genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  153  ( 18265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8392458--8392490	17	2.0	17	88	5	50	69	0	0	30	0.88
8394205--8394256	24	2.1	26	82	7	63	75	3	17	3	1.11
8398323--8398351	14	2.1	14	100	0	58	58	27	13	0	1.36
8401917--8401946	14	2.1	14	93	0	51	43	0	10	46	1.37
8401950--8402024	39	1.9	39	86	5	107	56	0	5	38	1.22
8410926--8411005	40	2.0	40	85	0	106	45	2	10	42	1.51
8412235--8412298	21	3.2	20	76	17	53	29	4	1	64	1.23
8413011--8413067	25	2.2	26	81	9	64	59	1	1	36	1.18
8420060--8420106	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
8422226--8422269	14	3.1	14	83	0	61	36	4	15	43	1.68
8422717--8422773	15	3.5	15	73	17	60	47	0	3	49	1.18
8422801--8422842	16	2.6	16	84	0	57	40	0	0	59	0.97
8432027--8432067	21	2.0	21	90	0	64	29	19	29	21	1.98
8449166--8449200	18	1.9	18	94	0	61	40	22	11	25	1.88
8449595--8449702	50	2.2	50	88	3	155	27	11	14	46	1.79
8449942--8449976	18	1.9	18	100	0	70	62	8	17	11	1.52
8451015--8451102	45	2.0	44	90	2	140	42	18	11	28	1.85
8451163--8451212	17	3.1	16	80	11	57	0	30	0	70	0.88
8459049--8459075	14	1.9	14	100	0	54	44	7	7	40	1.60
8460036--8460181	73	2.0	73	93	0	247	29	15	7	47	1.73
8467514--8467633	37	3.5	36	79	19	157	25	17	19	37	1.93
8467540--8467595	28	2.0	28	100	0	112	25	10	21	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8467597--8467865	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
8467640--8467859	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
8467597--8467865	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
8470489--8470555	29	2.3	29	77	10	75	58	8	2	29	1.44
8470983--8471170	103	1.8	102	89	5	299	29	14	15	39	1.88
8470983--8471191	101	2.0	103	85	4	280	31	13	14	40	1.86
8471035--8471325	153	1.9	150	90	4	469	29	16	16	37	1.90
8471177--8471394	107	2.0	109	89	8	334	30	16	14	38	1.88
8471347--8471724	66	5.7	66	99	0	747	26	13	9	50	1.72
8479937--8479989	26	2.1	26	85	3	72	50	0	1	47	1.12
8480706--8480743	7	5.4	7	100	0	76	28	0	0	71	0.87
8497546--8497619	37	2.0	37	100	0	148	62	8	5	24	1.44
8501942--8501979	10	3.5	11	85	10	51	0	15	7	76	1.01
8504245--8504285	21	2.0	21	85	4	57	41	7	4	46	1.53
8505289--8505331	23	1.9	22	86	13	61	39	6	16	37	1.75
8505300--8505436	51	2.7	51	77	0	166	38	6	14	40	1.72
8508585--8508721	51	2.7	51	79	0	175	39	6	13	40	1.71
8510312--8510365	23	2.2	24	78	18	58	40	25	5	27	1.78
8510322--8510366	23	2.0	23	91	8	74	37	26	6	28	1.82
8511363--8511433	37	1.9	37	88	0	106	35	22	4	38	1.74
8516309--8516402	37	2.5	35	80	14	100	31	23	1	43	1.61
8530559--8530612	21	2.8	20	83	11	67	55	1	3	38	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8530561--8530629	10	7.3	9	72	18	52	57	1	2	37	1.22
8531090--8531153	10	6.7	9	78	10	56	39	1	1	57	1.17
8549950--8550004	16	3.6	14	77	18	56	9	10	1	78	1.05
8551026--8551122	46	2.1	46	82	1	113	52	11	5	30	1.59
8552711--8552754	20	2.2	20	87	0	61	31	4	18	45	1.69
8566010--8566076	29	2.3	29	82	12	75	58	1	2	37	1.23
8566010--8566085	29	2.6	28	80	12	73	59	1	3	35	1.24
8566069--8566115	20	2.6	18	80	12	51	65	2	4	27	1.22
8570263--8570315	20	2.6	19	79	8	52	54	0	5	39	1.24
8570272--8570315	20	2.2	20	84	15	56	50	0	6	43	1.29
8570305--8570342	12	3.2	12	81	3	51	65	0	0	34	0.93
8570352--8570391	6	6.8	6	91	2	55	0	70	5	25	1.08
8570352--8570392	18	2.4	17	88	8	64	0	70	4	24	1.06
8570531--8570597	29	2.3	30	80	15	77	23	1	65	8	1.29
8570723--8570774	12	4.5	11	75	13	50	55	1	3	38	1.29
8573706--8573782	33	2.3	32	82	6	91	36	16	19	27	1.93
8582258--8582380	42	2.9	42	83	0	129	14	22	18	43	1.87
8589438--8589495	14	4.1	14	80	6	55	56	0	10	32	1.33
8590297--8590362	25	2.6	25	97	0	123	25	19	25	28	1.99
8605546--8605579	9	3.7	9	88	7	50	5	23	44	26	1.76
8613277--8613341	33	2.0	33	96	0	121	18	6	33	41	1.75
8617740--8617764	13	1.9	13	100	0	50	64	16	0	20	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8618469--8618719	48	5.2	48	88	4	362	43	15	15	25	1.87
8618469--8618719	98	2.6	96	87	5	362	43	15	15	25	1.87
8619269--8619380	42	2.6	43	81	1	127	32	23	15	29	1.95
8620678--8620731	17	3.1	17	76	12	56	31	3	9	55	1.49
8623552--8623814	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
8655446--8655492	24	2.0	24	86	0	67	40	21	6	31	1.78
8682722--8682769	16	3.0	16	87	0	69	35	0	35	29	1.58
8682753--8682844	45	2.1	44	87	6	132	33	5	27	33	1.80
8682985--8683039	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
8683214--8683274	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
8683180--8683396	91	2.4	89	84	6	290	47	3	3	45	1.36
8683214--8683356	44	3.2	42	70	20	119	48	2	2	46	1.28
8683221--8683377	47	3.4	47	68	15	128	49	3	1	44	1.31
8687002--8687124	25	5.1	25	73	15	132	35	7	5	51	1.54
8687006--8687124	23	5.0	24	73	14	120	35	7	5	51	1.55
8686990--8687124	48	2.8	48	96	0	252	37	6	5	51	1.51
8689104--8689141	17	2.2	17	90	0	58	68	13	13	5	1.37
8692897--8693015	42	2.8	41	86	5	148	17	21	17	42	1.89
8692919--8692984	21	3.1	21	66	0	51	15	22	18	43	1.87
8692933--8693007	21	3.6	21	70	0	60	16	24	18	41	1.90
8694563--8694837	75	3.7	75	100	0	550	54	4	17	24	1.61
8694593--8694653	29	2.1	29	87	6	88	54	4	14	26	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8694668--8694728	29	2.1	29	87	6	88	54	4	14	26	1.61
8694743--8694803	29	2.1	29	87	6	88	54	4	14	26	1.61
8694772--8694862	46	2.0	46	97	0	173	56	4	18	20	1.59
8697482--8697521	5	8.0	5	85	0	53	22	37	0	40	1.54
8702585--8702644	30	1.9	32	86	6	88	30	1	0	68	0.99
8715811--8715896	24	3.5	24	70	9	66	36	23	24	16	1.94
8715864--8715920	26	2.2	26	90	0	87	43	17	21	17	1.88
8723079--8723128	23	2.1	23	85	3	64	26	20	28	26	1.99
8739820--8739923	49	2.1	49	92	0	172	50	10	8	30	1.67
8750626--8750723	37	2.6	37	79	4	108	37	6	18	37	1.76
8757759--8757808	3	16.7	3	95	0	55	58	0	0	42	0.98
8757919--8757952	16	2.2	16	89	5	52	47	0	0	52	1.00
8757955--8758001	19	2.3	21	85	10	71	40	0	4	55	1.19
8762261--8762817	114	4.9	114	80	6	529	25	23	24	26	2.00
8762963--8763016	19	2.9	19	78	10	67	24	3	5	66	1.29
8765348--8765481	65	2.0	66	88	1	198	41	17	26	13	1.87
8765354--8765508	66	2.4	65	82	3	168	43	20	25	11	1.85
8765844--8765956	42	2.7	42	84	2	138	25	22	19	32	1.97
8766546--8766589	18	2.3	19	85	14	56	31	6	2	59	1.36
8767820--8767928	51	2.1	53	86	6	152	30	31	0	37	1.64
8767967--8768024	20	3.1	20	68	27	54	34	5	5	55	1.45
8773054--8773085	14	2.4	14	94	5	57	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8776196--8776242	24	2.0	24	91	0	76	19	27	14	38	1.91
8776263--8776322	24	2.5	24	80	2	66	23	25	16	35	1.95
8776196--8776505	150	2.1	150	93	2	525	19	21	20	38	1.94
8776352--8776424	24	3.0	25	82	8	78	15	23	21	39	1.91
8789622--8789662	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
8793336--8793380	20	2.1	22	84	8	58	57	4	0	37	1.19
8793539--8793572	13	2.6	13	90	0	50	47	0	2	50	1.16
8796121--8796947	415	2.0	415	99	0	1618	32	20	13	33	1.91
8798585--8798641	25	2.3	25	93	0	96	21	22	21	35	1.96
8798626--8798681	25	2.2	25	84	6	78	19	30	17	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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