genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20571116--20571158	15	2.9	15	93	3	70	18	2	4	74	1.10
20572211--20572264	20	2.8	19	74	20	58	66	0	5	27	1.13
20572634--20572723	30	2.9	31	82	11	112	40	3	5	51	1.42
20573045--20573086	10	4.1	10	84	9	50	38	4	0	57	1.20
20573307--20573384	8	8.9	9	73	12	56	28	2	1	67	1.11
20573351--20573402	19	2.7	18	88	8	68	28	3	3	63	1.30
20576136--20576176	17	2.4	17	87	0	55	21	0	4	73	1.02
20576569--20576655	12	7.5	12	72	18	51	58	1	4	35	1.26
20577631--20577682	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
20577663--20577755	45	2.1	44	85	2	123	34	5	26	33	1.79
20577919--20577953	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
20577877--20577949	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
20578066--20578100	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
20577838--20578112	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.33
20578168--20578220	16	3.4	17	73	21	53	56	0	0	43	0.99
20578094--20578280	60	3.1	59	66	13	157	49	6	2	41	1.42
20578046--20578340	119	2.5	120	93	2	495	50	4	2	43	1.35
20579057--20579092	16	2.2	16	100	0	72	19	38	19	22	1.93
20586928--20587002	33	2.3	33	81	4	80	22	26	18	32	1.97
20586912--20587179	102	2.6	101	78	11	242	25	27	16	30	1.97
20598873--20599194	164	1.9	169	89	3	501	31	17	16	35	1.92
20600362--20600478	27	4.4	27	81	2	110	29	29	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20604431--20604495	32	2.0	32	100	0	130	18	6	36	38	1.76
20606400--20606529	3	42.7	3	68	11	68	30	4	3	60	1.35
20606402--20606501	24	4.0	24	76	17	87	28	5	3	64	1.29
20606447--20606529	39	2.1	39	84	4	105	30	3	4	61	1.34
20606702--20606728	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
20606711--20606794	23	3.3	23	74	17	53	35	8	4	51	1.53
20607014--20607107	27	3.6	26	80	5	100	31	8	5	54	1.53
20610964--20611018	22	2.5	22	85	8	67	25	20	5	49	1.70
20620436--20620490	29	1.9	28	85	3	74	34	1	5	58	1.32
20620822--20620880	21	2.7	23	77	17	63	32	1	8	57	1.39
20620822--20620886	23	2.7	25	75	20	84	33	1	9	55	1.41
20620889--20620928	19	2.2	19	86	4	55	27	2	0	70	1.01
20620902--20620952	21	2.4	22	83	3	68	23	1	1	72	1.05
20622099--20622171	21	3.5	20	77	18	69	61	1	6	30	1.30
20622114--20622156	15	2.9	15	78	21	54	65	0	4	30	1.13
20624759--20624788	12	2.5	12	94	0	51	33	10	0	56	1.32
20624922--20624962	15	2.7	16	85	7	59	31	4	0	63	1.15
20624929--20624977	22	2.3	22	89	3	73	30	6	0	63	1.19
20625116--20625182	28	2.3	30	77	12	77	29	4	2	62	1.29
20625101--20625172	37	1.9	37	83	5	92	31	4	4	59	1.35
20625130--20625219	47	2.0	47	86	8	132	31	2	4	62	1.27
20625237--20625330	26	3.7	26	75	13	95	28	4	5	61	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20637078--20637197	40	2.9	39	77	10	98	51	12	20	15	1.75
20637078--20637157	40	2.0	40	82	4	99	52	12	21	13	1.73
20638948--20639232	142	2.0	142	98	0	552	30	16	16	36	1.91
20643206--20643258	24	2.2	24	100	0	106	33	24	30	11	1.90
20651065--20652151	133	8.1	133	87	1	1467	29	20	22	27	1.99
20652154--20652358	85	2.4	85	93	2	342	29	23	25	20	1.99
20654051--20654157	44	2.4	44	90	3	162	19	9	2	68	1.30
20655633--20655694	14	4.3	15	86	8	76	32	0	4	62	1.16
20655633--20655669	3	12.7	3	94	5	67	35	0	0	64	0.94
20655884--20655977	27	3.6	26	80	5	100	31	8	5	54	1.53
20656037--20656130	22	4.4	21	65	25	54	31	3	5	59	1.35
20656044--20656087	19	2.3	19	84	7	54	29	2	4	63	1.26
20656089--20656139	20	2.7	18	80	14	57	33	1	5	58	1.33
20658260--20658328	29	2.3	29	85	5	84	52	8	15	23	1.71
20664544--20664663	43	2.8	44	77	8	131	27	18	25	28	1.98
20666299--20666336	20	1.9	20	84	10	51	21	5	26	47	1.71
20667509--20667593	20	4.2	20	75	8	75	30	16	35	17	1.92
20669832--20669890	27	2.2	26	81	3	64	33	1	0	64	1.04
20669844--20669884	16	2.5	17	84	8	66	36	0	0	63	0.95
20670192--20670242	24	2.1	25	88	3	77	5	39	13	41	1.69
20670976--20671067	34	2.7	34	87	0	130	27	5	29	38	1.79
20685957--20686083	55	2.3	54	80	8	132	32	23	26	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20686399--20686495	47	2.0	48	96	2	178	13	24	6	55	1.61
20696915--20697050	67	2.0	67	95	0	245	36	8	11	43	1.73
20700953--20700991	17	2.3	17	86	0	51	71	7	0	20	1.10
20701264--20701297	18	1.9	18	94	5	61	58	29	8	2	1.43
20703752--20704109	131	2.7	131	77	5	337	27	18	18	34	1.95
20705174--20705203	10	3.0	10	100	0	60	50	0	0	50	1.00
20705176--20705251	15	5.3	15	73	9	59	53	1	0	44	1.08
20705185--20705271	32	3.2	26	75	19	70	52	2	0	44	1.13
20706956--20707019	32	2.0	32	100	0	128	21	34	6	37	1.79
20707397--20707450	18	3.0	18	86	0	72	29	22	14	33	1.94
20713028--20713081	26	2.1	26	96	0	99	51	5	11	31	1.60
20713249--20713530	3	94.7	3	79	6	279	62	0	5	31	1.23
20713218--20713534	9	36.9	8	70	18	103	63	0	5	30	1.22
20714997--20715263	44	6.0	44	72	11	159	27	18	22	31	1.97
20714968--20715204	44	5.3	46	70	9	141	27	17	22	32	1.96
20714822--20715335	179	2.9	178	88	2	734	28	18	21	30	1.97
20716053--20716196	46	3.1	46	87	0	198	26	27	15	30	1.96
20722503--20722562	26	2.3	25	77	8	66	70	1	5	23	1.16
20722517--20722617	3	33.7	3	75	4	87	63	0	7	27	1.29
20733328--20733370	17	2.5	18	85	7	54	53	0	0	46	1.00
20736412--20736581	85	2.0	85	98	0	331	14	26	18	40	1.90
20736667--20736705	13	2.9	13	84	3	51	28	0	10	61	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20743512--20743600	42	2.1	42	93	0	151	51	12	5	30	1.62
20743625--20743664	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
20747471--20747558	42	2.1	42	91	0	140	51	13	4	30	1.61
20747583--20748401	19	43.2	19	97	1	1538	42	15	5	36	1.69
20754657--20754758	53	1.9	53	96	4	188	33	23	18	24	1.97
20755304--20755348	22	2.0	22	95	0	81	26	11	13	48	1.75
20755307--20755354	22	2.2	22	88	0	69	33	8	14	43	1.75
20759248--20759277	14	2.1	14	100	0	60	43	13	13	30	1.82
20760102--20760140	19	2.1	19	100	0	78	33	20	0	46	1.51
20761074--20761123	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
20761094--20761152	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
20761199--20761231	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
20762137--20762609	131	3.6	129	78	8	443	27	20	19	32	1.97
20762183--20762743	131	4.2	131	78	8	390	26	20	19	32	1.97
20767032--20767101	3	23.0	3	75	13	63	62	0	7	30	1.21
20767182--20767210	14	2.0	15	93	6	51	68	0	3	27	1.05
20769617--20769671	17	3.4	16	78	9	58	78	9	12	0	0.97
20770665--20770854	26	7.2	25	70	17	116	32	6	1	59	1.31
20770749--20770805	27	2.1	28	87	9	82	38	7	1	52	1.39
20771031--20771055	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
20774576--20774613	19	2.0	19	90	10	60	57	0	0	42	0.98
20775931--20775967	17	2.2	17	95	0	65	45	0	0	54	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20784198--20784271	37	2.0	37	97	0	139	31	13	22	32	1.93
20786028--20786080	22	2.5	22	81	3	63	37	18	15	28	1.91
20786071--20786133	29	2.1	31	82	5	76	33	15	17	33	1.92
20787185--20787252	16	4.2	16	92	0	118	27	0	33	38	1.57
20787480--20787521	17	2.6	16	82	17	52	45	0	0	54	0.99
20787699--20787789	26	3.4	26	73	11	94	51	2	1	45	1.20
20787470--20787762	120	2.4	120	95	0	523	47	5	2	45	1.39
20797702--20797733	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
20797703--20797733	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
20798332--20798918	295	2.0	295	97	0	1102	32	14	19	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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