genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24783012--24783277	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
24788805--24788859	25	2.1	28	86	10	80	47	0	18	34	1.49
24794934--24794966	16	2.1	16	88	11	50	60	6	6	27	1.44
24798528--24798592	20	3.2	21	68	24	66	43	16	15	24	1.87
24798515--24798594	40	2.0	40	97	0	151	45	13	18	22	1.85
24799345--24799387	13	3.6	12	81	9	52	27	0	0	72	0.85
24799338--24799388	23	2.3	22	83	12	68	29	0	0	70	0.87
24802993--24803058	22	3.0	22	64	4	62	21	21	15	40	1.89
24804333--24804436	52	2.0	52	98	0	199	45	39	3	11	1.59
24804387--24804415	14	2.0	15	93	6	51	37	62	0	0	0.96
24809948--24809977	12	2.5	12	88	0	51	90	10	0	0	0.47
24812154--24812192	19	2.1	19	95	0	69	25	23	10	41	1.86
24817027--24817072	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
24817034--24817078	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
24823664--24823717	20	2.7	19	94	2	81	40	18	14	25	1.89
24823672--24823717	20	2.3	20	100	0	92	41	19	13	26	1.88
24823930--24824086	43	3.7	43	76	10	160	29	28	18	22	1.97
24827556--24827729	92	1.9	92	89	0	267	43	18	9	28	1.80
24850024--24850074	17	3.0	17	88	0	75	33	15	13	37	1.87
24850752--24850862	37	2.8	40	74	8	111	29	27	20	22	1.99
24855109--24855152	21	2.1	21	91	0	70	20	29	20	29	1.98
24859896--24859936	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24868005--24868038	6	5.7	6	85	0	50	64	11	0	23	1.26
24870229--24870438	103	2.0	103	97	0	393	23	18	17	41	1.90
24871589--24871632	22	2.0	22	81	0	52	43	0	2	54	1.12
24876509--24876574	22	3.0	22	81	0	69	33	18	15	33	1.92
24877336--24877383	11	4.4	11	75	0	51	18	12	10	58	1.62
24878319--24878374	28	2.0	28	100	0	112	39	7	25	28	1.82
24878495--24878550	22	2.6	21	80	2	58	50	3	14	32	1.60
24880508--24880556	26	2.0	24	84	8	62	63	8	0	28	1.23
24880649--24880695	24	2.0	23	88	8	69	65	0	2	31	1.04
24893872--24893931	19	3.1	19	77	13	77	65	3	0	31	1.09
24893866--24893944	19	4.3	17	76	20	63	67	5	1	26	1.19
24894141--24894316	9	18.6	9	66	20	56	32	2	1	63	1.16
24894145--24894279	10	13.8	10	69	18	79	28	3	1	65	1.18
24894119--24894281	39	4.2	38	72	12	118	28	4	1	65	1.22
24894187--24894250	19	3.3	19	81	14	78	25	3	0	71	1.00
24894208--24894251	11	4.2	11	82	8	56	22	2	0	75	0.92
24894142--24894289	20	7.6	19	70	15	88	29	3	1	65	1.17
24894218--24894321	28	3.6	28	75	14	88	36	0	0	62	1.02
24894284--24894321	17	2.2	17	86	9	51	47	0	0	52	1.00
24894219--24894318	38	2.6	39	80	10	116	36	0	1	63	1.02
24894219--24894321	9	11.1	9	73	20	61	36	0	0	62	1.02
24903574--24903628	11	5.1	11	74	12	51	10	10	9	69	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24903575--24903637	32	1.9	33	87	3	92	12	12	7	66	1.44
24906569--24906594	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
24917012--24917107	33	2.9	32	73	17	81	48	1	2	47	1.20
24922101--24922132	16	2.0	16	93	0	55	28	25	21	25	1.99
24935107--24935374	109	2.4	109	95	1	466	29	16	20	33	1.95
24935574--24935603	15	2.0	15	93	0	51	63	0	6	30	1.20
24935674--24935746	3	23.3	3	83	8	92	60	1	6	31	1.31
24935672--24935758	12	7.1	11	76	11	57	63	1	5	29	1.25
24943913--24943971	31	1.9	31	89	6	93	33	3	3	59	1.31
24943965--24944025	25	2.4	25	83	5	77	47	0	1	50	1.10
24943989--24944035	19	2.4	20	82	13	62	42	2	4	51	1.33
24945963--24946044	39	2.1	40	86	6	114	36	1	8	53	1.39
24951562--24951610	9	5.3	9	82	4	53	42	0	0	57	0.99
24955889--24955946	22	2.6	22	71	10	55	29	3	5	62	1.33
24958063--24958093	15	2.1	15	93	0	53	22	0	41	35	1.54
24975628--24975661	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
24980267--24980300	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
24983958--24983996	20	1.9	21	84	5	53	48	10	12	28	1.74
24986420--24986488	35	2.0	35	94	0	120	42	0	11	46	1.40
24988325--24988370	23	2.0	23	100	0	92	47	0	21	30	1.51
24994564--24994597	11	3.0	11	87	8	50	35	2	61	0	1.11
24995418--24995452	18	1.9	18	88	0	52	5	5	8	80	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24998189--24998532	130	2.7	124	92	4	557	32	18	18	29	1.95
24998191--24998550	123	2.9	123	85	8	442	33	17	18	30	1.94
25016344--25016462	60	2.0	59	98	1	229	27	18	16	36	1.93
25025098--25025417	46	7.0	46	94	0	516	38	15	24	22	1.92
25028258--25028302	17	2.6	18	75	13	58	46	22	0	31	1.52
25036514--25036557	17	2.5	18	82	13	56	43	0	6	50	1.29
25036567--25036607	18	2.4	18	92	8	68	7	0	14	78	0.96
25037103--25037146	24	1.9	24	86	9	65	29	2	0	68	1.02
25039453--25039497	18	2.4	18	85	7	54	44	2	0	53	1.13
25041324--25041365	3	14.0	3	100	0	84	0	33	0	66	0.92
25043458--25043510	27	2.0	27	85	7	72	32	1	1	64	1.15
25046600--25046663	31	2.1	30	85	8	85	32	1	3	62	1.20
25050930--25050956	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
25051207--25051241	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
25051419--25051455	19	2.0	19	89	5	58	51	2	0	45	1.15
25057309--25057335	14	1.9	14	100	0	54	88	3	7	0	0.61
25061634--25061719	43	2.0	43	100	0	172	41	18	6	32	1.77
25061727--25061827	51	1.9	53	88	4	152	59	14	10	14	1.61
25062512--25062580	27	2.4	29	88	9	99	50	2	2	43	1.32
25071525--25071568	3	14.7	3	90	9	72	68	2	0	29	1.02
25075899--25075936	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
25085483--25085514	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25086297--25086330	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
25090936--25090969	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
25095575--25095608	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
25100214--25100247	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
25104917--25104969	19	2.8	19	81	16	65	60	1	0	37	1.08
25104914--25104965	18	2.8	18	80	13	61	61	1	0	36	1.07
25104917--25104976	19	3.2	19	77	13	61	60	1	0	38	1.07
25105343--25105813	207	2.2	211	90	3	754	43	7	10	39	1.66
25106241--25106328	31	2.9	31	83	8	101	39	2	2	55	1.25
25109762--25109809	23	2.1	23	88	7	71	37	0	0	62	0.95
25109827--25109897	28	2.6	28	75	2	90	35	4	7	53	1.48
25109922--25109952	14	2.2	14	94	0	53	32	0	3	64	1.09
25109926--25109952	14	1.9	14	100	0	54	29	0	3	66	1.09
25112704--25112834	30	4.4	30	76	7	124	25	24	22	26	2.00
25116907--25117082	46	3.8	46	77	7	176	22	21	27	28	1.99
25128483--25128521	19	2.1	19	100	0	78	10	20	10	58	1.59
25128486--25128526	19	2.4	17	88	12	57	9	19	12	58	1.61
25128695--25128774	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
25128686--25128773	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
25135961--25136003	21	2.0	22	90	4	70	51	0	0	48	1.00
25136262--25136314	21	2.6	21	94	5	92	58	0	0	41	0.98
25136320--25136369	25	2.0	26	88	11	79	74	4	4	18	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25137033--25137357	152	2.2	150	91	2	526	57	6	7	29	1.50
25137763--25137823	25	2.4	25	94	0	104	3	29	18	49	1.63
25137903--25137947	17	2.6	18	85	3	56	17	8	0	73	1.08
25142911--25143000	44	2.0	44	100	0	180	36	27	11	24	1.89
25143999--25144036	20	1.9	20	88	0	58	36	15	10	36	1.82
25162414--25162482	34	2.1	33	91	2	111	59	14	11	14	1.61
25163808--25163839	14	2.2	15	94	5	57	43	0	6	50	1.27
25175247--25175295	24	2.0	24	96	0	89	46	4	24	24	1.69
25178361--25178400	19	2.1	19	95	0	71	20	22	10	47	1.79
25188606--25188677	28	2.5	29	72	12	69	40	6	4	48	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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