genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721830--721926	11	8.6	11	70	22	69	36	2	0	61	1.07
721798--721929	38	3.2	40	84	9	137	36	2	1	59	1.19
721831--721864	17	2.0	17	100	0	68	35	0	0	64	0.94
721805--721943	49	2.7	49	82	8	145	35	2	2	60	1.21
724689--724760	19	3.7	19	90	7	117	36	11	16	36	1.84
724742--724799	22	2.7	23	78	7	59	37	6	13	41	1.72
727239--727284	3	15.3	3	90	0	74	30	2	2	65	1.16
727421--727495	39	1.9	39	86	0	105	34	8	4	53	1.49
727803--728129	110	3.0	110	93	2	539	29	16	20	33	1.95
731055--731138	36	2.5	32	83	14	123	22	13	2	61	1.43
731061--731135	36	2.1	36	100	0	150	24	14	2	58	1.49
733382--733501	44	2.7	44	88	2	152	26	16	26	30	1.97
733603--734146	266	2.0	267	90	0	847	28	20	24	26	1.99
733986--734266	150	1.9	150	88	0	427	31	20	19	28	1.97
734409--734526	45	2.7	44	79	1	137	32	20	22	24	1.98
735220--735264	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
735207--735267	19	2.9	21	81	11	72	36	6	18	39	1.76
737840--737876	17	2.2	17	90	0	56	54	5	5	35	1.47
742313--742366	26	2.1	26	96	0	99	33	9	14	42	1.78
756848--756901	23	2.4	23	93	3	92	25	29	5	38	1.79
760122--760154	17	1.9	17	93	0	57	60	18	9	12	1.57
774334--774881	40	13.7	40	99	0	1078	30	20	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776526--776587	28	2.2	28	82	5	81	50	11	14	24	1.75
776992--777069	3	26.0	3	100	0	156	33	0	0	66	0.92
777741--777781	15	2.5	17	88	7	59	56	4	0	39	1.21
778488--778529	20	2.1	20	100	0	84	21	14	26	38	1.91
781212--781264	20	2.5	20	84	6	61	60	5	3	30	1.37
781233--781272	20	2.0	20	85	4	55	57	7	2	32	1.40
781918--782602	155	4.5	151	85	6	920	31	9	6	51	1.60
781918--782602	153	4.5	152	86	6	931	31	9	6	51	1.60
782635--782678	20	2.1	20	87	8	61	40	2	4	52	1.34
782834--782874	21	2.0	21	85	9	57	19	0	4	75	0.98
783045--783125	41	2.0	40	87	2	117	38	9	27	24	1.87
784749--784787	3	13.0	3	88	0	60	28	0	2	69	1.02
785918--785971	20	2.7	21	80	8	67	27	7	16	48	1.73
787967--788082	44	2.6	44	81	10	130	47	0	1	50	1.17
789774--789856	43	1.9	44	82	2	105	43	10	21	24	1.84
792293--792375	43	1.9	44	82	2	105	43	10	20	25	1.84
795850--795892	2	21.5	2	85	0	59	4	2	46	46	1.36
796711--796792	40	2.0	40	100	0	164	46	36	7	9	1.65
799824--799870	19	2.6	18	82	3	58	59	4	2	34	1.29
799770--799975	102	2.0	102	99	0	403	52	4	6	35	1.49
800454--800486	12	2.8	12	90	4	50	9	18	33	39	1.82
803305--803347	18	2.4	18	92	0	68	41	0	58	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803522--803577	28	2.0	28	96	0	103	19	14	19	46	1.84
806794--806827	4	8.5	4	86	0	50	23	52	0	23	1.47
811484--811663	89	2.0	89	97	0	342	28	16	16	38	1.90
813857--814061	101	2.0	101	94	0	356	35	16	4	43	1.70
828364--828540	50	3.5	49	81	7	187	36	14	15	33	1.87
831918--832094	50	3.5	49	81	7	187	36	14	15	33	1.87
837840--838235	126	3.1	126	88	1	580	27	17	17	36	1.93
838305--838381	34	2.3	34	88	0	118	46	11	0	41	1.40
838305--838408	34	3.1	34	84	1	111	46	12	0	40	1.48
838303--838428	33	3.9	33	74	10	100	50	13	0	34	1.47
838413--838445	7	4.7	7	89	10	50	54	30	0	15	1.41
838479--838526	16	3.1	16	81	6	53	58	22	2	16	1.49
838691--838762	31	2.4	30	80	13	85	41	13	11	33	1.80
840080--840118	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
840336--840410	23	3.3	23	90	0	114	22	20	25	32	1.98
841676--841740	28	2.5	26	77	7	69	66	7	0	26	1.19
843675--843713	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
843969--844153	50	3.6	50	77	4	154	23	28	23	25	2.00
846286--846330	23	2.0	23	95	0	81	48	8	13	28	1.72
851795--851820	8	3.2	8	100	0	52	11	11	11	65	1.48
854577--854613	18	2.1	18	89	0	56	43	5	0	51	1.24
856721--856771	21	2.5	21	83	3	59	29	25	25	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856739--856780	21	2.0	21	86	9	59	23	26	28	21	1.99
860167--860236	17	4.2	17	67	26	51	41	2	18	37	1.66
860533--860605	36	2.0	36	97	0	137	27	5	19	47	1.71
860758--860843	25	3.5	23	73	17	68	27	25	20	25	1.99
861992--862113	37	3.3	37	85	4	174	39	31	13	15	1.87
869789--869871	41	2.0	41	97	0	157	33	13	32	20	1.91
876901--876989	27	3.4	26	67	16	67	40	20	6	32	1.78
876875--877174	102	2.9	102	83	2	386	38	18	10	33	1.85
876866--877147	153	1.8	153	86	1	404	39	18	10	31	1.85
876866--877164	51	5.9	51	82	1	339	38	18	10	32	1.85
882876--882908	11	3.0	11	100	0	66	27	18	0	54	1.44
885681--885735	28	2.0	28	88	0	83	14	14	21	49	1.79
897161--897539	129	2.9	129	92	1	591	26	24	17	31	1.97
897503--897754	44	5.7	44	93	0	414	24	26	21	27	1.99
898992--899034	7	6.0	7	81	13	52	18	11	0	69	1.17
903417--903568	33	4.5	32	69	25	107	19	19	28	32	1.96
908060--908093	17	2.0	17	100	0	68	41	5	5	47	1.52
913429--913467	19	2.0	20	90	5	62	17	30	20	30	1.96
923429--923617	95	2.0	95	91	2	308	26	6	25	41	1.79
930805--930912	50	2.1	51	86	5	148	48	6	15	29	1.70
959384--959417	13	2.5	13	85	4	50	61	0	0	38	0.96
960515--960541	12	2.2	12	100	0	54	66	7	7	18	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
974588--974630	21	2.0	21	86	0	59	13	11	27	46	1.78
974701--974868	42	4.0	42	91	1	246	33	22	21	23	1.97
974802--974928	67	1.9	66	83	4	166	38	21	20	19	1.94
974873--974965	42	2.2	43	90	1	143	31	23	18	26	1.97
975372--975432	12	5.3	12	75	11	65	0	39	19	40	1.52
975368--975451	33	2.6	33	90	5	136	2	39	19	39	1.64
980384--980625	9	26.9	9	77	8	188	33	2	12	51	1.53
980415--980610	27	7.3	27	91	1	270	34	2	11	52	1.51
980393--980603	54	3.7	54	87	5	278	34	2	11	51	1.52
982035--982082	23	2.1	22	88	7	69	39	14	16	29	1.88
988461--989307	74	11.4	73	86	5	1012	31	21	17	30	1.96
988461--989307	149	5.7	148	86	5	1063	31	21	17	30	1.96
988461--989307	233	3.8	222	87	5	1104	31	21	17	30	1.96
988461--989307	307	2.9	295	84	5	1107	31	21	17	30	1.96
1003486--1003537	27	1.9	27	92	0	86	17	21	38	23	1.93
1003658--1004111	19	23.5	19	65	25	138	53	12	0	32	1.43
1003637--1003975	27	14.1	26	71	23	246	53	12	0	33	1.46
1003642--1004109	27	20.7	22	71	19	202	54	12	0	32	1.43
1003725--1003975	49	5.2	49	87	1	373	53	12	0	32	1.44
1004034--1004111	20	3.8	20	81	8	86	55	11	0	33	1.36
1013922--1014119	21	9.6	20	69	8	94	18	22	15	43	1.87
1013907--1014078	42	4.1	42	79	5	152	19	24	13	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1020709--1020793	43	2.0	43	97	0	161	24	16	28	30	1.96
1020897--1021013	39	3.0	39	91	0	171	34	9	17	38	1.83
1022817--1022859	21	2.0	21	100	0	86	39	18	4	37	1.72
1026558--1027291	23	32.2	22	73	10	317	30	4	25	39	1.75
1026506--1027291	46	17.2	46	75	6	521	30	4	24	40	1.75
1026506--1026943	229	1.9	229	86	0	617	32	4	23	39	1.75
1026907--1026966	22	2.7	21	84	10	66	33	5	23	38	1.76
1027037--1027254	113	1.9	114	82	8	275	28	4	26	40	1.74
1027022--1027284	136	1.9	136	80	3	305	29	4	25	40	1.74
1030961--1030996	14	2.6	14	91	4	56	61	0	2	36	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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