genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23492347--23492412	21	3.2	21	74	8	82	24	24	4	46	1.71
23494814--23494855	18	2.5	16	88	7	57	2	7	42	47	1.43
23501311--23501377	34	1.9	35	93	3	118	32	8	11	46	1.72
23501483--23501522	17	2.3	18	82	4	55	37	0	2	60	1.11
23502070--23502094	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
23502183--23502216	10	3.3	10	84	8	50	29	0	2	67	1.05
23502333--23502372	20	2.1	18	86	9	53	27	2	5	65	1.27
23502333--23502436	19	5.5	19	68	15	56	29	4	3	61	1.34
23503472--23503524	24	2.2	25	83	10	74	52	13	1	32	1.51
23505440--23505492	24	2.2	25	80	10	65	52	13	3	30	1.57
23507948--23507972	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
23508096--23508130	10	3.6	10	88	3	54	2	31	5	60	1.35
23511400--23511430	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
23512156--23512192	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
23513811--23513869	30	1.9	32	86	6	86	38	8	8	44	1.65
23516102--23516184	27	3.1	27	77	3	87	18	24	33	24	1.96
23521392--23521430	16	2.4	16	100	0	78	58	5	0	35	1.20
23521385--23521426	16	2.3	19	76	23	54	61	4	0	33	1.17
23522569--23522602	14	2.5	14	95	4	61	14	0	35	50	1.44
23522731--23522778	24	2.0	25	83	4	62	68	6	6	18	1.32
23530370--23531125	44	16.6	45	71	13	288	27	22	18	31	1.97
23530285--23531063	232	3.4	232	92	3	1232	27	22	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23530641--23530921	144	2.0	141	81	5	316	26	23	18	31	1.97
23530876--23531129	131	1.9	131	84	3	332	26	22	20	30	1.98
23538609--23538635	10	2.7	10	100	0	54	11	59	7	22	1.56
23540075--23540201	63	2.0	63	98	0	245	23	22	19	33	1.97
23559507--23559567	31	2.0	31	83	6	79	36	13	6	44	1.69
23561221--23561267	23	2.0	23	91	0	76	36	6	0	57	1.24
23561502--23561540	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
23561607--23561635	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
23565489--23565551	20	2.8	22	71	24	60	0	28	0	71	0.86
23565467--23565659	40	5.2	38	79	14	183	0	31	0	68	0.94
23565504--23565617	21	5.7	21	74	19	118	0	30	0	69	0.89
23565490--23565659	40	4.5	39	83	11	203	0	30	0	68	0.94
23565535--23565660	4	29.8	4	73	20	80	0	30	0	68	0.96
23565507--23565659	54	2.8	54	75	15	145	0	31	0	67	0.95
23565709--23565782	27	2.7	27	83	4	96	16	25	32	25	1.96
23572672--23572753	31	2.7	30	79	5	94	40	14	10	34	1.81
23574308--23574368	26	2.3	27	86	8	90	14	26	21	37	1.92
23574448--23574494	24	1.9	24	82	4	58	21	21	21	36	1.96
23576239--23576285	21	2.2	21	85	7	60	40	12	4	42	1.63
23577962--23578158	98	2.0	98	91	0	322	38	23	9	28	1.86
23579470--23579582	19	5.8	19	85	4	163	34	16	10	38	1.84
23579463--23579582	59	2.1	56	86	6	161	35	16	10	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23579463--23579578	40	3.0	40	88	5	168	35	16	10	37	1.83
23579796--23580540	44	17.2	44	71	15	382	26	22	20	30	1.98
23579796--23580426	84	7.3	86	71	13	275	26	22	20	30	1.98
23579785--23580540	217	3.5	217	90	1	1203	26	22	19	30	1.98
23580534--23581100	132	4.3	132	95	0	981	25	24	20	30	1.98
23580772--23581088	44	7.2	44	65	14	170	24	24	21	29	1.99
23582298--23582343	20	2.2	21	84	7	58	2	21	0	76	0.90
23582293--23582342	14	3.6	14	78	13	50	4	24	0	72	1.02
23585874--23586017	75	1.9	74	98	1	279	31	15	21	30	1.95
23586288--23586484	98	2.0	98	93	0	340	37	23	9	28	1.87
23586290--23586548	98	2.6	97	84	7	263	39	22	9	28	1.85
23587541--23587613	19	3.8	19	88	0	119	35	16	9	38	1.81
23588104--23588149	22	2.1	22	87	0	65	34	21	32	10	1.88
23590692--23590823	45	3.0	41	80	12	122	35	26	15	21	1.94
23591073--23591106	17	1.9	18	94	5	61	41	20	2	35	1.68
23605310--23605355	20	2.2	21	80	3	58	0	43	15	41	1.46
23609370--23609416	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
23614376--23614432	28	2.2	25	84	9	69	61	12	1	24	1.40
23614537--23614579	21	2.0	21	90	0	68	34	37	13	13	1.85
23616250--23616299	25	2.0	25	88	0	73	26	20	30	24	1.98
23621025--23621084	11	5.9	11	72	21	51	58	0	1	40	1.08
23621009--23621145	39	3.4	39	85	11	177	63	0	2	34	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23621070--23621117	16	2.9	17	84	12	64	64	0	2	33	1.05
23621103--23621128	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
23621003--23621117	17	6.6	17	70	16	76	60	0	1	38	1.07
23621057--23621147	44	2.1	44	91	0	146	64	0	3	31	1.09
23622228--23622741	154	3.3	152	84	4	665	30	10	7	50	1.66
23628563--23628622	30	2.0	30	100	0	120	33	26	6	33	1.83
23632017--23632068	21	2.5	19	84	12	59	50	0	1	48	1.12
23632017--23632069	20	2.6	20	82	11	63	49	0	1	49	1.12
23654389--23654433	22	2.0	22	82	0	54	62	2	4	31	1.27
23654802--23654854	20	2.6	22	77	19	62	56	0	1	41	1.10
23654794--23654852	30	2.0	31	90	6	95	55	0	1	42	1.09
23658512--23658539	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
23666159--23666237	6	13.2	6	95	0	95	16	8	31	43	1.79
23678998--23679027	13	2.2	14	94	5	53	46	0	6	46	1.29
23681857--23681912	4	13.8	4	92	3	94	46	25	1	26	1.63
23682469--23682517	6	8.0	6	90	4	80	16	16	18	48	1.81
23685280--23685352	32	2.5	27	78	19	92	26	2	19	52	1.59
23685293--23685353	32	1.9	32	96	0	113	27	3	18	50	1.62
23686558--23686595	20	1.9	20	100	0	76	47	0	2	50	1.15
23686688--23686725	15	2.7	14	84	11	51	42	15	2	39	1.61
23686688--23686725	14	2.7	15	88	8	53	42	15	2	39	1.61
23696784--23696818	18	1.9	18	94	0	61	48	0	14	37	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23696785--23696823	18	2.2	18	86	4	53	48	0	15	35	1.45
23696883--23696991	25	4.4	25	95	1	184	41	6	29	22	1.79
23699117--23699173	22	2.6	23	80	8	73	43	19	24	12	1.85
23699133--23699182	22	2.3	22	85	0	64	34	18	28	20	1.95
23700165--23700219	5	11.0	5	100	0	110	60	0	0	40	0.97
23704404--23704451	22	2.2	23	88	11	82	33	0	0	66	0.92
23704406--23704477	21	3.4	21	85	11	87	36	0	2	61	1.11
23710021--23710179	43	3.7	43	77	10	164	24	18	27	29	1.98
23712157--23712385	46	5.0	46	97	0	431	33	8	29	28	1.87
23736586--23736859	43	6.3	43	94	0	458	25	16	26	32	1.96
23739940--23740143	91	2.3	90	82	1	239	34	16	20	28	1.94
23744078--23744131	28	2.0	27	82	7	65	48	9	1	40	1.46
23744680--23744721	21	2.0	21	90	0	66	30	16	21	30	1.95
23744667--23744802	44	3.1	43	71	14	125	36	15	20	27	1.93
23744590--23744877	87	3.3	87	85	0	351	34	15	21	28	1.94
23744967--23745094	38	3.4	38	86	0	184	35	19	17	27	1.94
23745380--23745404	12	2.1	12	100	0	50	0	32	32	36	1.58
23746796--23746857	29	2.1	29	96	0	115	48	16	4	30	1.67
23757316--23757626	72	4.3	72	94	1	527	55	16	5	22	1.62
23764468--23764590	38	3.2	38	74	14	110	34	20	13	31	1.92
23764686--23764897	91	2.3	91	84	1	273	31	23	15	29	1.95
23773015--23773223	92	2.3	91	86	5	278	45	3	3	46	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23773151--23773198	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
23773373--23773417	15	2.8	16	83	10	56	48	0	0	51	1.00
23773373--23773414	16	2.6	16	85	7	50	47	0	0	52	1.00
23775777--23775962	95	2.0	95	92	0	309	23	16	26	33	1.95
23792895--23792963	32	2.2	32	84	2	86	26	5	14	53	1.63
23794423--23794473	20	2.6	19	81	6	57	64	1	3	29	1.22
23796677--23796799	49	2.5	49	82	6	151	32	21	25	21	1.98
23803026--23803085	19	3.3	19	68	13	63	33	6	16	43	1.74
23803004--23803086	35	2.3	36	93	6	143	36	4	16	42	1.70
23804442--23804532	39	2.3	39	88	0	137	36	26	1	36	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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