genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21141669--21141739	20	3.5	20	81	11	74	36	0	2	60	1.11
21141669--21141739	10	7.0	10	76	12	65	36	0	2	60	1.11
21141683--21141741	19	3.1	19	87	2	82	37	0	5	57	1.21
21142442--21142482	3	13.3	3	89	5	64	34	0	0	65	0.93
21142780--21142834	22	2.5	23	77	13	62	43	0	3	52	1.18
21144962--21145001	18	2.3	17	91	4	62	70	7	2	20	1.24
21145385--21145444	13	4.8	13	70	12	54	36	1	1	60	1.17
21145385--21145461	36	2.1	36	100	0	154	33	2	2	61	1.24
21146052--21146090	18	2.2	19	90	9	64	48	0	12	38	1.42
21147444--21147470	13	2.1	13	100	0	54	14	0	7	77	0.97
21150098--21150133	18	2.0	18	100	0	72	44	16	33	5	1.71
21154291--21154362	25	2.8	25	80	10	83	26	23	20	29	1.99
21157954--21158556	305	2.0	306	94	0	1073	25	15	24	34	1.94
21161215--21161262	24	2.0	23	84	4	60	37	4	0	58	1.18
21161228--21161289	29	2.1	30	87	3	90	40	0	1	58	1.08
21161233--21161304	29	2.5	27	76	12	72	38	0	2	58	1.13
21162700--21162751	24	2.2	24	82	0	59	32	3	11	51	1.56
21166162--21166203	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
21172630--21172655	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
21183028--21183077	18	2.8	18	96	0	91	30	0	48	22	1.51
21183028--21183082	6	9.2	6	81	0	65	30	0	47	21	1.51
21183028--21183089	12	5.2	12	78	0	61	33	0	45	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21184823--21184892	32	2.2	32	80	9	83	61	1	2	34	1.20
21185991--21186040	26	1.9	26	88	8	75	30	4	14	52	1.59
21186506--21186549	24	1.9	23	86	9	63	47	2	22	27	1.63
21187007--21187044	19	2.0	19	100	0	76	52	5	15	26	1.64
21187785--21187817	16	1.9	18	88	11	52	39	0	18	42	1.50
21192300--21192405	45	2.4	45	86	0	149	26	19	15	38	1.91
21193605--21193645	22	1.9	22	85	5	57	53	17	9	19	1.70
21197355--21197406	25	2.1	25	82	7	61	50	5	0	44	1.26
21201778--21201819	21	2.0	21	85	4	57	26	0	7	66	1.17
21204685--21204755	30	2.4	30	81	9	83	33	5	4	56	1.42
21208818--21208942	66	1.9	66	85	3	171	31	19	22	27	1.98
21208872--21209248	189	2.0	189	87	2	551	30	21	21	26	1.98
21209317--21209427	21	5.3	21	75	8	93	20	0	32	45	1.57
21209322--21209427	14	7.6	14	75	8	74	19	0	33	46	1.57
21209322--21209417	7	13.7	7	73	8	61	19	1	31	47	1.56
21209917--21209964	15	3.3	15	82	5	62	18	0	35	45	1.50
21209857--21209961	22	4.9	20	75	7	75	25	1	24	47	1.62
21209863--21209958	7	13.4	7	68	12	52	25	1	25	48	1.57
21209946--21209992	21	2.2	21	84	3	58	17	2	40	40	1.61
21210547--21210892	114	3.1	114	87	1	509	28	14	25	32	1.95
21213609--21213769	9	17.9	9	73	10	96	46	16	1	35	1.58
21213609--21213771	54	3.2	54	86	7	218	46	15	2	35	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21213609--21213769	45	3.4	45	79	14	187	46	16	1	35	1.58
21219590--21219745	43	3.6	43	80	3	179	30	21	24	24	1.99
21219891--21220340	87	5.3	85	82	5	469	43	10	13	32	1.78
21220498--21220539	22	2.0	21	85	4	57	66	2	0	30	1.04
21220980--21221028	20	2.5	20	83	6	55	53	10	8	28	1.63
21222692--21222824	40	3.3	40	87	6	187	28	21	24	26	1.99
21222692--21222841	40	3.7	40	85	5	185	29	19	23	28	1.98
21222692--21222841	80	1.9	82	84	5	207	29	19	23	28	1.98
21223290--21223326	15	2.5	15	86	0	56	21	0	32	45	1.52
21223304--21223376	37	2.0	37	88	0	110	24	0	28	46	1.53
21223609--21223734	15	8.5	15	69	15	75	23	0	40	35	1.60
21223613--21223687	29	2.6	30	80	4	82	24	0	38	37	1.55
21223883--21223936	16	3.8	16	70	27	57	38	9	3	48	1.53
21226489--21226517	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
21229489--21229544	24	2.4	22	78	18	60	71	7	3	17	1.23
21242185--21242225	21	2.0	21	85	0	55	31	21	26	19	1.97
21243589--21243835	124	2.0	124	98	0	476	29	19	24	26	1.98
21245697--21245736	14	2.7	16	77	18	50	47	5	0	47	1.24
21246624--21246687	26	2.7	23	77	20	62	39	1	4	54	1.31
21249821--21249846	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
21253206--21253257	16	3.2	16	76	13	52	55	1	0	42	1.10
21253232--21253279	22	2.1	22	81	18	62	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21253233--21253282	21	2.2	24	89	10	79	62	0	0	38	0.96
21253952--21256214	752	3.0	752	98	0	4400	34	17	14	33	1.90
21259090--21259168	39	2.0	39	95	0	140	49	17	7	25	1.73
21260343--21260493	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
21264446--21264615	85	2.0	85	97	2	324	32	20	15	31	1.93
21267349--21267499	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
21269520--21269546	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
21270306--21270827	261	2.0	262	98	0	1010	38	16	8	36	1.79
21271105--21271268	39	4.2	39	83	2	197	25	27	22	24	2.00
21271941--21272000	29	2.1	28	96	3	111	40	13	3	43	1.60
21280026--21280072	18	2.7	18	80	9	53	23	0	4	72	1.02
21282803--21282836	17	2.0	17	94	0	59	23	8	29	38	1.85
21282922--21282954	15	2.1	16	88	5	50	54	0	6	39	1.25
21282936--21282984	25	1.9	26	87	4	73	55	0	10	34	1.34
21282936--21282984	26	1.9	25	84	12	64	55	0	10	34	1.34
21295814--21295907	46	2.0	46	100	0	188	27	25	10	36	1.89
21296167--21296200	17	2.0	17	100	0	68	35	23	11	29	1.90
21301930--21301973	20	2.2	20	84	8	54	25	0	4	70	1.06
21309832--21309866	14	2.4	15	85	9	54	42	0	0	57	0.99
21312926--21312952	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21313910--21313962	26	2.1	25	82	6	63	47	0	5	47	1.26
21315142--21315198	29	2.0	29	92	0	96	24	3	14	57	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21315837--21315880	22	2.1	20	84	16	54	36	2	0	61	1.09
21316721--21316773	22	2.3	23	81	12	65	58	3	3	33	1.34
21331834--21331865	10	3.2	10	95	0	55	56	9	25	9	1.61
21336186--21336224	6	6.5	6	87	0	60	48	12	15	23	1.79
21338429--21338458	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
21339019--21339106	30	2.9	30	96	0	158	56	11	3	28	1.50
21341478--21341502	5	5.0	5	100	0	50	0	0	20	80	0.72
21342369--21342408	21	1.9	21	89	0	62	25	30	25	20	1.99
21342764--21342794	13	2.3	14	94	5	55	16	9	16	58	1.63
21344990--21345037	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
21345061--21345090	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
21345778--21345819	16	2.5	17	82	14	52	61	2	0	35	1.09
21347664--21347714	24	2.1	24	89	7	77	37	5	35	21	1.78
21349562--21349659	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
21349552--21349659	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
21355733--21356316	44	13.3	44	73	9	431	31	16	23	27	1.96
21355733--21356315	132	4.4	132	93	0	995	31	16	24	27	1.96
21356888--21356985	19	5.2	19	90	7	155	36	10	16	36	1.82
21356878--21356985	36	2.9	35	79	20	121	37	10	15	37	1.82
21359505--21359548	19	2.4	19	85	7	65	47	29	0	22	1.51
21384082--21384152	19	3.7	19	83	9	83	36	0	5	57	1.22
21384082--21384152	20	3.7	20	83	9	85	36	0	5	57	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21392848--21392903	27	2.1	27	100	0	112	37	23	10	28	1.88
21393406--21393437	3	10.7	3	93	0	55	3	34	0	62	1.11
21394898--21394935	17	2.2	18	85	4	51	42	0	0	57	0.98
21396574--21396604	15	2.1	15	93	0	53	16	19	9	54	1.68
21408668--21408718	22	2.4	21	76	3	57	66	3	1	27	1.20
21411535--21411595	30	2.0	30	96	0	113	19	21	16	42	1.89
21415147--21415234	21	4.0	23	81	10	103	38	23	21	15	1.92
21415148--21415235	44	2.0	42	84	4	113	37	23	21	17	1.94
21416376--21416432	23	2.5	23	83	13	73	36	12	5	45	1.64
21416665--21416726	3	21.3	3	76	12	58	61	4	0	33	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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