43057243--43057272	15	2.0	15	93	0	51	76	0	6	16	0.99
43063626--43063663	16	2.4	16	90	0	58	57	7	0	34	1.28
43063623--43063692	26	2.7	27	73	6	65	58	4	4	32	1.37
43063760--43063800	20	2.1	20	86	4	57	60	12	2	24	1.43
43063992--43064220	10	24.4	9	65	22	57	32	3	2	62	1.24
43063992--43064038	18	2.4	19	80	20	53	31	0	2	65	1.04
43064098--43064220	19	6.8	17	69	16	61	34	2	0	61	1.15
43064110--43064220	35	3.1	34	73	15	93	34	2	0	62	1.16
43065140--43065182	21	2.2	20	84	16	54	65	4	0	30	1.13
43065383--43065435	25	2.1	25	100	0	106	30	7	3	58	1.43
43075191--43075225	16	2.2	16	89	0	52	37	5	20	37	1.76
43085754--43085902	45	3.3	45	90	0	226	40	21	19	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43085759--43085929	45	4.1	39	78	15	130	38	21	20	19	1.93
43086969--43087002	18	1.9	18	94	5	61	5	8	5	79	1.05
43090928--43090984	24	2.4	23	82	5	69	31	3	3	61	1.30
43101447--43101543	27	3.6	27	80	4	106	21	23	28	25	1.99
43101794--43101828	8	4.2	8	96	3	61	85	0	0	14	0.59
43103332--43103384	22	2.3	23	80	3	63	67	3	3	24	1.23
43103355--43103431	38	2.0	38	97	0	145	64	7	2	24	1.33
43110049--43110082	17	2.0	17	94	0	59	26	11	0	61	1.30
43111612--43111691	39	2.1	39	87	0	115	22	18	37	21	1.94
43118108--43118174	35	1.9	35	93	0	116	65	0	17	16	1.27
43124472--43124525	19	2.8	19	86	11	74	38	0	0	61	0.96
43124622--43124875	86	2.9	84	80	11	257	35	9	18	37	1.82
43124688--43124848	86	1.9	87	90	2	263	33	8	19	39	1.81
43126279--43126317	19	2.1	19	85	0	51	30	2	5	61	1.31
43126909--43126946	6	6.0	6	93	6	58	78	0	15	5	0.91
43145702--43145758	20	2.8	21	75	20	57	38	1	1	57	1.19
43146771--43146813	17	2.4	19	88	7	63	34	18	4	41	1.71
43147078--43147108	16	1.9	16	93	0	53	19	16	19	45	1.86
43150857--43150900	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
43150933--43151068	59	2.3	59	83	14	144	47	9	5	38	1.59
43151088--43151129	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
43158777--43158816	20	2.0	21	90	5	64	27	2	0	70	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43159674--43159700	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
43163351--43163393	23	1.9	22	90	4	68	60	0	0	39	0.97
43165909--43165933	6	4.2	6	100	0	50	0	20	0	80	0.72
43168786--43168862	39	2.0	39	87	10	113	54	0	3	41	1.19
43168778--43168902	48	2.6	47	76	13	119	57	0	4	38	1.17
43169145--43169229	38	2.2	38	83	10	102	41	3	1	54	1.25
43169145--43169242	39	2.5	40	80	9	105	41	3	1	54	1.23
43169183--43169276	48	2.0	48	85	8	129	42	1	0	56	1.06
43169245--43169287	18	2.4	18	80	7	52	39	0	2	58	1.11
43169296--43169333	18	2.1	18	90	5	58	31	0	0	68	0.90
43170729--43170826	34	2.8	33	75	17	83	50	2	12	35	1.52
43171023--43171058	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
43172635--43172789	44	3.6	43	80	1	166	26	23	21	29	1.99
43172623--43172784	87	1.9	87	84	2	218	25	24	20	29	1.99
43185171--43185268	34	2.8	33	75	17	83	50	2	12	35	1.52
43185465--43185500	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
43202250--43202291	4	10.5	4	94	0	75	47	23	2	26	1.64
43202972--43203043	31	2.4	32	80	19	84	22	23	8	45	1.79
43203156--43203233	28	2.8	26	80	14	86	65	3	5	25	1.30
43208312--43208351	20	2.0	20	100	0	80	20	10	10	60	1.57
43208363--43208394	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
43226934--43226972	14	2.6	16	84	8	55	5	12	20	61	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43232893--43232939	20	2.3	20	82	7	51	42	0	4	53	1.20
43232907--43232953	19	2.6	17	78	21	51	38	0	6	55	1.26
43232912--43232956	19	2.4	19	85	14	58	35	0	8	55	1.31
43246374--43246427	10	5.5	10	85	10	60	68	1	0	29	1.00
43260751--43260844	44	2.1	44	83	11	113	14	21	26	37	1.92
43261268--43261301	6	5.7	6	92	0	59	2	64	14	17	1.40
43267730--43267760	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
43269344--43269388	22	2.0	23	83	12	58	40	2	13	44	1.56
43278474--43278523	16	3.1	16	100	0	100	30	26	12	32	1.92
43283339--43283374	19	1.9	19	94	5	65	13	0	11	75	1.06
43283335--43283381	18	2.5	18	86	6	67	12	0	8	78	0.95
43286818--43286879	22	2.8	22	80	14	74	25	1	1	70	1.05
43286805--43286887	26	3.0	27	75	13	73	26	3	1	68	1.13
43286990--43287020	14	2.2	14	94	0	53	22	0	3	74	0.96
43292955--43293135	51	3.6	49	81	5	211	23	16	29	31	1.96
43293149--43293239	45	2.0	45	89	4	139	26	17	24	31	1.97
43296549--43296670	23	5.3	22	82	3	127	29	24	21	24	1.99
43296549--43296670	46	2.7	46	86	0	163	29	24	21	24	1.99
43299188--43299235	23	2.1	23	84	7	62	47	8	4	39	1.53
43299354--43299392	19	2.1	19	90	9	62	43	2	0	53	1.14
43300448--43300495	24	2.0	23	88	4	69	41	0	8	50	1.33
43307607--43307669	27	2.3	27	94	0	108	22	33	31	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43307716--43307763	21	2.2	23	82	14	66	16	2	6	75	1.11
43315505--43315753	50	4.8	50	86	3	282	27	21	28	22	1.99
43315505--43315754	100	2.4	103	84	5	317	27	21	28	22	1.99
43317065--43320258	638	5.1	637	86	4	4435	35	16	14	33	1.89
43317065--43320258	612	5.1	619	85	6	3966	35	16	14	33	1.89
43330214--43330247	17	1.9	18	88	5	52	35	0	2	61	1.11
43341448--43341546	28	3.6	27	81	9	119	31	12	28	28	1.92
43342533--43342891	47	7.7	47	92	0	497	24	12	18	44	1.85
43342761--43342914	47	3.3	46	86	5	150	28	12	16	41	1.86
43345370--43345474	3	34.7	3	74	16	65	63	4	4	26	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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