genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22335208--22335245	20	1.9	20	88	0	58	50	13	7	28	1.69
22335194--22335260	34	1.9	35	87	3	100	47	13	7	31	1.70
22340279--22340328	23	2.2	23	81	0	55	40	12	16	32	1.84
22340286--22340329	23	1.9	23	90	0	70	36	13	18	31	1.90
22340797--22340845	24	2.0	24	88	7	73	30	0	4	65	1.11
22340782--22340852	34	2.2	32	82	14	83	32	0	4	63	1.14
22340798--22340844	16	2.9	16	79	17	53	27	0	4	68	1.08
22341032--22341061	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22350451--22350501	21	2.4	21	96	0	93	25	7	37	29	1.84
22354627--22354908	152	1.8	153	96	0	494	36	19	15	28	1.93
22355421--22355457	16	2.2	17	90	4	58	40	2	51	5	1.39
22361396--22361447	26	2.0	25	85	3	68	63	7	5	23	1.43
22363788--22363838	25	2.0	25	96	0	93	37	11	25	25	1.90
22364847--22364876	15	2.1	14	93	6	51	70	0	3	26	1.03
22368481--22368541	24	2.4	26	75	5	63	21	24	21	32	1.98
22388830--22388861	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
22397619--22397659	3	13.7	3	100	0	82	0	0	31	68	0.90
22401004--22401051	23	2.1	23	84	0	60	22	14	18	43	1.87
22410770--22410885	43	2.7	43	91	0	196	31	18	25	25	1.97
22410770--22410956	84	2.2	85	82	5	227	29	17	26	26	1.98
22415304--22415582	41	6.8	41	85	5	348	24	27	19	28	1.99
22415304--22415585	82	3.4	82	88	1	386	24	26	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22415316--22415618	123	2.5	122	84	5	317	24	27	20	28	1.99
22415903--22416112	78	2.8	77	80	7	214	40	17	4	38	1.70
22416395--22416445	21	2.4	21	79	17	61	43	9	3	43	1.56
22416390--22416450	23	2.7	23	92	0	95	44	9	3	42	1.54
22416284--22416427	80	1.9	74	91	4	189	43	12	3	40	1.59
22416413--22416663	78	3.2	78	94	1	430	43	11	3	40	1.60
22416321--22416528	103	2.0	102	98	1	400	43	11	3	40	1.59
22416592--22416845	63	4.1	63	94	4	435	45	14	3	36	1.62
22419170--22419320	3	49.7	3	76	15	107	60	2	3	33	1.29
22419284--22419321	7	5.3	7	85	14	51	68	0	2	28	1.03
22419358--22419421	30	2.1	31	83	11	80	51	10	21	15	1.74
22420979--22421230	44	5.8	43	70	10	174	28	21	17	32	1.96
22420914--22421227	129	2.4	129	90	0	493	29	20	19	30	1.97
22431222--22431793	46	13.6	45	81	13	581	36	13	20	29	1.92
22431258--22431658	36	10.0	36	80	14	298	37	13	19	29	1.90
22431222--22431793	82	6.9	81	76	17	518	36	13	20	29	1.92
22431386--22431703	118	2.7	118	94	0	546	37	13	19	30	1.90
22432313--22432470	76	2.1	76	93	0	271	24	15	24	36	1.94
22433543--22433595	26	2.0	26	96	0	97	37	30	15	16	1.90
22434968--22436859	316	6.0	316	99	0	3624	27	25	20	26	1.99
22438329--22438370	11	3.8	11	81	9	50	66	0	0	33	0.92
22438380--22438453	37	2.0	37	84	5	96	62	2	6	28	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22438592--22438663	3	23.3	3	74	16	58	62	2	5	29	1.32
22438592--22438656	15	3.6	18	78	20	64	61	3	6	29	1.35
22438627--22438664	7	5.3	7	85	14	51	68	0	2	28	1.03
22445906--22445980	38	2.0	38	91	0	123	30	34	1	33	1.66
22447549--22447589	19	2.1	20	86	4	57	46	4	0	48	1.23
22447549--22447602	19	2.7	20	82	8	56	48	7	0	44	1.31
22452047--22452080	18	1.9	18	88	5	52	26	0	0	73	0.83
22455417--22455841	120	3.5	120	93	0	706	43	1	4	50	1.29
22455508--22455819	56	5.3	55	68	22	186	43	1	4	50	1.33
22455785--22455819	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22456055--22456106	16	3.2	16	81	10	61	34	32	0	32	1.58
22466365--22466430	34	1.9	35	81	3	80	39	25	4	30	1.76
22474828--22474897	30	2.4	30	83	7	81	52	5	1	40	1.34
22475756--22475835	33	2.4	33	87	0	106	16	42	16	25	1.88
22485907--22485965	21	2.8	21	68	0	55	16	28	16	37	1.92
22485883--22485968	42	2.0	42	86	8	122	15	25	17	41	1.88
22488088--22488177	36	2.5	36	94	0	153	22	28	26	22	1.99
22488509--22488554	15	3.1	15	90	0	65	28	4	0	67	1.10
22488497--22488575	6	13.2	6	86	5	79	24	2	1	72	1.05
22488493--22488575	12	6.9	12	83	5	96	24	2	1	72	1.04
22489305--22489604	110	2.7	110	95	1	523	31	15	20	34	1.93
22490842--22491114	61	4.5	61	81	2	271	26	27	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22490889--22490993	29	3.5	30	67	13	81	25	27	20	26	1.99
22490842--22491114	122	2.2	121	82	1	314	26	27	16	29	1.97
22491239--22491391	53	2.9	53	88	0	225	28	28	13	29	1.94
22496966--22497081	10	12.1	9	70	21	67	37	2	0	60	1.11
22496966--22497098	69	2.0	66	89	7	205	35	2	0	62	1.08
22496995--22497089	11	9.4	11	72	19	73	37	3	0	58	1.14
22497504--22497559	24	2.4	24	78	3	60	48	0	1	50	1.11
22497606--22497652	25	1.9	25	91	4	78	42	0	0	57	0.98
22500321--22500357	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
22505022--22505069	13	3.7	13	88	0	78	27	8	25	39	1.84
22505689--22505736	15	3.4	15	86	8	57	25	37	8	29	1.85
22505688--22505733	12	3.8	12	94	0	74	23	36	10	28	1.89
22507099--22507408	72	4.3	72	93	1	489	56	14	4	24	1.58
22508575--22508618	20	2.2	20	100	0	88	50	9	4	36	1.55
22510004--22510052	20	2.5	19	80	6	62	67	6	10	16	1.39
22514939--22515063	56	2.2	56	87	2	171	40	7	14	38	1.73
22515057--22515118	23	2.7	23	89	0	88	32	0	22	45	1.53
22515057--22515341	28	10.7	23	73	21	111	31	0	24	42	1.58
22515085--22516788	29	62.4	28	71	16	876	32	1	25	40	1.64
22515217--22515290	22	3.1	22	84	11	85	29	1	29	39	1.65
22515467--22515512	22	2.1	22	100	0	92	26	0	34	39	1.57
22515552--22515676	56	2.2	56	87	2	171	40	7	14	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22515670--22515731	23	2.7	23	89	0	88	33	0	19	46	1.50
22515993--22516781	52	14.6	52	80	11	724	31	0	27	41	1.57
22516149--22516191	23	2.0	21	95	4	68	30	0	20	48	1.50
22516244--22516285	22	1.9	22	100	0	84	28	0	33	38	1.58
22516362--22516445	22	3.5	22	80	17	105	28	0	34	36	1.58
22516484--22516557	22	3.1	22	84	11	85	29	1	29	39	1.65
22519072--22519190	59	2.0	59	93	0	202	41	14	15	29	1.86
22519178--22519240	31	2.1	30	88	8	92	60	0	1	38	1.07
22519183--22519223	21	2.0	21	85	0	55	60	0	0	39	0.96
22519274--22519324	22	2.3	21	87	9	75	35	0	33	31	1.58
22519277--22519374	52	1.9	51	91	2	160	38	0	31	29	1.58
22519329--22519374	21	2.1	21	88	4	65	41	0	32	26	1.56
22521478--22521534	13	4.0	14	75	16	55	40	1	0	57	1.09
22521608--22521654	17	2.9	16	77	20	53	25	6	2	65	1.27
22527602--22527644	3	14.3	3	100	0	86	67	0	32	0	0.91
22541837--22541880	20	2.1	20	83	8	52	52	6	0	40	1.28
22542028--22542061	17	1.9	18	94	5	61	79	0	2	17	0.86
22542260--22542394	67	2.0	67	98	0	261	42	6	1	48	1.38
22547437--22547482	21	2.3	20	85	7	67	36	13	0	50	1.41
22547445--22547488	21	2.0	21	86	4	61	31	15	0	52	1.44
22553347--22553476	42	3.1	42	81	5	140	46	18	21	13	1.84
22553470--22553523	21	2.6	21	76	5	56	42	14	24	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22555926--22556002	25	3.1	25	76	14	79	29	22	24	23	1.99
22555917--22556030	50	2.3	51	83	6	135	31	21	22	23	1.98
22555942--22556030	25	3.6	24	78	14	83	30	22	24	22	1.99
22559025--22559347	81	4.0	81	98	0	610	28	13	17	40	1.87
22572094--22572132	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
22579658--22579696	21	1.9	20	84	5	51	43	20	0	35	1.52
22594974--22595014	12	3.4	12	82	0	55	43	0	43	12	1.41
22594965--22594999	18	1.9	18	88	0	52	42	0	48	8	1.33
22595348--22595413	24	2.8	24	79	4	80	39	0	45	15	1.46
22595349--22595395	21	2.2	21	88	0	67	36	0	51	12	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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