genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  22  of  153  ( 18265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7443763--7443811	18	2.7	17	78	9	53	59	0	0	40	0.98
7447323--7447359	14	2.7	13	91	8	56	72	0	13	13	1.11
7449460--7449513	15	3.6	15	79	16	67	53	3	0	42	1.18
7454281--7454342	29	2.2	29	82	8	74	41	3	3	51	1.34
7454288--7454335	22	2.2	22	81	7	53	39	2	4	54	1.32
7457086--7457122	16	2.3	17	81	13	51	54	0	2	43	1.14
7457729--7457869	76	1.9	76	86	3	203	29	7	13	49	1.68
7457726--7457903	76	2.4	76	81	7	202	32	6	10	50	1.63
7457878--7457915	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
7458623--7459098	147	3.1	158	84	10	631	28	6	9	55	1.57
7459076--7459110	17	2.1	17	94	0	61	14	5	5	74	1.19
7459248--7459378	30	4.3	30	71	7	95	61	9	6	22	1.49
7460581--7460882	152	2.0	154	85	5	416	42	4	5	47	1.50
7475183--7475266	32	2.7	31	80	10	82	34	2	2	60	1.22
7475904--7475960	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
7480533--7480580	21	2.4	21	89	6	73	50	18	18	12	1.78
7492717--7492758	20	2.2	19	83	12	50	66	4	2	26	1.23
7493516--7493546	16	1.9	16	100	0	62	29	32	19	19	1.96
7506344--7506383	19	2.0	21	85	9	57	57	2	10	30	1.45
7514781--7514914	72	1.9	72	85	6	191	31	17	18	32	1.94
7515727--7515940	72	3.0	72	95	0	367	31	19	15	33	1.94
7518944--7519140	101	2.0	101	90	0	313	49	10	3	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7529189--7529214	8	3.2	8	100	0	52	46	0	0	53	1.00
7535989--7536041	16	3.3	15	82	12	70	37	5	1	54	1.35
7538180--7538209	13	2.3	13	94	0	51	50	6	13	30	1.67
7542886--7542920	17	2.1	16	89	5	52	34	2	8	54	1.46
7542987--7543033	18	2.6	18	86	3	58	46	2	0	51	1.13
7543001--7543062	23	2.7	23	73	12	63	45	6	1	46	1.38
7548520--7548568	22	2.3	22	82	10	66	57	2	0	40	1.10
7550111--7550317	112	1.9	111	84	6	278	31	6	7	53	1.56
7550671--7550710	16	2.4	17	88	12	57	65	0	0	35	0.93
7550656--7550711	17	3.2	18	76	23	57	64	0	0	35	0.94
7557334--7557372	15	2.6	15	84	11	53	28	0	5	66	1.12
7558603--7559180	87	6.6	90	76	9	469	14	26	15	42	1.86
7558603--7559180	177	3.3	174	80	7	616	14	26	15	42	1.86
7558873--7559116	126	1.9	126	83	6	316	15	23	14	45	1.83
7558603--7559164	45	12.8	45	77	9	484	14	26	15	42	1.86
7564114--7564209	19	5.2	18	71	18	72	54	4	0	41	1.20
7564109--7564206	30	3.4	30	76	13	125	56	4	0	39	1.19
7564109--7564206	11	9.2	11	67	16	55	56	4	0	39	1.19
7564104--7564214	55	2.0	54	96	1	204	54	4	0	40	1.20
7564123--7564223	25	3.8	25	74	13	94	53	3	0	42	1.19
7564108--7564229	14	8.7	13	65	18	57	54	3	0	41	1.16
7564267--7564316	22	2.4	20	78	18	57	52	4	0	44	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7570991--7571041	12	4.2	12	79	0	57	41	5	39	13	1.69
7570979--7571041	18	3.5	18	77	0	54	41	9	36	12	1.76
7572900--7572957	26	2.3	26	85	8	75	50	5	15	29	1.66
7573467--7573511	24	1.9	23	90	4	72	51	0	8	40	1.33
7576497--7576574	39	2.0	39	92	0	129	46	11	12	29	1.77
7576794--7576837	15	2.8	16	82	6	54	31	4	20	43	1.72
7580940--7580975	15	2.4	15	90	9	56	52	2	13	30	1.55
7589654--7589710	18	3.3	18	72	20	59	40	0	1	57	1.09
7590662--7590731	31	2.4	29	76	9	70	48	11	4	35	1.59
7592971--7593026	27	2.1	27	96	0	103	26	12	28	32	1.93
7594360--7594455	49	2.0	49	100	0	192	35	27	4	33	1.76
7601451--7601496	21	2.2	21	100	0	92	43	0	10	45	1.39
7621250--7621289	20	2.0	20	100	0	80	35	15	20	30	1.93
7624494--7624538	13	3.4	13	81	6	54	77	0	22	0	0.76
7624494--7624538	20	2.2	20	88	0	63	77	0	22	0	0.76
7624504--7624538	7	5.1	7	89	6	54	82	0	17	0	0.66
7634236--7634283	3	16.0	3	78	8	53	60	0	8	31	1.26
7635325--7635369	20	2.3	20	88	3	65	68	4	0	26	1.08
7643808--7643889	41	2.0	41	100	0	164	39	9	17	34	1.82
7646285--7646423	42	3.3	41	82	4	170	11	20	17	49	1.78
7647357--7647403	22	2.0	24	88	8	71	34	6	4	55	1.45
7648970--7649077	54	2.0	54	98	0	207	30	25	12	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7655922--7655961	17	2.3	18	91	4	64	62	0	0	37	0.95
7655917--7655965	11	4.9	11	78	19	54	59	0	0	40	0.98
7656589--7656878	99	3.0	96	85	3	375	40	16	1	41	1.57
7663771--7663810	18	2.2	18	90	0	62	65	0	2	32	1.06
7681599--7681639	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
7699737--7699781	14	3.2	13	81	12	54	26	6	0	66	1.16
7719204--7719252	14	3.4	14	75	5	53	61	0	0	38	0.96
7728348--7728387	20	2.1	20	86	9	57	60	2	2	35	1.24
7737440--7737477	13	2.9	13	84	0	58	31	7	26	34	1.85
7737761--7737840	39	2.1	38	81	6	92	30	6	7	56	1.52
7741791--7741849	25	2.3	26	85	11	77	64	0	1	33	1.04
7741791--7741849	26	2.3	25	85	11	75	64	0	1	33	1.04
7748143--7748185	22	2.0	22	86	9	61	76	6	16	0	0.99
7748186--7748218	17	1.9	17	93	0	57	21	0	39	39	1.53
7748656--7748690	18	1.9	18	94	0	61	31	0	2	65	1.07
7753369--7753402	9	3.8	9	88	0	50	41	32	26	0	1.56
7761961--7762004	16	2.7	16	82	10	54	29	2	0	68	1.02
7766423--7766468	22	2.1	22	91	0	74	71	6	6	15	1.27
7777496--7777563	31	2.2	30	84	2	82	48	22	10	19	1.78
7787697--7787745	21	2.4	21	80	12	57	38	0	4	57	1.18
7788260--7788297	20	2.0	20	85	10	53	34	2	5	57	1.35
7791087--7791117	16	1.9	16	100	0	62	51	0	19	29	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7792249--7792295	12	3.6	13	77	8	51	31	2	2	63	1.18
7798486--7798523	19	2.0	20	89	5	60	28	0	5	65	1.14
7810872--7810978	45	2.3	46	87	9	153	35	7	13	43	1.72
7810893--7810978	45	1.9	45	97	0	163	34	8	12	44	1.72
7814464--7814502	18	2.2	18	90	0	60	17	5	53	23	1.63
7814443--7814503	21	3.0	21	72	13	65	18	4	52	24	1.65
7814671--7814698	6	4.7	6	100	0	56	32	0	50	17	1.47
7814800--7814832	6	5.5	6	100	0	66	30	0	51	18	1.46
7814657--7814933	123	2.2	125	88	7	411	20	3	54	20	1.60
7814865--7814910	9	5.1	9	79	10	58	8	2	65	23	1.32
7814823--7814910	18	5.1	18	71	18	60	13	3	60	22	1.48
7831006--7831067	31	2.0	32	87	3	90	45	12	14	27	1.82
7832106--7832159	2	27.0	2	100	0	108	0	50	0	50	1.00
7838270--7838309	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
7838293--7838332	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
7838278--7838344	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
7841146--7841196	18	2.8	18	75	0	66	39	3	43	13	1.63
7849032--7849170	68	2.0	68	97	0	260	49	6	18	25	1.71
7849263--7849287	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
7862244--7862301	24	2.4	24	82	8	64	56	3	0	39	1.16
7866439--7866487	25	2.0	23	84	15	62	65	0	0	34	0.93
7877543--7877582	7	5.7	7	100	0	80	27	15	0	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7879817--7879894	22	3.5	22	73	16	61	41	0	2	56	1.13
7879857--7879910	19	2.7	21	77	8	60	35	0	3	61	1.14
7881702--7881894	51	3.8	50	83	5	219	29	24	16	30	1.96
7881808--7881890	26	3.2	26	63	27	68	31	24	12	32	1.91
7919081--7919141	23	2.6	25	79	10	74	39	0	0	60	0.97
7919101--7919142	15	2.7	16	82	14	52	40	0	0	59	0.97
7922822--7924824	999	2.0	999	99	0	3997	27	20	22	30	1.98
7925747--7925786	16	2.3	19	87	12	59	57	2	2	37	1.26
7925816--7925858	21	2.0	22	90	4	70	60	2	0	37	1.10
7934140--7934214	25	3.0	25	80	0	87	25	22	17	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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