genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   

This is table  6  of  153  ( 18265 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1725460--1725484	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
1748360--1748400	6	6.8	6	100	0	82	17	14	17	51	1.77
1759492--1759527	18	2.0	18	88	0	54	5	36	8	50	1.56
1763530--1763554	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
1765934--1765980	9	4.8	10	80	12	53	68	0	2	29	1.02
1769081--1769224	39	3.5	39	75	10	135	22	19	24	33	1.97
1769101--1769191	45	2.0	45	86	0	128	20	20	21	36	1.95
1770368--1770394	13	2.1	13	100	0	54	29	0	14	55	1.40
1777355--1777379	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
1779245--1779332	25	3.6	24	76	8	70	35	19	27	18	1.95
1784179--1784251	38	1.9	37	89	8	112	50	4	6	38	1.48
1785718--1785750	15	2.3	15	89	5	50	42	3	0	54	1.15
1788399--1788461	32	2.0	32	87	6	92	38	11	9	41	1.73
1789671--1789707	19	1.9	20	94	5	67	43	0	2	54	1.14
1793496--1793547	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1798117--1798302	40	4.6	41	81	4	193	24	29	20	25	1.99
1798592--1798670	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
1798652--1798733	43	1.9	43	97	0	155	26	36	15	20	1.93
1798710--1798759	26	1.9	26	95	0	91	34	36	14	16	1.88
1798973--1799022	26	1.9	26	100	0	100	28	26	6	40	1.79
1801144--1801224	24	3.3	24	65	19	67	38	8	32	20	1.83
1801132--1801233	50	2.0	50	100	0	204	33	11	31	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1803359--1803444	42	2.0	44	88	4	131	54	10	1	33	1.42
1804453--1804516	22	2.8	23	86	6	85	20	1	46	31	1.60
1804430--1804520	15	6.1	15	69	16	55	19	1	43	35	1.59
1804883--1804924	19	2.2	19	91	0	66	80	2	2	14	0.90
1811083--1811157	23	3.3	23	94	0	123	32	26	21	20	1.97
1811750--1811803	26	2.1	26	96	0	99	24	29	3	42	1.72
1813480--1813529	21	2.4	21	89	0	73	36	16	44	4	1.66
1813679--1813719	20	2.0	20	85	4	55	26	2	0	70	0.99
1813882--1814107	43	5.3	43	83	1	256	29	19	27	23	1.98
1814201--1814244	22	2.0	22	86	0	61	47	27	15	9	1.76
1816870--1816921	26	2.0	26	96	0	95	53	5	15	25	1.63
1820829--1820856	13	2.2	13	100	0	56	32	0	7	60	1.24
1821570--1821776	110	1.9	110	89	1	326	28	15	20	34	1.94
1822906--1823049	42	3.4	41	78	10	139	25	18	25	31	1.97
1827112--1827158	19	2.3	20	89	7	69	65	8	0	25	1.20
1827112--1827158	21	2.3	21	89	7	71	65	8	0	25	1.20
1830642--1830724	38	2.2	38	95	2	150	51	6	19	22	1.68
1832493--1832521	15	1.9	15	100	0	58	20	10	41	27	1.85
1835209--1835240	16	2.0	16	93	0	55	40	12	15	31	1.85
1836381--1836427	19	2.3	20	89	7	69	65	8	0	25	1.20
1836381--1836427	21	2.3	21	89	7	71	65	8	0	25	1.20
1838166--1838211	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1840397--1840498	18	5.3	18	73	16	71	29	5	2	61	1.34
1840397--1840452	15	3.7	15	80	4	60	30	3	0	66	1.09
1840653--1840719	34	2.0	34	81	0	80	34	1	1	62	1.13
1840672--1840719	21	2.3	20	86	13	71	35	2	0	62	1.07
1840640--1840711	19	4.0	19	71	14	62	36	4	1	58	1.26
1840672--1840725	21	2.7	22	83	13	55	38	1	0	59	1.08
1840678--1840740	21	2.9	21	81	9	56	39	1	1	57	1.18
1840987--1841024	19	2.0	19	85	10	51	21	5	7	65	1.38
1861359--1861424	32	2.2	30	83	8	80	54	7	15	22	1.66
1861448--1861506	28	2.1	29	93	3	102	25	13	15	45	1.82
1861909--1861941	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
1882495--1882531	19	1.9	19	100	0	74	43	16	2	37	1.62
1884897--1884946	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1889536--1889585	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1890604--1890809	72	2.9	72	88	0	295	45	11	11	32	1.76
1891516--1891555	20	2.0	20	85	0	53	47	0	0	52	1.00
1891635--1891715	40	2.0	40	92	2	137	45	7	1	45	1.39
1897911--1897956	18	2.6	18	85	0	65	47	8	17	26	1.76
1899880--1899923	18	2.4	18	85	11	54	20	0	9	70	1.14
1901794--1901827	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1906433--1906466	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1911807--1911964	73	2.2	73	97	0	298	35	20	12	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1915333--1915373	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1922743--1922872	43	3.0	42	80	10	165	21	20	28	30	1.98
1929060--1929128	33	2.1	33	86	5	95	40	4	7	47	1.51
1929096--1929121	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
1929315--1929836	206	2.6	198	81	9	621	50	6	7	36	1.56
1931490--1931515	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
1935304--1935362	25	2.3	24	83	11	57	59	6	6	27	1.48
1935633--1935680	14	3.2	14	74	25	53	0	18	10	70	1.15
1944103--1944147	21	2.3	20	85	14	60	66	6	0	26	1.16
1946410--1946443	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1951049--1951082	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1953980--1954036	27	2.2	26	81	9	62	43	3	8	43	1.52
1964694--1964760	29	2.3	29	81	0	89	52	11	14	20	1.74
1966424--1966471	19	2.4	19	86	6	60	62	8	2	27	1.35
1972976--1973000	12	2.1	12	100	0	50	8	44	0	48	1.32
1974343--1974381	18	2.2	18	85	0	51	10	5	12	71	1.28
1982729--1983174	114	3.9	114	87	2	635	26	22	25	25	2.00
1987615--1987829	75	2.9	75	92	0	358	29	19	15	35	1.93
1996058--1996091	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
2000697--2000730	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
2000980--2001052	18	4.1	17	87	3	83	12	34	38	15	1.84
2000980--2001053	36	2.1	36	84	5	96	12	35	37	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2007714--2007752	21	1.9	21	94	5	71	48	0	5	46	1.24
2007800--2007883	27	3.1	27	92	0	141	15	21	39	23	1.92
2007800--2007902	27	3.8	27	89	2	136	19	20	36	23	1.95
2007958--2008034	22	3.5	22	92	5	120	62	3	33	0	1.14
2008560--2008738	90	2.0	90	97	0	340	25	17	32	24	1.97
2011832--2011914	27	3.1	27	94	0	148	30	22	33	13	1.92
2012067--2012094	11	2.5	11	100	0	56	0	53	46	0	1.00
2012104--2012147	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
2012244--2012271	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
2012214--2012355	68	2.1	66	94	2	248	45	9	4	40	1.58
2012344--2012385	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
2012214--2012377	68	2.5	66	86	10	216	45	9	4	40	1.55
2012664--2012707	21	2.1	21	95	0	79	29	0	11	59	1.32
2012796--2012839	16	2.8	16	82	0	61	56	2	2	38	1.24
2012872--2012952	37	2.2	38	95	2	146	38	2	3	55	1.31
2012985--2013106	60	2.0	60	85	6	167	53	13	0	31	1.46
2013168--2013286	19	6.1	19	69	19	75	53	12	0	33	1.39
2013147--2013203	27	2.1	27	96	0	105	50	12	0	36	1.40
2013282--2013348	27	2.5	27	97	0	125	11	32	23	31	1.91
2013430--2013463	17	2.1	16	88	5	50	52	0	0	47	1.00
2013500--2013664	83	2.0	82	87	1	240	33	15	7	42	1.76
2032193--2032249	18	3.2	18	94	0	96	26	26	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2037032--2037089	30	2.0	29	83	6	73	60	3	10	25	1.45
2046009--2046083	37	2.0	37	92	0	123	26	12	33	28	1.92
2047501--2047706	72	2.9	72	90	1	306	43	12	11	33	1.77
2048499--2048552	18	3.0	18	88	0	81	7	40	40	11	1.69
2050923--2050967	23	2.0	23	100	0	90	17	22	22	37	1.94
2062464--2062617	75	2.1	75	92	1	256	29	20	15	35	1.93
2064108--2064315	19	11.1	19	69	17	89	55	2	3	37	1.31
2064108--2064313	9	21.8	10	68	19	63	55	2	3	37	1.31
2064120--2064213	29	3.2	28	76	16	77	61	1	4	32	1.22
2064106--2064235	58	2.2	57	80	12	138	56	1	4	36	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153