genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  58  of  153  ( 18265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18778321--18778360	19	2.1	19	85	0	53	0	30	2	67	1.04
18785057--18785112	27	2.2	25	84	12	69	55	0	7	37	1.27
18785253--18785353	3	33.7	3	75	7	80	63	5	2	27	1.32
18786124--18786157	17	2.0	17	88	0	50	0	23	2	73	0.97
18790639--18790680	22	2.0	21	85	4	57	71	2	4	21	1.16
18790882--18790933	7	7.4	7	95	0	86	9	44	17	28	1.80
18793533--18793622	46	2.0	46	100	0	180	51	11	13	24	1.73
18809978--18810003	12	2.2	12	100	0	52	53	0	15	30	1.42
18810982--18811027	24	2.0	23	86	4	65	52	0	2	45	1.13
18811479--18811530	16	3.1	16	74	15	52	71	0	0	28	0.87
18811891--18811969	40	2.0	40	89	0	122	24	25	26	24	2.00
18812058--18812095	9	4.2	9	89	0	58	13	0	26	60	1.33
18812058--18812095	18	2.1	18	95	0	67	13	0	26	60	1.33
18812219--18812661	126	3.5	125	87	2	595	30	15	23	29	1.96
18815821--18816593	22	35.0	21	74	13	497	25	0	27	46	1.58
18815840--18815922	43	1.9	43	85	9	116	30	1	19	49	1.56
18815840--18816429	122	4.9	121	75	13	356	25	0	26	47	1.58
18815941--18816586	43	14.9	43	76	13	409	24	0	28	46	1.58
18816033--18816115	29	3.1	28	70	27	81	24	0	30	45	1.53
18816065--18816130	15	4.5	15	76	17	75	22	0	33	43	1.54
18815821--18816590	65	12.0	64	76	12	625	25	0	27	46	1.58
18816461--18816521	28	2.1	28	87	3	86	26	0	31	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18816376--18816588	115	1.9	115	90	2	347	24	0	30	44	1.60
18816141--18816622	93	5.4	93	74	13	338	24	0	29	45	1.59
18816419--18816571	72	2.1	71	90	5	238	23	0	32	44	1.54
18816562--18816621	14	4.3	13	78	19	59	18	1	38	41	1.60
18816011--18816593	43	13.4	44	80	7	435	24	0	29	45	1.58
18816560--18816621	28	2.2	28	94	0	106	19	1	38	40	1.61
18817854--18817886	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
18818055--18818092	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
18819078--18819152	11	6.7	12	74	18	72	44	0	29	26	1.55
18819078--18819152	33	2.2	34	79	13	84	44	0	29	26	1.55
18824653--18824678	6	4.3	6	100	0	52	50	15	34	0	1.45
18824998--18825029	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
18826245--18826416	91	1.9	91	92	2	292	20	5	24	49	1.71
18837853--18837881	5	5.8	5	100	0	58	37	20	0	41	1.53
18838134--18838197	28	2.5	25	76	16	67	57	7	3	31	1.43
18838588--18838632	21	2.2	20	84	11	56	66	2	6	24	1.27
18838581--18838644	30	2.2	30	83	8	78	64	3	9	23	1.38
18844783--18844861	39	2.0	39	92	0	131	41	15	10	32	1.80
18847732--18847773	22	1.9	22	85	0	57	52	9	14	23	1.71
18848333--18848380	22	2.2	21	85	3	60	31	8	16	43	1.78
18853557--18853668	19	5.9	19	89	0	179	39	8	13	38	1.76
18853565--18853668	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18853660--18853704	21	2.0	23	87	8	67	35	4	13	46	1.63
18856840--18856882	21	2.0	22	82	13	54	62	2	0	34	1.08
18858481--18858520	21	2.0	20	85	14	55	80	5	5	10	1.02
18861147--18861272	28	4.5	28	86	0	171	30	11	26	30	1.92
18861979--18862145	23	7.2	23	74	5	138	27	14	16	40	1.88
18861980--18862219	47	5.1	46	70	12	141	27	13	18	40	1.89
18861973--18862204	70	3.3	69	86	5	306	26	13	17	41	1.87
18864615--18864657	21	2.1	20	82	4	50	72	6	0	20	1.08
18873881--18874339	229	2.0	229	100	0	918	32	20	18	28	1.96
18882934--18882978	23	2.0	22	87	12	65	33	8	2	55	1.43
18883154--18883207	26	2.2	25	87	12	76	38	5	1	53	1.35
18883244--18883315	12	5.4	12	75	15	54	22	0	2	75	0.94
18883278--18883308	4	7.8	4	92	0	53	22	0	3	74	0.96
18883402--18883436	8	4.4	8	92	0	52	28	2	0	68	1.04
18891684--18891808	40	3.1	40	81	4	128	36	19	20	24	1.95
18891852--18891965	41	2.8	40	84	4	147	21	21	30	25	1.99
18892061--18892151	30	3.1	30	73	19	100	61	4	4	29	1.35
18892376--18892408	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
18892495--18892663	90	1.9	88	87	4	250	28	1	28	40	1.67
18898211--18898394	42	4.3	43	79	7	198	20	17	29	32	1.96
18899165--18899233	9	8.3	9	73	16	53	42	1	2	53	1.24
18899248--18899322	10	7.1	10	73	11	60	72	4	21	2	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18900182--18900322	40	3.6	39	72	12	119	29	16	22	31	1.96
18907464--18907508	18	2.5	17	92	7	72	31	15	22	31	1.95
18911769--18911830	20	3.2	20	64	13	58	43	12	17	25	1.85
18911757--18911830	37	2.0	37	97	0	139	44	10	17	27	1.82
18917453--18917509	28	2.0	28	86	0	78	19	0	14	66	1.25
18917462--18917522	19	3.1	19	68	13	52	21	0	9	68	1.18
18920190--18920283	47	2.0	47	100	0	188	31	12	23	31	1.92
18924248--18924285	14	2.7	14	84	8	51	28	60	2	7	1.38
18925215--18925241	14	1.9	14	100	0	54	25	0	14	59	1.36
18929028--18929092	26	2.5	26	79	2	67	35	6	0	58	1.23
18928982--18929085	8	12.0	8	70	11	55	37	5	0	55	1.30
18929370--18929402	10	3.4	10	87	8	50	33	9	0	57	1.30
18929371--18929404	9	3.7	9	88	7	50	38	8	0	52	1.33
18929422--18929446	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
18929362--18929445	20	4.4	19	69	10	57	35	5	1	57	1.31
18929391--18929496	55	1.9	54	80	12	119	34	5	1	57	1.33
18929628--18929713	31	2.8	30	75	5	82	52	12	5	29	1.63
18947577--18947615	21	1.9	20	89	5	60	41	0	5	53	1.23
18948204--18948241	16	2.2	17	86	9	51	68	2	5	23	1.23
18949755--18949800	17	2.7	17	82	0	56	36	0	6	56	1.25
18955057--18955108	24	2.2	24	92	0	86	30	1	11	55	1.46
18956677--18956725	24	2.0	24	92	0	80	18	10	10	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18957203--18957252	26	1.9	26	84	8	66	30	6	6	58	1.46
18958013--18958083	29	2.5	28	77	20	69	46	5	2	45	1.41
18960200--18960304	49	2.1	49	92	0	174	31	8	10	49	1.67
18961681--18961727	21	2.3	20	79	13	51	34	2	8	55	1.42
18961743--18961815	10	7.9	10	68	17	50	42	0	1	56	1.08
18961740--18961827	26	3.3	26	78	7	88	43	0	1	55	1.07
18961692--18961928	120	2.0	118	94	3	415	42	0	4	52	1.26
18961808--18961854	23	2.0	24	84	15	64	40	2	4	53	1.32
18961706--18961893	59	3.2	59	75	11	195	43	1	4	51	1.28
18961820--18961891	37	1.9	37	83	10	94	45	1	5	47	1.34
18962067--18962173	45	2.4	44	83	7	119	37	27	5	29	1.80
18964043--18964083	22	1.9	21	85	5	55	36	9	7	46	1.65
18964896--18965052	63	2.5	63	82	4	183	34	30	6	28	1.82
18969882--18969927	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
18973533--18973609	29	2.6	29	81	12	84	51	7	5	35	1.53
18975839--18975867	14	2.1	14	93	6	51	37	6	13	41	1.72
18976434--18976462	14	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
18978412--18978479	30	2.3	30	89	0	100	27	23	26	22	1.99
18980113--18980187	25	3.0	25	75	14	66	26	20	26	26	1.99
18981387--18981418	16	2.0	16	100	0	64	6	31	6	56	1.49
18981519--18981544	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
18986540--18986579	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18986505--18986571	34	1.9	35	87	3	100	44	13	10	31	1.77
18986604--18986645	21	2.0	21	86	9	59	23	7	4	64	1.38
18998982--18999033	19	2.7	19	80	17	54	51	3	0	44	1.19
19005399--19005451	24	2.2	24	93	0	88	39	1	7	50	1.41
19009784--19009836	24	2.2	24	86	0	70	41	1	5	50	1.36
19020202--19020254	27	2.0	27	85	7	72	62	5	7	24	1.44
19023003--19023045	11	3.8	11	87	3	59	18	32	0	48	1.48
19023000--19023052	22	2.3	23	77	3	63	24	30	0	45	1.54
19023020--19023144	51	2.5	51	85	5	173	28	22	2	46	1.64
19024844--19024945	51	2.0	51	96	0	186	29	32	16	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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