genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  153  ( 18265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22871812--22871861	18	2.7	20	76	20	54	16	8	12	64	1.49
22878571--22878662	13	7.0	13	75	2	85	38	2	21	38	1.66
22878553--22878661	26	4.2	26	76	6	103	40	3	21	34	1.71
22878571--22878670	53	1.9	52	81	6	121	38	3	21	38	1.69
22878720--22878753	12	2.7	13	90	4	52	38	0	17	44	1.49
22895391--22895425	10	3.5	10	88	0	52	57	0	31	11	1.34
22897282--22897374	28	3.3	28	81	0	96	39	9	18	32	1.83
22897310--22897384	28	2.7	28	82	0	96	42	12	14	30	1.82
22897493--22897573	27	3.0	27	72	5	74	44	7	22	25	1.79
22903897--22904100	67	3.0	67	84	1	248	33	17	26	22	1.96
22904104--22904216	27	4.2	26	67	13	77	38	12	24	23	1.90
22904114--22904216	54	1.9	54	82	4	127	41	11	25	21	1.86
22906311--22906348	9	4.2	9	89	0	58	31	7	13	47	1.71
22918863--22918939	33	2.3	32	82	10	93	27	23	18	31	1.97
22944926--22944952	11	2.5	11	100	0	54	14	0	18	66	1.25
22956873--22956912	16	2.5	16	83	0	53	67	2	2	27	1.16
22958961--22959093	26	5.1	26	76	8	119	20	15	28	36	1.93
22960206--22960259	29	1.9	29	85	14	78	18	35	29	16	1.93
22962391--22962589	89	2.2	89	86	4	278	37	21	9	31	1.86
22962636--22962669	10	3.6	10	84	15	54	64	0	0	35	0.94
22962663--22962732	35	2.0	35	86	5	97	60	2	2	34	1.26
22962914--22963009	9	11.0	8	74	14	50	27	3	3	66	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22962950--22963006	26	2.2	25	81	12	62	28	3	0	68	1.06
22962909--22963007	37	2.7	39	75	19	95	29	3	3	64	1.23
22962958--22963062	26	3.8	27	73	14	72	33	1	0	63	1.11
22962966--22963079	46	2.4	46	75	10	115	35	2	0	60	1.17
22963110--22963306	89	2.3	87	84	6	247	32	8	20	38	1.83
22964359--22964392	7	4.7	7	96	3	59	41	0	2	55	1.15
22966987--22967061	22	3.4	21	80	10	71	44	4	14	37	1.64
22969988--22970086	21	4.8	20	81	9	101	25	9	14	51	1.71
22969989--22970105	42	2.8	42	86	2	155	24	8	14	52	1.70
22969989--22970105	21	5.6	21	81	8	96	24	8	14	52	1.70
22973037--22973088	3	17.0	3	76	4	50	25	1	5	67	1.23
22973072--22973136	31	2.3	27	74	20	71	24	7	3	64	1.34
22975521--22975663	39	3.7	39	81	4	173	32	23	15	28	1.95
22979954--22980018	33	2.0	33	96	0	121	15	27	21	35	1.94
22990517--22990556	17	2.3	18	86	4	55	45	12	5	37	1.64
22990714--22990744	15	2.1	15	93	0	53	22	29	6	41	1.78
22994106--22994135	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
22994877--22994916	17	2.3	18	86	4	55	45	12	5	37	1.64
22995074--22995104	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
22997903--22997941	20	2.0	20	100	0	78	15	17	51	15	1.77
22999297--22999332	19	2.0	18	89	10	56	44	0	0	55	0.99
22999298--22999337	19	2.1	19	85	0	53	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23004513--23004539	14	1.9	14	100	0	54	48	22	22	7	1.75
23019311--23019342	17	1.9	16	93	6	55	31	31	12	25	1.92
23020194--23020222	15	1.9	15	100	0	58	34	20	27	17	1.95
23020175--23020244	36	1.9	36	88	0	104	41	21	22	14	1.89
23020211--23020253	21	2.0	21	91	8	70	48	18	20	11	1.79
23020391--23020544	21	7.3	21	81	0	119	45	14	21	18	1.85
23020396--23020497	42	2.4	42	90	3	152	44	13	22	19	1.86
23020391--23020528	63	2.2	63	88	2	206	44	13	21	19	1.85
23020420--23020507	42	2.1	42	89	0	131	46	11	20	21	1.82
23020154--23020675	290	1.8	284	88	4	805	39	20	17	23	1.92
23021765--23021857	30	3.1	30	83	6	116	36	22	13	26	1.92
23026396--23026421	13	2.0	13	100	0	52	23	30	0	46	1.53
23026708--23026737	15	2.0	15	93	0	51	40	23	16	20	1.91
23031536--23031572	18	2.1	18	100	0	74	27	10	16	45	1.80
23037248--23037345	23	4.3	23	89	2	153	29	27	22	20	1.98
23037248--23037343	45	2.1	46	94	1	167	29	28	22	19	1.98
23040611--23040794	50	3.7	50	82	7	214	27	13	26	32	1.93
23040608--23040794	99	1.9	100	84	3	252	27	12	26	32	1.93
23040758--23040868	42	2.6	42	84	5	143	30	9	26	34	1.87
23042939--23042976	18	2.1	18	90	0	58	18	18	28	34	1.95
23047836--23047861	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
23049724--23049775	16	3.2	16	94	0	95	25	1	34	38	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23051341--23051375	18	1.9	18	94	0	61	37	0	22	40	1.55
23064864--23064897	15	2.3	15	100	0	68	29	8	17	44	1.79
23065784--23065824	20	2.0	21	90	4	66	26	4	4	63	1.35
23068469--23068652	100	1.8	102	89	4	293	23	17	27	31	1.97
23068461--23068660	51	4.0	51	78	7	219	24	17	28	30	1.97
23068656--23068759	46	2.3	43	79	12	111	24	16	24	35	1.95
23068878--23068909	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
23076701--23076863	87	1.9	86	84	3	220	26	12	21	39	1.88
23079111--23079158	13	3.7	13	76	18	55	60	0	6	33	1.22
23079126--23079187	17	3.6	18	79	16	60	69	0	8	22	1.14
23079115--23079168	22	2.5	21	80	14	56	62	0	5	31	1.18
23091457--23091484	7	4.0	7	100	0	56	14	14	14	57	1.66
23094742--23095197	101	4.5	101	100	0	912	30	29	16	23	1.96
23096055--23096112	17	3.4	17	77	17	57	75	0	5	18	0.98
23099134--23099213	31	2.9	27	76	16	83	28	1	3	66	1.17
23104347--23104384	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
23104363--23104453	45	2.0	44	89	2	137	31	4	28	35	1.77
23104363--23104469	45	2.5	43	85	8	132	33	3	28	33	1.75
23104598--23104639	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23104607--23104648	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23104505--23104821	157	2.0	157	97	0	598	44	3	4	47	1.41
23104755--23104796	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23104764--23104805	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23104575--23104902	157	2.1	151	76	11	329	47	3	3	44	1.39
23104971--23105018	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
23104926--23105154	92	2.5	92	83	8	236	47	3	3	44	1.38
23109424--23110073	52	12.3	52	92	5	1106	43	22	8	25	1.80
23109425--23110021	324	1.8	324	100	0	1194	43	22	8	25	1.80
23115469--23115500	15	2.2	15	94	5	57	31	3	0	65	1.08
23116183--23116246	26	2.4	27	76	5	69	39	20	4	35	1.73
23124771--23124821	19	2.6	19	76	14	59	45	0	11	43	1.40
23125175--23125230	23	2.6	21	77	11	60	58	0	0	41	0.98
23132881--23132964	42	2.0	42	95	4	152	25	9	22	42	1.83
23134544--23134577	16	2.1	16	94	0	59	11	35	0	52	1.38
23135446--23135479	11	3.1	11	100	0	68	35	11	8	44	1.72
23136688--23136727	20	2.0	20	85	0	53	50	15	10	25	1.74
23138221--23138302	43	1.9	43	87	7	123	34	1	0	64	1.01
23138280--23138324	23	1.9	23	86	4	63	28	0	4	66	1.11
23139910--23139951	14	3.1	14	86	6	59	40	2	0	57	1.12
23139911--23139951	13	3.1	13	89	3	55	39	2	0	58	1.11
23149948--23149993	13	2.8	18	69	30	57	52	13	6	28	1.65
23149984--23150014	16	1.9	16	100	0	62	45	19	9	25	1.81
23151578--23151662	46	1.9	43	83	7	107	23	15	27	34	1.95
23154262--23154349	44	2.0	44	95	0	158	31	18	17	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23159457--23159494	19	2.1	19	90	5	60	10	23	18	47	1.79
23159669--23159718	21	2.4	21	83	9	59	42	4	28	26	1.73
23161185--23161213	14	2.1	14	93	6	51	41	0	20	37	1.53
23161885--23161920	12	2.7	14	87	12	58	47	0	13	38	1.44
23164382--23164413	10	3.2	10	100	0	64	81	0	0	18	0.70
23173605--23173637	13	2.5	14	85	14	52	30	0	0	69	0.88
23181507--23181546	19	2.0	22	85	14	59	70	5	10	15	1.32
23181721--23181765	22	2.0	22	86	4	63	40	17	2	40	1.62
23181744--23181818	19	3.8	19	86	6	105	38	16	8	37	1.78
23181755--23181817	21	3.1	21	86	9	103	39	14	9	36	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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