genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47983841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  153  ( 18265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22601158--22601202	6	7.7	6	95	5	83	84	0	15	0	0.62
22603284--22603389	44	2.4	44	91	0	167	36	24	16	22	1.94
22603828--22604068	122	2.0	122	86	1	340	30	25	16	27	1.96
22610459--22610496	19	2.0	19	94	0	67	26	28	10	34	1.90
22612740--22612783	21	2.1	21	82	0	52	77	4	4	13	1.08
22613757--22613813	30	1.9	30	85	7	80	43	5	24	26	1.75
22614153--22614344	50	3.8	50	88	2	287	25	21	31	20	1.98
22617439--22617474	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
22624273--22624428	34	4.6	34	87	1	224	12	12	33	41	1.81
22629125--22629232	43	2.5	42	89	1	162	32	25	16	25	1.96
22629114--22629302	88	2.2	84	75	16	179	31	25	15	26	1.96
22631760--22631830	22	3.5	21	69	21	62	38	29	14	18	1.90
22631711--22631855	38	3.8	38	85	0	164	35	26	16	21	1.95
22636753--22636799	23	2.0	23	87	0	67	63	4	8	23	1.40
22637376--22637416	16	2.6	16	85	11	57	26	7	0	65	1.18
22647934--22647971	19	2.0	19	100	0	76	31	10	10	47	1.72
22648281--22648321	15	2.7	15	84	0	55	65	14	19	0	1.26
22648281--22648314	5	6.8	5	89	0	50	64	14	20	0	1.28
22650044--22650123	24	3.4	24	84	1	90	50	23	5	21	1.68
22653430--22653463	17	1.9	18	94	5	61	0	29	38	32	1.58
22655227--22655269	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
22657741--22657783	3	14.3	3	85	9	61	62	0	4	32	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22660522--22660588	21	3.2	21	79	14	59	46	2	0	50	1.16
22661709--22661751	16	2.9	15	80	10	52	13	9	0	76	1.01
22662771--22662816	24	1.9	24	91	8	76	10	26	36	26	1.89
22663981--22664012	16	2.0	16	93	0	55	34	6	6	53	1.51
22671052--22671083	5	6.4	5	96	0	55	62	3	0	34	1.11
22673199--22673228	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
22676231--22676305	9	7.6	10	76	10	57	58	1	5	34	1.29
22676326--22676373	24	2.0	24	87	0	69	56	4	2	37	1.30
22676417--22676492	20	4.0	19	72	16	68	38	3	2	55	1.33
22684312--22685729	89	15.3	89	73	10	699	29	19	16	33	1.94
22684269--22685729	44	31.7	44	71	11	583	29	19	16	33	1.95
22684445--22684565	51	2.4	51	84	2	145	29	20	19	29	1.97
22684313--22685092	285	2.7	285	88	1	1111	30	20	17	31	1.96
22684730--22684846	51	2.3	51	86	2	164	30	20	15	33	1.94
22685052--22685648	139	4.4	138	74	8	350	28	18	16	36	1.93
22694540--22694581	19	2.2	19	95	0	75	40	14	9	35	1.78
22696031--22696122	46	2.0	47	95	2	168	67	2	10	19	1.31
22696179--22696219	4	10.5	4	84	5	57	70	0	4	24	1.06
22696255--22696341	41	2.1	41	97	0	165	64	2	12	20	1.38
22697354--22697605	125	2.0	126	94	0	443	23	17	9	49	1.76
22697606--22697695	45	2.0	45	93	0	153	8	21	22	47	1.78
22698034--22698074	15	2.7	15	84	0	55	29	7	0	63	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22698260--22698297	19	2.0	20	89	5	60	44	2	7	44	1.47
22699968--22700052	42	2.0	42	90	0	134	22	15	18	43	1.87
22708452--22708495	19	2.3	20	84	7	56	27	22	11	38	1.88
22711079--22711108	8	3.6	8	91	8	51	73	13	0	13	1.10
22713250--22713385	42	3.2	42	64	13	107	26	23	23	26	2.00
22713246--22713412	85	2.0	85	96	0	307	27	20	25	26	1.99
22713246--22713451	85	2.4	85	88	3	263	26	21	24	27	1.99
22713587--22713741	44	3.6	43	78	6	152	29	21	22	26	1.99
22713592--22713753	87	1.9	87	84	2	218	30	20	23	25	1.99
22713938--22714210	86	3.2	86	86	3	361	30	22	23	23	1.99
22714356--22714461	44	2.4	44	78	7	126	29	24	24	21	1.99
22716215--22716339	61	2.1	57	80	11	137	37	6	6	49	1.54
22728855--22728931	17	4.3	17	73	16	66	31	5	1	62	1.25
22728910--22728957	25	1.9	25	87	8	71	22	0	6	70	1.09
22732375--22732425	22	2.4	22	86	3	68	33	19	5	41	1.76
22732573--22732629	23	2.4	24	77	8	64	36	14	12	36	1.83
22735109--22735165	15	3.6	15	72	11	51	50	1	3	43	1.29
22736866--22737145	70	4.0	70	99	0	551	25	20	11	42	1.85
22738377--22738432	27	2.1	27	100	0	112	35	10	7	46	1.66
22740890--22740952	27	2.3	28	83	5	76	42	6	14	36	1.71
22745140--22745178	12	3.2	12	81	3	51	7	23	0	69	1.14
22748325--22748349	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22749967--22750006	18	2.2	18	86	8	55	27	5	12	55	1.58
22750044--22750133	32	2.8	32	80	14	98	40	8	10	41	1.70
22761646--22761679	6	5.7	6	96	0	59	2	0	29	67	1.05
22769631--22769691	9	6.6	9	75	16	54	34	1	1	62	1.15
22769631--22769691	20	3.3	17	76	17	59	34	1	1	62	1.15
22769714--22769796	30	2.8	30	94	1	141	31	10	0	57	1.33
22770890--22770934	23	2.0	23	86	4	65	48	17	2	31	1.59
22770887--22770944	22	2.6	22	84	7	73	44	18	1	34	1.60
22776022--22776066	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
22776048--22776100	19	3.0	17	78	10	61	35	20	7	35	1.81
22776019--22776076	22	2.6	22	86	7	82	43	18	3	34	1.68
22778715--22778760	24	1.9	24	100	0	92	47	10	17	23	1.79
22781436--22781463	5	5.6	5	100	0	56	17	0	21	60	1.36
22788363--22788398	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
22790799--22790831	10	3.3	10	91	0	57	0	24	21	54	1.45
22790799--22790848	20	2.5	20	90	6	75	0	28	20	52	1.47
22790799--22790905	20	5.1	20	67	18	65	5	24	14	55	1.61
22790799--22790844	15	3.1	15	87	6	58	0	26	21	52	1.47
22791328--22791450	46	2.7	46	91	3	198	29	11	22	36	1.89
22795072--22795112	20	2.0	21	95	4	75	56	14	0	29	1.39
22796849--22797046	67	3.0	67	98	0	378	28	33	17	20	1.96
22797182--22797316	57	2.3	60	84	10	179	24	24	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22798072--22798106	16	2.2	16	100	0	70	25	25	17	31	1.97
22798870--22798927	30	1.9	31	85	3	82	31	24	1	43	1.64
22800112--22800148	16	2.3	16	95	0	65	40	5	16	37	1.71
22801754--22801825	36	2.0	36	91	0	117	34	5	5	54	1.47
22803775--22803873	35	2.8	35	90	0	162	23	3	20	53	1.59
22805173--22805250	33	2.4	32	83	12	97	46	19	8	25	1.79
22805252--22805290	20	2.0	20	90	5	62	51	12	5	30	1.62
22808091--22808199	45	2.4	45	84	4	132	37	29	5	27	1.79
22808569--22808741	90	1.9	88	80	6	197	39	19	9	32	1.83
22809095--22809128	9	3.8	9	84	0	50	26	0	0	73	0.83
22809095--22809136	18	2.3	19	91	4	68	26	2	0	71	0.98
22809093--22809136	10	4.6	10	83	11	56	27	2	0	70	0.99
22809235--22809429	86	2.3	83	83	6	241	35	7	16	40	1.76
22812722--22812908	93	2.0	93	98	0	365	28	15	21	33	1.94
22813756--22813786	1	31.0	1	100	0	62	0	0	100	0	0.00
22815688--22815721	15	2.1	17	89	10	54	29	0	2	67	1.05
22815688--22815730	17	2.4	18	85	11	54	32	0	2	65	1.06
22823687--22823714	13	2.2	13	100	0	56	82	0	0	17	0.68
22823732--22823765	10	3.4	10	100	0	68	8	41	50	0	1.34
22831328--22831376	16	2.9	17	80	19	66	30	0	0	69	0.89
22831896--22831955	29	2.1	29	84	3	77	36	1	3	58	1.25
22834340--22834397	24	2.4	24	100	0	116	43	13	10	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22835096--22835225	64	2.0	63	85	1	170	33	23	20	23	1.98
22850775--22850823	22	2.2	22	81	0	62	30	8	30	30	1.86
22850913--22850962	17	3.0	16	85	8	64	38	2	0	60	1.09
22852279--22852367	35	2.5	35	79	0	97	29	19	21	30	1.97
22857078--22857139	31	2.0	30	87	3	88	54	3	4	37	1.38
22866892--22866927	13	2.8	13	82	0	54	38	38	5	16	1.72
22868034--22868067	18	1.9	17	88	5	50	35	5	2	55	1.39
22868084--22868200	45	2.5	46	79	10	123	40	5	3	50	1.44
22868084--22868237	22	6.8	24	74	12	92	38	8	2	50	1.47
22868322--22868415	47	2.0	47	97	0	179	35	3	6	55	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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