genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2064243--2064291	26	1.9	26	88	12	75	57	0	2	40	1.10
2064216--2064265	17	2.9	17	75	3	55	50	8	2	40	1.43
2064251--2064285	17	2.1	16	89	5	52	60	0	0	40	0.97
2064381--2064419	19	2.1	19	85	9	53	48	0	0	51	1.00
2064747--2064773	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
2069516--2069547	15	2.1	15	100	0	64	12	0	28	59	1.34
2070241--2070739	66	7.5	67	76	17	433	50	12	9	27	1.71
2070223--2070782	131	4.3	125	80	12	449	49	12	9	28	1.72
2070223--2070782	67	8.6	63	74	16	403	49	12	9	28	1.72
2070568--2070763	64	3.1	61	73	20	193	51	11	9	27	1.69
2076716--2076751	16	2.1	18	90	10	58	44	0	2	52	1.15
2077097--2077138	19	2.2	19	83	8	50	38	0	2	59	1.10
2078380--2078413	17	2.0	17	88	0	50	38	20	5	35	1.77
2085393--2085440	24	2.0	24	84	8	62	39	8	2	50	1.44
2088422--2088447	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2089039--2089088	23	2.2	23	89	7	75	52	2	0	46	1.12
2094368--2094406	2	20.0	2	94	5	71	0	0	48	51	1.00
2094989--2095022	18	1.9	17	88	5	50	38	8	8	44	1.67
2094981--2095111	67	2.0	67	90	0	208	41	12	6	39	1.69
2096172--2096220	25	2.0	25	83	0	62	40	0	4	55	1.19
2096209--2096244	18	1.9	19	88	5	56	41	2	0	55	1.14
2096710--2096751	20	2.1	20	86	0	57	33	9	2	54	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2102335--2102387	26	2.0	26	85	0	70	66	1	1	30	1.13
2110930--2110992	30	2.1	31	85	5	85	47	7	7	36	1.62
2113885--2113923	18	2.1	19	90	9	62	48	17	10	23	1.78
2129215--2129587	44	8.6	42	72	11	213	31	20	21	26	1.98
2129590--2129746	83	1.9	83	81	0	188	35	22	18	24	1.96
2131140--2131227	3	29.3	3	75	8	72	29	7	2	60	1.37
2131145--2131227	12	6.6	12	81	8	85	30	8	2	59	1.40
2137472--2137515	21	2.1	21	83	8	54	43	0	9	47	1.35
2139814--2139839	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
2140462--2140589	39	3.0	44	82	10	142	22	17	18	40	1.91
2140495--2140588	39	2.4	39	90	1	143	22	17	19	41	1.90
2140574--2140616	6	6.8	6	81	7	50	20	20	16	41	1.90
2141103--2141134	15	2.3	15	89	10	50	40	0	18	40	1.51
2141862--2141907	23	2.0	23	95	0	83	34	15	17	32	1.91
2142070--2142117	21	2.3	22	79	17	57	41	0	8	50	1.33
2161697--2161747	16	3.2	16	74	20	52	31	1	1	64	1.15
2161806--2161835	16	1.9	16	93	6	53	70	0	0	30	0.88
2168369--2169091	378	1.9	377	84	5	967	23	31	9	34	1.88
2169996--2170035	18	2.1	20	86	9	57	15	12	0	72	1.12
2170475--2170513	19	2.0	20	85	5	53	53	10	0	35	1.35
2178071--2178118	10	5.0	10	78	19	57	41	0	2	56	1.11
2178069--2178132	28	2.3	27	92	5	110	42	1	3	53	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2179246--2179331	36	2.4	36	86	0	118	16	23	30	30	1.96
2184326--2184365	21	1.9	21	85	10	55	40	5	2	52	1.37
2184372--2184445	18	4.1	18	80	13	71	40	5	0	54	1.24
2184390--2184444	20	2.9	20	84	7	62	41	3	0	54	1.18
2185143--2185185	19	2.3	19	84	8	52	62	16	2	18	1.43
2185467--2185498	17	1.9	17	93	6	57	40	3	0	56	1.15
2188265--2188339	31	2.4	31	86	4	107	32	9	10	48	1.70
2189844--2189868	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
2191277--2191307	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
2191288--2191347	30	2.0	30	90	0	93	25	3	13	58	1.50
2193918--2193953	16	2.2	16	95	0	63	61	2	5	30	1.33
2194575--2194605	9	3.4	9	95	0	53	61	3	0	35	1.12
2194895--2194949	28	1.9	29	81	3	67	41	0	1	56	1.10
2203482--2203749	132	2.0	131	90	5	425	28	10	13	47	1.76
2206452--2206536	40	2.2	40	95	2	154	25	17	16	40	1.90
2210210--2210258	3	16.3	3	100	0	98	0	32	0	67	0.91
2233906--2234081	71	2.5	70	85	1	219	28	14	22	34	1.94
2234099--2234437	72	4.5	74	87	5	450	32	15	20	32	1.94
2234658--2234905	88	2.8	88	85	5	313	29	17	18	34	1.94
2234832--2235162	73	4.5	73	94	2	542	32	17	18	31	1.94
2240893--2240962	35	2.0	35	97	0	131	25	32	5	35	1.80
2245815--2245882	27	2.4	29	71	9	70	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2245903--2246011	54	2.0	53	94	1	191	23	29	29	17	1.97
2246787--2246823	13	2.9	12	88	11	56	67	0	0	32	0.91
2250688--2250731	15	3.0	15	83	3	54	29	0	4	65	1.12
2257656--2257853	46	4.6	45	79	13	229	34	14	22	28	1.93
2257692--2257764	36	2.0	36	91	0	119	38	12	20	28	1.89
2257658--2257810	82	1.9	82	95	0	279	35	12	22	29	1.91
2259624--2259718	29	3.2	29	65	8	75	35	9	15	38	1.80
2263993--2264023	16	1.9	16	93	0	53	45	35	3	16	1.63
2265974--2266002	12	2.4	12	100	0	58	24	6	6	62	1.45
2267851--2267912	24	2.5	24	82	7	63	12	8	12	66	1.45
2279739--2279870	37	3.5	37	76	11	151	40	7	0	50	1.36
2279723--2279875	76	2.0	76	98	0	297	41	7	1	49	1.41
2280321--2280376	29	1.9	29	88	0	85	41	12	8	37	1.74
2282002--2282396	171	2.3	170	82	6	458	40	18	11	29	1.85
2288480--2288508	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2292417--2292483	28	2.4	30	75	14	79	29	0	4	65	1.12
2294285--2294356	31	2.3	31	95	0	126	34	9	9	45	1.70
2302445--2302512	33	2.1	33	97	0	127	32	7	17	42	1.77
2303918--2304019	22	4.5	22	70	22	75	46	0	5	48	1.26
2307025--2307088	29	2.2	30	80	5	76	34	9	17	39	1.82
2307034--2307109	29	2.6	29	82	4	89	38	13	18	30	1.89
2310810--2310869	28	2.0	28	81	9	66	36	11	6	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319665--2319714	21	2.4	21	82	0	55	56	12	6	26	1.58
2321596--2321652	29	1.9	29	86	10	80	61	5	5	28	1.39
2321730--2321795	29	2.3	28	82	7	87	60	4	4	30	1.37
2321449--2321809	133	2.7	132	86	3	501	50	8	10	30	1.66
2321888--2322249	90	4.0	88	82	6	352	38	17	8	36	1.79
2335917--2336000	29	2.9	28	70	18	64	50	7	11	30	1.66
2355130--2355167	17	2.3	17	90	4	60	78	2	10	7	1.04
2356490--2356534	22	2.0	22	91	0	72	15	24	17	42	1.88
2363108--2363239	66	2.0	65	94	1	228	28	7	23	40	1.82
2370744--2370771	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
2382543--2382587	21	2.2	20	84	4	54	33	6	2	57	1.37
2396972--2397016	17	2.6	18	82	13	58	31	2	0	66	1.04
2403253--2403303	24	2.1	25	85	3	68	31	9	7	50	1.64
2408591--2409182	130	4.6	128	79	5	535	37	10	17	34	1.84
2410594--2410629	9	4.0	9	85	0	54	44	33	22	0	1.53
2410593--2410625	12	2.8	12	90	0	57	42	33	24	0	1.55
2416595--2416661	34	2.0	34	90	0	107	22	11	16	49	1.78
2420013--2420048	3	12.0	3	100	0	72	33	33	0	33	1.58
2421689--2421755	34	2.0	33	100	0	125	26	14	14	41	1.85
2448432--2448511	22	3.6	22	74	0	70	60	20	10	10	1.57
2448470--2448524	22	2.5	22	85	5	67	63	23	9	3	1.40
2450576--2450610	18	1.9	18	94	0	61	42	11	20	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456681--2456724	20	2.1	20	83	8	52	56	2	6	34	1.38
2460641--2460719	40	2.0	40	94	0	140	20	16	27	35	1.94
2470345--2470404	29	2.1	28	81	6	77	26	15	13	45	1.83
2471420--2471555	51	2.7	51	76	2	148	38	6	13	41	1.70
2476630--2476813	93	2.0	93	96	2	343	44	18	17	19	1.88
2486942--2486986	21	2.1	21	87	0	63	35	2	2	60	1.22
2491184--2491230	2	23.5	2	95	0	85	48	0	51	0	1.00
2499308--2499354	24	2.0	24	86	0	67	57	8	6	27	1.53
2516438--2516548	44	2.5	44	98	0	213	28	20	16	34	1.94
2522615--2522751	58	2.4	58	79	7	154	53	3	1	41	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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