genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  82  of  153  ( 18265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26056537--26056887	145	2.4	147	85	5	460	32	18	17	31	1.95
26056973--26057250	88	3.1	87	73	8	245	35	17	17	30	1.93
26057267--26057804	84	6.6	84	93	5	773	34	19	16	29	1.94
26057578--26057809	75	3.1	75	95	1	405	34	19	15	30	1.93
26072011--26072042	16	2.0	16	93	0	55	12	6	40	40	1.68
26085965--26086049	43	2.0	43	100	0	170	28	32	18	20	1.96
26086331--26086357	14	1.9	14	100	0	54	51	3	14	29	1.60
26086332--26086365	14	2.5	14	90	4	52	50	2	20	26	1.63
26088771--26088816	23	2.0	23	100	0	92	47	0	26	26	1.52
26092409--26092462	28	2.0	27	82	17	67	51	1	11	35	1.48
26093752--26093782	15	2.1	15	93	0	53	22	9	32	35	1.87
26093756--26093798	21	2.0	21	95	0	77	20	9	34	34	1.85
26093874--26093920	15	3.3	14	76	11	51	17	0	4	78	0.90
26096769--26096818	23	2.2	24	82	10	61	26	2	6	66	1.26
26100903--26100984	29	2.8	30	85	10	116	54	6	2	36	1.38
26101018--26101042	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
26101083--26101220	52	2.7	48	76	17	118	28	3	5	62	1.33
26101106--26101214	50	2.2	49	80	11	123	30	3	3	62	1.30
26102637--26102691	21	2.7	21	86	8	69	72	14	9	3	1.23
26108235--26108296	31	2.0	31	100	0	124	29	9	19	41	1.83
26109553--26109613	32	2.0	30	84	9	79	29	1	6	62	1.30
26112768--26112802	3	11.7	3	93	0	61	0	62	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26114761--26114795	3	11.7	3	93	0	61	0	62	0	37	0.95
26118983--26119022	21	1.9	21	84	0	53	7	17	45	30	1.76
26119285--26119327	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
26121317--26121373	22	2.5	22	78	18	64	43	3	31	21	1.69
26121333--26121375	22	2.0	22	90	0	68	46	4	32	16	1.67
26122500--26122532	17	1.9	17	88	11	50	27	0	3	69	1.03
26122509--26122571	30	2.1	30	93	0	108	28	3	11	57	1.49
26124146--26124171	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
26126222--26126268	11	4.4	11	78	10	53	53	0	0	46	1.00
26126222--26126268	5	8.7	6	73	21	50	53	0	0	46	1.00
26126283--26126461	92	1.9	92	96	0	331	47	6	5	40	1.52
26126401--26126507	20	5.8	18	70	22	62	50	3	2	42	1.34
26126251--26126461	92	2.3	90	90	5	262	47	5	4	41	1.48
26130622--26130649	6	4.7	6	100	0	56	85	14	0	0	0.59
26132657--26132913	128	2.0	128	96	0	478	27	23	20	29	1.99
26134043--26134094	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
26134781--26134852	36	2.0	36	97	0	135	23	15	13	47	1.81
26136125--26136159	16	2.2	16	90	5	54	68	0	0	31	0.90
26138151--26138176	3	8.7	3	100	0	52	34	65	0	0	0.93
26145859--26145918	30	2.1	29	87	6	86	66	3	3	26	1.23
26145940--26145979	21	1.9	21	84	0	53	55	2	10	32	1.47
26153628--26153670	20	2.2	20	87	8	61	37	0	2	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26153635--26153663	15	1.9	15	100	0	58	37	0	0	62	0.96
26154449--26154540	37	2.5	38	77	11	93	45	2	21	30	1.64
26157867--26157949	20	4.0	21	76	14	73	15	16	21	45	1.85
26157919--26157997	20	3.7	20	71	21	70	16	15	18	49	1.80
26161516--26161540	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
26166256--26166337	36	2.2	36	78	8	85	64	2	3	29	1.23
26170194--26170240	2	23.5	2	95	0	85	51	46	0	2	1.13
26180066--26180106	3	13.7	3	94	0	73	65	0	2	31	1.05
26183337--26183369	14	2.4	14	90	5	50	63	12	0	24	1.28
26188293--26188325	16	2.0	17	88	5	50	51	0	3	45	1.16
26188784--26188875	47	2.0	47	93	0	157	51	4	9	34	1.55
26191406--26191634	50	4.5	50	84	4	183	23	26	20	29	1.99
26191442--26191639	50	3.8	50	86	4	252	23	27	21	27	1.99
26193955--26194066	42	2.7	42	91	0	170	16	22	33	28	1.95
26210941--26210973	17	2.0	17	88	5	50	42	3	6	48	1.43
26213950--26214000	24	2.1	25	85	3	68	56	5	1	35	1.35
26214405--26214486	31	2.7	30	76	12	78	42	2	3	51	1.32
26215711--26215768	24	2.4	24	100	0	116	37	6	0	55	1.27
26228918--26229255	51	6.7	50	81	5	374	29	26	15	28	1.96
26229067--26229149	26	3.2	26	67	21	75	32	26	10	30	1.90
26228912--26229255	102	3.4	102	88	2	487	29	26	15	28	1.96
26230456--26230488	11	2.8	12	90	9	50	36	15	12	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26231540--26231574	16	2.1	17	89	5	54	11	51	0	37	1.38
26231688--26232509	411	2.0	411	100	0	1644	29	15	18	36	1.92
26241446--26241489	22	2.0	22	86	0	61	22	4	18	54	1.61
26244428--26244484	28	2.0	29	83	10	73	52	0	1	45	1.11
26244569--26244609	15	2.7	15	88	0	55	78	7	14	0	0.96
26245257--26245313	24	2.3	24	82	17	73	33	0	15	50	1.44
26245469--26245608	40	3.6	39	72	8	124	26	20	23	30	1.98
26246631--26246727	41	2.4	41	92	0	167	48	10	25	15	1.77
26250399--26250423	12	2.1	12	100	0	50	52	8	40	0	1.31
26265521--26265602	36	2.4	33	83	6	101	43	13	9	32	1.77
26267571--26267614	11	4.2	11	77	11	56	15	2	29	52	1.55
26267576--26267623	20	2.4	20	92	0	78	18	4	31	45	1.68
26268614--26268663	22	2.3	20	81	18	57	72	10	0	18	1.12
26268439--26268640	110	1.9	108	88	7	313	59	12	0	26	1.39
26268624--26268671	22	2.2	22	82	14	55	72	12	0	14	1.11
26274475--26274541	34	1.9	35	93	3	118	32	8	11	46	1.72
26276338--26276384	22	2.1	22	84	0	58	55	2	0	42	1.12
26279519--26279545	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
26279896--26279920	5	5.0	5	100	0	50	20	60	0	20	1.37
26280819--26280904	11	7.7	11	80	6	75	24	26	2	46	1.65
26283328--26283357	12	2.5	12	94	0	51	33	43	0	23	1.54
26283240--26283467	119	1.9	120	90	2	361	46	17	1	33	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26283459--26283576	22	5.5	21	82	6	130	47	31	0	21	1.51
26283459--26283567	43	2.5	43	84	1	155	49	29	0	21	1.49
26283641--26283765	59	2.1	59	96	0	232	42	9	8	39	1.69
26286773--26287056	125	2.3	124	90	2	442	29	20	15	34	1.94
26287174--26287215	22	1.9	22	85	0	57	52	33	0	14	1.42
26297859--26297906	20	2.4	20	79	6	53	29	14	8	47	1.73
26299997--26300042	13	3.5	13	90	3	65	69	0	13	17	1.19
26300354--26300396	21	2.0	21	90	0	68	20	16	34	27	1.94
26303470--26303506	11	3.4	11	88	0	56	32	40	2	24	1.69
26305084--26305156	36	2.0	36	91	0	119	38	6	21	32	1.80
26305265--26305343	40	2.0	40	100	0	158	29	15	10	45	1.78
26308681--26308845	24	6.6	25	72	13	103	37	20	24	17	1.94
26312729--26312758	12	2.5	12	100	0	60	6	26	40	26	1.81
26312699--26312822	54	2.3	54	86	5	180	17	29	26	26	1.98
26321040--26321230	51	3.8	51	80	5	210	24	16	28	31	1.96
26323474--26323546	27	2.7	27	72	4	67	31	17	23	27	1.97
26334224--26334395	41	4.2	41	81	1	184	34	26	19	19	1.96
26340196--26340326	43	2.9	45	80	8	160	46	13	7	32	1.72
26341027--26341171	70	2.0	72	88	5	215	44	17	8	29	1.78
26341475--26341504	1	30.0	1	93	0	51	96	3	0	0	0.21
26342321--26342387	34	1.9	35	84	3	91	47	28	5	17	1.71
26347052--26347078	13	2.1	13	100	0	54	14	14	22	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26355494--26355593	40	2.5	40	81	0	110	30	20	4	46	1.69
26355580--26355641	13	4.8	13	71	0	52	40	20	1	37	1.63
26355702--26355992	45	6.5	45	73	7	125	21	19	15	42	1.89
26355729--26355942	45	4.8	45	76	6	168	21	21	16	41	1.90
26366393--26366425	16	2.1	16	100	0	66	63	18	6	12	1.48
26367228--26367260	16	2.0	17	88	5	50	63	0	3	33	1.10
26369932--26370175	50	4.8	50	86	3	346	25	20	31	22	1.98
26371976--26372005	15	2.0	15	93	0	51	23	30	13	33	1.93
26388030--26388106	31	2.5	31	93	2	127	33	20	2	42	1.66
26388202--26388270	28	2.4	29	81	11	88	69	5	2	21	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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