genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27725064--27725107	18	2.4	18	100	0	88	9	52	4	34	1.54
27725325--27725374	15	3.3	15	76	17	50	24	2	2	72	1.06
27727072--27727147	6	12.3	6	72	15	57	13	6	3	76	1.12
27743832--27744013	51	3.6	51	95	0	319	33	15	22	28	1.94
27748480--27748556	29	2.6	29	85	4	100	46	14	12	25	1.80
27749998--27750032	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
27753944--27753999	12	4.9	11	77	14	51	19	5	0	75	1.00
27753946--27753999	17	3.2	17	79	10	65	18	5	0	75	0.98
27755610--27755644	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
27755909--27755943	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
27755480--27756081	299	2.0	298	98	0	1161	38	10	17	34	1.84
27756038--27756126	44	2.0	45	93	2	153	33	22	21	22	1.97
27759798--27759848	26	2.0	25	85	11	68	15	3	39	41	1.66
27766147--27766175	14	2.1	14	100	0	58	17	20	13	48	1.81
27769330--27769354	12	2.1	12	100	0	50	48	0	12	40	1.40
27769360--27769436	36	2.1	36	82	0	91	61	7	9	22	1.52
27771102--27771130	13	2.1	14	93	6	51	41	0	0	58	0.98
27771853--27771910	29	2.0	29	86	0	80	17	17	37	27	1.92
27773046--27773092	24	2.0	24	100	0	94	55	6	8	29	1.55
27777765--27777854	13	6.5	13	73	20	51	68	1	1	28	1.03
27777795--27777855	18	3.6	18	78	19	67	68	0	0	31	0.89
27777793--27777850	28	2.1	27	87	6	80	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27778364--27778402	7	5.4	7	85	14	53	84	0	2	12	0.72
27778364--27778406	22	2.0	23	90	9	72	83	0	4	11	0.78
27779534--27779572	7	5.4	7	85	14	53	84	0	2	12	0.72
27779534--27779576	22	2.0	23	90	9	72	83	0	4	11	0.78
27781599--27781645	6	7.5	6	90	9	76	80	0	0	19	0.70
27781591--27781645	18	3.0	19	87	12	80	78	0	0	21	0.76
27788670--27788705	16	2.2	17	90	5	56	27	5	2	63	1.30
27790140--27790203	22	3.0	23	80	19	68	21	15	12	50	1.77
27791597--27791734	46	3.0	46	91	2	224	28	25	10	35	1.89
27791598--27791736	45	3.1	45	92	1	224	28	25	10	35	1.88
27792481--27792513	17	1.9	17	100	0	66	57	18	0	24	1.40
27795073--27795119	23	2.0	24	84	8	62	31	4	0	63	1.13
27795206--27795267	29	2.1	29	84	6	79	48	0	1	50	1.10
27799656--27799697	21	2.0	21	85	0	57	33	0	23	42	1.55
27800062--27800160	27	3.9	26	75	7	105	22	27	16	34	1.95
27800178--27800231	25	2.2	25	93	0	90	18	29	20	31	1.96
27800178--27800240	25	2.5	25	87	5	74	22	26	22	28	1.99
27800178--27800264	25	3.5	24	75	17	72	22	25	20	31	1.98
27806657--27806718	30	2.1	30	82	14	76	62	0	12	24	1.30
27807668--27807715	25	1.9	25	87	8	71	27	29	14	29	1.95
27807728--27807819	25	3.7	25	74	8	71	22	26	19	31	1.98
27819948--27820012	35	1.9	33	87	6	94	24	20	6	49	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27819952--27820016	18	3.7	18	74	13	64	24	21	6	47	1.73
27829626--27829870	27	9.1	27	85	1	312	39	22	16	22	1.92
27830236--27830298	28	2.3	28	91	2	101	20	20	25	33	1.97
27830227--27830331	33	3.3	33	76	14	103	22	24	23	28	1.99
27833369--27833465	42	2.3	42	80	7	108	25	25	27	20	1.99
27837499--27837549	23	2.2	23	96	0	93	37	9	21	31	1.86
27840516--27840550	11	3.3	11	84	8	54	68	0	11	20	1.20
27842703--27842767	27	2.4	27	86	2	85	64	3	21	10	1.38
27842721--27842761	21	2.0	21	90	0	64	70	0	19	9	1.14
27846310--27846384	37	2.0	37	100	0	150	34	13	21	30	1.92
27861291--27861459	26	6.8	26	66	17	81	38	20	21	18	1.94
27862168--27862209	20	2.0	20	86	4	57	35	7	2	54	1.41
27862423--27862452	15	2.1	15	93	6	53	13	13	33	40	1.83
27868160--27868254	26	3.8	25	77	10	86	40	17	20	22	1.92
27870136--27870206	4	17.8	4	100	0	142	23	0	25	50	1.49
27870770--27870967	50	4.0	50	80	1	209	24	13	26	35	1.93
27870757--27870982	50	4.5	50	79	3	186	24	13	27	34	1.92
27872556--27872732	39	4.5	39	81	0	183	44	20	6	28	1.76
27878728--27878825	50	2.0	50	95	0	178	35	31	3	29	1.73
27884310--27884346	18	2.1	18	100	0	74	24	32	10	32	1.90
27884701--27884764	12	5.7	11	89	7	51	28	1	0	70	0.97
27884709--27884753	6	7.5	6	100	0	90	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27886936--27886994	25	2.4	25	85	0	73	22	25	15	37	1.93
27896304--27896340	19	1.9	19	100	0	74	40	0	10	48	1.38
27898165--27898280	31	4.2	30	72	21	94	32	2	0	64	1.07
27898178--27898232	17	3.4	17	80	14	71	34	3	0	61	1.13
27898168--27898301	39	3.4	39	81	9	146	33	2	0	63	1.10
27898275--27898314	21	1.9	21	89	0	62	40	2	0	57	1.12
27899127--27899170	22	2.0	22	90	0	70	27	11	25	36	1.90
27901240--27901339	50	2.0	50	100	0	200	32	14	14	40	1.85
27911997--27912045	20	2.4	21	83	6	57	55	2	4	38	1.31
27914350--27914409	27	2.2	29	82	11	81	26	5	18	50	1.67
27918251--27918298	21	2.2	22	85	10	64	52	0	12	35	1.40
27919662--27919703	20	2.1	20	86	8	59	38	2	9	50	1.48
27919779--27920347	288	2.0	287	85	2	766	31	18	13	35	1.91
27921367--27921414	14	3.4	14	80	11	53	20	0	6	72	1.05
27924605--27924687	44	1.9	43	82	7	105	44	8	1	45	1.41
27925188--27925227	19	2.1	19	85	4	53	55	2	2	40	1.27
27927976--27928067	42	2.2	41	83	7	107	15	34	26	23	1.94
27929706--27929761	27	2.1	27	83	6	69	60	1	1	35	1.17
27931343--27931393	17	2.7	20	77	22	56	27	15	15	41	1.88
27942217--27942356	42	3.3	42	78	14	144	35	25	17	22	1.95
27946956--27946993	20	1.9	20	88	0	58	23	7	18	50	1.73
27949568--27949643	38	2.0	38	100	0	152	28	18	7	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27952513--27952637	37	3.3	37	77	10	135	24	13	19	42	1.87
27952370--27952677	77	4.0	77	83	4	379	24	15	18	41	1.89
27952484--27953349	194	4.5	194	73	10	534	25	17	15	41	1.89
27952658--27953294	77	8.3	77	79	2	602	26	16	15	41	1.88
27952666--27953265	305	2.0	306	81	4	717	26	16	15	41	1.88
27952391--27953154	40	19.9	40	70	10	340	25	16	17	41	1.89
27953089--27953322	37	6.2	37	66	17	113	29	17	11	41	1.84
27959661--27959909	32	7.8	33	75	6	183	36	22	20	20	1.95
27959910--27959963	26	2.1	26	92	0	90	35	18	22	24	1.96
27964547--27964627	43	1.9	42	85	7	110	27	23	1	48	1.59
27967589--27967620	16	2.0	16	100	0	64	12	0	25	62	1.30
27969222--27969271	24	2.0	25	88	3	75	62	8	6	24	1.46
27982935--27982974	20	2.0	21	85	14	57	30	5	15	50	1.65
27989422--27989457	14	2.6	14	91	4	56	33	11	22	33	1.89
27996922--27996988	6	12.0	6	77	17	56	62	2	2	31	1.25
28005989--28006167	45	4.0	45	84	1	225	29	20	11	39	1.88
28006045--28006116	21	3.3	21	68	11	63	27	19	12	40	1.88
28007861--28007891	5	6.2	5	100	0	62	38	0	0	61	0.96
28012136--28012229	28	3.4	28	81	12	122	37	0	21	41	1.53
28012217--28012320	36	2.9	37	73	4	122	24	0	28	47	1.52
28012975--28013000	9	2.9	9	100	0	52	0	7	0	92	0.39
28015556--28015584	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28015722--28015896	87	2.0	87	89	1	271	33	16	17	32	1.92
28015808--28016114	126	2.4	125	87	1	452	37	15	17	29	1.91
28019615--28019693	39	2.0	39	97	0	149	31	2	20	45	1.64
28020166--28020238	33	2.2	32	76	7	74	32	17	24	24	1.97
28026679--28026755	33	2.3	32	80	10	84	36	16	20	25	1.94
28030757--28030988	105	2.2	105	95	0	410	32	15	23	28	1.95
28037728--28037858	8	14.8	8	68	25	52	60	0	2	36	1.15
28037728--28037829	19	5.8	16	66	22	53	61	0	1	35	1.14
28037751--28037794	19	2.3	20	84	7	56	59	0	0	40	0.98
28037728--28037858	17	7.4	17	70	21	74	60	0	2	36	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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