genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  87  of  153  ( 18265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27472400--27472556	78	2.0	80	82	7	198	31	25	21	21	1.98
27479870--27480272	200	2.0	200	99	0	797	35	7	18	38	1.80
27480425--27480600	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
27480422--27480593	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
27484229--27484340	44	2.6	42	77	6	109	24	20	21	33	1.97
27484229--27484352	42	2.9	42	76	9	124	24	20	22	33	1.97
27485622--27485694	22	3.2	22	82	7	76	19	28	21	30	1.98
27485631--27485703	22	3.2	22	86	7	85	20	28	21	28	1.98
27487978--27488200	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
27487978--27488200	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
27504544--27504803	126	2.1	126	85	4	355	27	17	22	32	1.96
27507539--27507569	15	2.1	15	100	0	62	48	12	6	32	1.67
27510256--27510378	40	3.1	38	72	9	104	40	21	17	20	1.91
27518416--27518560	44	3.3	43	76	14	127	22	17	28	31	1.97
27518652--27518695	22	2.0	22	90	0	70	43	25	20	11	1.85
27530983--27531195	40	5.3	40	84	1	248	20	29	18	32	1.96
27531069--27531133	20	3.2	20	65	8	51	18	27	16	36	1.93
27530983--27531221	119	2.0	119	80	4	268	20	28	17	33	1.96
27533659--27533776	56	2.1	56	82	3	139	26	26	25	22	2.00
27534763--27534856	25	3.8	25	81	1	109	31	22	26	19	1.97
27534809--27534926	25	4.8	24	77	8	94	36	16	23	23	1.94
27536815--27536848	5	7.2	5	90	9	54	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27536925--27536984	31	2.0	30	96	3	111	50	25	3	21	1.64
27537385--27537724	170	2.0	170	100	0	680	41	15	12	29	1.85
27546986--27547130	21	6.8	20	68	25	68	60	4	2	31	1.32
27549149--27549192	14	3.3	14	85	14	58	22	9	0	68	1.18
27549724--27549772	10	4.7	10	80	9	53	34	0	0	65	0.93
27552627--27553088	237	1.9	237	90	0	735	22	19	25	32	1.97
27553630--27553672	23	2.0	22	90	9	70	2	18	0	79	0.85
27564436--27564460	13	1.9	13	100	0	50	16	0	8	76	1.02
27580420--27580479	7	8.6	7	100	0	120	28	0	15	56	1.39
27581628--27582073	108	4.2	96	74	19	345	46	20	1	32	1.58
27581818--27581870	22	2.5	22	93	3	90	45	32	0	22	1.53
27581710--27581972	130	2.1	124	92	5	429	46	20	1	31	1.59
27581829--27581884	22	2.5	22	85	5	69	50	21	0	28	1.49
27581839--27582073	102	2.3	101	89	4	348	45	21	1	32	1.60
27581658--27582095	225	1.9	232	85	12	614	46	20	1	32	1.58
27582043--27582157	22	5.4	21	84	6	151	44	30	0	25	1.54
27582160--27582211	26	2.0	26	85	14	72	48	0	0	51	1.00
27582243--27582292	21	2.4	21	96	0	91	44	32	0	24	1.54
27582108--27582582	135	3.4	135	90	6	673	44	22	0	32	1.58
27582295--27582346	26	2.0	26	85	14	72	48	0	0	51	1.00
27582378--27582447	21	3.4	21	92	2	106	44	30	0	25	1.55
27582243--27582604	155	2.3	156	92	2	629	45	22	0	30	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27582533--27582599	21	3.2	21	97	0	125	44	32	0	22	1.53
27585705--27586140	125	3.5	124	86	2	570	30	20	17	31	1.96
27586189--27586230	21	2.0	22	85	4	59	50	30	0	19	1.48
27587829--27587883	12	4.5	12	81	4	65	16	1	3	78	0.98
27587850--27587879	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
27588837--27588877	21	2.0	21	85	0	55	14	7	2	75	1.12
27588880--27588938	24	2.4	25	82	5	66	28	10	3	57	1.48
27592407--27592538	25	5.5	24	87	6	180	40	21	21	15	1.90
27592406--27592538	49	2.8	49	87	6	175	41	21	21	15	1.90
27593358--27593389	12	2.6	13	85	14	50	40	25	0	34	1.56
27593562--27593587	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
27593647--27593681	5	6.8	5	87	6	52	60	0	0	40	0.97
27593638--27593681	21	2.0	22	95	4	81	59	0	0	40	0.98
27599120--27599251	25	5.5	24	87	6	180	40	21	21	15	1.90
27599119--27599251	49	2.8	49	87	6	175	41	21	21	15	1.90
27600073--27600104	12	2.6	13	85	14	50	40	25	0	34	1.56
27600277--27600302	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
27600362--27600396	5	6.8	5	87	6	52	60	0	0	40	0.97
27600353--27600396	21	2.0	22	95	4	81	59	0	0	40	0.98
27600673--27600808	65	2.0	68	88	8	206	38	13	8	38	1.75
27608331--27611242	948	3.0	948	93	1	4824	33	16	23	26	1.96
27613154--27613569	132	3.2	132	87	1	566	29	19	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27613553--27613717	50	3.3	50	82	0	213	34	22	17	25	1.96
27615155--27615220	25	2.6	25	80	4	71	30	9	3	57	1.45
27615440--27615487	23	2.1	23	88	0	69	16	6	10	66	1.41
27621837--27621885	24	2.0	24	100	0	98	32	4	12	51	1.58
27622787--27622837	26	1.9	27	84	11	70	37	23	3	35	1.74
27645240--27645326	24	3.8	23	74	9	79	19	2	51	26	1.58
27645225--27645323	45	2.3	43	84	8	137	18	2	54	25	1.54
27646908--27646958	22	2.4	21	84	9	68	27	23	3	45	1.70
27648109--27648140	9	3.6	9	91	0	55	0	25	0	75	0.81
27648107--27648137	13	2.4	13	94	0	53	0	25	0	74	0.82
27648176--27648221	14	3.4	14	76	8	51	32	2	0	65	1.05
27648179--27648232	26	2.1	25	86	3	72	35	3	0	61	1.14
27648189--27648246	26	2.2	26	81	6	64	39	5	1	53	1.33
27649909--27650367	159	2.9	158	82	5	561	35	16	14	32	1.90
27650444--27650647	82	2.5	82	92	1	329	27	6	15	50	1.68
27651901--27651945	21	2.1	21	100	0	90	31	31	4	33	1.78
27652018--27652228	112	1.9	115	91	3	347	46	17	8	27	1.76
27652702--27652731	15	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
27656876--27656932	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
27657109--27657156	13	3.7	13	82	0	69	35	22	6	35	1.80
27660496--27660540	14	3.2	14	81	12	56	35	33	0	31	1.58
27660494--27660533	21	1.9	21	89	0	62	35	35	0	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27660504--27660540	7	5.3	7	86	0	56	37	32	0	29	1.58
27665286--27665421	42	3.2	42	84	2	130	12	21	17	48	1.80
27665314--27665421	42	2.6	42	88	2	137	11	21	18	49	1.78
27668463--27668502	9	4.4	9	96	0	62	40	25	10	25	1.86
27668705--27668797	38	2.4	39	94	1	161	19	3	25	51	1.62
27671164--27671328	71	2.3	71	98	0	321	58	11	4	25	1.51
27671759--27671824	18	3.7	18	93	0	105	37	10	15	36	1.82
27673833--27673876	14	3.1	14	93	0	70	54	22	22	0	1.45
27674092--27674126	18	2.0	18	94	5	63	25	0	34	40	1.56
27674110--27674142	13	2.6	13	85	4	50	21	0	36	42	1.53
27674092--27674155	30	2.1	31	82	8	78	23	0	34	42	1.55
27674185--27674237	17	3.3	16	77	22	58	18	0	37	43	1.51
27674196--27674224	13	2.3	13	94	5	51	13	0	44	41	1.44
27674102--27674266	82	2.0	82	94	2	287	23	4	26	45	1.71
27691498--27691531	6	5.7	6	100	0	68	67	0	14	17	1.23
27692342--27692783	45	9.7	45	72	13	296	28	21	18	30	1.97
27692943--27693531	44	13.7	42	70	10	345	25	20	21	31	1.98
27692995--27693449	85	5.3	84	72	11	271	25	20	23	31	1.98
27692937--27693534	129	4.6	129	90	1	867	25	20	22	31	1.98
27693972--27694028	22	2.5	23	82	8	71	28	26	10	35	1.89
27694964--27695024	11	5.8	10	86	9	70	1	13	0	85	0.68
27694958--27695024	21	3.0	20	83	16	80	1	14	0	83	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27698740--27698934	107	1.8	106	88	1	300	33	17	16	31	1.93
27699079--27699214	73	1.9	73	95	0	245	34	16	19	28	1.94
27699567--27699659	47	2.0	47	85	8	127	58	0	6	35	1.24
27700676--27700717	20	2.1	20	100	0	84	9	14	14	61	1.55
27703323--27703357	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
27703749--27703859	45	2.4	47	79	10	138	43	8	3	45	1.51
27703774--27703861	45	2.0	45	90	0	140	40	5	4	48	1.47
27703875--27704103	107	2.1	105	79	13	227	46	7	8	36	1.64
27718406--27718461	26	2.2	26	80	6	60	46	10	1	41	1.49
27723871--27723917	22	2.2	21	84	3	58	38	10	4	46	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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