genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11399--11867	131	3.6	129	78	6	340	34	17	19	28	1.95
11636--11883	129	1.9	130	87	2	365	32	18	19	29	1.96
16607--16664	30	1.9	30	86	6	82	18	25	32	22	1.97
20024--20058	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
28375--28439	22	2.9	23	81	4	69	60	1	1	36	1.16
31541--31578	18	2.1	18	95	0	67	68	0	0	31	0.90
51454--51479	12	2.2	12	100	0	52	7	50	0	42	1.31
60430--60524	49	2.0	47	89	4	145	57	6	12	23	1.57
61376--61406	3	10.3	3	100	0	62	35	0	32	32	1.58
61405--61431	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
62864--62927	33	1.9	34	90	3	103	42	4	4	48	1.45
63323--63368	24	1.9	24	86	0	65	39	4	6	50	1.48
66349--66468	45	2.7	44	82	10	145	35	23	15	25	1.94
66566--66697	47	2.7	49	82	3	160	21	31	18	28	1.97
77399--77439	17	2.5	17	88	4	66	24	0	9	65	1.22
77400--77439	16	2.3	18	91	8	66	22	0	10	67	1.20
81503--81548	19	2.4	19	85	7	58	21	21	10	45	1.82
84105--84172	6	11.8	6	77	13	63	69	11	4	14	1.34
84113--84190	40	2.0	39	82	12	97	69	8	7	14	1.36
84528--84572	14	3.2	14	81	9	56	66	0	20	13	1.24
85871--86008	44	3.2	44	65	20	126	27	25	23	23	2.00
85773--86605	87	9.6	87	91	0	1211	30	24	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85915--86051	43	3.2	43	65	20	122	31	27	19	21	1.98
86176--86574	45	9.2	44	63	15	121	30	25	21	23	1.99
86584--86692	44	2.5	45	79	5	125	30	16	27	25	1.97
88797--88852	27	2.1	27	96	0	103	39	14	8	37	1.77
94048--94109	26	2.4	25	80	17	65	59	3	3	33	1.29
108315--108376	31	2.0	31	100	0	124	35	22	12	29	1.91
117880--117933	11	5.0	11	80	19	51	66	11	0	22	1.22
117886--117930	20	2.2	21	88	7	67	68	8	0	22	1.16
121242--121292	19	2.8	18	79	5	57	64	0	0	35	0.94
121238--121288	25	2.1	24	81	3	57	58	0	0	41	0.98
126520--126544	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
132521--132554	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
132504--132563	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
141136--141175	16	2.5	17	84	11	50	5	5	35	55	1.44
141737--141978	44	5.5	44	71	11	147	30	21	18	30	1.97
151105--151150	23	2.0	23	95	0	83	15	39	15	30	1.88
158674--158719	14	3.4	14	76	11	51	73	0	26	0	0.83
160962--161278	40	7.8	41	86	6	421	25	21	28	24	1.99
160962--161278	84	3.9	82	91	3	471	25	21	28	24	1.99
162323--162855	267	2.0	267	98	0	1039	34	13	23	28	1.93
165534--165573	21	2.0	20	85	9	55	32	0	5	62	1.17
165990--166032	12	3.7	11	79	11	50	39	2	6	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167260--167293	16	2.1	16	100	0	68	17	17	23	41	1.90
167737--167782	19	2.4	18	82	10	56	23	19	8	47	1.77
171887--173370	44	33.4	44	76	4	1152	30	13	23	32	1.94
171844--173370	89	17.2	88	83	3	1307	29	14	23	32	1.94
171824--173341	133	11.4	134	84	2	1172	29	14	23	32	1.94
171911--173206	576	2.2	576	83	3	1552	29	13	23	32	1.94
174913--174952	21	2.0	20	85	9	55	32	0	5	62	1.17
177690--177736	19	2.5	19	75	24	55	36	10	0	53	1.36
178687--178741	19	2.8	19	75	5	56	61	1	0	36	1.06
181522--181577	25	2.2	25	80	0	67	32	21	25	21	1.98
189363--189393	16	1.9	16	100	0	62	38	16	6	38	1.74
191036--191131	25	3.8	24	80	6	93	33	22	28	15	1.95
191085--191165	26	3.2	25	83	10	78	37	22	22	18	1.95
194573--194605	16	2.1	16	88	11	50	39	6	0	54	1.25
197089--197118	15	2.0	15	93	0	51	30	6	13	50	1.67
211130--211158	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
218962--219017	29	1.9	29	88	0	85	48	12	10	28	1.74
220026--220073	22	2.1	24	84	7	64	64	0	4	31	1.12
236459--236535	14	5.6	14	67	6	59	32	18	1	48	1.56
236456--236537	27	3.0	27	87	0	119	32	20	1	45	1.59
236456--236558	13	7.7	13	71	8	64	33	20	1	44	1.63
236460--236548	27	3.3	26	82	3	97	33	17	2	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240736--240861	43	2.9	43	78	12	141	29	29	20	20	1.98
241358--241383	11	2.4	11	100	0	52	0	15	0	84	0.62
241432--241488	28	2.0	28	90	6	89	38	5	0	56	1.22
247859--248770	76	12.0	76	99	0	1815	36	25	10	27	1.88
250314--250370	28	2.0	28	90	6	89	38	5	0	56	1.22
253126--253325	78	2.6	78	99	0	391	39	21	8	31	1.83
267768--267810	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
268255--268459	56	3.7	54	83	8	207	25	14	28	31	1.94
268280--268459	28	6.6	27	94	1	270	26	14	28	31	1.95
280124--280239	21	5.5	21	76	11	94	48	17	18	16	1.82
280147--280264	42	2.8	43	84	7	154	49	15	18	16	1.80
280152--280264	21	5.4	21	74	17	92	50	15	17	15	1.78
283049--283181	69	2.0	67	81	3	158	30	24	28	17	1.97
283076--283228	66	2.3	68	81	4	184	26	25	28	19	1.99
283256--283447	69	2.8	70	80	7	214	35	25	19	19	1.96
283917--283991	34	2.2	35	92	4	134	46	14	12	26	1.79
289251--289333	15	5.5	15	76	0	76	53	16	18	12	1.73
289616--289668	26	2.0	26	100	0	106	39	26	7	26	1.83
293660--293716	30	1.9	30	85	7	80	26	24	1	47	1.62
297989--298067	28	2.8	28	86	0	104	34	11	24	30	1.90
300039--300193	28	5.5	28	73	6	132	18	19	32	29	1.96
300067--300168	29	3.6	29	72	10	102	18	16	35	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300037--300223	57	3.2	57	90	3	286	19	17	33	28	1.95
305208--305286	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
307822--307859	6	6.3	6	88	11	60	2	13	0	84	0.73
309678--309850	46	3.7	46	79	10	181	22	19	27	30	1.98
309675--309845	93	1.8	93	89	0	270	22	19	28	29	1.98
321355--321433	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
325144--325580	40	10.9	40	89	0	613	25	28	21	24	1.99
325144--325659	120	4.3	120	86	1	660	25	28	21	24	1.99
325210--325659	40	11.2	40	84	7	201	25	28	21	24	1.99
325144--325580	80	5.5	80	94	0	696	25	28	21	24	1.99
325965--326043	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
326025--326170	43	3.4	43	98	0	283	27	35	14	22	1.93
326459--326922	237	2.0	238	99	0	912	35	22	14	27	1.93
328273--328351	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
328470--328738	47	5.7	47	95	0	448	27	30	9	31	1.89
329225--329399	87	2.0	87	98	0	341	31	17	13	37	1.88
333932--334098	39	4.3	39	95	0	298	19	23	29	27	1.98
333932--334137	78	2.6	78	87	1	306	19	21	29	29	1.98
337607--337779	84	2.1	84	100	0	346	31	28	21	17	1.96
339057--339234	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
339078--339233	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
341339--341483	73	2.0	73	97	0	272	35	13	24	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
352422--352470	19	2.5	20	83	12	66	32	22	0	44	1.53
369841--369892	25	2.1	25	100	0	104	65	0	13	21	1.26
380773--380968	92	2.1	92	89	0	293	35	27	14	22	1.93
386075--386215	49	2.8	50	86	6	169	20	24	18	36	1.95
392505--392546	21	2.0	21	95	0	75	50	9	0	40	1.35
399303--399369	33	2.0	33	100	0	134	29	22	8	38	1.85
400596--400629	17	1.9	17	88	5	50	38	5	0	55	1.24
400681--400747	30	2.2	30	84	7	91	55	1	0	43	1.09
400696--400760	21	3.2	21	78	12	64	53	3	0	43	1.16
400734--400904	72	2.4	72	82	9	194	48	3	1	46	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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