genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  95  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27549777--27549882	25	4.1	25	75	10	90	30	0	20	48	1.56
27549731--27549882	43	3.5	43	80	7	155	31	1	20	46	1.59
27549701--27549910	96	2.2	99	80	7	227	31	1	20	46	1.60
27550215--27550278	25	2.5	26	80	17	87	45	1	10	42	1.49
27550117--27550786	338	2.0	327	92	6	1111	48	2	7	41	1.46
27550547--27550605	13	4.5	13	85	8	75	47	1	10	40	1.47
27550547--27550616	26	2.8	27	79	12	78	47	1	10	41	1.46
27550950--27550985	16	2.2	16	95	0	63	55	5	11	27	1.57
27551026--27551054	10	2.9	10	100	0	58	58	0	0	41	0.98
27552433--27552520	44	2.0	44	93	0	149	35	22	17	25	1.95
27552495--27552800	147	2.1	147	79	3	321	36	24	15	23	1.94
27554486--27554774	113	2.5	113	86	1	373	27	23	17	31	1.97
27554696--27554850	76	2.1	74	86	3	211	27	20	18	34	1.95
27554593--27554947	190	1.9	190	84	1	478	27	22	18	32	1.97
27556650--27556683	17	1.9	18	88	5	52	50	8	5	35	1.58
27563574--27563620	21	2.2	22	88	3	69	29	2	0	68	1.02
27566225--27566290	25	2.7	25	95	2	116	48	0	9	42	1.35
27568898--27569690	69	11.5	69	76	2	545	21	20	24	33	1.97
27581043--27581076	17	1.9	18	88	5	52	52	0	0	47	1.00
27588236--27588288	26	2.0	27	85	3	72	49	9	1	39	1.46
27588431--27588520	44	2.0	44	89	0	135	38	8	3	48	1.51
27589607--27589645	16	2.5	16	91	4	62	38	0	15	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27596933--27596984	18	2.8	19	80	8	63	57	0	0	42	0.98
27597910--27597958	23	2.1	24	85	11	66	34	0	2	63	1.06
27598361--27598433	31	2.4	31	88	0	101	27	24	24	23	2.00
27599766--27599884	42	2.8	42	88	1	184	20	23	37	18	1.94
27600383--27600426	22	1.9	22	81	9	52	31	11	13	43	1.80
27600477--27600529	25	2.1	25	96	0	97	39	18	15	26	1.90
27601837--27601882	18	2.5	18	82	10	58	36	6	6	50	1.54
27602777--27602829	22	2.5	22	84	9	65	64	1	0	33	1.05
27606337--27606531	98	2.0	98	92	0	327	37	23	9	29	1.86
27607971--27608102	19	6.8	19	91	3	219	36	15	10	37	1.82
27607964--27608101	59	2.4	59	91	4	221	36	14	10	38	1.80
27608437--27608900	44	10.5	44	63	17	158	29	24	17	28	1.97
27608331--27609109	132	5.9	132	91	1	1152	29	24	18	27	1.98
27614399--27614593	98	2.0	98	94	0	345	36	24	10	28	1.88
27615452--27615494	3	14.0	3	83	13	52	60	2	2	34	1.22
27616023--27616154	19	6.8	19	91	3	219	36	15	10	37	1.82
27616016--27616153	59	2.4	59	91	4	221	36	14	10	38	1.80
27616586--27616615	7	4.1	7	95	4	51	0	53	0	46	1.00
27617202--27617399	63	3.1	62	76	5	191	21	24	29	24	1.99
27620332--27620378	14	3.1	16	79	11	55	51	0	0	48	1.00
27623401--27623434	18	2.0	17	88	11	52	41	8	2	47	1.50
27625881--27625909	13	2.2	13	100	0	58	44	34	6	13	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27629696--27629762	25	2.7	25	83	4	82	32	16	10	40	1.82
27629723--27629773	25	2.0	25	85	7	68	37	15	11	35	1.84
27630092--27630139	18	2.7	18	81	9	62	37	16	4	41	1.68
27642906--27642947	15	2.7	16	82	10	52	50	0	2	47	1.14
27643538--27643588	23	2.1	23	82	13	59	43	1	1	52	1.23
27645189--27645213	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
27646305--27646390	43	2.0	45	90	4	140	37	0	12	50	1.41
27646351--27646463	35	3.2	35	66	14	106	41	0	13	44	1.49
27646486--27646958	29	17.4	29	74	19	352	45	25	0	28	1.55
27646624--27646669	22	2.2	20	88	11	67	45	26	0	28	1.54
27646595--27646767	51	3.4	51	82	12	196	46	24	0	29	1.53
27646571--27646791	73	2.9	74	86	6	284	46	25	0	27	1.53
27646668--27646783	23	5.0	20	77	14	61	49	20	0	30	1.50
27646610--27646891	125	2.3	124	90	5	428	47	24	0	28	1.52
27646800--27646853	22	2.5	22	93	3	92	48	24	0	27	1.52
27646551--27646928	102	3.6	102	77	15	357	46	25	0	27	1.56
27646863--27646945	35	2.4	34	93	2	139	43	26	0	30	1.55
27647079--27647267	61	3.2	61	62	22	157	38	8	9	43	1.69
27646984--27647316	116	2.9	116	97	0	623	38	9	8	43	1.68
27647292--27647333	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
27650345--27650708	124	2.8	125	85	6	453	32	21	16	29	1.95
27652285--27652318	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27656759--27657034	91	3.0	90	82	3	322	35	23	14	26	1.93
27663116--27663167	21	2.5	21	87	6	70	63	1	5	28	1.28
27663081--27663171	25	3.8	24	76	13	91	62	2	4	30	1.27
27674654--27674715	11	5.6	11	86	0	88	67	11	12	8	1.41
27674654--27674715	22	2.8	22	90	0	97	67	11	12	8	1.41
27675113--27675170	22	2.4	26	80	13	79	63	0	0	36	0.94
27675115--27675155	14	2.9	15	83	16	52	70	0	0	29	0.87
27676942--27677027	23	3.7	23	82	4	102	43	12	9	34	1.75
27679975--27680118	64	2.3	64	82	3	166	26	21	29	22	1.99
27680090--27680196	54	2.0	54	90	0	169	28	23	34	13	1.92
27681107--27681135	14	2.1	14	100	0	58	34	13	37	13	1.85
27681981--27682017	18	2.0	19	89	5	58	32	0	0	67	0.91
27687034--27687085	24	2.1	24	82	10	61	69	13	1	15	1.28
27689054--27689094	21	1.9	22	85	5	57	68	2	4	24	1.22
27689075--27689111	19	1.9	19	88	0	56	70	0	0	29	0.88
27693248--27693368	26	4.7	26	80	4	136	40	19	16	23	1.91
27693239--27693368	52	2.5	53	86	3	183	41	17	16	24	1.89
27693600--27693649	26	1.9	26	87	0	73	24	22	20	34	1.97
27695499--27695556	29	2.0	29	100	0	116	51	6	24	17	1.69
27700421--27700657	26	9.0	26	80	1	204	39	18	15	26	1.90
27700768--27700817	26	1.9	26	87	0	73	26	20	18	36	1.95
27710901--27710948	19	2.3	21	89	10	73	33	4	0	62	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27710872--27710934	30	2.0	33	85	11	89	39	1	0	58	1.07
27712525--27712563	20	2.0	20	84	0	51	23	7	2	66	1.30
27712912--27712936	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
27714091--27714154	25	2.6	25	87	0	92	48	6	21	23	1.73
27718076--27718110	4	8.8	4	100	0	70	0	0	25	74	0.82
27723915--27723988	30	2.5	30	95	0	130	16	37	25	20	1.93
27724597--27724645	18	2.8	18	84	3	55	71	6	18	4	1.23
27726239--27726275	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
27727842--27728077	43	5.5	43	84	2	280	24	19	30	25	1.98
27727898--27728063	85	2.0	85	90	0	260	25	21	27	25	1.99
27732010--27732075	31	2.2	31	83	2	80	46	4	1	46	1.32
27733419--27733461	19	2.3	19	84	11	54	25	4	4	65	1.32
27733242--27733714	154	3.1	154	86	4	609	40	9	6	42	1.64
27734645--27735055	136	3.1	135	87	3	589	31	14	14	39	1.86
27735701--27735731	7	4.4	7	95	0	53	16	16	9	58	1.63
27736552--27736606	13	4.2	13	74	23	53	58	3	1	36	1.26
27736565--27736622	25	2.3	25	90	0	98	56	1	1	39	1.19
27739894--27740006	54	2.1	52	82	9	129	26	23	0	49	1.56
27740741--27740771	7	4.4	7	95	0	53	16	16	9	58	1.63
27741594--27741648	13	4.2	13	76	23	62	58	1	0	40	1.09
27741607--27741664	25	2.3	25	96	0	107	56	1	0	41	1.09
27741596--27741654	13	4.6	13	71	26	54	59	1	0	38	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27742232--27742485	42	6.0	42	82	0	283	33	20	20	25	1.97
27742915--27742986	21	3.4	21	84	3	83	5	41	15	37	1.70
27748426--27748684	9	29.4	9	80	6	289	33	0	18	48	1.51
27748665--27748704	20	2.1	19	85	4	53	30	0	12	57	1.36
27748693--27748746	27	2.1	26	82	6	65	37	3	11	48	1.57
27749420--27749476	20	2.9	20	76	10	64	15	8	36	38	1.79
27750162--27750195	12	2.9	12	86	4	52	41	11	17	29	1.85
27751082--27751974	336	2.7	333	80	3	907	32	17	18	30	1.94
27753496--27753810	114	2.8	114	88	3	447	29	25	21	23	1.99
27753707--27753865	74	2.2	74	85	5	207	29	23	22	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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